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Viewing changes to asn/seq.asn

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2008-07-14 19:43:15 UTC
  • mfrom: (2.1.12 intrepid)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080714194315-ed44u9ek7txva2rz
Tags: 6.1.20080302-3
http://bugs.debian.org/490437
tools/readdb.c: enable madvise()-based code on all glibc (hence all
Debian) systems, not just Linux.  (Closes: #490437.)

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Lines of Context:
asn/seq.asn
1
 
--$Revision: 6.15 $
 
1
--$Revision: 6.19 $
2
2
--**********************************************************************
3
3
--
4
4
--  NCBI Sequence elements
12
12
 
13
13
EXPORTS Annotdesc, Annot-descr, Bioseq, GIBB-mol, Heterogen, MolInfo,
14
14
        Numbering, Pubdesc, Seq-annot, Seq-data, Seqdesc, Seq-descr, Seq-ext,
15
 
        Seq-hist, Seq-inst, Seq-literal, Seqdesc;
 
15
        Seq-hist, Seq-inst, Seq-literal, Seqdesc, Delta-ext;
16
16
 
17
17
IMPORTS Date, Int-fuzz, Dbtag, Object-id, User-object FROM NCBI-General
18
18
        Seq-align FROM NCBI-Seqalign
27
27
        EMBL-block FROM EMBL-General
28
28
        SP-block FROM SP-General
29
29
        PRF-block FROM PRF-General
30
 
        PDB-block FROM PDB-General;
 
30
        PDB-block FROM PDB-General
 
31
        Seq-table FROM NCBI-SeqTable;
31
32
 
32
33
--*** Sequence ********************************
33
34
--*
102
103
        cRNA (11) ,              -- viral RNA genome copy intermediate
103
104
        snoRNA (12) ,            -- small nucleolar RNA
104
105
        transcribed-RNA (13) ,   -- transcribed RNA other than existing classes
 
106
        ncRNA (14) ,
 
107
        tmRNA (15) ,
105
108
        other (255) } DEFAULT unknown ,
106
109
    tech INTEGER {
107
110
        unknown (0) ,
127
130
        wgs (20) ,              -- whole genome shotgun sequencing
128
131
        barcode (21) ,          -- barcode of life project
129
132
        composite-wgs-htgs (22) , -- composite of WGS and HTGS
 
133
        tsa (23) ,              -- transcriptome shotgun assembly
130
134
        other (255) }           -- use Source.techexp
131
135
               DEFAULT unknown ,
132
136
    techexp VisibleString OPTIONAL ,   -- explanation if tech not enough
145
149
      no-ends (5) ,                    -- missing both ends
146
150
      has-left (6) ,                   -- 5' or NH3 end present
147
151
      has-right (7) ,                  -- 3' or COOH end present
148
 
      other (255) } DEFAULT unknown }
 
152
      other (255) } DEFAULT unknown ,
 
153
    gbmoltype VisibleString OPTIONAL } -- identifies particular ncRNA
149
154
 
150
155
 
151
156
GIBB-mol ::= ENUMERATED {       -- type of molecule represented
239
244
    seq-raw StringStore OPTIONAL ,  -- original sequence from paper
240
245
    align-group INTEGER OPTIONAL ,  -- this seq aligned with others in paper
241
246
    comment VisibleString OPTIONAL, -- any comment on this pub in context
242
 
        reftype INTEGER {           -- type of reference in a GenBank record
243
 
                seq (0) ,               -- refers to sequence
244
 
                sites (1) ,             -- refers to unspecified features
245
 
                feats (2) ,             -- refers to specified features
246
 
                no-target (3) }         -- nothing specified (EMBL)
247
 
                DEFAULT seq }
 
247
    reftype INTEGER {           -- type of reference in a GenBank record
 
248
        seq (0) ,               -- refers to sequence
 
249
        sites (1) ,             -- refers to unspecified features
 
250
        feats (2) ,             -- refers to specified features
 
251
        no-target (3) }         -- nothing specified (EMBL)
 
252
        DEFAULT seq }
248
253
 
249
254
Heterogen ::= VisibleString       -- cofactor, prosthetic group, inhibitor, etc
250
255
 
433
438
        ftable SET OF Seq-feat ,
434
439
        align SET OF Seq-align ,
435
440
        graph SET OF Seq-graph ,
436
 
        ids SET OF Seq-id ,        -- used for communication between tools
437
 
        locs SET OF Seq-loc } }    -- used for communication between tools
 
441
        ids SET OF Seq-id ,      -- used for communication between tools
 
442
        locs SET OF Seq-loc ,    -- used for communication between tools
 
443
        seq-table Seq-table } }  -- features in table form
438
444
 
439
445
END
440
446