← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/karmic/ugene/karmic

« back to all changes in this revision

Viewing changes to src/plugins_3rdparty/sitecon/src/DIProperties.cpp

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Ivan Efremov
  • Date: 2009-01-26 19:17:51 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090126191751-9kqqevd3yf4o098r
Tags: upstream-1.3.2+repack
Import upstream version 1.3.2+repack

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
src/plugins_3rdparty/sitecon/src/DIProperties.cpp
 
1
/*****************************************************************
 
2
* Unipro UGENE - Integrated Bioinformatics Suite
 
3
* Copyright (C) 2008 Unipro, Russia (http://ugene.unipro.ru)
 
4
* All Rights Reserved
 
5
* 
 
6
*     This source code is distributed under the terms of the
 
7
*     GNU General Public License. See the files COPYING and LICENSE
 
8
*     for details.
 
9
*****************************************************************/
 
10
 
 
11
#include "DIProperties.h"
 
12
 
 
13
#include <QtCore/QStringList>
 
14
#include <algorithm>
 
15
#include <math.h>
 
16
 
 
17
namespace GB2 {
 
18
 
 
19
static QStringList getStrProperties();
 
20
DinucleotitePropertyRegistry::DinucleotitePropertyRegistry() {
 
21
    //init all 38+ properties
 
22
    foreach(QString prop, getStrProperties()) {
 
23
        registerProperty(prop);
 
24
    }
 
25
}
 
26
 
 
27
DinucleotitePropertyRegistry::~DinucleotitePropertyRegistry() {
 
28
    foreach(DiProperty* d, props) {
 
29
        delete d;
 
30
    }
 
31
}
 
32
 
 
33
 
 
34
static void normalize(DiProperty* p);
 
35
 
 
36
void DinucleotitePropertyRegistry::registerProperty(const QString& str) {
 
37
    QMap<QString, QString> keys;
 
38
    float data[16];
 
39
    float defVal = -100000;
 
40
    qFill((float*)data, data + 16, defVal);
 
41
 
 
42
    QStringList lines = str.split('\n', QString::SkipEmptyParts);
 
43
    bool dimode = false;
 
44
    foreach(QString line, lines) {
 
45
        //printf("line=%s\n",line.toAscii().constData());
 
46
        if (dimode) {
 
47
            line = line.trimmed();
 
48
            assert(line.length() >= 4);
 
49
            char c1 = line[0].toAscii();
 
50
            char c2 = line[1].toAscii();
 
51
            int index = DiProperty::index(c1, c2);
 
52
            bool ok = true;
 
53
            float val = line.mid(3).toFloat(&ok);
 
54
            assert(ok);
 
55
            assert(data[index] == defVal);
 
56
            data[index] = val;
 
57
        } else {
 
58
            if (line.length() < 3) {
 
59
                continue;
 
60
            }
 
61
            char c =  line[2].toAscii();
 
62
            if (c == ' ') {
 
63
                keys[line.left(2)] = line.mid(3);
 
64
                continue;
 
65
            }
 
66
            assert(c == 'N' && line == "DINUCLEOTIDE");
 
67
            dimode = true;
 
68
        }
 
69
    }
 
70
 
 
71
    assert(std::count((float*)data, data + 16, defVal) == 0);
 
72
    
 
73
    DiProperty* p = new DiProperty();
 
74
    p->keys = keys;
 
75
    qCopy((float*)data, data + 16, (float*)p->original);
 
76
    normalize(p);
 
77
    props.append(p);
 
78
}
 
79
 
 
80
 
 
81
static void normalize(DiProperty* p) {
 
82
    float average = 0;
 
83
    for(int i=0; i < 16; i++) {
 
84
        average += p->original[i];
 
85
    }
 
86
    average/=16;
 
87
    p->average = average;
 
88
    
 
89
    float dispersion = 0;
 
90
    for (int i=0;i<16;i++) { 
 
91
        float v = p->original[i];
 
92
        dispersion+=(average - v)*(average - v);    
 
93
    }
 
94
    dispersion/=16;
 
95
    float sdeviation = sqrt(dispersion);
 
96
    p->sdeviation = sdeviation;
 
97
 
 
98
    for(int i=0; i< 16; i++) {
 
99
        p->normalized[i] = (p->original[i] - average) / sdeviation;
 
