← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/natty/python-cogent/natty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tests/test_parse/test_binary_sff.py

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Steffen Moeller
  • Date: 2010-12-04 22:30:35 UTC
  • mfrom: (1.1.1 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20101204223035-j11kinhcrrdgg2p2
Tags: 1.5-1
* Bumped standard to 3.9.1, no changes required.
* New upstream version.
  - major additions to Cookbook
  - added AlleleFreqs attribute to ensembl Variation objects.
  - added getGeneByStableId method to genome objects.
  - added Introns attribute to Transcript objects and an Intron class.
  - added Mann-Whitney test and a Monte-Carlo version
  - exploratory and confirmatory period estimation techniques (suitable for
    symbolic and continuous data)
  - Information theoretic measures (AIC and BIC) added
  - drawing of trees with collapsed nodes
  - progress display indicator support for terminal and GUI apps
  - added parser for illumina HiSeq2000 and GAiix sequence files as 
    cogent.parse.illumina_sequence.MinimalIlluminaSequenceParser.
  - added parser to FASTQ files, one of the output options for illumina's
    workflow, also added cookbook demo.
  - added functionality for parsing of SFF files without the Roche tools in
    cogent.parse.binary_sff
  - thousand fold performance improvement to nmds
  - >10-fold performance improvements to some Table operations

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tests/test_parse/test_binary_sff.py
 
1
#!/usr/bin/env python
 
2
 
 
3
import copy
 
4
import os
 
5
import tempfile
 
6
from unittest import TestCase, main
 
7
 
 
8
from cogent.parse.binary_sff import (
 
9
    seek_pad, parse_common_header, parse_read_header, parse_read_data,
 
10
    validate_common_header, parse_read, parse_binary_sff, UnsupportedSffError,
 
11
    write_pad, write_common_header, write_read_header, write_read_data,
 
12
    write_read, write_binary_sff, format_common_header, format_read_header,
 
13
    format_read_data, format_binary_sff, base36_encode, base36_decode,
 
14
    decode_location, decode_timestamp, decode_accession, decode_sff_filename,
 
15
    )
 
16
 
 
17
__author__ = "Kyle Bittinger"
 
18
__copyright__ = "Copyright 2007-2009, The Cogent Project"
 
19
__credits__ = ["Kyle Bittinger"]
 
20
__license__ = "GPL"
 
21
__version__ = "1.5.0"
 
22
__maintainer__ = "Kyle Bittinger"
 
23
__email__ = "kylebittinger@gmail.com"
 
24
__status__ = "Production"
 
25
 
 
26
 
 
27
TEST_DIR = os.path.dirname(os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)))
 
28
SFF_FP = os.path.join(TEST_DIR, 'data', 'F6AVWTA01.sff')
 
29
 
 
30
 
 
31
class WritingFunctionTests(TestCase):
 
32
    def setUp(self):
 
33
        self.output_file = tempfile.TemporaryFile()
 
34
 
 
35
    def test_write_pad(self):
 
36
        self.output_file.write('\x01\x02\x03\x04')
 
37
        write_pad(self.output_file)
 
38
        self.output_file.seek(0)
 
39
        buff = self.output_file.read()
 
40
        self.assertEqual(buff, '\x01\x02\x03\x04\x00\x00\x00\x00')
 
41
 
 
42
    def test_write_common_header(self):
 
43
        write_common_header(self.output_file, COMMON_HEADER)
 
44
 
 
45
        file_pos = self.output_file.tell()
 
46
        self.assertTrue(file_pos % 8 == 0)
 
47
 
 
48
        self.output_file.seek(0)
 
49
        observed = parse_common_header(self.output_file)
 
50
        self.assertEqual(observed, COMMON_HEADER)
 
51
 
 
52
        file_pos = self.output_file.tell()
 
53
        self.assertTrue(file_pos % 8 == 0)
 
54
 
 
55
    def test_write_read_header(self):
 
56
        write_read_header(self.output_file, READ_HEADER)
 
57
 
 
58
        file_pos = self.output_file.tell()
 
