← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/edgy/bioperl/edgy

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/cysprot.msf

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Matt Hope
  • Date: 2002-03-20 01:16:30 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20020320011630-wyvmxwc7o5bi4665
Tags: upstream-1.0
Import upstream version 1.0

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/cysprot.msf
 
1
PileUp
 
2
 
 
3
 
 
4
 
 
5
   MSF:  393  Type: P    Check:  3400   .. 
 
6
 
 
7
 Name: CATH_HUMAN oo  Len:  393  Check:  4989  Weight:  10.0
 
8
 Name: CATH_RAT oo  Len:  393  Check:  6434  Weight:  10.6
 
9
 Name: ALEU_HORVU oo  Len:  393  Check:  5288  Weight:  16.7
 
10
 Name: PAPA_CARPA oo  Len:  393  Check:  3242  Weight:  18.9
 
11
 Name: CATL_HUMAN oo  Len:  393  Check:  4708  Weight:  12.2
 
12
 Name: CATL_RAT oo  Len:  393  Check:  6797  Weight:  12.2
 
13
 Name: CYS1_DICDI oo  Len:  393  Check:  1942  Weight:  18.9
 
14
 
 
15
//
 
16
 
 
17
 
 
18
 
 
19
CATH_HUMAN      ....MWATLP LLCAGAWLLG VPVCGAAELS VN........ .......... 
 
20
CATH_RAT        ....MWTALP LLCAGAWLLS AGAT..AELT VN........ .......... 
 
21
ALEU_HORVU      ....MAHARV LLLALAVLAT AAVAVASSSS FADSNPIRPV TDRAASTLES 
 
22
PAPA_CARPA      MAMIPSISKL LFVAICLFVY MGLSFGDFSI VG........ .........Y 
 
23
CATL_HUMAN      ......MNPT LILAAFCLGI ASATLTFDHS LE........ .......... 
 
24
CATL_RAT        ......MTPL LLLAVLCLGT ALATPKFDQT FN........ .......... 
 
25
CYS1_DICDI      ......MKVI LLFVLAVFTV FVSSRGIPPE EQ........ .......... 
 
26
 
 
27
 
 
28
CATH_HUMAN      ........SL EKFHFKSWMS KHRKTYS.TE EYHHRLQTFA SNWRKINAHN 
 
29
CATH_RAT        ........AI EKFHFTSWMK QHQKTYS.SR EYSHRLQVFA NNWRKIQAHN 
 
30
ALEU_HORVU      AVLGALGRTR HALRFARFAV RYGKSYESAA EVRRRFRIFS ESLEEVRSTN 
 
31
PAPA_CARPA      SQNDLTSTER LIQLFESWML KHNKIYKNID EKIYRFEIFK DNLKYIDETN 
 
32
CATL_HUMAN      .......... ..AQWTKWKA MHNRLYG.MN EEGWRRAVWE KNMKMIELHN 
 
33
CATL_RAT        .......... ..AQWHQWKS THRRLYG.TN EEEWRRAVWE KNMRMIQLHN 
 
34
CYS1_DICDI      .......... ..SQFLEFQD KFNKKYS.HE EYLERFEIFK SNLGKIEELN 
 
35
 
 
36
 
 
37
CATH_HUMAN      ....NGNHTF KMALNQFSDM SFAEIKHKYL WSEPQNCSAT KS..NYLRGT 
 
38
CATH_RAT        ....QRNHTF KMGLNQFSDM SFAEIKHKYL WSEPQNCSAT KS..NYLRGT 
 
39
ALEU_HORVU      ....RKGLPY RLGINRFSDM SWEEFQATRL G.AAQTCSAT LAGNHLMRDA 
 
40
PAPA_CARPA      ....KKNNSY WLGLNVFADM SNDEFKEKYT GSIAGNYTTT ELSYEEVLND 
 
41
CATL_HUMAN      QEYREGKHSF TMAMNAFGDM TSEEFRQVMN GFQ....NRK PRKGKVFQEP 
 
42
CATL_RAT        GEYSNGKHGF TMEMNAFGDM TNEEFRQIVN GYR....HQK HKKGRLFQEP 
 
43
CYS1_DICDI      LIAINHKADT KFGVNKFADL SSDEFKNYYL NNKEAIFTDD LPVADYLDDE 
 
44
 
 
45
 
 
46