100
    }
 
101
}
 
102
 
 
103
static QStringList getStrProperties() {
 
104
//todo: move props to file
 
105
static const QString _properties= QString("") + "\
 
106
MI P0000001\n\
 
107
MN Conformational\n\
 
108
MD B-DNA\n\
 
109
ML dinucleotide step\n\
 
110
YY\n\
 
111
HN SCI00001\n\
 
112
YY\n\
 
113
RN RF000012\n\
 
114
RN RF000017\n\
 
115
XX\n\
 
116
PN Twist\n\
 
117
PM Calculated by Sklenar, and averaged by Ponomarenko\n\
 
118
PV TwistCalc\n\
 
119
PU Degree\n\
 
120
YY\n\
 
121
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/images/TWIST.html\n\
 
122
YY\n\
 
123
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/Tw00_bDNA.html\n\
 
124
YY\n\
 
125
DINUCLEOTIDE\n\
 
126
   AA 38.90\n\
 
127
   AT 33.81\n\
 
128
   AG 32.15\n\
 
129
   AC 31.12\n\
 
130
   TA 33.28\n\
 
131
   TT 38.90\n\
 
132
   TG 41.41\n\
 
133
   TC 41.31\n\
 
134
   GA 41.31\n\
 
135
   GT 31.12\n\
 
136
   GG 34.96\n\
 
137
   GC 38.50\n\
 
138
   CA 41.41\n\
 
139
   CT 32.15\n\
 
140
   CG 32.91\n\
 
141
   CC 34.96\n\
 
142
//"+"\n\
 
143
MI P0000002\n\
 
144
MN Conformational\n\
 
145
MD B-DNA\n\
 
146
ML dinucleotide step\n\
 
147
YY\n\
 
148
HN SCI00001\n\
 
149
YY\n\
 
150
RN RF000012\n\
 
151
RN RF000017\n\
 
152
XX\n\
 
153
PN Rise\n\
 
154
PM Calculated by Sklenar, and averaged by Ponomarenko\n\
 
155
PV RiseCalc\n\
 
156
PU Angstrom\n\
 
157
YY\n\
 
158
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/images/RISE.html\n\
 
159
YY\n\
 
160
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/Rs01_bDNA.html\n\
 
161
YY\n\
 
162
DINUCLEOTIDE\n\
 
163
   AA 3.16\n\
 
164
   AT 3.89\n\
 
165
   AG 3.63\n\
 
166
   AC 3.41\n\
 
167
   TA 3.21\n\
 
168
   TT 3.16\n\
 
169
   TG 3.23\n\
 
170
   TC 3.47\n\
 
171
   GA 3.47\n\
 
172
   GT 3.41\n\
 
173
   GG 4.08\n\
 
174
   GC 3.81\n\
 
175
   CA 3.23\n\
 
176
   CT 3.63\n\
 
177
   CG 3.60\n\
 
178
   CC 4.08\n\
 
179
//"+"\n\
 
180
MI P0000003\n\
 
181
MN Conformational\n\
 
182
MD B-DNA\n\
 
183
ML dinucleotide step\n\
 
184
YY\n\
 
185
HN SCI00001\n\
 
186
YY\n\
 
187
RN RF000012\n\
 
188
RN RF000017\n\
 
189
XX\n\
 
190
PN Bend\n\
 
191
PM Calculated by Sklenar, and averaged by Ponomarenko\n\
 
192
PV BendCalc\n\
 
193
PU Degree\n\
 
194
YY\n\
 
195
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/Bn02_bDNA.html\n\
 
196
YY\n\
 
197
DINUCLEOTIDE\n\
 
198
   AA 3.07\n\
 
199
   AT 2.60\n\
 
200
   AG 2.31\n\
 
201
   AC 2.97\n\
 
202
"
 
