← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/nwchem/saucy

« back to all changes in this revision

Viewing changes to QA/tests/pspw2/pspw2.out

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Michael Banck, Michael Banck, Daniel Leidert
  • Date: 2012-02-09 20:02:41 UTC
  • mfrom: (1.1.1)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20120209200241-jgk03qfsphal4ug2
Tags: 6.1-1
http://bugs.debian.org/632611
https://launchpad.net/bugs/791308
* New upstream release.

[ Michael Banck ]
* debian/patches/02_makefile_flags.patch: Updated.
* debian/patches/02_makefile_flags.patch: Use internal blas and lapack code.
* debian/patches/02_makefile_flags.patch: Define GCC4 for LINUX and LINUX64
  (Closes: #632611 and LP: #791308).
* debian/control (Build-Depends): Added openssh-client.
* debian/rules (USE_SCALAPACK, SCALAPACK): Removed variables (Closes:
  #654658).
* debian/rules (LIBDIR, USE_MPIF4, ARMCI_NETWORK): New variables.
* debian/TODO: New file.
* debian/control (Build-Depends): Removed libblas-dev, liblapack-dev and
  libscalapack-mpi-dev.
* debian/patches/04_show_testsuite_diff_output.patch: New patch, shows the
  diff output for failed tests.
* debian/patches/series: Adjusted.
* debian/testsuite: Optionally run all tests if "all" is passed as option.
* debian/rules: Run debian/testsuite with "all" if DEB_BUILD_OPTIONS
  contains "checkall".

[ Daniel Leidert ]
* debian/control: Used wrap-and-sort. Added Vcs-Svn and Vcs-Browser fields.
  (Priority): Moved to extra according to policy section 2.5.
  (Standards-Version): Bumped to 3.9.2.
  (Description): Fixed a typo.
* debian/watch: Added.
* debian/patches/03_hurd-i386_define_path_max.patch: Added.
  - Define MAX_PATH if not defines to fix FTBFS on hurd.
* debian/patches/series: Adjusted.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
QA/tests/pspw2/pspw2.out
1
 
 argument  1 = pspw2.nw
2
 
                                         
3
 
                                         
4
 
 
5
 
 
6
 
              Northwest Computational Chemistry Package (NWChem) 5.0
 
1
 
 
2
Processor list
 
3
 
 
4
cu03n193,cu10n182
 
5
 
 
6
ARMCI configured for 2 cluster nodes. Network protocol is 'OpenIB Verbs API'.
 
7
All connections between all procs tested: SUCCESS
 
8
 argument  1 = /mscf/home/d3p852/nwchem-5.1.1/QA/tests/pspw2/pspw2.nw
 
9
 
 
10
 
 
11
 
 
12
============================== echo of input deck ==============================
 
13
echo
 
14
title "GGA testing - fails on Bassi"
 
15
 
 
16
 
 
17
#memory 950 mb
 
18
 
 
19
start ch3cl.pspw
 
20
 
 
21
charge 0
 
22
 
 
23
geometry
 
24
C             1.141270   -0.000034    0.000004
 
25
Cl           -0.664540    0.000021   -0.000006
 
26
H             1.483169   -0.877342   -0.547984
 
27
H             1.483210    0.913220   -0.485690
 
28
H             1.483190   -0.036019    1.033759
 
29
end
 
30
 
 
31
set nwpw:minimizer 2
 
32
############################################
 
33
############## PBE96 testing ###############
 
34
############################################
 
35
 
 
36
nwpw
 
37
   simulation_cell
 
38
     ngrid 32 32 32
 
39
   end
 
40
   xc pbe96
 
41
   lcao #old default
 
42
end
 
43
task pspw energy
 
44
 
 
45
 
 
46
 
 
47
############################################
 
48
####### steepest descent testing ###########
 
49
############################################
 
50
nwpw
 
51
  steepest_descent
 
52
    fake_mass 400000.0d0
 
53
    time_step 15.8d0
 
54
    loop 10 10
 
55
    xc pbe96
 
56
   end
 
57
end
 
58
task pspw steepest_descent
 
59
 
 
60
 
 
61
================================================================================
 
