← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/experimental/ncbi-tools6/experimental

« back to all changes in this revision

Viewing changes to util/tables/sm_blosum80.c

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2005-03-27 12:00:15 UTC
  • mfrom: (2.1.2 hoary)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20050327120015-embhesp32nj73p9r
Tags: 6.1.20041020-3
http://bugs.debian.org/295110
* Fix FTBFS under GCC 4.0 caused by inconsistent use of "static" on
  functions.  (Closes: #295110.)
* Add a watch file, now that we can.  (Upstream's layout needs version=3.)

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
util/tables/sm_blosum80.c
 
1
/*  $Id: sm_blosum80.c,v 1.1 2003/08/21 19:48:20 ucko Exp $
 
2
* ===========================================================================
 
3
*
 
4
*                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 
5
*               National Center for Biotechnology Information
 
6
*
 
7
*  This software/database is a "United States Government Work" under the
 
8
*  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
 
9
*  the author's official duties as a United States Government employee and
 
10
*  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
 
11
*  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
 
12
*  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
 
13
*
 
14
*  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
 
15
*  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
 
16
*  Government do not and cannot warrant the performance or results that
 
17
*  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
 
18
*  Government disclaim all warranties, express or implied, including
 
19
*  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
 
20
*  purpose.
 
21
*
 
22
*  Please cite the author in any work or product based on this material.
 
23
*
 
24
* ===========================================================================
 
25
*
 
26
* Author:  Aaron Ucko (via ./convert_scoremat.pl)
 
27
*
 
28
* File Description:
 
29
*   Protein alignment score matrices; shared between the two toolkits.
 
