← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/natty/python-cogent/natty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tests/alltests.py

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Steffen Moeller
  • Date: 2010-12-04 22:30:35 UTC
  • mfrom: (1.1.1 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20101204223035-j11kinhcrrdgg2p2
Tags: 1.5-1
* Bumped standard to 3.9.1, no changes required.
* New upstream version.
  - major additions to Cookbook
  - added AlleleFreqs attribute to ensembl Variation objects.
  - added getGeneByStableId method to genome objects.
  - added Introns attribute to Transcript objects and an Intron class.
  - added Mann-Whitney test and a Monte-Carlo version
  - exploratory and confirmatory period estimation techniques (suitable for
    symbolic and continuous data)
  - Information theoretic measures (AIC and BIC) added
  - drawing of trees with collapsed nodes
  - progress display indicator support for terminal and GUI apps
  - added parser for illumina HiSeq2000 and GAiix sequence files as 
    cogent.parse.illumina_sequence.MinimalIlluminaSequenceParser.
  - added parser to FASTQ files, one of the output options for illumina's
    workflow, also added cookbook demo.
  - added functionality for parsing of SFF files without the Roche tools in
    cogent.parse.binary_sff
  - thousand fold performance improvement to nmds
  - >10-fold performance improvements to some Table operations

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tests/alltests.py
12
12
                    "Hau Ying", "Helen Lindsay", "Jeremy Widmann",
13
13
                    "Sandra Smit", "Greg Caporaso", "Matthew Wakefield"]
14
14
__license__ = "GPL"
15
 
__version__ = "1.4.1"
 
15
__version__ = "1.5.0"
16
16
__maintainer__ = "Gavin Huttley"
17
17
__email__ = "gavin.huttley@anu.edu.au"
18
18
__status__ = "Production"
55
55
        'test_app.test_util',
56
56
        'test_cluster.test_goodness_of_fit',
57
57
        'test_cluster.test_metric_scaling',
 
58
        'test_cluster.test_approximate_mds',
58
59
        'test_cluster.test_procrustes',
59
60
        'test_cluster.test_UPGMA',
60
61
        'test_cluster.test_nmds',
74
75
        'test_core.test_seq_aln_integration',
75
76
        'test_core.test_sequence',
76
77
        'test_core.test_tree',
77
 
        'test_core.test_tree2',
78
78
        'test_core.test_usage',
79
79
        'test_data.test_molecular_weight',
80
80
        'test_evolve.test_best_likelihood',
93
93
        'test_format.test_xyzrn',
94
94
        'test_maths.test_geometry',
95
95
        'test_maths.test_matrix_logarithm',
 
96
        'test_maths.test_period',
96
97
        'test_maths.test_matrix.test_distance',
97
98
        'test_maths.test_spatial.test_ckd3',
98
99
        'test_maths.test_stats.test_alpha_diversity',
99
100
        'test_maths.test_stats.test_distribution',
100
101
        'test_maths.test_stats.test_histogram',
 
102
        'test_maths.test_stats.test_information_criteria',
 
103
        'test_maths.test_stats.test_period',
101
104
        'test_maths.test_stats.test_special',
102
105
        'test_maths.test_stats.test_test',
103
106
        'test_maths.test_stats.test_ks',
113
116
        'test_motif.test_util',
114
117
        'test_parse.test_aaindex',
115
118
        'test_parse.test_agilent_microarray',
 
119
        'test_parse.test_binary_sff',
116
120
        'test_parse.test_blast',
117
121
        'test_parse.test_bpseq',
118
122
        'test_parse.test_cigar',
127
131
        'test_parse.test_dialign',
128
132
        'test_parse.test_ebi',
129
133
        'test_parse.test_fasta',
 
134
        'test_parse.test_fastq',
130
135
        'test_parse.test_gibbs',
131
136
        'test_parse.test_genbank',
132
137
        'test_parse.test_gff',
133
138
        'test_parse.test_ilm',
 
139
        'test_parse.test_illumina_sequence',
134
140
        'test_parse.test_locuslink',
135
141
        'test_parse.test_mage',
136
142
        'test_parse.test_meme',
138
144
        'test_parse.test_ncbi_taxonomy',
139
145
        'test_parse.test_nexus',
140
146
        'test_parse.test_nupack',
 
147
        'test_parse.test_pdb',
 
148
        'test_parse.test_structure',
141
149
        'test_parse.test_phylip',
142
150
        'test_parse.test_pknotsrg',
143
151
        'test_parse.test_rdb',
184
192
    except:
185
193
        print >> sys.stderr, "No matplotlib so not running test_draw.py"
186
194
    else:
187
 
        matplotlib.use('Agg') # non interactive
 
195
        print >> sys.stderr, \
 
196
          "NOTE: test_draw.py must be run separately"
 
197
        # matplotlib.use('Agg') # non interactive
188
198
        # test_draw not yet structured as unit tests
189
199
        #modules_to_test.append('test_draw')
190
200
 
193
203
            ('carnac', 'test_carnac'),
194
204
            ('clearcut', 'test_clearcut'),
195
205
            ('clustalw', 'test_clustalw'),
 
206
            ('cmalign', 'test_infernal'),
196
207
            ('cmfinder.pl', 'test_cmfinder'),
197
208
            ('comrna', 'test_comrna'),
198
209
            ('contrafold', 'test_contrafold'),
227
238
    for app, test_name in apps:
228
239
        if app_path(app):
229
240
            modules_to_test.append('test_app.' + test_name)
 
241
        elif app == 'rdp_classifier-2.0.jar' and os.environ.get('RDP_JAR_PATH'):
 
242
            # This is ugly, but because this is a jar file, it won't be in 
 
243
            # $PATH -- we require users to set an environment variable to 
 
244
            # point to the location of this jar file, so we test for that. 
 
245
            # My new version of app_path can be applied to do smarter checks,
 
246
            # but will involve some re-write of how we check whether tests can
 
247
            # be run. -Greg
 
248
            modules_to_test.append('test_app.' + test_name)
230
249
        else:
231
250
            print >> sys.stderr, "Can't find %s executable: skipping test" % app
232
251