203
+
 
204
// 6.74 -> 3.07 for TA dinucleotide by Dmitri Oschepkov
 
205
"\
 
206
   TA 3.07\n\
 
207
   TT 3.07\n\
 
208
   TG 3.58\n\
 
209
   TC 2.51\n\
 
210
   GA 2.51\n\
 
211
   GT 2.97\n\
 
212
   GG 2.16\n\
 
213
   GC 3.06\n\
 
214
   CA 3.58\n\
 
215
   CT 2.31\n\
 
216
   CG 2.81\n\
 
217
   CC 2.16\n\
 
218
//"+"\n\
 
219
MI P0000004\n\
 
220
MN Conformational\n\
 
221
MD B-DNA\n\
 
222
ML dinucleotide step\n\
 
223
YY\n\
 
224
HN SCI00001\n\
 
225
YY\n\
 
226
RN RF000012\n\
 
227
RN RF000017\n\
 
228
XX\n\
 
229
PN Tip\n\
 
230
PM Calculated by Sklenar, and averaged by Ponomarenko\n\
 
231
PV TipCalc\n\
 
232
PU Degree\n\
 
233
YY\n\
 
234
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/images/TIP.html\n\
 
235
YY\n\
 
236
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/Tp03_bDNA.html\n\
 
237
YY\n\
 
238
DINUCLEOTIDE\n\
 
239
   AA 1.76\n\
 
240
   AT 1.87\n\
 
241
   AG 0.90\n\
 
242
   AC 2.00\n\
 
243
   TA 6.70\n\
 
244
   TT 1.76\n\
 
245
   TG -1.64\n\
 
246
   TC 1.35\n\
 
247
   GA 1.35\n\
 
248
   GT 2.00\n\
 
249
   GG 0.71\n\
 
250
   GC 2.50\n\
 
251
   CA -1.64\n\
 
252
   CT 0.90\n\
 
253
   CG 0.22\n\
 
254
   CC 0.71\n\
 
255
//"+"\n\
 
256
MI P0000005\n\
 
257
MN Conformational\n\
 
258
MD B-DNA\n\
 
259
ML dinucleotide step\n\
 
260
YY\n\
 
261
HN SCI00001\n\
 
262
YY\n\
 
263
RN RF000012\n\
 
264
RN RF000017\n\
 
265
XX\n\
 
266
PN Inclination\n\
 
267
PM Calculated by Sklenar, and averaged by Ponomarenko\n\
 
268
PV IncCalc\n\
 
269
PU Degree\n\
 
270
YY\n\
 
271
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/images/INCLIN.html\n\
 
272
YY\n\
 
273
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/In04_bDNA.html\n\
 
274
YY\n\
 
275
DINUCLEOTIDE\n\
 
276
   AA -1.43\n\
 
277
   AT 0.00\n\
 
278
   AG -0.92\n\
 
279
   AC -0.11\n\
 
280
   TA 0.00\n\
 
281
   TT 1.43\n\
 
282
   TG -1.31\n\
 
283
   TC 0.33\n\
 
284
   GA -0.33\n\
 
285
   GT 0.11\n\
 
286
   GG 1.11\n\
 
287
   GC 0.00\n\
 
288
   CA 1.31\n\
 
289
   CT 0.92\n\
 
290
   CG 0.00\n\
 
291
   CC -1.11\n\
 
292
//"+"\n\
 
293
MI P0000006\n\
 
294
MN Conformational\n\
 
295
MD B-DNA\n\
 
296
ML dinucleotide step\n\
 
297
YY\n\
 
298
HN SCI00001\n\
 
299
YY\n\
 
300
RN RF000012\n\
 
301
RN RF000017\n\
 
302
XX\n\
 
303
PN Major groove width\n\
 
304
PM Calculated by Sklenar, and averaged by Ponomarenko\n\
 
305
PV WmajCalc\n\
 
306
PU Angstrom\n\
 
307
YY\n\
 
308
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/MW05_bDNA.html\n\
 
309
YY\n\
 
310
DINUCLEOTIDE\n\
 
311
   AA 12.15\n\
 
312
   AT 12.87\n\
 
313
   AG 13.51\n\
 
314
   AC 12.37\n\
 
315
   TA 12.32\n\
 
316
   TT 12.15\n\
 
317
   TG 13.58\n\
 
318
   TC 13.93\n\
 
319
   GA 13.93\n\
 
320
   GT 12.37\n\
 
321
   GG 15.49\n\
 
322
   GC 14.55\n\
 
323
   CA 13.58\n\
 
324
   CT 13.51\n\
 
325
   CG 14.42\n\
 
326
   CC 15.49\n\
 
327
//"+"\n\
 
328
MI P0000007\n\
 
329
MN Conformational\n\
 
330
MD B-DNA\n\
 
331
ML dinucleotide step\n\
 
332
YY\n\
 
333
HN SCI00001\n\
 
334
YY\n\
 
335
RN RF000012\n\
 
336
RN RF000017\n\
 
337
XX\n\
 
338
PN Major groove depth\n\
 
339
PM Calculated by Sklenar, and averaged by Ponomarenko\n\
 
340
PV DmajCalc\n\
 
341
PU Angstrom\n\
 
342
YY\n\
 
343
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/MD06_bDNA.html\n\
 
344
YY\n\
 
345
DINUCLEOTIDE\n\
 
346
   AA 9.12\n\
 
347
   AT 8.96\n\
 
348
   AG 8.96\n\
 
349
   AC 9.41\n\
 
350
   TA 9.60\n\
 
351
   TT 9.12\n\
 
352
   TG 8.67\n\
 
353
   TC 8.76\n\
 
354
   GA 8.76\n\
 
355
   GT 9.41\n\
 
356
   GG 8.45\n\
 
357
   GC 8.67\n\
 
358
   CA 8.67\n\
 
359
   CT 8.96\n\
 
360
   CG 8.81\n\
 
361
   CC 8.45\n\
 
362
//"+"\n\
 
363
MI P0000008\n\
 
364
MN Conformational\n\
 
365
MD B-DNA\n\
 
366
ML dinucleotide step\n\
 
367
YY\n\
 
368
HN SCI00001\n\
 
369
YY\n\
 
370
RN RF000012\n\
 
371
RN RF000017\n\
 
372
XX\n\
 
373
PN Minor groove width\n\
 
374
PM Calculated by Sklenar, and averaged by Ponomarenko\n\
 
375
PV WminCalc\n\
 
376
PU Angstrom\n\
 
377
YY\n\
 
378
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/mw07_bDNA.html\n\
 
379
YY\n\
 
380
DINUCLEOTIDE\n\
 
381
   AA 5.30\n\
 
382
   AT 5.31\n\
 
383
   AG 5.19\n\
 
384
   AC 6.04\n\
 
385
   TA 6.40\n\
 
386
   TT 5.30\n\
 
387
   TG 4.79\n\
 
388
   TC 4.71\n\
 
389
   GA 4.71\n\
 
390
   GT 6.04\n\
 
391
   GG 4.62\n\
 
392
   GC 4.74\n\
 
393
   CA 4.79\n\
 
394
   CT 5.19\n\
 
395
   CG 5.16\n\
 
396
   CC 4.62\n\
 
397
//"+"\n\
 
398
MI P0000009\n\
 
399
MN Conformational\n\
 
400
MD B-DNA\n\
 
401
ML dinucleotide step\n\
 
402
YY\n\
 
403
HN SCI00001\n\
 
404
YY\n\
 
405
RN RF000012\n\
 
406
RN RF000017\n\
 
407
XX\n\
 
408
PN Minor groove depth\n\
 
409
PM Calculated by Sklenar, and averaged by Ponomarenko\n\
 
410
PV DminCalc\n\
 
411
PU Angstrom\n\
 
