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Viewing changes to algo/blast/core/blast_encoding.c

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2008-07-14 19:43:15 UTC
  • mfrom: (2.1.12 intrepid)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080714194315-ed44u9ek7txva2rz
Tags: 6.1.20080302-3
http://bugs.debian.org/490437
tools/readdb.c: enable madvise()-based code on all glibc (hence all
Debian) systems, not just Linux.  (Closes: #490437.)

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Lines of Context:
algo/blast/core/blast_encoding.c
1
 
/* $Id: blast_encoding.c,v 1.6 2006/08/29 21:56:34 camacho Exp $
 
1
/* $Id: blast_encoding.c,v 1.7 2008/01/24 21:25:45 kazimird Exp $
2
2
 * ===========================================================================
3
3
 *
4
4
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
34
34
 
35
35
#ifndef SKIP_DOXYGEN_PROCESSING
36
36
static char const rcsid[] =
37
 
    "$Id: blast_encoding.c,v 1.6 2006/08/29 21:56:34 camacho Exp $";
 
37
    "$Id: blast_encoding.c,v 1.7 2008/01/24 21:25:45 kazimird Exp $";
38
38
#endif /* SKIP_DOXYGEN_PROCESSING */
39
39
 
40
40
#include <algo/blast/core/blast_encoding.h>
77
77
     0      /* Gap, 15 */
78
78
};
79
79
 
 
80
const char BLASTNA_TO_IUPACNA[BLASTNA_SIZE] = {
 
81
    'A', 'C', 'G', 'T', 'R', 'Y', 'M', 'K', 
 
82
    'W', 'S', 'B', 'D', 'H', 'V', 'N', '-'
 
83
};
 
84
 
 
85
const char NCBI4NA_TO_IUPACNA[BLASTNA_SIZE] = {
 
86
    '-', 'A', 'C', 'M', 'G', 'R', 'S', 'V',
 
87
    'T', 'W', 'Y', 'H', 'K', 'D', 'B', 'N'
 
88
};
 
89
 
80
90
const Uint1 IUPACNA_TO_BLASTNA[128]={
81
91
15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,
82
92
15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,
114
124
 
115
125
const Uint1 kProtSentinel = NULLB;
116
126
const Uint1 kNuclSentinel = 0xF;
117
 
 
118
 
/*
119
 
 * ===========================================================================
120
 
 * $Log: blast_encoding.c,v $
121
 
 * Revision 1.6  2006/08/29 21:56:34  camacho
122
 
 * +NCBISTDAA_TO_AMINOACID
123
 
 *
124
 
 * Revision 1.5  2006/03/31 17:32:40  camacho
125
 
 * Added constants for sentinel values
126
 
 *
127
 
 * Revision 1.4  2006/02/16 18:47:18  camacho
128
 
 * + encoding translations for O and J
129
 
 *
130
 
 * Revision 1.3  2004/11/02 17:56:48  camacho
131
 
 * Add DOXYGEN_SKIP_PROCESSING to guard rcsid string
132
 
 *
133
 
 * Revision 1.2  2004/05/19 14:52:02  camacho
134
 
 * 1. Added doxygen tags to enable doxygen processing of algo/blast/core
135
 
 * 2. Standardized copyright, CVS $Id string, $Log and rcsid formatting and i
136
 
 *    location
137
 
 * 3. Added use of @todo doxygen keyword
138
 
 *
139
 
 * Revision 1.1  2004/04/07 03:10:56  camacho
140
 
 * Initial revision
141
 
 *
142
 
 * ===========================================================================
143
 
 */