CATH_HUMAN      G..PYPPSVD WRKKGNFVSP VKNQGACGSC WTFSTTGALE SAIAIATGKM 
 
47
CATH_RAT        G..PYPSSMD WRKKGNVVSP VKNQGACGSC WTFSTTGALE SAVAIASGKM 
 
48
ALEU_HORVU      A..ALPETKD WREDG.IVSP VKNQAHCGSC WTFSTTGALE AAYTQATGKN 
 
49
PAPA_CARPA      GDVNIPEYVD WRQKG.AVTP VKNQGSCGSC WAFSAVVTIE GIIKIRTGNL 
 
50
CATL_HUMAN      LFYEAPRSVD WREKG.YVTP VKNQGQCGSC WAFSATGALE GQMFRKTGRL 
 
51
CATL_RAT        LMLQIPKTVD WREKG.CVTP VKNQGQCGSC WAFSASGCLE GQMFLKTGKL 
 
52
CYS1_DICDI      FINSIPTAFD WRTRG.AVTP VKNQGQCGSC WSFSTTGNVE GQHFISQNKL 
 
53
 
 
54
 
 
55
CATH_HUMAN      LSLAEQQLVD CAQDF..... ...NNYGCQG GLPSQAFEYI LYNKGIMGED 
 
56
CATH_RAT        MTLAEQQLVD CAQNF..... ...NNHGCQG GLPSQAFEYI LYNKGIMGED 
 
57
ALEU_HORVU      ISLSEQQLVD CAGGF..... ...NNFGCNG GLPSQAFEYI KYNGGIDTEE 
 
58
PAPA_CARPA      NEYSEQELLD CDR....... ...RSYGCNG GYPWSALQLV AQYG.IHYRN 
 
59
CATL_HUMAN      ISLSEQNLVD CSGP....QG ....NEGCNG GLMDYAFQYV QDNGGLDSEE 
 
60
CATL_RAT        ISLSEQNLVD CSHD....QG ....NQGCNG GLMDFAFQYI KENGGLDSEE 
 
61
CYS1_DICDI      VSLSEQNLVD CDHECMEYEG EEACDEGCNG GLQPNAYNYI IKNGGIQTES 
 
62
 
 
63
 
 
64
CATH_HUMAN      TYPYQGKDGY .CKFQPGKAI GFVKDVANIT IYDEEAMVEA VALYNPVSFA 
 
65
CATH_RAT        SYPYIGKNGQ .CKFNPEKAV AFVKNVVNIT LNDEAAMVEA VALYNPVSFA 
 
66
ALEU_HORVU      SYPYKGVNGV .CHYKAENAA VQVLDSVNIT LNAEDELKNA VGLVRPVSVA 
 
67
PAPA_CARPA      TYPYEGVQRY .CRSREKGPY AAKTDGVRQV QPYNEGALLY SIANQPVSVV 
 
68
CATL_HUMAN      SYPYEATEES .CKYNPKYSV ANDTGFVDIP K.QEKALMKA VATVGPISVA 
 
69
CATL_RAT        SYPYEAKDGS .CKYRAEYAV ANDTGFVDIP Q.QEKALMKA VATVGPISVA 
 
70
CYS1_DICDI      SYPYTAETGT QCNFNSANIG AKISNFTMIP K.NETVMAGY IVSTGPLAIA 
 
71
 
 
72
 
 
73
CATH_HUMAN      FEVT.QDFMM YRTGIYSSTS CHKTPDKVNH AVLAVGYGEK NG.....IPY 
 
74
CATH_RAT        FEVT.EDFMM YKSGVYSSNS CHKTPDKVNH AVLAVGYGEQ NG.....LLY 
 
75
ALEU_HORVU      FQVI.DGFRQ YKSGVYTSDH CGTTPDDVNH AVLAVGYGVE NG.....VPY 
 
76
PAPA_CARPA      LEAAGKDFQL YRGGIFVG.. ..PCGNKVDH AVAAVGYGPN .........Y 
 
77
CATL_HUMAN      IDAGHESFLF YKEGIYFEPD ..CSSEDMDH GVLVVGYGFE STESDNNK.Y 
 
78
CATL_RAT        MDASHPSLQF YSSGIYYEPN ..CSSKDLDH GVLVVGYGYE GTDSNKDK.Y 
 
79
CYS1_DICDI      ADA..VEWQF YIGGVFDIP. ..CNPNSLDH GILIVGYSAK NTIFRKNMPY 
 
80
 
 
81
 
 
82
CATH_HUMAN      WIVKNSWGPQ WGMNGYFLIE RGK....NMC GLAACASYPI PLV
 
83
CATH_RAT        WIVKNSWGSN WGNNGYFLIE RGK....NMC GLAACASYPI PQV
 
84
ALEU_HORVU      WLIKNSWGAD WGDNGYFKME MGK....NMC AIATCASYPV VAA
 
85
PAPA_CARPA      ILIKNSWGTG WGENGYIRIK RGTGNSYGVC GLYTSSFYPV KN.
 
86
CATL_HUMAN      WLVKNSWGEE WGMGGYVKMA KDRR...NHC GIASAASYPT V..
 
87
CATL_RAT        WLVKNSWGKE WGMDGYIKIA KDRN...NHC GLATAASYPI VN.
 
88
CYS1_DICDI      WIVKNSWGAD WGEQGYIYLR RGK....NTC GVSNFVSTSI I..
 
89