412
YY\n\
 
413
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/md08_bDNA.html\n\
 
414
YY\n\
 
415
DINUCLEOTIDE\n\
 
416
   AA 9.03\n\
 
417
   AT 8.91\n\
 
418
   AG 8.98\n\
 
419
   AC 8.79\n\
 
420
   TA 9.00\n\
 
421
   TT 9.03\n\
 
422
   TG 9.09\n\
 
423
   TC 9.11\n\
 
424
   GA 9.11\n\
 
425
   GT 8.79\n\
 
426
   GG 8.99\n\
 
427
   GC 8.98\n\
 
428
   CA 9.09\n\
 
429
   CT 8.98\n\
 
430
   CG 9.06\n\
 
431
   CC 8.99\n\
 
432
//"+"\n\
 
433
MI P0000010\n\
 
434
MN Conformational\n\
 
435
MD Free DNA\n\
 
436
ML dinucleotide step\n\
 
437
YY\n\
 
438
HN SCI00001\n\
 
439
YY\n\
 
440
RN RF000013\n\
 
441
XX\n\
 
442
PN Roll\n\
 
443
PM Averaged for X-rays\n\
 
444
PV RollFree\n\
 
445
PU Degree\n\
 
446
YY\n\
 
447
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/images/ROLL.html\n\
 
448
YY\n\
 
449
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/Rl09_bDNA.html\n\
 
450
YY\n\
 
451
DINUCLEOTIDE\n\
 
452
   AA 0.3\n\
 
453
   AT -0.8\n\
 
454
   AG 4.5\n\
 
455
   AC 0.5\n\
 
456
   TA 2.8\n\
 
457
   TT 0.3\n\
 
458
   TG 0.5\n\
 
459
   TC -1.3\n\
 
460
   GA -1.3\n\
 
461
   GT 0.5\n\
 
462
   GG 6.0\n\
 
463
   GC -6.2\n\
 
464
   CA 0.5\n\
 
465
   CT 4.5\n\
 
466
   CG -6.2\n\
 
467
   CC 6.0\n\
 
468
//"+"\n\
 
469
MI P0000011\n\
 
470
MN Conformational\n\
 
471
MD Free DNA\n\
 
472
ML dinucleotide step\n\
 
473
YY\n\
 
474
HN SCI00001\n\
 
475
YY\n\
 
476
RN RF000013\n\
 
477
XX\n\
 
478
PN Twist\n\
 
479
PM Averaged for X-rays\n\
 
480
PV TwistFree\n\
 
481
PU Degree\n\
 
482
YY\n\
 
483
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/images/TWIST.html\n\
 
484
YY\n\
 
485
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/Tw10_bDNA.html\n\
 
486
YY\n\
 
487
DINUCLEOTIDE\n\
 
488
   AA 35.3\n\
 
489
   AT 31.2\n\
 
490
   AG 31.2\n\
 
491
   AC 32.6\n\
 
492
   TA 40.5\n\
 
493
   TT 35.3\n\
 
494
   TG 32.6\n\
 
495
   TC 40.3\n\
 
496
   GA 40.3\n\
 
497
   GT 32.6\n\
 
498
   GG 33.3\n\
 
499
   GC 37.3\n\
 
500
   CA 39.2\n\
 
501
   CT 31.2\n\
 
502
   CG 36.6\n\
 
503
   CC 33.3\n\
 
504
//"+"\n\
 
505
MI P0000012\n\
 
506
MN Conformational\n\
 
507
MD Free DNA\n\
 
508
ML dinucleotide step\n\
 
509
YY\n\
 
510
HN SCI00001\n\
 
511
YY\n\
 
512
RN RF000013\n\
 
513
XX\n\
 
514
PN Tilt\n\
 
515
PM Averaged for X-rays\n\
 
516
PV TiltFree\n\
 
517
PU Degree\n\
 
518
YY\n\
 
519
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/images/TILT.html\n\
 
520
YY\n\
 
521
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/Tl11_bDNA.html\n\
 
522
YY\n\
 
523
DINUCLEOTIDE\n\
 
524
   AA 0.5\n\
 
525
   AT 0.0\n\
 
526
   AG 2.8\n\
 
527
   AC 0.1\n\
 
528
   TA 0.0\n\
 
529
   TT 0.5\n\
 
530
   TG -0.7\n\
 
531
   TC 0.9\n\
 
532
   GA 0.9\n\
 
533
   GT 0.1\n\
 
534
   GG 2.7\n\
 
535
   GC 0.0\n\
 
536
   CA -0.7\n\
 
537
   CT 2.8\n\
 
538
   CG 0.0\n\
 
539
   CC 2.7\n\
 
540
//"+"\n\
 
541
MI P0000013\n\
 
542
MN Conformational\n\
 
543
MD Free DNA\n\
 
544
ML dinucleotide step\n\
 
545
YY\n\
 
546
HN SCI00001\n\
 
547
YY\n\
 
548
RN RF000013\n\
 
549
XX\n\
 
550
PN Slide\n\
 
551
PM Averaged for X-rays\n\
 
552
PV SlideFree\n\
 
553
PU Angstrom\n\
 
554
YY\n\
 
555
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/images/SLIDE.html\n\
 
556
YY\n\
 
557
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/Sl12_bDNA.html\n\
 
558
YY\n\
 
559
DINUCLEOTIDE\n\
 
560
   AA -0.1\n\
 
561
   AT -0.4\n\
 
562
   AG 0.4\n\
 
563
   AC -0.2\n\
 
564
   TA 0.9\n\
 
565
   TT -0.1\n\
 
566
   TG 1.6\n\
 
567
   TC 0.0\n\
 
568
   GA 0.0\n\
 
569
   GT -0.2\n\
 
570
   GG 0.8\n\
 
571
   GC 0.4\n\
 
572
   CA 1.6\n\
 
573
   CT 0.4\n\
 
574
   CG 0.7\n\
 
575
   CC 0.8\n\
 
576
//"+"\n\
 
577
MI P0000014\n\
 
578
MN Conformational\n\
 
579
MD DNA/protein-complex\n\
 
580
ML dinucleotide step\n\
 
581
YY\n\
 
582
HN SCI00001\n\
 
583
YY\n\
 
584
RN RF000013\n\
 
585
XX\n\
 
586
PN Roll\n\
 
587
PM Averaged for X-rays\n\
 
588
PV RollCompl\n\
 
589
PU Degree\n\
 
590
YY\n\
 
591
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/images/ROLL.html\n\
 
592
YY\n\
 
593
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/Rl13_bDNA.html\n\
 
594
YY\n\
 
595
DINUCLEOTIDE\n\
 
596
   AA 0.8\n\
 
597
   AT 0.0\n\
 
598
   AG 5.6\n\
 
599
   AC -0.2\n\
 
600
   TA 2.7\n\
 
601
   TT 0.8\n\
 
602
   TG 6.4\n\
 
603
   TC 2.4\n\
 
604
   GA 2.4\n\
 
605
   GT -0.2\n\
 
606
   GG 3.3\n\
 
607
   GC -2.0\n\
 
608
   CA 6.4\n\
 
609
   CT 5.6\n\
 
610
   CG 6.5\n\
 
611
   CC 3.3\n\
 
612
//"+"\n\
 
613
MI P0000015\n\
 
614
MN Conformational\n\
 
615
MD DNA/protein-complex\n\
 
616
ML dinucleotide step\n\
 
617
YY\n\
 
618
HN SCI00001\n\
 
619
YY\n\
 
620
RN RF000013\n\
 
621
XX\n\
 
622
PN Twist\n\
 
623
PM Averaged for X-rays\n\
 
624
PV TwistCompl\n\
 
625