59
        self.assertTrue(file_pos % 8 == 0)
 
60
 
 
61
        self.output_file.seek(0)
 
62
        observed = parse_read_header(self.output_file)
 
63
        self.assertEqual(observed, READ_HEADER)
 
64
 
 
65
        file_pos = self.output_file.tell()
 
66
        self.assertTrue(file_pos % 8 == 0)
 
67
 
 
68
    def test_write_read_data(self):
 
69
        write_read_data(self.output_file, READ_DATA)
 
70
 
 
71
        file_pos = self.output_file.tell()
 
72
        self.assertTrue(file_pos % 8 == 0)
 
73
 
 
74
        self.output_file.seek(0)
 
75
        num_flows = len(READ_DATA['flowgram_values'])
 
76
        num_bases = len(READ_DATA['Bases'])
 
77
        observed = parse_read_data(self.output_file, num_bases, num_flows)
 
78
        self.assertEqual(observed, READ_DATA)
 
79
 
 
80
        file_pos = self.output_file.tell()
 
81
        self.assertTrue(file_pos % 8 == 0)
 
82
 
 
83
    def test_write_read(self):
 
84
        read = READ_HEADER.copy()
 
85
        read.update(READ_DATA)
 
86
        write_read(self.output_file, read)
 
87
 
 
88
        file_pos = self.output_file.tell()
 
89
        self.assertTrue(file_pos % 8 == 0)
 
90
 
 
91
        self.output_file.seek(0)
 
92
        num_flows = len(read['flowgram_values'])
 
93
        observed = parse_read(self.output_file)
 
94
        self.assertEqual(observed, read)
 
95
 
 
96
        file_pos = self.output_file.tell()
 
97
        self.assertTrue(file_pos % 8 == 0)
 
98
 
 
99
    def test_write_binary_sff(self):
 
100
        read = READ_HEADER.copy()
 
101
        read.update(READ_DATA)
 
102
 
 
103
        header = COMMON_HEADER.copy()
 
104
        header['number_of_reads'] = 1
 
105
 
 
106
        write_binary_sff(self.output_file, header, [read])
 
107
 
 
108
        file_pos = self.output_file.tell()
 
109
        self.assertTrue(file_pos % 8 == 0)
 
110
 
 
111
        self.output_file.seek(0)
 
112
        observed_header, observed_reads = parse_binary_sff(
 
113
            self.output_file, native_flowgram_values=True)
 
114
        observed_reads = list(observed_reads)
 
115
        self.assertEqual(observed_header, header)
 
116
        self.assertEqual(observed_reads[0], read)
 
117
        self.assertEqual(len(observed_reads), 1)
 
118
 
 
119
        file_pos = self.output_file.tell()
 
120
        self.assertTrue(file_pos % 8 == 0)
 
121
 
 
122
 
 
123
class ParsingFunctionTests(TestCase):
 
124
    def setUp(self):
 
125
        self.sff_file = open(SFF_FP)
 
126
 
 
127
    def test_seek_pad(self):
 
128
        f = self.sff_file
 
129
        f.seek(8)
 
130
        seek_pad(f)
 
131
        self.assertEqual(f.tell(), 8)
 
132
        f.seek(9)
 
133
        seek_pad(f)
 
134
        self.assertEqual(f.tell(), 16)
 
135
        f.seek(10)
 
136
        seek_pad(f)
 
137
        self.assertEqual(f.tell(), 16)
 
138
        f.seek(15)
 
139
        seek_pad(f)
 
140
        self.assertEqual(f.tell(), 16)
 
141
        f.seek(16)
 
142
        seek_pad(f)
 
143
        self.assertEqual(f.tell(), 16)
 
144
        f.seek(17)
 
145
        seek_pad(f)
 
146
        self.assertEqual(f.tell(), 24)
 
147
 
 
148
    def test_parse_common_header(self):
 
149
        observed = parse_common_header(self.sff_file)
 
150
        self.assertEqual(observed, COMMON_HEADER)
 
151
 
 
152
    def test_validate_common_header(self):
 
