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Viewing changes to wdemo/wspec/options.wrm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Steffen Moeller
  • Date: 2010-07-11 06:27:12 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20100711062712-f1mtli96gavo7mk4
Tags: upstream-4.9.39
Import upstream version 4.9.39

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Lines of Context:
wdemo/wspec/options.wrm
 
1
/* @(#)options.wrm      1.17 9/10/96 */
 
2
 
 
3
  /* wspec/options.wrm
 
4
     
 
5
     This file is read only at execution time
 
6
 
 
7
     It holds the class definitions necessary to the applications.
 
8
     The kernel classes are defined in  wspec/sysoptions.wrm
 
9
     which can serve as a model when editing this one.
 
10
 
 
11
     You can freely edit this file without recompiling
 
12
     but it must remain consistent with the other wspec files
 
13
     and you must never change the type (A, B, X) of a class
 
14
     unless you reconstruct the database from ace files.
 
15
 
 
16
     Line starting with _VClassName are parsed, they are expected
 
17
     to contain a la Unix a set of -Option parameters.
 
18
     Class names must match their enumeration in wspec/classes.wrm
 
19
        
 
20
     The order in which classes appear here will be used in displays.
 
21
        
 
22
     Options names can be abbreviated, recognized options are
 
23
     -Hidden    : this class will not be listed in the Main Window pulldown list.
 
24
     -Visible   : this class will be listed in the acedb Main Window.
 
25
     -Array     : this class is of type A, (Array or tuple).
 
26
     -Btree     : this class is of type B, it must be further defined in models.wrm
 
27
     -XREF      : Auto cross referencing Hidden B system class. Do not use.
 
28
     -Display  displayType : The preferred display type of the class,
 
29
                             as enumerated in wspec/disptype.wrm
 
30
     -Title  Tag : Tag must be a tag name listed in wspec/tags.wrm (or systags)
 
31
                   If present in some object of that class, the text following it
 
32
                   will be used preferentially when referring to that object.
 
33
     -Rename otherName : Other name will show in lists, old and new
 
34
                         name will be recognized in ace files and queries, old
 
35
                         is used in the code. In case some newName
 
36
                         matches some old name, the new name takes precedence.
 
37
     -CaseSensitive : The names in this class will be case sensitive.
 
38
                      Never undo this option once it has been used.
 
39
     Classes default as -B -H -D TREE
 
40
     A classes further default as -H -D ZERO
 
41
 
 
42
     A classes may have a user defined parse and dump functions. 
 
43
     Every display type needs a display function.
 
44
     
 
45
     These routines must be registered in file wspec/quovadis.h before
 
46
     recompilation.
 
47
  */
 
48
 
 
49
// use the following for Arun Aggrawal's synmap 
 
50
// but note that they will not work with tace unless you
 
51
// register the -M options in displays.wrm, with dummy values
 
52
//  _VMap              -V -D SYN -M STSMAP
 
53
//  _VAssembly         -V -D SYN -M DOGMAP
 
54
//  _VClone            -V -D SYN -M CloneMAP
 
55
 
 
56
_VMap              -V -D GMAP  
 
57
_VSequence         -V -D FMAP
 
58
_VClone            -V -D PMAP
 
59
 
 
60
_VAuthor           -V 
 
61
_VJournal          -V
 
62
_VPaper            -V -T Brief_citation
 
63
 
 
64
_VGene_Class       -V
 
65
_VLocus            -V -D GMAP 
 
66
_VRearrangement    -V -D GMAP
 
67
 
 
68
_VAllele           -V
 
69
_VStrain           -V -T Genotype 
 
70
_VLaboratory       -V
 
71
 
 
72
_V2_point_data     -H -T Genotype 
 
73
_VMulti_pt_data    -H -T Genotype
 
74
_VPos_neg_data     -H -T Results 
 
75
 
 
76
_VMotif            -V -D WWW
 
77
 
 
78
_VContig           -H -D PMAP
 
79
 
 
80
_VProtein          -V -D PEPMAP
 
81
_VAlignment        -V
 
82
_VMethod           -V
 
83
_VWormpep          -V -D PEPMAP
 
84
_VGrid             -V -D GRID
 
85
_VSpecies          -H
 
86
 
 
87
_VCell             -V
 
88
_VExpr_pattern     -V
 
89
 
 
90
_VMultiMap         -H -D DtMULTIMAP
 
91
_VManyMap          -H -D GMAP
 
92
 
 
93
_VPathway          -V -D METAB
 
94
_VEnzyme           -V
 
95
_VMetabolite       -H
 
96
 
 
97
_VView             -V
 
98
_VCell_group       -H
 
99
_VLife_stage       -H
 
100
_VPicture          -H
 
101
 
 
102
_VAccession_number -H
 
103
_VTree             -V -D DtDendrogram
 
104
_VTreeNode         -H -D DtDendrogram
 
105
 
 
106
//added to allow URL objects to call netscape 
 
107
_VUrl              -V -D WWW
 
108
 
 
109
// Jade class for Lincoln/Jean added by rd 000307
 
110
_VJade             -H
 
111
 
 
112
// RNAi class added by LS 11/18/2000
 
113
_VRNAi             -V
 
114
 
 
115
// phenotypes and RNAis
 
116
_VPhenotype        -V
 
117
_VRNAi             -V
 
118
 
 
119
 
 
120
// The following lines are now obsolete and declared in kernel
 
121
// _VgMap                  -A -H -D GMAP
 
122
// _VvMap                  -A -H -D VMAP
 
123
// _VpMap             -A -H -D PMAP
 
124
// _VDNA              -A -H -D FMAP
 
125
// _VPeptide          -A -H
 
126
 
 
127
 
 
128
 
 
129
 
 
130
 
 
131
 
 
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