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~ubuntu-branches/debian/wheezy/abyss/wheezy

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Viewing changes to .pc/abyss-pe/bin/abyss-pe

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Shaun Jackman
  • Date: 2012-05-31 11:39:13 UTC
  • mfrom: (1.1.5)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20120531113913-39atrfritvjevhv6
Tags: 1.3.4-1
* New upstream release.
* debian/copyright: Add CityHash, which has an Expat license.
* debian/control: Bump Standards-Version to 3.9.3.1.

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removed removed

Lines of Context:
.pc/abyss-pe/bin/abyss-pe
66
66
endif
67
67
endif
68
68
 
 
69
# Integrate with SLURM
 
70
ifdef SLURM_JOB_NAME
 
71
name?=$(SLURM_JOB_NAME)
 
72
endif
 
73
ifdef SLURM_JOBID
 
74
k?=$(SLURM_JOBID)
 
75
endif
 
76
ifdef SLURM_NTASKS
 
77
np?=$(SLURM_NTASKS)
 
78
endif
 
79
 
69
80
# Determine the path to mpirun
70
81
mpirun?=$(shell which mpirun)
71
82
ifeq ($(mpirun),)
134
145
endif
135
146
 
136
147
# AdjList parameters
137
 
m?=30
 
148
m?=50
138
149
 
139
150
# PopBubbles parameters
140
151
p?=0.9
220
231
 
221
232
version:
222
233
        @printf '\
223
 
abyss-pe (ABySS) 1.3.3\n\
 
234
abyss-pe (ABySS) 1.3.4\n\
224
235
Written by Shaun Jackman.\n\
225
236
\n\
226
237
Copyright 2012 Canada'\''s Michael Smith Genome Science Centre\n'
530
541
endif
531
542
$(name)-stats:
532
543
        abyss-fac $(FAC_OPTIONS) $^ |tee $@
 
544
 
 
545
# Create an AGP file and FASTA file of scaftigs from scaffolds
 
546
 
 
547
%.agp %-agp.fa: %.fa
 
548
        abyss-fatoagp $(FATOAGP_OPTIONS) -f $*-agp.fa $< >$*.agp
 
549
 
 
550
# Align the contigs to the reference
 
551
 
 
552
%-$(ref).sam.gz: %.fa
 
553
        bwa bwasw -t$j $(BWASW_OPTIONS) $($(ref)) $< |gzip >$@
 
554
 
 
555
# Find breakpoints in the alignments
 
556
 
 
557
%.break: %.sam.gz
 
558
        sam2break $(SAM2BREAK_OPTIONS) $< >$@