153
        header = {
 
154
            'magic_number': 779314790,
 
155
            'version': 1,
 
156
            'flowgram_format_code': 1,
 
157
            'index_offset': 0,
 
158
            'index_length': 0,
 
159
            'number_of_reads': 0,
 
160
            'header_length': 0,
 
161
            'key_length': 0,
 
162
            'number_of_flows_per_read': 0,
 
163
            'flow_chars': 'A',
 
164
            'key_sequence': 'A',
 
165
            }
 
166
        self.assertEqual(validate_common_header(header), None)
 
167
        header['version'] = 2
 
168
        self.assertRaises(UnsupportedSffError, validate_common_header, header)
 
169
 
 
170
    def test_parse_read_header(self):
 
171
        self.sff_file.seek(440)
 
172
        observed = parse_read_header(self.sff_file)
 
173
        self.assertEqual(observed, READ_HEADER)
 
174
 
 
175
    def test_parse_read_data(self):
 
176
        self.sff_file.seek(440 + 32)
 
177
        observed = parse_read_data(self.sff_file, 271, 400)
 
178
        self.assertEqual(observed, READ_DATA)
 
179
 
 
180
    def test_parse_read(self):
 
181
        self.sff_file.seek(440)
 
182
        observed = parse_read(self.sff_file, 400)
 
183
        expected = dict(READ_HEADER.items() + READ_DATA.items())
 
184
        self.assertEqual(observed, expected)
 
185
 
 
186
    def test_parse_sff(self):
 
187
        header, reads = parse_binary_sff(self.sff_file)
 
188
        self.assertEqual(header, COMMON_HEADER)
 
189
        counter = 0
 
190
        for read in reads:
 
191
            self.assertEqual(
 
192
                len(read['flowgram_values']), header['number_of_flows_per_read'])
 
193
            counter += 1
 
194
        self.assertEqual(counter, 20)
 
195
 
 
196
 
 
197
class FormattingFunctionTests(TestCase):
 
198
    def setUp(self):
 
199
        self.output_file = tempfile.TemporaryFile()
 
200
 
 
201
    def test_format_common_header(self):
 
202
        self.assertEqual(
 
203
            format_common_header(COMMON_HEADER), COMMON_HEADER_TXT)
 
204
 
 
205
    def test_format_read_header(self):
 
206
        self.assertEqual(
 
207
            format_read_header(READ_HEADER), READ_HEADER_TXT)
 
208
 
 
209
    def test_format_read_header(self):
 
210
        self.assertEqual(
 
211
            format_read_data(READ_DATA, READ_HEADER), READ_DATA_TXT)
 
212
 
 
213
    def test_format_binary_sff(self):
 
214
        output_buffer = format_binary_sff(open(SFF_FP))
 
215
        output_buffer.seek(0)
 
216
        expected = COMMON_HEADER_TXT + READ_HEADER_TXT + READ_DATA_TXT
 
217
        observed = output_buffer.read(len(expected))
 
218
        self.assertEqual(observed, expected)
 
219
 
 
220
 
 
221
class Base36Tests(TestCase):
 
222
    def test_base36_encode(self):
 
223
        self.assertEqual(base36_encode(2), 'C')
 
224
        self.assertEqual(base36_encode(37), 'BB')
 
225
 
 
226
    def test_base36_decode(self):
 
227
        self.assertEqual(base36_decode('C'), 2)
 
228
        self.assertEqual(base36_decode('BB'), 37)
 
229
 
 
230
    def test_decode_location(self):
 
231
        self.assertEqual(decode_location('C'), (0, 2))
 
232
 
 
233
    def test_decode_timestamp(self):
 
234
        self.assertEqual(decode_timestamp('C3U5GW'), (2004, 9, 22, 16, 59, 10))
 
235
        self.assertEqual(decode_timestamp('GA202I'), (2010, 1, 22, 13, 28, 56))
 
236
 
 
237
    def test_decode_accession(self):
 
238
        self.assertEqual(
 
239
            decode_accession('GA202I001ER3QL'),
 
240
            ((2010, 1, 22, 13, 28, 56), '0', 1, (1843, 859)))
 
