← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/oneiric/ncbi-tools6/oneiric

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/blast/blast.html

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2011-02-13 15:07:22 UTC
  • mfrom: (5.1.2 experimental)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20110213150722-0ua6hh0mua84jxr5
Tags: 6.1.20100808-2
Reupload to unstable following the release of Debian 6.0 (squeeze).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/blast/blast.html
11
11
 
12
12
  <body>
13
13
<pre>
 
14
 
 
15
WARNING: We now encourage BLAST users to use the BLAST+ applications, that can be downloaded at
 
16
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST .  There is an extensive user manual about the
 
17
BLAST+ applications at ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/user_manual.pdf as well
 
18
as a publication at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20003500?dopt=Citation
 
19
 
 
20
This document is no longer actively maintained.
 
21
 
 
22
 
 
23
 
14
24
README for stand-alone BLAST
15
25
 
16
 
$Date: 2007/10/29 13:30:52 $
 
26
$Date: 2010/03/26 14:52:10 $
17
27
 
18
28
Table of contents
19
29
-----------------
35
45
 
36
46
Apple MacOS X (ppc32/ia32)
37
47
FreeBSD 4.5 (ia32)
38
 
IBM AIX 5.1 (ppc64)
39
48
Linux (kernel 2.6, glibc 2.3) (ia32, ia64, x64)
40
49
Microsoft Windows 2000 (ia32)
41
 
SGI IRIX 6.5 (mips64)
42
 
Sun Solaris 9 (ia32)
43
50
Sun Solaris 10 (sparc64)
44
51
Sun Solaris 10 (x64)
45
52
 
265
272
blast-help@ncbi.nlm.nih.gov e-mail address.
266
273
 
267
274
 
268
 
SGI Note:
269
 
---------
270
 
 
271
 
SGI recommends the following threads patches on IRIX6 systems:
272
 
 
273
 
   For 6.2 systems, install SG0001404, SG0001645, SG0002000, SG0002420 and SG0002458 (in that order)
274
 
   For 6.3 systems, install SG0001645, SG0002420 and SG0002458 (in that order)
275
 
   For 6.4 systems, install SG0002194, SG0002420 and SG0002458 (in that order)
276
 
 
277
 
These patches can be obtained by calling SGI customer service or from the web: http://support.sgi.com/
278
 
 
279
275
System recommendations:
280
276
----------------------
281
277
 
295
291
of disk space, to make room for software and output, is probably a pretty
296
292
good bet.
297
293
 
298
 
OSF1 and limit
299
 
--------------
300
 
 
301
 
Some OSF1 users have encountered "out of memory" problems when running searches
302
 
even though there seems to be plenty of memory on the machine and the search
303
 
runs well on other platforms.  The error message would look something like:
304
 
 
305
 
[blastall] FATAL ERROR: CoreLib [001.000]  gi|509180|emb|X71670.1|MMP17SAR: Failed to allocate 480 bytes
306
 
 
307
 
Often it is sufficient to simply raise the "datasize" limit, which specifies
308
 
the maximum allowed heap size.  The "datasize" limit can be changed by executing:
309
 
 
310
 
limit datasize unlimited
311
 
 
312
 
Note that this change only applies to the current session, so it is advisable to place
313
 
this command in some file sourced at startup, such as .login or .cshrc.
314
 
</pre>
315
 
  </body>
316
 
</html>
317