← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/maverick/ncbi-tools6/maverick

« back to all changes in this revision

Viewing changes to biostruc/devel.mk

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2002-04-04 22:13:09 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20020404221309-vfze028rfnlrldct
Tags: upstream-6.1.20011220a
Import upstream version 6.1.20011220a

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
biostruc/devel.mk
 
1
#######################################################################
 
2
#
 
3
# $Id: devel.mk,v 6.4 1999/11/09 17:44:35 kimelman Exp $ 
 
4
#
 
5
 
 
6
# SGI options
 
7
 
 
8
NCBI_SYBLIBS_CT = -L$(NCBI_SYBASE)/lib -lblk -lct -lcs -ltcl -lcomn -lintl
 
9
 
 
10
include $(NCBI)/ncbi.mk
 
11
 
 
12
SHELL=$(NCBI_MAKE_SHELL)
 
13
CC = $(NCBI_CC)
 
14
INCPATH = $(NCBI_INCDIR)
 
15
 
 
16
# here is sybase and related libriries required for pubstruct access
 
17
PSLIBS=-lnlmzip -lctutils $(SYBLIBRARY)
 
18
 
 
19
CONFIG=.makeconf
 
20
STATE=.options
 
21
 
 
22
#
 
23
# DEFAULT target
 
24
#
 
25
 
 
26
default: compile
 
27
 
 
28
$(CONFIG):
 
29
        @echo "You should run ./make-tool.sh --config  $(CONFIG) [options..] to set environment"
 
30
        @echo "./make-tool.sh --help give you details"
 
31
        @echo "or run make with either 'production' or 'debug' target to set it"
 
32
        @echo "setting 'debug' default ...."
 
33
        ./make-tool.sh --config $(CONFIG) --mode=development
 
34
 
 
35
include $(CONFIG)
 
36
 
 
37
CFLAGS  = -I. $(CFLAGS1)  $(CFLAGS_C)  $(OPTFLAG) -I$(INCPATH) $(NCBI_SYBFLAG)
 
38
LDFLAGS =     $(LDFLAGS1) $(LDFLAGS_C) $(OPTFLAG) -L$(LIBPATH)
 
39
 
 
40
.c.o :
 
41
        $(CC) $(CFLAGS) -c $<
 
42
 
 
43
 
 
44
#
 
45
# customization targets 
 
46
# 
 
47
production:
 
48
        ./make-tool.sh --config $(CONFIG) --mode=production
 
49
debug:
 
50
        ./make-tool.sh --config $(CONFIG) --mode=development
 
51
 
 
52
 
 
53
#
 
54
# source update target 
 
55
#
 
56
update index/st_configure.sh :
 
57
        @[ -d index   ] || cvs -q checkout -d index   internal/pubmed/pmentrez/scripts/indexing
 
58
        @cvs -q update
 
59
 
 
60
#
 
61
# internal targets : serve for recompilation enforcement if CFLAGS changed
 
62
# 
 
63
 
 
64
$(STATE):
 
65
        @echo "$(CFLAGS) $(LDFLAGS) $(TARGETS) $(PURIFY)" >$(STATE)
 
66
 
 
67
checks : $(STATE)
 
68
        @echo "$(CFLAGS) $(LDFLAGS) $(TARGETS)" >.$(STATE)
 
69
        @diff .$(STATE) $(STATE) >/dev/null || ( echo updating '$(STATE)' ; cp .$(STATE) $(STATE) ; rm .recompile )
 
70
        @rm -f .$(STATE)
 
71
 
 
72
.recompile: $(STATE) devel.mk $(CONFIG)
 
73
        @echo updating '.recompile'
 
74
        @-rm -f *.o
 
75
        @date >$@
 
76
prolog: checks .recompile
 
77
 
 
78
##
 
79
##  
 
80
##
 
81
 
 
82
compile: $(TARGET:=.compile)
 
83
install: $(TARGET:=.install)
 
84
try    : $(TARGET:=.test)
 
85
 
 
86
clean  :
 
87
        - rm -f *.o *~ *% \#* *.a *.test *.install
 
88
        rm $(STATE)
 
89
        for fn in mmdbsrv mmdbsrv.FF  mmdbsrv.PS vastsrv vastsrv.FF vastsrv.PS loader ; do [ ! -f $$fn ] || rm -f $$fn ; done
 
90
 
 
91
#
 
92
# web scripts settings
 
93
# 
 
94
WEB_SCRIPTS=wrapper.sh wrapper_lib.sh st_configure.sh
 
95
WEB_SCRIPTS_SRC=wrapper.sh wrapper_lib.sh index/st_configure.sh
 
96
$(webdir)/.syb_set : $(WEB_SCRIPTS_SRC)
 
97
        [ ! -f $@ ] || rm -rf $@
 
98
        cd ${webdir} ; rm -f $(WEB_SCRIPTS) ;
 