241
 
 
242
    def test_decode_sff_filename(self):
 
243
        self.assertEqual(
 
244
            decode_sff_filename('F6AVWTA01.sff'),
 
245
            ((2009, 11, 25, 14, 30, 19), 'A', 1))
 
246
 
 
247
 
 
248
COMMON_HEADER = {
 
249
    'header_length': 440,
 
250
    'flowgram_format_code': 1,
 
251
    'index_length': 900,
 
252
    'magic_number': 779314790,
 
253
    'number_of_flows_per_read': 400,
 
254
    'version': 1,
 
255
    'flow_chars': 100 * 'TACG',
 
256
    'key_length': 4,
 
257
    'key_sequence': 'TCAG',
 
258
    'number_of_reads': 20,
 
259
    'index_offset': 33464,
 
260
    }
 
261
 
 
262
COMMON_HEADER_TXT = """\
 
263
Common Header:
 
264
  Magic Number:  0x2E736666
 
265
  Version:       0001
 
266
  Index Offset:  33464
 
267
  Index Length:  900
 
268
  # of Reads:    20
 
269
  Header Length: 440
 
270
  Key Length:    4
 
271
  # of Flows:    400
 
272
  Flowgram Code: 1
 
273
  Flow Chars:    TACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACG
 
274
  Key Sequence:  TCAG
 
275
"""
 
276
 
 
277
READ_HEADER = {
 
278
    'name_length': 14,
 
279
    'Name': 'GA202I001ER3QL',
 
280
    'clip_adapter_left': 0,
 
281
    'read_header_length': 32,
 
282
    'clip_adapter_right': 0,
 
283
    'number_of_bases': 271,
 
284
    'clip_qual_left': 5,
 
285
    'clip_qual_right': 271,
 
286
    }
 
287
 
 
288
READ_HEADER_TXT = """
 
289
>GA202I001ER3QL
 
290
  Run Prefix:   R_2010_01_22_13_28_56_
 
291
  Region #:     1
 
292
  XY Location:  1843_0859
 
293
 
 
294
  Read Header Len:  32
 
295
  Name Length:      14
 
296
  # of Bases:       271
 
297
  Clip Qual Left:   5
 
298
  Clip Qual Right:  271
 
299
  Clip Adap Left:   0
 
300
  Clip Adap Right:  0
 
301
"""
 
302
 
 
303
READ_DATA = {
 
304
    'flow_index_per_base': (
 
305
        1, 2, 3, 2, 3, 3, 2, 1, 1, 2, 1, 2, 0, 2, 3, 3, 2, 3, 3, 0, 2, 0, 2, 0,
 
306
        1, 1, 1, 2, 0, 2, 2, 1, 0, 0, 3, 0, 2, 1, 0, 1, 1, 3, 1, 2, 2, 2, 3, 2,
 
307
        1, 0, 2, 0, 3, 0, 3, 3, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 2, 2, 2,
 
308
        2, 3, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 1, 3, 2, 0, 3, 3, 2, 1, 2, 0, 2, 2, 1, 2,
 
309
        1, 2, 0, 1, 3, 0, 0, 3, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 3, 0, 2, 1, 1, 2,
 
310
        1, 3, 2, 2, 1, 0, 3, 3, 0, 2, 0, 1, 1, 3, 3, 3, 2, 0, 0, 0, 3, 3, 2, 1,
 
311
        1, 2, 2, 1, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 3, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 3, 2, 3, 3, 3,
 
312
        1, 3, 2, 0, 1, 3, 3, 3, 1, 3, 2, 0, 1, 2, 2, 3, 3, 3, 2, 3, 3, 3, 0, 3,
 
313
        3, 2, 2, 0, 3, 1, 1, 3, 0, 1, 0, 3, 2, 2, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 3, 2, 2,
 
314
        0, 2, 0, 3, 2, 3, 1, 2, 0, 3, 0, 2, 2, 2, 1, 1, 2, 2, 1, 1, 0, 3, 3, 2,
 
