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Viewing changes to api/utilpars.c

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Barry deFreese
  • Date: 2006-07-19 23:28:07 UTC
  • mfrom: (1.1.5 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060719232807-et3cdmcjgmnyleyx
Tags: 6.1.20060507-3ubuntu1
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removed removed

Lines of Context:
api/utilpars.c
3
3
*   -- all common routines for main programs in this directory
4
4
*
5
5
* $Log: utilpars.c,v $
 
6
* Revision 6.3  2006/01/31 22:31:49  kans
 
7
* added O for pyrrolysine and J for leu or ile ambiguity
 
8
*
6
9
* Revision 6.2  2001/12/06 17:00:41  kans
7
10
* TextSave takes size_t, not Int2, otherwise titin protein tries to allocate negative number
8
11
*
113
116
        "Gly", 'G',
114
117
        "His", 'H',
115
118
        "Ile", 'I',
116
 
        "Lys", 'K',  /* notice no 'J', breaks naive meaning of index -Karl */
 
119
        "Xle", 'J',  /* was - notice no 'J', breaks naive meaning of index -Karl */
 
120
        "Lys", 'K',
117
121
        "Leu", 'L',
118
122
        "Met", 'M',
119
123
        "Asn", 'N',
120
 
        "Pro", 'P',  /* no 'O' */
 
124
        "Pyl", 'O',  /* was - no 'O' */
 
125
        "Pro", 'P',
121
126
        "Gln", 'Q',
122
127
        "Arg", 'R',
123
128
        "Ser", 'S',
124
129
        "Thr", 'T',
125
130
        "Val", 'V',
126
131
        "Trp", 'W', 
127
 
        "Xxx", 'X', /* no U */
 
132
        "Sec", 'U', /* was - not in iupacaa */
 
133
        "Xxx", 'X',
128
134
        "Tyr", 'Y',
129
135
        "Glx", 'Z',
130
 
        "Sec", 'U', /* not in iupacaa */
131
136
        "TERM", '*', /* not in iupacaa */ /*changed by Tatiana 06.07.95?`*/
132
137
        "OTHER", 'X'};
133
138