PU Degree\n\
 
626
YY\n\
 
627
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/images/TWIST.html\n\
 
628
YY\n\
 
629
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/Tw14_bDNA.html\n\
 
630
YY\n\
 
631
DINUCLEOTIDE\n\
 
632
   AA 35.6\n\
 
633
   AT 29.3\n\
 
634
   AG 31.9\n\
 
635
   AC 31.1\n\
 
636
   TA 39.5\n\
 
637
   TT 35.6\n\
 
638
   TG 36.0\n\
 
639
   TC 35.9\n\
 
640
   GA 35.9\n\
 
641
   GT 31.1\n\
 
642
   GG 33.3\n\
 
643
   GC 34.6\n\
 
644
   CA 35.9\n\
 
645
   CT 31.9\n\
 
646
   CG 34.9\n\
 
647
   CC 33.3\n\
 
648
//"+"\n\
 
649
MI P0000016\n\
 
650
MN Conformational\n\
 
651
MD DNA/protein-complex\n\
 
652
ML dinucleotide step\n\
 
653
YY\n\
 
654
HN SCI00002\n\
 
655
YY\n\
 
656
RN RF000013\n\
 
657
XX\n\
 
658
PN Tilt\n\
 
659
PM Averaged for X-rays\n\
 
660
PV TiltCompl\n\
 
661
PU Degree\n\
 
662
YY\n\
 
663
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/images/TILT.html\n\
 
664
YY\n\
 
665
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/Tl15_bDNA.html\n\
 
666
YY\n\
 
667
DINUCLEOTIDE\n\
 
668
   AA 1.9\n\
 
669
   AT 0.0\n\
 
670
   AG 1.3\n\
 
671
   AC 0.3\n\
 
672
   TA 0.0\n\
 
673
   TT 1.9\n\
 
674
   TG 0.3\n\
 
675
   TC 1.7\n\
 
676
   GA 1.7\n\
 
677
   GT -0.1\n\
 
678
   GG 1.0\n\
 
679
   GC 0.0\n\
 
680
   CA 0.3\n\
 
681
   CT 1.3\n\
 
682
   CG 0.0\n\
 
683
   CC 1.0\n\
 
684
//"+"\n\
 
685
MI P0000017\n\
 
686
MN Conformational\n\
 
687
MD DNA/protein-complex\n\
 
688
ML dinucleotide step\n\
 
689
YY\n\
 
690
HN SCI00002\n\
 
691
YY\n\
 
692
RN RF000013\n\
 
693
XX\n\
 
694
PN Slide\n\
 
695
PM Averaged for X-rays\n\
 
696
PV SlideCompl\n\
 
697
PU Angstrom\n\
 
698
YY\n\
 
699
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/images/SLIDE.html\n\
 
700
YY\n\
 
701
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/Sl16_bDNA.html\n\
 
702
YY\n\
 
703
DINUCLEOTIDE\n\
 
704
   AA 0.1\n\
 
705
   AT -0.7\n\
 
706
   AG -0.3\n\
 
707
   AC -0.6\n\
 
708
   TA 0.1\n\
 
709
   TT 0.1\n\
 
710
   TG 0.4\n\
 
711
   TC 0.1\n\
 
712
   GA 0.1\n\
 
713
   GT -0.6\n\
 
714
   GG -0.1\n\
 
715
   GC -0.3\n\
 
716
   CA 0.4\n\
 
717
   CT -0.3\n\
 
718
   CG 0.7\n\
 
719
   CC -0.1\n\
 
720
//"+"\n\
 
721
MI P0000018\n\
 
722
MN Conformational\n\
 
723
MD B-DNA\n\
 
724
ML dinucleotide step\n\
 
725
YY\n\
 
726
HN SCI00002\n\
 
727
YY\n\
 
728
RN RF000014\n\
 
729
XX\n\
 
730
PN Twist\n\
 
731
PM Regressed for X-rays\n\
 
732
PV TwistRegr\n\
 
733
PU Degree\n\
 
734
YY\n\
 
735
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/images/TWIST.html\n\
 
736
YY\n\
 
737
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/Tw17_bDNA.html\n\
 
738
YY\n\
 
739
DINUCLEOTIDE\n\
 
740
   AA 35.62\n\
 
741
   AT 31.50\n\
 
742
   AG 27.70\n\
 
743
   AC 34.40\n\
 
744
   TA 36.00\n\
 
745
   TT 35.62\n\
 
746
   TG 34.50\n\
 
747
   TC 36.90\n\
 
748
   GA 36.90\n\
 
749
   GT 34.40\n\
 
750
   GG 33.67\n\
 
751
   GC 40.00\n\
 
752
   CA 34.50\n\
 
753
   CT 27.70\n\
 
754
   CG 29.80\n\
 
755
   CC 33.67\n\
 
756
//"+"\n\
 
757
MI P0000019\n\
 
758
MN Conformational\n\
 
759
MD B-DNA\n\
 
760
ML dinucleotide step\n\
 
761
YY\n\
 
762
HN SCI00002\n\
 
763
YY\n\
 
764
RN RF000014\n\
 
765
XX\n\
 
766
PN Wedge\n\
 
767
PM Regressed for X-rays\n\
 
768
PV WedgeRegr\n\
 
769
PU Degree\n\
 
770
YY\n\
 
771
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/images/WEDGE.html\n\
 
772
YY\n\
 
773
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/Wd18_bDNA.html\n\
 
774
YY\n\
 
775
DINUCLEOTIDE\n\
 
776
   AA 7.2\n\
 
777
   AT 2.6\n\
 
778
   AG 8.4\n\
 
779
   AC 1.1\n\
 
780
   TA 0.9\n\
 
781
   TT 7.2\n\
 
782
   TG 3.5\n\
 
783
   TC 5.3\n\
 
784
   GA 5.3\n\
 
785
   GT 1.1\n\
 
786
   GG 2.1\n\
 
787
   GC 5.0\n\
 
788
   CA 3.5\n\
 
789
   CT 8.4\n\
 
790
   CG 6.7\n\
 
791
   CC 2.1\n\
 
792
//"+"\n\
 
793
MI P0000020\n\
 
794
MN Conformational\n\
 
795
MD B-DNA\n\
 
796
ML dinucleotide step\n\
 
797
YY\n\
 
798
HN SCI00002\n\
 
799
YY\n\
 
800
RN RF000014\n\
 
801
XX\n\
 
802
PN Direction\n\
 
803
PM Regressed for X-rays\n\
 
804
PV DirectionRegr\n\
 
805
PU Degree\n\
 
806
YY\n\
 
807
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/images/WEDGE.html\n\
 
808
YY\n\
 
809
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/Dr19_bDNA.html\n\
 
810
YY\n\
 
811
DINUCLEOTIDE\n\
 
812
   AA -154.0\n\
 
813
   AT 0.0\n\
 
814
   AG 2.0\n\
 
815
   AC 143.0\n\
 
816
   TA 0.0\n\
 
817
   TT 154.0\n\
 
818
   TG 64.0\n\
 
819
   TC -120.0\n\
 
820
   GA 120.0\n\
 
821
   GT -143.0\n\
 
822
   GG 57.0\n\
 
823
   GC 180.0\n\
 
824
   CA -64.0\n\
 
825
   CT -2.0\n\
 
826
   CG 0.0\n\
 
827
   CC -57.0\n\
 
828
//"+"\n\
 
829
MI P0000021\n\
 
830
MN Physico-chemical\n\
 
831
MD B-DNA\n\
 
832
ML dinucleotide step\n\
 
833
YY\n\
 
834
