← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/embassy-domsearch/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to emboss_acd/seqnr.acd

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2012-06-22 10:03:24 UTC
  • mfrom: (1.1.3)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20120622100324-v9e98arr9zjtmitl
Tags: 1:0.1.0+20110714-1
* New upstream version
* debian/control:
   - Standards-Version: 3.9.3 (no changes needed)
   - debhelper version 9
   - Adapted versioned (build-)depends to latest emboss version
* added debian/compat: 9
* debian/source/format: 3.0 (quilt)
* debian/rules: short dh
* debian/copyright: DEP5 fixes

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
emboss_acd/seqnr.acd
5
5
  batch: "yes"
6
6
  cpu: "medium"
7
7
  embassy: "domsearch"
 
8
  relations: "EDAM:0000091 topic Data handling"
 
9
  relations: "EDAM:0000182 topic Sequence alignment"
 
10
  relations: "EDAM:0000290 operation Sequence redundancy removal"
8
11
]
9
12
 
10
13
section: input [
25
28
    default: "./"
26
29
    extension: "dhf"
27
30
    knowntype: "domain hits"
28
 
    relations:  "EDAM: EMBASSY domain hits report"                     
 
31
    relations: "EDAM:0001049 identifier Directory name"
 
32
    relations: "EDAM:0000849 data Sequence record"
 
33
    relations: "EDAM:0001219 format pure protein"
29
34
  ]
30
35
 
31
36
  toggle: dosing [
37
42
           (e.g. DHF files) to filter input. Optionally, up to two further
38
43
           directories of sequences may be read: these are considered in the
39
44
           redundancy calculation but never appear in the output files."
40
 
    relations: "EDAM: Generic boolean"                                     
 
45
    relations: "EDAM:0002527 data Parameter or primitive"
41
46
  ]
42
47
 
43
48
  directory: singletsdir [
53
58
    default: "./"
54
59
    extension: "dhf"
55
60
    knowntype: "domain hits filter"
56
 
    relations:  "EDAM: EMBASSY domain hits report"                     
 
61
    relations:  "EDAM:0001049 identifier Directory name"
 
62
    relations: "EDAM:0000849 data Sequence record"
 
63
    relations: "EDAM:0001219 format pure protein"
57
64
  ]
58
65
 
59
66
  toggle: dosets [
65
72
           (e.g. DHF files) to filter input. Optionally, up to two further
66
73
           directories of sequences may be read: these are considered in the
67
74
           redundancy calculation but never appear in the output files."
68
 
    relations: "EDAM: Generic boolean"                                     
 
75
    relations: "EDAM:0002527 data Parameter or primitive"
69
76
  ]
70
77
 
71
78
  directory: insetsdir [
82
89
    default: "./"
83
90
    extension: "daf"
84
91
    knowntype: "domain alignment"
85
 
    relations:  "EDAM: EMBASSY domain alignment file"                  
 
92
    relations:  "EDAM:0001049 identifier Directory name"
 
93
    relations:  "EDAM:0001384 data Sequence alignment (protein)"
86
94
  ]
87
95
 
88
96
  matrixf: matrix [
91
99
    help: "This option specifies the residue substitution matrix that
92
100
           is used for sequence comparison."
93
101
    default: "EBLOSUM62"
94
 
    relations: "EDAM: Float comparison matrix"                             
 
102
    relations: "EDAM:0001449 data Comparison matrix (amino acid)"
95
103
  ]
96
104
 
97
105
endsection: input
126
134
    codedelimiter: ":"
127
135
    header: "Redundancy removal options"
128
136
    information: "Select number."
129
 
    relations: "EDAM: Generic string array"                                
 
137
    relations: "EDAM:0002527 data Parameter or primitive"
130
138
  ]
131
139
 
132
140
  float: thresh [
138
146
           the redundancy calculation. If a pair of proteins achieve greater
139
147
           than this threshold the shortest sequence is discarded."
140
148
    default: "95.0"
141
 
    relations: "EDAM: Generic float"                                       
 
149
    relations: "EDAM:0002146 data Threshold"
142
150
  ]
143
151
 
144
152
  float: threshlow [
151
159
           proteins have a percentage sequence similarity that lies outside
152
160
           an acceptable range the shortest sequence is discarded."
153
161
    default: "30.0"
154
 
    relations: "EDAM: Generic float"                                       
 
162
    relations: "EDAM:0002146 data Threshold"
155
163
  ]
156
164
 
157
165
  float: threshup [
164
172
           proteins have a percentage sequence similarity that lies outside
165
173
           an acceptable range the shortest sequence is discarded."
166
174
    default: "90.0"
167
 
    relations: "EDAM: Generic float"                                       
 
175
    relations: "EDAM:0002146 data Threshold"
168
176
  ]
169
177
 
170
178
endsection: required
188
196
           default value assumes you are using the EBLOSUM62 matrix for
189
197
           protein sequences, and the EDNAFULL matrix for nucleotide
190
198
           sequences."
191
 
    relations: "EDAM: Generic float"                                       
 
199
    relations: "EDAM:0001397 data Gap opening penalty"
192
200
  ]
193
201
 
194
202
  float: gapextend [
205
213
           Usually you will expect a few long gaps rather than many short
206
214
           gaps, so the gap extension penalty should be lower than the gap
207
215
           penalty."
208
 
    relations: "EDAM: Generic float"                                       
 
216
    relations: "EDAM:0001398 data Gap extension penalty"
209
217
  ]
210
218
 
211
219
endsection: additional
228
236
    default: "./"
229
237
    extension: "dhf"
230
238
    knowntype: "domain hits"
231
 
    relations:  "EDAM: EMBASSY domain hits report"                     
 
239
    relations:  "EDAM:0001049 identifier Directory name"
 
240
    relations: "EDAM:0000849 data Sequence record"
 
241
    relations: "EDAM:0001219 format pure protein"
232
242
  ]
233
243
 
234
244
  toggle: dored [
238
248
           sequences. If this option is set a DHF file (domain hits file) of
239
249
           redundant sequences is written."
240
250
    default: "N"
241
 
    relations: "EDAM: Generic boolean"                                     
 
251
    relations: "EDAM:0002527 data Parameter or primitive"
242
252
  ]
243
253
 
244
254
  outdir: redoutdir [
254
264
    default: "./"
255
265
    knowntype: "domain hits"
256
266
    extension: "dhf"
257
 
    relations:  "EDAM: EMBASSY domain hits report"                     
 
267
    relations:  "EDAM:0001049 identifier Directory name"
 
268
    relations: "EDAM:0000849 data Sequence record"
 
269
    relations: "EDAM:0001219 format pure protein"
258
270
  ]
259
271
 
260
272
  outfile: logfile [
265
277
           The log file contains messages about any errors arising while
266
278
           SEQNR ran."
267
279
    knowntype: "domainatrix log"
268
 
    relations:  "EDAM: Domainatrix log file"                           
 
280
    relations:  "EDAM:0001678 data Tool log"
269
281
  ]
270
282
 
271
283
endsection: output