315
        0, 1, 0, 3, 0, 2, 3, 1, 1, 1, 1, 3, 1, 0, 1, 1, 2, 2, 3, 1, 0, 0, 1, 1,
 
316
        3, 3, 1, 3, 0, 1, 0),
 
317
    'flowgram_values': (
 
318
        101, 0, 98, 3, 0, 104, 2, 95, 1, 0, 97, 3, 0, 110, 2, 102, 102, 110, 2,
 
319
        99, 101, 0, 195, 5, 102, 0, 5, 96, 7, 0, 95, 7, 101, 0, 8, 98, 9, 0,
 
320
        190, 9, 201, 0, 194, 101, 107, 104, 12, 198, 13, 104, 2, 105, 295, 7,
 
321
        4, 197, 10, 101, 195, 98, 101, 3, 10, 100, 102, 0, 100, 7, 101, 0, 96,
 
322
        8, 11, 102, 12, 102, 203, 9, 196, 8, 13, 206, 13, 6, 103, 10, 4, 103,
 
323
        102, 3, 7, 479, 9, 102, 202, 10, 198, 6, 195, 9, 102, 0, 100, 5, 100,
 
324
        2, 103, 8, 8, 100, 6, 102, 7, 200, 388, 10, 97, 100, 8, 5, 100, 12, 197,
 
325
        7, 13, 103, 8, 7, 104, 10, 101, 104, 12, 201, 12, 99, 8, 99, 106, 13,
 
326
        103, 102, 8, 202, 108, 9, 13, 293, 7, 4, 203, 103, 202, 107, 376, 103,
 
327
        8, 11, 188, 8, 99, 101, 104, 8, 92, 101, 12, 4, 92, 11, 101, 7, 96, 202,
 
328
        8, 12, 93, 11, 11, 202, 7, 195, 101, 102, 6, 0, 101, 7, 7, 106, 2, 6,
 
329
        107, 4, 404, 12, 6, 104, 8, 10, 98, 2, 105, 110, 100, 8, 95, 3, 105,
 
330
        102, 208, 201, 13, 195, 14, 0, 99, 86, 202, 9, 301, 206, 8, 8, 85, 6,
 
331
        101, 6, 9, 103, 8, 9, 96, 4, 7, 102, 111, 0, 8, 93, 7, 194, 111, 5, 10,
 
332
        95, 5, 10, 104, 2, 6, 98, 103, 0, 11, 99, 15, 192, 110, 5, 98, 8, 91, 8,
 
333
        10, 92, 5, 10, 102, 8, 7, 105, 15, 102, 7, 9, 100, 2, 3, 102, 6, 9, 203,
 
334
        6, 14, 107, 12, 8, 107, 1, 103, 13, 202, 2, 6, 108, 103, 99, 11, 2, 201,
 
335
        207, 14, 8, 94, 4, 95, 9, 195, 13, 193, 9, 306, 13, 100, 11, 6, 75, 13,
 
336
        91, 12, 205, 7, 203, 10, 3, 107, 17, 111, 12, 4, 105, 106, 7, 208, 5, 9,
 
337
        202, 8, 108, 6, 84, 16, 103, 108, 92, 16, 93, 8, 95, 94, 207, 17, 10,
 
338
        103, 3, 0, 104, 0, 202, 217, 16, 12, 197, 4, 90, 15, 17, 108, 98, 125,
 
339
        104, 88, 14, 15, 99, 187, 106, 109, 12, 100, 11, 81, 8, 11, 92, 304,
 
340
        112, 107, 2, 11, 94, 7, 6, 86, 97, 19, 3, 225, 206),
 
341
    'Bases': (
 
342
        'TCAGCAGTAGTCCTGCTGCCTTCCGTAGGAGTTTGGACCGTGTCTCAGTTCCAATGTGGGGGACCTTCCT'
 
343
        'CTCAGAACCCCTATCCATCGAAGACTAGGTGGGCCGTTACCCCGCCTACTATCTAATGGAACGCATCCCC'
 
344
        'ATCGTCTACCGGAATACCTTTAATCATGTGAACATGTGAACTCATGATGCCATCTTGTATTAATCTTCCT'
 
