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src/core/src/util_ov_annotated_dna/PanViewRows.h

 

1

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2

* Unipro UGENE - Integrated Bioinformatics Suite

 

3

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4

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*     GNU General Public License. See the files COPYING and LICENSE

 

8

*     for details.

 

9

*****************************************************************/

 

10

 

 

11

#ifndef  _GB2_PAN_VIEW_ROWS_H_

 

12

#define  _GB2_PAN_VIEW_ROWS_H_

 

13

 

 

14

#include <core_api/LRegion.h>

 

15

 

 

16

#include <QtCore/QString>

 

17

#include <QtCore/QMap>

 

18

#include <QtCore/QList>

 

19

 

 

20

namespace GB2 {

 

21

 

 

22

class Annotation;

 

23

 

 

24

class PVRowData {

 

25

public:

 

26

        PVRowData(const QString& _key) : key(_key), rowNum(-1), uptodate(true){}

 

27

 

 

28

        QString key;

 

29

    int rowNum;

 

30

    QList<LRegion> ranges;

 

31

    QList<Annotation*> annotations;

 

32

    bool uptodate;

 

33

};

 

34

 

 

35

class PVRowsManager {

 

36

public:    

 

37

        PVRowsManager() {}

 

38

    ~PVRowsManager();

 

39

 

 

40

    int addAnnotation(Annotation* f, const QString& key);

 

41

    void removeAnnotation(Annotation* f);

 

42

    

 

43

        int getNumRows() const;

 

44

    int getAnnotationRow(Annotation* f);

 

45

 

 

46

    bool contains(const QString& key) const;

 

47

 

 

48

    void resort();

 

49

    void clear();

 

50

    

 

51

        const QString& getRowKey(int rowNum) const;

 

52

        int getNumAnnotationsInRow(int rowNum) const;

 

53

 

 

54

private:

 

55

    bool isUpToDate() const;

 

56

    bool addToRow(Annotation* f, PVRowData* row);

 

57

    bool fitToRow(PVRowData* row, const LRegion& region);

 

58

 

 

59

    QList<PVRowData*> rows;

 

60

    QMap<Annotation*, PVRowData*> rowByAnnotaion;

 

61

};

 

62

 

 

63

 

 

64

} // namespace

 

65

 

 

66

#endif

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