← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/edgy/bioperl/edgy

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/SeqPattern.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Matt Hope
  • Date: 2002-03-20 01:16:30 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20020320011630-wyvmxwc7o5bi4665
Tags: upstream-1.0
Import upstream version 1.0

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/SeqPattern.t
 
1
# -*-Perl-*-
 
2
## Bioperl Test Harness Script for Modules
 
3
##
 
4
 
 
5
use strict;
 
6
BEGIN {
 
7
    # to handle systems with no installed Test module
 
8
    # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
 
9
    # as a fallback
 
10
    eval { require Test; };
 
11
    if( $@ ) {
 
12
        use lib 't';
 
13
    }
 
14
    use Test;
 
15
    plan tests => 6;
 
16
}
 
17
 
 
18
use Bio::Tools::SeqPattern;
 
19
 
 
20
my ( $pattern,$pattern_obj,$pattern_obj2, $pattern_obj3);
 
21
 
 
22
$pattern     = '(CCCCT)N{1,200}(agyyg)N{1,80}(ag)';
 
23
$pattern_obj = new Bio::Tools::SeqPattern(-SEQ =>$pattern, -TYPE =>'dna');
 
24
ok defined($pattern_obj) && ref($pattern_obj) && $pattern_obj->isa('Bio::Tools::SeqPattern');
 
25
 
 
26
$pattern_obj2  = $pattern_obj->revcom();
 
27
ok $pattern_obj2->str, '(CT)N(CRRCT){1,80}N(AGGGG){1,200}';
 
28
 
 
29
$pattern_obj3 = $pattern_obj->revcom(1);
 
30
ok $pattern_obj3->str, '(CT).{1,80}(C[GA][GA]CT).(AGGGG){1,200}';
 
31
 
 
32
$pattern     = '(CCCCT)N{1,200}(agyyg)N{1,80}(bb)'; # test protein object expand
 
33
$pattern_obj = new Bio::Tools::SeqPattern(-SEQ =>$pattern, -TYPE =>'protein');
 
34
ok defined($pattern_obj) && ref($pattern_obj) && $pattern_obj->isa('Bio::Tools::SeqPattern');
 
35
 
 
36
ok $pattern_obj2->expand, '(CT).(C[AG][AG]CT){1,80}.(AGGGG){1,200}';
 
37
 
 
38
# amino patterns
 
39
 
 
40
$pattern = 'ABZH';
 
41
$pattern_obj2 = new Bio::Tools::SeqPattern(-SEQ =>$pattern, 
 
42
                                           -TYPE =>'amino');
 
43
ok $pattern_obj2->expand, 'A[EQ][DN]H';