345
        'TTCAGAAGGCTGTCCAAGAGTAGACGGCAGGTTGGATACGTGTTACTCACCCGTGCGCCGG'),
 
346
    'quality_scores': (
 
347
        37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37,
 
348
        37, 37, 37, 37, 40, 40, 40, 40, 40, 40, 40, 40, 40, 40, 40, 40, 40, 40,
 
349
        40, 40, 40, 40, 40, 40, 40, 40, 40, 40, 40, 40, 40, 37, 37, 37, 37, 37,
 
350
        37, 37, 37, 34, 34, 34, 34, 34, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37,
 
351
        37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37,
 
352
        37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37,
 
353
        38, 32, 32, 32, 32, 38, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37,
 
354
        37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37,
 
355
        37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37,
 
356
        37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37,
 
357
        37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37,
 
358
        37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37, 37,
 
359
        37, 37, 37, 37, 38, 38, 38, 38, 40, 40, 40, 38, 38, 38, 38, 38, 38, 38,
 
360
        40, 38, 38, 38, 38, 38, 38, 37, 38, 38, 36, 37, 37, 36, 33, 28, 28, 31,
 
361
        31, 31, 31, 31, 31, 31, 31, 31, 31, 31, 32, 32, 31, 30, 30, 25, 25, 25,
 
362
        25),
 
363
    }
 
364
 
 
365
READ_DATA_TXT = """
 
366
Flowgram:       1.01    0.00    0.98    0.03    0.00    1.04    0.02    0.95    0.01    0.00    0.97    0.03    0.00    1.10    0.02    1.02    1.02    1.10    0.02    0.99    1.01    0.00    1.95    0.05    1.02    0.00    0.05    0.96    0.07    0.00    0.95    0.07    1.01    0.00    0.08    0.98    0.09    0.00    1.90    0.09    2.01    0.00    1.94    1.01    1.07    1.04    0.12    1.98    0.13    1.04    0.02    1.05    2.95    0.07    0.04    1.97    0.10    1.01    1.95    0.98    1.01    0.03    0.10    1.00    1.02    0.00    1.00    0.07    1.01    0.00    0.96    0.08    0.11    1.02    0.12    1.02    2.03    0.09    1.96    0.08    0.13    2.06    0.13    0.06    1.03    0.10    0.04    1.03    1.02    0.03    0.07    4.79    0.09    1.02    2.02    0.10    1.98    0.06    1.95    0.09    1.02    0.00    1.00    0.05    1.00    0.02    1.03    0.08    0.08    1.00    0.06    1.02    0.07    2.00    3.88    0.10    0.97    1.00    0.08    0.05    1.00    0.12    1.97    0.07    0.13    1.03    0.08    0.07    1.04    0.10    1.01    1.04    0.12    2.01    0.12    0.99    0.08    0.99    1.06    0.13    1.03    1.02    0.08    2.02    1.08    0.09    0.13    2.93    0.07    0.04    2.03    1.03    2.02    1.07    3.76    1.03    0.08    0.11    1.88    0.08    0.99    1.01    1.04    0.08    0.92    1.01    0.12    0.04    0.92    0.11    1.01    0.07    0.96    2.02    0.08    0.12    0.93    0.11    0.11    2.02    0.07    1.95    1.01    1.02    0.06    0.00    1.01    0.07    0.07    1.06    0.02    0.06    1.07    0.04    4.04    0.12    0.06    1.04    0.08    0.10    0.98    0.02    1.05    1.10    1.00    0.08    0.95    0.03    1.05    1.02    2.08    2.01    0.13    1.95    0.14    0.00    0.99    0.86    2.02    0.09    3.01    2.06    0.08    0.08    0.85    0.06    1.01    0.06    0.09    1.03    0.08    0.09    0.96    0.04    0.07    1.02    1.11    0.00    0.08    0.93    0.07    1.94    1.11    0.05    0.10    0.95    0.05    0.10    1.04    0.02    0.06    0.98    1.03    0.00    0.11    0.99    0.15    1.92    1.10    0.05    0.98    0.08    0.91    0.08    0.10    0.92    0.05    0.10    1.02    0.08    0.07    1.05    0.15    1.02    0.07    0.09    1.00    0.02    0.03    1.02    0.06    0.09    2.03    0.06    0.14    1.07    0.12    0.08    1.07    0.01    1.03    0.13    2.02    0.02    0.06    1.08    1.03    0.99    0.11    0.02    2.01    2.07    0.14    0.08    0.94    0.04    0.95    0.09    1.95    0.13    1.93    0.09    3.06    0.13    1.00    0.11    0.06    0.75    0.13    0.91    0.12    2.05    0.07    2.03    0.10    0.03    1.07    0.17    1.11    0.12    0.04    1.05    1.06    0.07    2.08    0.05    0.09    2.02    0.08    1.08    0.06    0.84    0.16    1.03    1.08    0.92    0.16    0.93    0.08    0.95    0.94    2.07    0.17    0.10    1.03    0.03    0.00    1.04    0.00    2.02    2.17    0.16    0.12    1.97    0.04    0.90    0.15    0.17    1.08    0.98    1.25    1.04    0.88    0.14    0.15    0.99    1.87    1.06    1.09    0.12    1.00    0.11    0.81    0.08    0.11    0.92    3.04    1.12    1.07    0.02    0.11    0.94    0.07    0.06    0.86    0.97    0.19    0.03    2.25    2.06
 
