~ubuntu-branches/ubuntu/quantal/psicode/quantal

« back to all changes in this revision

Viewing changes to src/bin/optking/optking.txt

• browse files at revision 1
• compare with another revision
• download diff
• download tarball
• view history from revision 1

Show diffs side-by-side

added

removed

src/bin/optking/optking.txt

 

1

The actions of optking are controlled directly by command-line arguments passed

 

2

to it by psi3 or the user.  These are described in the man pages and at the top

 

3

of opt.cc.

 

4

 

 

5

The header files are organized as follows

 

6

internals.h

 

7

    This class contains pointers to sets of different kinds of internal

 

8

coordinates along with functions to set and get the number of each kind.

 

9

Its constructor function will read in all the simples present in the intco

 

10

section or construct them from distance criteria.

 

11

important member functions include:

 

12

  compute_internals(number of atoms, geometry) to compute values of simples

 

13

  compute_s(number of atoms, geometry) to compute values of all s-vectors

 

14

 

 

15

stretch.h

 

16

bend.h

 

17

torsion.h

 

18

out_of_plane.h

 

19

lin_bend.h

 

20

    These headers define the internal coordinate types and each contain

 

21

2 classes.  The simplest are in stretch.h:

 

22

    The first class is "stretch_class", which is a single stretch

 

23

containing the id number of the stretch, the atoms involved, the value

 

24

of the stretch, and the s-vectors for the stretch.  The second class is

 

25

"stretch_set", which contains a pointer to an array of stretches plus

 

26

the number of stretches present.

 

27

 

 

28

salc_set.h

 

29

    This header defines a salc_class, which includes a prefactor, a set of

 

30

coefficients and simple internal coordinate id numbers.  A salc_set

 

31

is an array of salc_class.  It has a constructor for all SALCS, symmetric

 

32

and asymmetric, and also a constructor for just those salcs in the "SYMM"

 

33

section of the INTCO section.

 

34

 

 

35

The basic startup algorithm goes as follows

 

36

 

 

37

1. See if user has specified zmat_simples as true and not provided an INTCO

 

38

section.  If so, copy simple internal coordinates directly from the z-mat in

 

39

the input to simple coordinates in intco.dat.

 

40

 

 

41

2. use "internals" constructor. This reads in all of the simples present

 

42

in intco section, OR generates simples based on distance criteria.

 

43

 

 

44

3. If "symm" vector is not already present, then

 

45

    if (delocalize == true), form delocalized coordinates from simple ones

 

46

    else use simple, redundant internal coordinates (copy simples into SYMM

 

47

       in intco.dat)

 

48

 

 

49

4. call salc_set constructor function.  With the argument "SYMM", this reads in

 

50

   all of the SALCS present in only the SYMM section of intco.dat

 

51

 

• Older »

Loggerhead is a web-based interface for Breezy
Version: 2.0.1