99
        cp $(WEB_SCRIPTS_SRC) $(webdir)
 
100
        cd ${webdir} ; chmod a+x $(WEB_SCRIPTS) 
 
101
        cd ${webdir} ; SYBASE=$(NCBI_SYBASE) ; export SYBASE ; ./st_configure.sh
 
102
 
 
103
web: $(webdir) $(webdir)/.syb_set
 
104
 
 
105
 
 
106
# 
 
107
# MMDBSRV
 
108
# 
 
109
MMDBLIBS= -lncbimmdb -lncbiNacc -lnetentr -lnetcli -lncbicdr -lncbiobj -lncbi $(NCBI_OTHERLIBS)
 
110
MMDB_OBJ= mmdbsrv.o 
 
111
 
 
112
mmdbsrv.FF: mmdbsrv.o mmdbFF.o 
 
113
        $(PURIFY) $(CC) -o $@ $(LDFLAGS)  mmdbsrv.o mmdbFF.o $(MMDBLIBS)
 
114
 
 
115
mmdbsrv.PS: mmdbsrv.o mmdb_pubstruct.o PubStructAsn.o
 
116
        $(PURIFY) $(CC) -o $@ $(LDFLAGS)  mmdbsrv.o mmdb_pubstruct.o PubStructAsn.o $(PSLIBS) $(MMDBLIBS)
 
117
 
 
118
mmdbsrv.compile: prolog mmdbsrv.$(RMODE)
 
119
 
 
120
mmdbsrv.install: mmdbsrv.compile web
 
121
        ./make-tool.sh --install mmdbsrv.$(RMODE) $(webdir) $(mode)
 
122
 
 
123
MMDBTST=./make-tool.sh --test $(webdir) mmdbsrv.$(RMODE) $(mode)
 
124
mmdbsrv.test: mmdbsrv.install
 
125
        $(MMDBTST) 'uid=1' 
 
126
        $(MMDBTST) 'uid=1144&form=6&db=t&Dopt=s'
 
127
        $(MMDBTST) 'uid=1144'
 
128
        $(MMDBTST) 'uid=9524&form=6&db=t&save=See&dopt=k&Complexity=Cn3D+Subset&KinemageColor=Molecule+Number&KinemageRender=63'
 
129
        $(MMDBTST) 'uid=1042&form=6&db=t&save=&dopt=j&Complexity=Cn3D+Subset&KinemageColor=Molecule+Number&KinemageRender=63'   
 
130
        $(MMDBTST) 'uid=9660'
 
131
 
 
132
#
 
133
# VASTSRV
 
134
#
 
135
 
 
136
VAST_OBJ= vastsrv.o vastlocl.o vast2mage.o vast2pdb.o vast2cn3d.o vastsubs.o \
 
137
      vastchkid.o mkbioseq_vs.o mkbioseqA.o mkbioseqB.o
 
138
 
 
139
vastsrv.FF: $(VAST_OBJ) mmdbFF.o
 
140
        $(PURIFY) $(CC) -o $@ $(LDFLAGS) $(VAST_OBJ)  mmdbFF.o -lncbiwww -lncbimsc1 $(MMDBLIBS)
 
141
 
 
142
vastsrv.PS: $(VAST_OBJ) mmdb_pubstruct.o PubStructAsn.o
 
143
        $(PURIFY) $(CC) -o $@ $(LDFLAGS) $(VAST_OBJ) mmdb_pubstruct.o PubStructAsn.o $(PSLIBS) -lncbiwww -lncbimsc1 $(MMDBLIBS)
 
144
 
 
145
vastsrv.compile: prolog vastsrv.$(RMODE)
 
146
 
 
147
vastsrv.install: vastsrv.compile
 
148
        ./make-tool.sh --install vastsrv.$(RMODE) $(webdir) $(mode)
 
149
 
 
150
VASTTST=./make-tool.sh --test $(webdir) vastsrv.$(RMODE) $(mode)
 
151
vastsrv.test: vastsrv.install
 
152
        $(VASTTST) 'uid=8100&chaindom=81000100'
 
153
        $(VASTTST) 'uid=1001&chaindom=10010100'
 
154
        $(VASTTST) 'uid=1001&chaindom=10010100&action=0&calltype=a&chn_complexity=1&atm_complexity=1&hit=954102001'
 
155
        $(VASTTST) 'uid=4107&chaindom=41070100&action=0&calltype=a&chn_complexity=1&atm_complexity=1&hit=708402001'
 
156
        $(VASTTST) 'uid=6104&chaindom=61040100&action=0&calltype=a&chn_complexity=1&atm_complexity=1&hit=929101001'
 
157
        $(VASTTST) 'uid=8063&chaindom=80630100&action=0&calltype=a&chn_complexity=1&atm_complexity=1&hit=912701001'
 