367
Flow Indexes:   1       3       6       8       11      14      16      17      18      20      21      23      23      25      28      31      33      36      39      39      41      41      43      43      44      45      46      48      48      50      52      53      53      53      56      56      58      59      59      60      61      64      65      67      69      71      74      76      77      77      79      79      82      82      85      88      89      92      92      92      92      92      94      95      95      97      97      99      99      101     103     105     107     110     112     114     114     115     115     115     115     117     118     121     123     123     126     129     131     132     134     134     136     138     139     141     142     144     144     145     148     148     148     151     151     152     153     153     154     155     155     155     155     156     159     159     161     162     163     165     166     169     171     173     174     174     177     180     180     182     182     183     184     187     190     193     195     195     195     195     198     201     203     204     205     207     209     210     211     211     212     212     214     214     217     218     219     219     221     221     221     222     222     225     227     230     233     236     237     240     242     242     243     246     249     252     253     256     258     258     259     261     263     266     269     272     274     277     280     283     283     286     289     291     293     293     296     297     298     301     301     302     302     305     307     309     309     311     311     313     313     313     315     318     320     322     322     324     324     327     329     332     333     335     335     338     338     340     342     344     345     346     348     350     351     352     352     355     358     360     360     361     361     364     364     366     369     370     371     372     373     376     377     377     378     379     381     383     386     387     387     387     388     389     392     395     396     399     399     400     400
 
368
Bases:  tcagCAGTAGTCCTGCTGCCTTCCGTAGGAGTTTGGACCGTGTCTCAGTTCCAATGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTATCCATCGAAGACTAGGTGGGCCGTTACCCCGCCTACTATCTAATGGAACGCATCCCCATCGTCTACCGGAATACCTTTAATCATGTGAACATGTGAACTCATGATGCCATCTTGTATTAATCTTCCTTTCAGAAGGCTGTCCAAGAGTAGACGGCAGGTTGGATACGTGTTACTCACCCGTGCGCCGG
 
369
Quality Scores: 37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      40      40      40      40      40      40      40      40      40      40      40      40      40      40      40      40      40      40      40      40      40      40      40      40      40      40      40      37      37      37      37      37      37      37      37      34      34      34      34      34      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      38      32      32      32      32      38      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      37      38      38      38      38      40      40      40      38      38      38      38      38      38      38      40      38      38      38      38      38      38      37      38      38      36      37      37      36      33      28      28      31      31      31      31      31      31      31      31      31      31      31      32      32      31      30      30      25      25      25      25
 
370
"""
 
371
 
 
372
if __name__ == '__main__':
 
373
    main()