62
 
 
63
 
 
64
                                         
 
65
                                         
 
66
 
 
67
 
 
68
              Northwest Computational Chemistry Package (NWChem) 6.0
7
69
              ------------------------------------------------------
8
 
 
9
 
 
 
70
 
 
71
 
10
72
                    Environmental Molecular Sciences Laboratory
11
73
                       Pacific Northwest National Laboratory
12
74
                                Richland, WA 99352
13
 
 
14
 
                                         
15
 
                                         
16
 
 
17
 
 
18
 
                     COPYRIGHT (C) 1994, 1995, 1996, 1997, 1998,
19
 
                   1999, 2000, 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006
20
 
                        Pacific Northwest National Laboratory,
21
 
                             Battelle Memorial Institute.
22
 
 
23
 
                            >>> All Rights Reserved <<<
24
 
 
25
 
 
26
 
                                    DISCLAIMER
27
 
                                    ----------
28
 
 
29
 
            This material was prepared as an account of work sponsored
30
 
            by an agency of the United States Government.  Neither the
31
 
            United States Government nor the United States Department
32
 
            of Energy, nor Battelle, nor any of their employees, MAKES
33
 
            ANY WARRANTY, EXPRESS OR IMPLIED, OR ASSUMES ANY LEGAL
34
 
            LIABILITY OR RESPONSIBILITY FOR THE ACCURACY, COMPLETENESS,
35
 
            OR USEFULNESS OF ANY INFORMATION, APPARATUS, PRODUCT,
36
 
            SOFTWARE, OR PROCESS DISCLOSED, OR REPRESENTS THAT ITS USE
37
 
            WOULD NOT INFRINGE PRIVATELY OWNED RIGHTS.
38
 
 
39
 
 
40
 
                                    LIMITED USE
41
 
                                    -----------
42
 
 
43
 
            This software (including any documentation) is being made
44
 
            available to you for your internal use only, solely for use
45
 
            in performance of work directly for the U.S. Federal
46
 
            Government or work under contracts with the U.S. Department
47
 
            of Energy or other U.S. Federal Government agencies.  This
48
 
            software is a version which has not yet been evaluated and
49
 
            cleared for commercialization.  Adherence to this notice
50
 
            may be necessary for the author, Battelle Memorial
51
 
            Institute, to successfully assert copyright in and
52
 
            commercialize this software. This software is not intended
53
 
            for duplication or distribution to third parties without
54
 
            the permission of the Manager of Software Products at
55
 
            Pacific Northwest National Laboratory, Richland,
56
 
            Washington, 99352.
57
 
 
 
75
 
 
76
                              Copyright (c) 1994-2010
 
77
                       Pacific Northwest National Laboratory
 
78
                            Battelle Memorial Institute
 
79
 
 
80
             NWChem is an open-source computational chemistry package
 
81
                        distributed under the terms of the
 
82
                      Educational Community License (ECL) 2.0
 
83
             A copy of the license is included with this distribution
 
84
                              in the LICENSE.TXT file
58
85
 
59
86
                                  ACKNOWLEDGMENT
60
87
                                  --------------
61
88
 
62
 
            This software and its documentation were produced with
63
 
            Government support under Contract Number DE-AC06-76RLO-1830
64
 
            awarded by the United States Department of Energy.  The
65
 
            Government retains a paid-up non-exclusive, irrevocable
66
 
            worldwide license to reproduce, prepare derivative works,
67
 
            perform publicly and display publicly by or for the
68
 
            Government, including the right to distribute to other
69
 
            Government contractors.
 
