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Viewing changes to biostruc/cdd/cdd.asn

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2011-02-13 15:07:22 UTC
  • mfrom: (5.1.2 experimental)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20110213150722-0ua6hh0mua84jxr5
Tags: 6.1.20100808-2
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Lines of Context:
biostruc/cdd/cdd.asn
1
 
--$Revision: 1.27 $
 
1
--$Revision: 1.28 $
2
2
--**********************************************************************
3
3
--
4
4
--  Definitions for CDD's 
280
280
                                        -- be used for labels in visualization
281
281
  evidence      SEQUENCE OF Feature-evidence OPTIONAL,  -- evidence we can
282
282
                                                        -- compute with
283
 
  type          INTEGER OPTIONAL        -- for typing annotated features
 
283
  type          INTEGER OPTIONAL,       -- for typing annotated features
 
284
                                        -- 0 .. no type assigned
 
285
                                        -- 1 .. active site
 
286
                                        -- 2 .. polypeptide binding site
 
287
                                        -- 3 .. nucleic acid binding site
 
288
                                        -- 4 .. ion binding site
 
289
                                        -- 5 .. chemical binding site
 
290
                                        -- 6 .. posttranslational modification site
 
291
  aliases       SEQUENCE OF VisibleString OPTIONAL, -- adding more names for indexing
 
292
  motif         VisibleString OPTIONAL, -- to validate mapping of sites
 
293
  motifuse      INTEGER OPTIONAL        -- 0 for validation,
 
294
                                        -- 1 for motif somewhere in seqloc
 
295
                                        -- 2 for multiple motifs in seqloc
284
296
}
285
297
 
286
298
Align-annot-set ::= SEQUENCE OF Align-annot
480
492
  cdcolor       SEQUENCE OF INTEGER,      -- colors  
481
493
  viewers       SEQUENCE OF Cdd-Viewer,   -- Sequence viewers
482
494
  log           VisibleString,            -- log
483
 
  scripts       SEQUENCE OF Cdd-Script OPTIONAL    -- command scripts
 
495
  scripts       SEQUENCE OF Cdd-Script OPTIONAL,    -- command scripts
 
496
  id            Cdd-id-set  OPTIONAL,               -- to assign unique project id
 
497
  rids          SEQUENCE OF VisibleString OPTIONAL, -- to store request IDs for batch CD-Searches
 
498
  create-date   Date OPTIONAL,
 
499
  update-date   Date OPTIONAL,
 
500
  project-id    INTEGER OPTIONAL          -- for temporary tracking in the database
484
501
}
485
502
 
486
503
END