HN SCI00002\n\
 
835
YY\n\
 
836
RN RF000015\n\
 
837
XX\n\
 
838
PN Persistence length\n\
 
839
PM Experimental\n\
 
840
PV PersLength\n\
 
841
PU nm\n\
 
842
YY\n\
 
843
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/PL20_bDNA.html\n\
 
844
YY\n\
 
845
DINUCLEOTIDE\n\
 
846
   AA 35.0\n\
 
847
   AT 20.0\n\
 
848
   AG 60.0\n\
 
849
   AC 60.0\n\
 
850
   TA 20.0\n\
 
851
   TT 35.0\n\
 
852
   TG 60.0\n\
 
853
   TC 60.0\n\
 
854
   GA 60.0\n\
 
855
   GT 60.0\n\
 
856
   GG 130.0\n\
 
857
   GC 85.0\n\
 
858
   CA 60.0\n\
 
859
   CT 60.0\n\
 
860
   CG 85.0\n\
 
861
   CC 130.0\n\
 
862
//"+"\n\
 
863
MI P0000022\n\
 
864
MN Physico-chemical\n\
 
865
MD B-DNA\n\
 
866
ML dinucleotide step\n\
 
867
YY\n\
 
868
HN SCI00002\n\
 
869
YY\n\
 
870
RN RF000015\n\
 
871
XX\n\
 
872
PN Melting temperature\n\
 
873
PM Experimental\n\
 
874
PV Tmelting\n\
 
875
PU Celsius degree\n\
 
876
YY\n\
 
877
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/MT21_bDNA.html\n\
 
878
YY\n\
 
879
DINUCLEOTIDE\n\
 
880
   AA 54.50\n\
 
881
   AT 57.02\n\
 
882
   AG 58.42\n\
 
883
   AC 97.73\n\
 
884
   TA 36.73\n\
 
885
   TT 54.50\n\
 
886
   TG 54.71\n\
 
887
   TC 86.44\n\
 
888
   GA 86.44\n\
 
889
   GT 97.73\n\
 
890
   GG 85.97\n\
 
891
   GC 136.12\n\
 
892
   CA 54.71\n\
 
893
   CT 58.42\n\
 
894
   CG 72.55\n\
 
895
   CC 85.97\n\
 
896
//"+"\n\
 
897
MI P0000023\n\
 
898
MN Physico-chemical\n\
 
899
MD B-DNA\n\
 
900
ML dinucleotide step\n\
 
901
YY\n\
 
902
HN SCI00002\n\
 
903
YY\n\
 
904
RN RF000015\n\
 
905
XX\n\
 
906
PN Probability to be contacting with a nucleosome core\n\
 
907
PM Experimental\n\
 
908
PV PnuclCore\n\
 
909
PU %\n\
 
910
YY\n\
 
911
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/Nb22_bDNA.html\n\
 
912
YY\n\
 
913
DINUCLEOTIDE\n\
 
914
   AA 18.4\n\
 
915
   AT 7.2\n\
 
916
   AG 14.5\n\
 
917
   AC 10.2\n\
 
918
   TA 6.2\n\
 
919
   TT 18.4\n\
 
920
   TG 15.7\n\
 
921
   TC 11.3\n\
 
922
   GA 11.3\n\
 
923
   GT 10.2\n\
 
924
   GG 10.2\n\
 
925
   GC 5.2\n\
 
926
   CA 15.7\n\
 
927
   CT 14.5\n\
 
928
   CG 1.1\n\
 
929
   CC 10.2\n\
 
930
//"+"\n\
 
931
MI P0000024\n\
 
932
MN Physico-chemical\n\
 
933
MD B-DNA\n\
 
934
ML dinucleotide step\n\
 
935
YY\n\
 
936
HN SCI00002\n\
 
937
YY\n\
 
938
RN RF000018\n\
 
939
XX\n\
 
940
PN Mobility to bend towards major groove\n\
 
941
PM Experimental\n\
 
942
PV MobBendMaj\n\
 
943
PU mu\n\
 
944
YY\n\
 
945
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/MB23_bDNA.html\n\
 
946
YY\n\
 
947
DINUCLEOTIDE\n\
 
948
   AA 1.18\n\
 
949
   AT 1.12\n\
 
950
   AG 1.06\n\
 
951
   AC 1.06\n\
 
952
   TA 1.07\n\
 
953
   TT 1.09\n\
 
954
   TG 1.03\n\
 
955
   TC 1.03\n\
 
956
   GA 1.08\n\
 
957
   GT 1.02\n\
 
958
   GG 1.00\n\
 
959
   GC 0.98\n\
 
960
   CA 1.06\n\
 
961
   CT 1.04\n\
 
962
   CG 1.02\n\
 
963
   CC 0.99\n\
 
964
//"+"\n\
 
965
MI P0000025\n\
 
966
MN Physico-chemical\n\
 
967
MD B-DNA\n\
 
968
ML dinucleotide step\n\
 
969
YY\n\
 
970
HN SCI00002\n\
 
971
YY\n\
 
972
RN RF000018\n\
 
973
XX\n\
 
974
PN Mobility to bend towords minor groove\n\
 
975
PM Experimental\n\
 
976
PV MobBendMin\n\
 
977
PU mu\n\
 
978
YY\n\
 
979
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/mb24_bDNA.html\n\
 
980
YY\n\
 
981
DINUCLEOTIDE\n\
 
982
   AA 1.04\n\
 
983
   AT 1.02\n\
 
984
   AG 1.09\n\
 
985
   AC 1.10\n\
 
986
   TA 1.05\n\
 
987
   TT 1.04\n\
 
988
   TG 1.23\n\
 
989
   TC 1.20\n\
 
990
   GA 1.12\n\
 
991
   GT 1.11\n\
 
992
   GG 1.25\n\
 
993
   GC 1.17\n\
 
994
   CA 1.16\n\
 
995
   CT 1.16\n\
 
996
   CG 1.25\n\
 
997
   CC 1.27\n\
 
998
//"+"\n\
 
999
MI P0000026\n\
 
1000
MN Conformational\n\
 
1001
MD B-DNA\n\
 
1002
ML dinucleotide step\n\
 
1003
YY\n\
 
1004
HN SCI00002\n\
 
1005
YY\n\
 
1006
RN RF000016\n\
 
1007
XX\n\
 
1008
PN Twist\n\
 
1009
PM Averaged for the X-ray centers\n\
 
1010
PV TwistCentr\n\
 
1011
PU Degree\n\
 
1012
YY\n\
 
1013
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/images/TWIST.html\n\
 
1014
YY\n\
 
1015
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/Tw25_bDNA.html\n\
 
1016
YY\n\
 
1017
DINUCLEOTIDE\n\
 
1018
   AA 35.8\n\
 
1019
   AT 33.4\n\
 
1020
   AG 30.5\n\
 
1021
   AC 35.8\n\
 
1022
   TA 40.0\n\
 
1023
   TT 35.8\n\
 
1024
   TG 36.9\n\
 
1025
   TC 39.3\n\
 
1026
   GA 39.3\n\
 
1027
   GT 35.8\n\
 
1028
   GG 33.4\n\
 
1029
   GC 38.3\n\
 
1030
   CA 36.9\n\
 
1031
   CT 30.5\n\
 
1032
   CG 31.1\n\
 
1033
   CC 34.3\n\
 
1034
//"+"\n\
 
1035
MI P0000027\n\
 
1036
MN Conformational\n\
 
1037
MD B-DNA\n\
 
1038
ML dinucleotide step\n\
 
1039
YY\n\
 
1040
HN SCI00002\n\
 
1041
YY\n\
 
1042
RN RF000016\n\
 
1043
XX\n\
 
1044
PN Tilt\n\
 
1045
PM Averaged for the X-ray centers\n\
 
1046
PV TiltCentr\n\
 
1047
PU Degree\n\
 
1048
YY\n\
 
1049