89
            This software and its documentation were developed at the
 
90
            EMSL at Pacific Northwest National Laboratory, a multiprogram
 
91
            national laboratory, operated for the U.S. Department of Energy
 
92
            by Battelle under Contract Number DE-AC05-76RL01830. Support
 
93
            for this work was provided by the Department of Energy Office
 
94
            of Biological and Environmental Research, Office of Basic
 
95
            Energy Sciences, and the Office of Advanced Scientific Computing.
70
96
 
71
97
 
72
98
           Job information
73
99
           ---------------
74
100
 
75
 
    hostname      = seattle-1
76
 
    program       = nwchem
77
 
    date          = Tue Jul 11 17:43:50 2006
 
101
    hostname      = cu3n193
 
102
    program       = /scratch/nwchem
 
103
    date          = Fri Oct 29 11:39:54 2010
78
104
 
79
 
    compiled      = Sat Jul  1 12:32:58 PDT 2006
80
 
    source        = /home/bylaska/nwchem-releases/nwchem
81
 
    nwchem branch = Development
82
 
    input         = pspw2.nw
 
105
    compiled      = Thu_Oct_28_07:10:53_2010
 
106
    source        = /home/scicons/user/kurt/nwchem-6.0-release-pgf90-final/
 
107
    nwchem branch = 6.0
 
108
    input         = /mscf/home/d3p852/nwchem-5.1.1/QA/tests/pspw2/pspw2.nw
83
109
    prefix        = ch3cl.pspw.
84
110
    data base     = ./ch3cl.pspw.db
85
111
    status        = startup
86
 
    nproc         =    1
87
 
    time left     =     -1s
 
112
    nproc         =        8
 
113
    time left     =   1763s
88
114
 
89
115
 
90
116
 
91
117
           Memory information
92
118
           ------------------
93
119
 
94
 
    heap      =   39321601 doubles =    300.0 Mbytes
95
 
    stack     =   13107201 doubles =    100.0 Mbytes
96
 
    global    =   52428811 doubles =    400.0 Mbytes (within heap+stack)
97
 
    total     =   52428802 doubles =    400.0 Mbytes
98
 
    verify    = yes
99
 
    hardfail  = no 
 
120
    heap     =  104857601 doubles =    800.0 Mbytes
 
121
    stack    =  104857601 doubles =    800.0 Mbytes
 
122
    global   =  209715200 doubles =   1600.0 Mbytes (distinct from heap & stack)
 
123
    total    =  419430402 doubles =   3200.0 Mbytes
 
124
    verify   = yes
 
125
    hardfail = no 
100
126
 
101
127
 
102
128
           Directory information
103
129
           ---------------------
104
 
 
 
130
 
105
131
  0 permanent = .
106
132
  0 scratch   = .
107
 
 
108
 
 
109
 
 
110
 
 
 
133
 
 
134
 
 
135
 
 
136
 
111
137
                                NWChem Input Module
112
138
                                -------------------
113
 
 
114
 
 
 
139
 
 
140
 
115
141
                           GGA testing - fails on Bassi
116
142
                           ----------------------------
117
143
 
124
150
          auto-z
125
151
          ------
126
152
  Looking for out-of-plane bends
127
 
 
128
 
 
 
153
 
 
154
 
129
155
                             Geometry "geometry" -> ""
130
156
                             -------------------------
131
 
 
 
157
 
132
158
 Output coordinates in angstroms (scale by  1.889725989 to convert to a.u.)
133
 
 
 
159
 
134
160
  No.       Tag          Charge          X              Y              Z
135
161
 ---- ---------------- ---------- -------------- -------------- --------------
136
162
    1 C                    6.0000     0.00000000     0.00000000     1.14126965
138
164
    3 H                    1.0000    -0.58835670     0.85075363     1.48318932
139
165
    4 H                    1.0000    -0.44259590    -0.93490866     1.48318932
140
166
    5 H                    1.0000     1.03095260     0.08415503     1.48318932
141
 
 
 
167
 
142
168
      Atomic Mass 
143
169
      ----------- 
144
 
 
 
170
 
145
171
      C                 12.000000
146
172
      Cl                34.968850
147
173
      H                  1.007825
148
 
 
 
174
 
149
175
 
150
176
 Effective nuclear repulsion energy (a.u.)      50.8408707965
151
177
 
154
180
        X                 Y               Z
155
181
 ---------------- ---------------- ----------------
156
182
     0.0000000000     0.0000000000     0.0000000000
157
 
 
 
183
 
158
184
      Symmetry information
159
185
      --------------------
160
 
 
 
186
 
161
187
 Group name             C3        
162
188
 Group number              5
163
189
 Group order               3
164
190
 No. of unique centers     3
165
 
 
 
191
 
166
192
      Symmetry unique atoms
167
 
 
 
193
 
168
194
     1    2    3
169
 
 
 
195
 
170
196
 
171
197
 
172
198
                                Z-matrix (autoz)
173
199
                                -------- 
174
200
 