158
 
 
159
#
 
160
# PubStruct Loader
 
161
#
 
162
 
 
163
LOADLIBS= -lnlmzip -lctutils $(SYBLIBRARY) -lncbimmdb -lncbiobj -lncbi $(NCBI_OTHERLIBS)
 
164
 
 
165
loader : loader.o PubStructAsn.o
 
166
        $(PURIFY) $(CC) -o $@ $(LDFLAGS) loader.o  PubStructAsn.o $(LOADLIBS)
 
167
 
 
168
 
 
169
loader.compile : prolog loader
 
170
 
 
171
loader.install: loader.compile loader_check.sh index/st_configure.sh PubStruct_control.sh
 
172
        @[ -d $(loaddir) ] || ( \
 
173
          if [ x$(loaddir) = xbin ] ; \
 
174
          then mkdir bin ; \
 
175
          else \
 
176
            echo "Error: util tool installation failed - target directory <$(loaddir)> doesn't exist"; exit 1 ; \
 
177
          fi )
 
178
        cp loader $(loaddir)/st_loader
 
179
        cp index/st_configure.sh $(loaddir)
 
180
        cp PubStruct_control.sh loader_check.sh $(loaddir)
 
181
        chmod a+x $(loaddir)/st_configure.sh $(loaddir)/PubStruct_control.sh
 
182
        [ ! -f $(loaddir)/.syb_set ] || ( cd $(loaddir) ; rm -rf .syb_set )
 
183
        SYBASE=$(NCBI_SYBASE) ; export SYBASE ; cd $(loaddir) ; ./st_configure.sh
 
184
 
 
185
loader.test: loader.install
 
186
        [ ! -d mmdb_test ] || rm -rf mmdb_test
 
187
        mkdir mmdb_test
 
188
        cp /net/vaster/mmdb/mmdb/data/1.val.gz mmdb_test
 
189
        echo 1 >.testset
 
190
        dsql -S MOZART_SYS10 -U kimelman -P kmlmNu <PubStruct_proc.scr
 
191
        $(loaddir)/PubStruct_control.sh --DBserver MOZART_SYS10 --load_list .testset --path ./mmdb_test --enforce
 
192
        rm -rf mmdb_test .testset
 
193
 
 
194
#
 
195
# source dependencies 
 
196
# 
 
197
 
 
198
PubStructAsn.o : PubStructAsn.c PubStructAsn.h
 
199
loader.o : loader.c PubStructAsn.h
 
200
 
 
201
#
 
202
# service entries
 
203
# 
 
204
 
 
205
#.SILENT:
 
206
bsannotvs.o : vastlocl.h
 
207
bsannotvs.o : mmdblocl.h
 
208
bsannotvs.o : mmdbdata.h
 
209
bsannotvs.o : vast2mage.h
 
210
bsannotvs.o : vastsrv.h
 
211
loader.o : PubStructAsn.h
 
212
mkbioseqA.o : mkbioseq.h
 
213
mkbioseqB.o : mkbioseq.h
 
214
mkbioseq_vs.o : mkbioseq.h
 
215
mmdb_pubstruct.o : PubStructAsn.h
 
216
mmdbapi1.o : prunebsc.h
 
217
mmdblocl.o : PubStructAsn.h
 
218
prunebsc.o : prunebsc.h
 
219
vast2cn3d.o : vastlocl.h
 
220
vast2cn3d.o : mmdblocl.h
 
221
vast2cn3d.o : mmdbdata.h
 
222
vast2cn3d.o : vast2mage.h
 
223
vast2cn3d.o : vastsrv.h
 
224
vast2cn3d.o : mkbioseq.h
 
225
vast2mage.o : vastlocl.h
 
226
vast2mage.o : mmdblocl.h
 
227
vast2mage.o : mmdbdata.h
 
228
vast2mage.o : vast2mage.h
 
229
vast2mage.o : vastsrv.h
 
230
vast2pdb.o : vastlocl.h
 
231
vast2pdb.o : mmdblocl.h
 
232
vast2pdb.o : mmdbdata.h
 
233
vast2pdb.o : vast2mage.h
 
234
vast2pdb.o : vast2pdb.h
 
235
vast2pdb.o : vastsrv.h
 
236
vastchkid.o : vastlocl.h
 
237
vastchkid.o : mmdblocl.h
 
238
vastchkid.o : mmdbdata.h
 
239
vastchkid.o : vast2mage.h
 
240
vastchkid.o : vastsrv.h
 
241
vastlocl.o : vastlocl.h
 
242
vastsrv.o : vastlocl.h
 
243
vastsrv.o : mmdblocl.h
 
244
vastsrv.o : mmdbdata.h
 
245
vastsrv.o : vastsrv.h