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/images/TILT.html\n\
 
1050
YY\n\
 
1051
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/Tl26_bDNA.html\n\
 
1052
YY\n\
 
1053
DINUCLEOTIDE\n\
 
1054
   AA -0.4\n\
 
1055
   AT 0.0\n\
 
1056
   AG -2.6\n\
 
1057
   AC -0.9\n\
 
1058
   TA 0.0\n\
 
1059
   TT -0.4\n\
 
1060
   TG 0.6\n\
 
1061
   TC -0.4\n\
 
1062
   GA -0.4\n\
 
1063
   GT -0.9\n\
 
1064
   GG -1.1\n\
 
1065
   GC 0.0\n\
 
1066
   CA 0.6\n\
 
1067
   CT -2.6\n\
 
1068
   CG 0.0\n\
 
1069
   CC -1.1\n\
 
1070
//"+"\n\
 
1071
MI P0000028\n\
 
1072
MN Conformational\n\
 
1073
MD B-DNA\n\
 
1074
ML dinucleotide step\n\
 
1075
YY\n\
 
1076
HN SCI00002\n\
 
1077
YY\n\
 
1078
RN RF000016\n\
 
1079
XX\n\
 
1080
PN Roll\n\
 
1081
PM Averaged for the X-ray centers\n\
 
1082
PV RollCentr\n\
 
1083
PU Degree\n\
 
1084
YY\n\
 
1085
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/images/ROLL.html\n\
 
1086
YY\n\
 
1087
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/Rl27_bDNA.html\n\
 
1088
YY\n\
 
1089
DINUCLEOTIDE\n\
 
1090
   AA 0.5\n\
 
1091
   AT -0.6\n\
 
1092
   AG 2.9\n\
 
1093
   AC 0.4\n\
 
1094
   TA 2.6\n\
 
1095
   TT 0.5\n\
 
1096
   TG 1.1\n\
 
1097
   TC -0.1\n\
 
1098
   GA -0.1\n\
 
1099
   GT 0.4\n\
 
1100
   GG 6.5\n\
 
1101
   GC -7.0\n\
 
1102
   CA 1.1\n\
 
1103
   CT 2.9\n\
 
1104
   CG 6.6\n\
 
1105
   CC 6.5\n\
 
1106
//"+"\n\
 
1107
MI P0000029\n\
 
1108
MN Conformational\n\
 
1109
MD B-DNA\n\
 
1110
ML dinucleotide step\n\
 
1111
YY\n\
 
1112
HN SCI00002\n\
 
1113
YY\n\
 
1114
RN RF000016\n\
 
1115
XX\n\
 
1116
PN Slide\n\
 
1117
PM Averaged for the X-ray centers\n\
 
1118
PV SlideCentr\n\
 
1119
PU Angstrom\n\
 
1120
YY\n\
 
1121
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/images/SLIDE.html\n\
 
1122
YY\n\
 
1123
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/Sl28_bDNA.html\n\
 
1124
YY\n\
 
1125
DINUCLEOTIDE\n\
 
1126
   AA -0.03\n\
 
1127
   AT -0.37\n\
 
1128
   AG 0.47\n\
 
1129
   AC -0.13\n\
 
1130
   TA 0.74\n\
 
1131
   TT -0.03\n\
 
1132
   TG 1.46\n\
 
1133
   TC -0.07\n\
 
1134
   GA -0.07\n\
 
1135
   GT -0.13\n\
 
1136
   GG 0.60\n\
 
1137
   GC 0.29\n\
 
1138
   CA 1.46\n\
 
1139
   CT 0.47\n\
 
1140
   CG 0.63\n\
 
1141
   CC 0.60\n\
 
1142
//"+"\n\
 
1143
MI P0000030\n\
 
1144
MN Conformational\n\
 
1145
MD B-DNA\n\
 
1146
ML dinucleotide step\n\
 
1147
YY\n\
 
1148
HN SCI00002\n\
 
1149
YY\n\
 
1150
RN RF000016\n\
 
1151
XX\n\
 
1152
PN Propeller\n\
 
1153
PM Averaged for the X-ray centers\n\
 
1154
PV PropellerCentr\n\
 
1155
PU Degree\n\
 
1156
YY\n\
 
1157
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/images/PROPEL.html\n\
 
1158
YY\n\
 
1159
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/Pr29_bDNA.html\n\
 
1160
YY\n\
 
1161
DINUCLEOTIDE\n\
 
1162
   AA -17.3\n\
 
1163
   AT -16.9\n\
 
1164
   AG -14.3\n\
 
1165
   AC -6.70\n\
 
1166
   TA -11.1\n\
 
1167
   TT -17.3\n\
 
1168
   TG -8.60\n\
 
1169
   TC -15.1\n\
 
1170
   GA -15.1\n\
 
1171
   GT -6.70\n\
 
1172
   GG -12.8\n\
 
1173
   GC -11.7\n\
 
1174
   CA -8.60\n\
 
1175
   CT -14.3\n\
 
1176
   CG -11.2\n\
 
1177
   CC -12.8\n\
 
1178
//"+"\n\
 
1179
MI P0000031\n\
 
1180
MN Conformational\n\
 
1181
MD B-DNA\n\
 
1182
ML dinucleotide step\n\
 
1183
YY\n\
 
1184
HN SCI00002\n\
 
1185
YY\n\
 
1186
RN RF000016\n\
 
1187
XX\n\
 
1188
PN Minor groove size\n\
 
1189
PM Averaged for the X-ray centers\n\
 
1190
PV SzMinCentr\n\
 
1191
PU Angstrom\n\
 
1192
YY\n\
 
1193
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/ms30_bDNA.html\n\
 
1194
YY\n\
 
1195
DINUCLEOTIDE\n\
 
1196
   AA 2.98\n\
 
1197
   AT 3.26\n\
 
1198
   AG 3.98\n\
 
1199
   AC 3.26\n\
 
1200
   TA 2.70\n\
 
1201
   TT 2.98\n\
 
1202
   TG 3.70\n\
 
1203
   TC 2.98\n\
 
1204
   GA 2.98\n\
 
1205
   GT 3.26\n\
 
1206
   GG 3.98\n\
 
1207
   GC 3.26\n\
 
1208
   CA 3.70\n\
 
1209
   CT 3.98\n\
 
1210
   CG 4.70\n\
 
1211
   CC 3.98\n\
 
1212
//"+"\n\
 
1213
MI P0000032\n\
 
1214
MN Conformational\n\
 
1215
MD B-DNA\n\
 
1216
ML dinucleotide step\n\
 
1217
YY\n\
 
1218
HN SCI00002\n\
 
1219
YY\n\
 
1220
RN RF000016\n\
 
1221
XX\n\
 
1222
PN Minor groove dist\n\
 
1223
PM Averaged for the X-ray centers\n\
 
1224
PV DstMinCentr\n\
 
1225
PU Angstrom\n\
 
1226
YY\n\
 
1227
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/md31_bDNA.html\n\
 
1228
YY\n\
 
1229
DINUCLEOTIDE\n\
 
1230
   AA 2.94\n\
 
1231
   AT 4.20\n\
 
1232
   AG 2.79\n\
 
1233
   AC 4.22\n\
 
1234
   TA 2.97\n\
 
1235
   TT 2.94\n\
 
1236
   TG 3.09\n\
 
1237
   TC 2.95\n\
 
1238
   GA 2.95\n\
 
1239
   GT 4.22\n\
 
1240
   GG 2.80\n\
 
1241
   GC 4.24\n\
 
1242
   CA 3.09\n\
 
1243
   CT 2.79\n\
 
1244
   CG 3.21\n\
 
1245
   CC 2.80\n\
 
1246
//"+"\n\
 
1247
MI P0000033\n\
 
1248
MN Conformational\n\
 
1249