175
201
 Units are Angstrom for bonds and degrees for angles
176
 
 
 
202
 
177
203
      Type          Name      I     J     K     L     M      Value
178
204
      ----------- --------  ----- ----- ----- ----- ----- ----------
179
205
    1 Stretch                  1     2                       1.80581
186
212
    8 Bend                     3     1     4               110.62470
187
213
    9 Bend                     3     1     5               110.62470
188
214
   10 Bend                     4     1     5               110.62470
189
 
 
190
 
 
 
215
 
 
216
 
191
217
            XYZ format geometry
192
218
            -------------------
193
219
     5
197
223
 H                    -0.58835670     0.85075363     1.48318932
198
224
 H                    -0.44259590    -0.93490866     1.48318932
199
225
 H                     1.03095260     0.08415503     1.48318932
200
 
 
 
226
 
201
227
 ==============================================================================
202
228
                                internuclear distances
203
229
 ------------------------------------------------------------------------------
245
271
          *    developed by the group of Prof. John H. Weare *
246
272
          *                                                  *
247
273
          ****************************************************
248
 
     >>>  JOB STARTED       AT Tue Jul 11 17:43:50 2006  <<<
 
274
     >>>  JOB STARTED       AT Fri Oct 29 11:39:54 2010  <<<
249
275
          ================ input data ========================
250
 
 
 
276
  library name resolved from: environment
 
277
  NWCHEM_NWPW_LIBRARY set to: <
 
278
 /mscf/scicons/apps/nwchem-6.0.oct19//src/nwpw/libraryps/>
 
279
 Generating 1d pseudopotential for C   
 
280
 
251
281
 Generated formatted_filename: ./C.vpp
252
 
 
253
 
 
 
282
  library name resolved from: environment
 
283
  NWCHEM_NWPW_LIBRARY set to: <
 
284
 /mscf/scicons/apps/nwchem-6.0.oct19//src/nwpw/libraryps/>
 
285
 Generating 1d pseudopotential for Cl  
 
286
 
254
287
 Generated formatted_filename: ./Cl.vpp
255
 
 
256
 
 
 
288
  library name resolved from: environment
 
289
  NWCHEM_NWPW_LIBRARY set to: <
 
290
 /mscf/scicons/apps/nwchem-6.0.oct19//src/nwpw/libraryps/>
 
291
 Generating 1d pseudopotential for H   
 
292
 
257
293
 Generated formatted_filename: ./H.vpp
258
 
 
259
 
 
 
294
  library name resolved from: environment
 
295
  NWCHEM_NWPW_LIBRARY set to: <
 
296
 /mscf/scicons/apps/nwchem-6.0.oct19//src/nwpw/libraryps/>
 
297
 
260
298
 Generated formatted atomic orbitals, filename: ./C.aorb
261
 
 
262
 
 
 
299
  library name resolved from: environment
 
300
  NWCHEM_NWPW_LIBRARY set to: <
 
301
 /mscf/scicons/apps/nwchem-6.0.oct19//src/nwpw/libraryps/>
 
302
 
263
303
 Generated formatted atomic orbitals, filename: ./Cl.aorb
264
 
 
265
 
 
 
304
  library name resolved from: environment
 
305
  NWCHEM_NWPW_LIBRARY set to: <
 
306
 /mscf/scicons/apps/nwchem-6.0.oct19//src/nwpw/libraryps/>
 
307
 
266
308
 Generated formatted atomic orbitals, filename: ./H.aorb
267
 
 
 
309
 
268
310
 lcao guess, initial psi:ch3cl.pspw.movecs             
269
 
 -   spin, nalpha, nbeta:           1           7           0
 
311
 -   spin, nalpha, nbeta:                        1                        7 
 
312
                        0
270
313
 
271
314
 input psi filename:./ch3cl.pspw.movecs
272
315
 
273
 
 number of processors used:  1
274
 
 parallel mapping         : slab
275
 
 parallel mapping         : balanced
 
316
 number of processors used:         8
 
317
 processor grid           :   8 x   1
 
318
 parallel mapping         :      slab
 
319
 parallel mapping         :  balanced
276
320
 
277
321
 options:
278
322
      boundary conditions  = periodic    (version3)
280
324
      exchange-correlation = PBE96 (White and Bird) parameterization
281
325
 