30
*
 
31
* ===========================================================================
 
32
*/
 
33
 
 
34
#include <util/tables/raw_scoremat.h>
 
35
 
 
36
/* Matrix made by matblas from blosum80.iij */
 
37
/* * column uses minimum score */
 
38
/* BLOSUM Clustered Scoring Matrix in 1/2 Bit Units */
 
39
/* Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat */
 
40
/* Cluster Percentage: >= 80 */
 
41
/* Entropy =   0.9868, Expected =  -0.7442 */
 
42
 
 
43
static const TNCBIScore s_Blosum80PSM[24][24] = {
 
44
    /*       A,  R,  N,  D,  C,  Q,  E,  G,  H,  I,  L,  K,
 
45
             M,  F,  P,  S,  T,  W,  Y,  V,  B,  Z,  X,  * */
 
46
    /*A*/ {  5, -2, -2, -2, -1, -1, -1,  0, -2, -2, -2, -1,
 
47
            -1, -3, -1,  1,  0, -3, -2,  0, -2, -1, -1, -6 },
 
48
    /*R*/ { -2,  6, -1, -2, -4,  1, -1, -3,  0, -3, -3,  2,
 
49
            -2, -4, -2, -1, -1, -4, -3, -3, -2,  0, -1, -6 },
 
50
    /*N*/ { -2, -1,  6,  1, -3,  0, -1, -1,  0, -4, -4,  0,
 
51
            -3, -4, -3,  0,  0, -4, -3, -4,  4,  0, -1, -6 },
 
52
    /*D*/ { -2, -2,  1,  6, -4, -1,  1, -2, -2, -4, -5, -1,
 
53
            -4, -4, -2, -1, -1, -6, -4, -4,  4,  1, -2, -6 },
 
54
    /*C*/ { -1, -4, -3, -4,  9, -4, -5, -4, -4, -2, -2, -4,
 
55
            -2, -3, -4, -2, -1, -3, -3, -1, -4, -4, -3, -6 },
 
56
    /*Q*/ { -1,  1,  0, -1, -4,  6,  2, -2,  1, -3, -3,  1,
 
57
             0, -4, -2,  0, -1, -3, -2, -3,  0,  3, -1, -6 },
 
58
    /*E*/ { -1, -1, -1,  1, -5,  2,  6, -3,  0, -4, -4,  1,
 
59
            -2, -4, -2,  0, -1, -4, -3, -3,  1,  4, -1, -6 },
 
60
    /*G*/ {  0, -3, -1, -2, -4, -2, -3,  6, -3, -5, -4, -2,
 
61
            -4, -4, -3, -1, -2, -4, -4, -4, -1, -3, -2, -6 },
 
62
    /*H*/ { -2,  0,  0, -2, -4,  1,  0, -3,  8, -4, -3, -1,
 
63
            -2, -2, -3, -1, -2, -3,  2, -4, -1,  0, -2, -6 },
 
64
    /*I*/ { -2, -3, -4, -4, -2, -3, -4, -5, -4,  5,  1, -3,
 
65
             1, -1, -4, -3, -1, -3, -2,  3, -4, -4, -2, -6 },
 
66
    /*L*/ { -2, -3, -4, -5, -2, -3, -4, -4, -3,  1,  4, -3,
 
67
             2,  0, -3, -3, -2, -2, -2,  1, -4, -3, -2, -6 },
 
68
    /*K*/ { -1,  2,  0, -1, -4,  1,  1, -2, -1, -3, -3,  5,
 
69
            -2, -4, -1, -1, -1, -4, -3, -3, -1,  1, -1, -6 },
 
70
    /*M*/ { -1, -2, -3, -4, -2,  0, -2, -4, -2,  1,  2, -2,
 
71
             6,  0, -3, -2, -1, -2, -2,  1, -3, -2, -1, -6 },
 
72
    /*F*/ { -3, -4, -4, -4, -3, -4, -4, -4, -2, -1,  0, -4,
 
73
             0,  6, -4, -3, -2,  0,  3, -1, -4, -4, -2, -6 },
 
74
    /*P*/ { -1, -2, -3, -2, -4, -2, -2, -3, -3, -4, -3, -1,
 
75
            -3, -4,  8, -1, -2, -5, -4, -3, -2, -2, -2, -6 },
 
76
    /*S*/ {  1, -1,  0, -1, -2,  0,  0, -1, -1, -3, -3, -1,
 
77
            -2, -3, -1,  5,  1, -4, -2, -2,  0,  0, -1, -6 },
 
78
    /*T*/ {  0, -1,  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -2, -1,
 
79
            -1, -2, -2,  1,  5, -4, -2,  0, -1, -1, -1, -6 },
 
80
    /*W*/ { -3, -4, -4, -6, -3, -3, -4, -4, -3, -3, -2, -4,
 
81
            -2,  0, -5, -4, -4, 11,  2, -3, -5, -4, -3, -6 },
 
82
    /*Y*/ { -2, -3, -3, -4, -3, -2, -3, -4,  2, -2, -2, -3,
 
83
            -2,  3, -4, -2, -2,  2,  7, -2, -3, -3, -2, -6 },
 
84
    /*V*/ {  0, -3, -4, -4, -1, -3, -3, -4, -4,  3,  1, -3,
 
85
             1, -1, -3, -2,  0, -3, -2,  4, -4, -3, -1, -6 },
 
86
    /*B*/ { -2, -2,  4,  4, -4,  0,  1, -1, -1, -4, -4, -1,
 
87
            -3, -4, -2,  0, -1, -5, -3, -4,  4,  0, -2, -6 },
 
88
    /*Z*/ { -1,  0,  0,  1, -4,  3,  4, -3,  0, -4, -3,  1,
 
89
            -2, -4, -2,  0, -1, -4, -3, -3,  0,  4, -1, -6 },
 
90
    /*X*/ { -1, -1, -1, -2, -3, -1, -1, -2, -2, -2, -2, -1,
 
91
            -1, -2, -2, -1, -1, -3, -2, -1, -2, -1, -1, -6 },
 
92
    /***/ { -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6,
 
93
            -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6, -6,  1 }
 
94
};
 
95
const SNCBIPackedScoreMatrix NCBISM_Blosum80 = {
 
96
    "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*",
 
97
    s_Blosum80PSM[0],
 
98
    -6
 
99
};