MD B-DNA\n\
 
1250
ML dinucleotide step\n\
 
1251
YY\n\
 
1252
HN SCI00002\n\
 
1253
YY\n\
 
1254
RN RF000016\n\
 
1255
XX\n\
 
1256
PN Major groove size\n\
 
1257
PM Averaged for the X-ray centers\n\
 
1258
PV SzMajCentr\n\
 
1259
PU Angstrom\n\
 
1260
YY\n\
 
1261
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/MS32_bDNA.html\n\
 
1262
YY\n\
 
1263
DINUCLEOTIDE\n\
 
1264
   AA 3.98\n\
 
1265
   AT 4.70\n\
 
1266
   AG 4.70\n\
 
1267
   AC 3.98\n\
 
1268
   TA 3.26\n\
 
1269
   TT 3.98\n\
 
1270
   TG 3.98\n\
 
1271
   TC 3.26\n\
 
1272
   GA 3.26\n\
 
1273
   GT 3.98\n\
 
1274
   GG 3.98\n\
 
1275
   GC 3.26\n\
 
1276
   CA 3.98\n\
 
1277
   CT 4.70\n\
 
1278
   CG 4.70\n\
 
1279
   CC 3.98\n\
 
1280
//"+"\n\
 
1281
MI P0000034\n\
 
1282
MN Conformational\n\
 
1283
MD B-DNA\n\
 
1284
ML dinucleotide step\n\
 
1285
YY\n\
 
1286
HN SCI00002\n\
 
1287
YY\n\
 
1288
RN RF000016\n\
 
1289
XX\n\
 
1290
PN Major groove dist\n\
 
1291
PM Averaged for the X-ray centers\n\
 
1292
PV DstMajCentr\n\
 
1293
PU Angstrom\n\
 
1294
YY\n\
 
1295
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/MD33_bDNA.html\n\
 
1296
YY\n\
 
1297
DINUCLEOTIDE\n\
 
1298
   AA 3.38\n\
 
1299
   AT 3.02\n\
 
1300
   AG 3.36\n\
 
1301
   AC 3.03\n\
 
1302
   TA 3.81\n\
 
1303
   TT 3.38\n\
 
1304
   TG 3.79\n\
 
1305
   TC 3.40\n\
 
1306
   GA 3.40\n\
 
1307
   GT 3.03\n\
 
1308
   GG 3.38\n\
 
1309
   GC 3.04\n\
 
1310
   CA 3.79\n\
 
1311
   CT 3.36\n\
 
1312
   CG 3.77\n\
 
1313
   CC 3.38\n\
 
1314
//"+"\n\
 
1315
MI P0000035\n\
 
1316
MN Physoco-chemical\n\
 
1317
MD B-DNA\n\
 
1318
ML dinucleotide step\n\
 
1319
YY\n\
 
1320
HN SCI00002\n\
 
1321
YY\n\
 
1322
RN RF000016\n\
 
1323
XX\n\
 
1324
PN Clash strength\n\
 
1325
PM Averaged for the X-ray centers\n\
 
1326
PV Clash\n\
 
1327
PU fi\n\
 
1328
YY\n\
 
1329
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/Cl34_bDNA.html\n\
 
1330
YY\n\
 
1331
DINUCLEOTIDE\n\
 
1332
   AA 0.64\n\
 
1333
   AT 1.68\n\
 
1334
   AG 2.53\n\
 
1335
   AC 0.95\n\
 
1336
   TA 0.00\n\
 
1337
   TT 0.64\n\
 
1338
   TG 0.80\n\
 
1339
   TC 0.03\n\
 
1340
   GA 0.03\n\
 
1341
   GT 0.95\n\
 
1342
   GG 1.78\n\
 
1343
   GC 0.22\n\
 
1344
   CA 0.80\n\
 
1345
   CT 2.53\n\
 
1346
   CG 2.42\n\
 
1347
   CC 1.78\n\
 
1348
//"+"\n\
 
1349
MI P0000036\n\
 
1350
MN Physoco-chemical\n\
 
1351
MD B-DNA\n\
 
1352
ML dinucleotide step\n\
 
1353
YY\n\
 
1354
HN SCI00002\n\
 
1355
YY\n\
 
1356
RN RF000019\n\
 
1357
XX\n\
 
1358
PN Enthalpy change\n\
 
1359
PM Calculated\n\
 
1360
PV dHcalc\n\
 
1361
PU Kcal/mol\n\
 
1362
YY\n\
 
1363
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/dH35_bDNA.html\n\
 
1364
YY\n\
 
1365
DINUCLEOTIDE\n\
 
1366
   AA -8.0\n\
 
1367
   AT -5.6\n\
 
1368
   AG -6.6\n\
 
1369
   AC -9.4\n\
 
1370
   TA -6.6\n\
 
1371
   TT -8.0\n\
 
1372
   TG -8.2\n\
 
1373
   TC -8.8\n\
 
1374
   GA -8.8\n\
 
1375
   GT -9.4\n\
 
1376
   GG -10.9\n\
 
1377
   GC -10.5\n\
 
1378
   CA -8.2\n\
 
1379
   CT -6.6\n\
 
1380
   CG -11.8\n\
 
1381
   CC -10.9\n\
 
1382
//"+"\n\
 
1383
MI P0000037\n\
 
1384
MN Physoco-chemical\n\
 
1385
MD B-DNA\n\
 
1386
ML dinucleotide step\n\
 
1387
YY\n\
 
1388
HN SCI00002\n\
 
1389
YY\n\
 
1390
RN RF000019\n\
 
1391
XX\n\
 
1392
PN Entropy change\n\
 
1393
PM Calculated\n\
 
1394
PV dScalc\n\
 
1395
PU cal/mol/K\n\
 
1396
YY\n\
 
1397
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/dS36_bDNA.html\n\
 
1398
YY\n\
 
1399
DINUCLEOTIDE\n\
 
1400
   AA -21.9\n\
 
1401
   AT -15.2\n\
 
1402
   AG -16.4\n\
 
1403
   AC -25.5\n\
 
1404
   TA -18.4\n\
 
1405
   TT -21.9\n\
 
1406
   TG -21.0\n\
 
1407
   TC -23.5\n\
 
1408
   GA -23.5\n\
 
1409
   GT -25.5\n\
 
1410
   GG -28.4\n\
 
1411
   GC -26.4\n\
 
1412
   CA -21.0\n\
 
1413
   CT -16.4\n\
 
1414
   CG -29.0\n\
 
1415
   CC -28.4\n\
 
1416
//"+"\n\
 
1417
MI P0000038\n\
 
1418
MN Physoco-chemical\n\
 
1419
MD B-DNA\n\
 
1420
ML dinucleotide step\n\
 
1421
YY\n\
 
1422
HN SCI00002\n\
 
1423
YY\n\
 
1424
RN RF000019\n\
 
1425
XX\n\
 
1426
PN Free energy change\n\
 
1427
PM Calculated\n\
 
1428
PV dFcalc\n\
 
1429
PU Kcal/mol\n\
 
1430
YY\n\
 
1431
WW http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/Programs/acts2/gallery/dF37_bDNA.html\n\
 
1432
YY\n\
 
1433
DINUCLEOTIDE\n\
 
1434
   AA -1.2\n\
 
1435
   AT -0.9\n\
 
1436
   AG -1.5\n\
 
1437
   AC -1.5\n\
 
1438
   TA -0.9\n\
 
1439
   TT -1.2\n\
 
1440
   TG -1.7\n\
 
1441
   TC -1.5\n\
 
1442
   GA -1.5\n\
 
1443
   GT -1.5\n\
 
1444
   GG -2.1\n\
 
1445
   GC -2.3\n\
 
1446
   CA -1.7\n\
 
1447
   CT -1.5\n\
 
1448
   CG -2.8\n\
 
1449
   CC -2.1\n\
 
1450
//\n";
 
1451
 
 
1452
    QStringList l = _properties.split("//\n", QString::SkipEmptyParts);
 
1453
    assert(l.size() == 38);
 
1454
    return l;
 
1455
}
 
1456
 
 
1457
}//namespace