282
326
 elements involved in the cluster:
283
 
      1: C   core charge: 4.0  lmax=  2
 
327
      1: C     core charge:  4.0000  lmax=  2
284
328
             comment    : Parameterized (J.Phys.Chem., vol 100, page 6966) Hamman psp
285
329
             pseudpotential type            :   0
286
330
             highest angular component      :   2
287
331
             local potential used           :   2
288
332
             number of non-local projections:   4
289
333
             cutoff =   0.800   0.850   0.850
290
 
 
291
 
      2: Cl  core charge: 7.0  lmax=  2
 
334
 
 
335
      2: Cl    core charge:  7.0000  lmax=  2
292
336
             comment    : Troullier-Martins pseudopotential
293
337
             pseudpotential type            :   0
294
338
             highest angular component      :   2
296
340
             number of non-local projections:   4
297
341
             semicore corrections included  :  1.300 (radius)  0.279 (charge)
298
342
             cutoff =   1.340   1.450   1.450
299
 
 
300
 
      3: H   core charge: 1.0  lmax=  1
301
 
             comment    : Hamann pseudopotential
 
343
 
 
344
      3: H     core charge:  1.0000  lmax=  1
 
345
             comment    : Parameterized (Chem.Phys.Lett., vol 322, page 447) Hamman psp
302
346
             pseudpotential type            :   0
303
347
             highest angular component      :   1
304
348
             local potential used           :   1
305
349
             number of non-local projections:   1
306
350
             cutoff =   0.800   0.800
307
 
 
 
351
 
308
352
 
309
353
 total charge:   0.000
310
354
 
311
355
 atomic composition:
312
 
     C :  1     Cl:  1     H :  3
 
356
     C   :  1     Cl  :  1     H   :  3
313
357
 
314
 
 number of active electrons: spin up=     7  down=     7 (fourier space)
315
 
 number of active orbitals : spin up=     7  down=     7 (fourier space)
 
358
 number of electrons: spin up=     7 (   7 per task)  down=     7 (   7 per task) (fourier space)
 
359
 number of orbitals : spin up=     7 (   7 per task)  down=     7 (   7 per task) (fourier space)
316
360
 
317
361
 supercell:
318
362
      cell_name:  cell_default                  
324
368
                  b3=<   0.000   0.000   0.403 >
325
369
      lattice:    a=      15.606 b=     15.606 c=      15.606
326
370
                  alpha=  90.000 beta=  90.000 gamma=  90.000
327
 
                  omega=  3800.5
 
371
                  omega=      3800.5
328
372
 
329
 
      density cutoff= 20.749  fft= 32x 32x 32(     8536 waves     8536 per task)
330
 
      wavefnc cutoff= 20.749  fft= 32x 32x 32(     8536 waves     8536 per task)
 
373
      density cutoff= 20.749  fft= 32x 32x 32(     8536 waves     1067 per task)
 
374
      wavefnc cutoff= 20.749  fft= 32x 32x 32(     8536 waves     1067 per task)
331
375
      ewald summation: cut radius=    4.97  and  1
332
376
                        madelung= 1.76011888
333
377
 
334
378
 technical parameters:
335
379
      time step=      5.80     ficticious mass=  400000.0
336
380
      tolerance=.100E-06 (energy)   0.100E-06 (density)
 
381
      maximum iterations =    1000 (   10 inner  100 outer )
337
382
 
338
383
 
339
384
 
343
388
 
344
389
 
345
390
          ============ Grassmann lmbfgs iteration ============
346
 
     >>>  ITERATION STARTED AT Tue Jul 11 17:44:06 2006  <<<
 
391
     >>>  ITERATION STARTED AT Fri Oct 29 11:39:58 2010  <<<
347
392
    iter.           Energy         DeltaE       DeltaRho 
348
393
    ------------------------------------------------------
349
394
     -  15 steepest descent iterations performed
350
 
      10   -0.2263435283E+02   -0.37847E-03    0.24874E-01
351
 
      20   -0.2263492032E+02   -0.32303E-05    0.16467E-04
352
 
      30   -0.2263492580E+02   -0.99703E-07    0.24749E-07
 
395
      10   -0.2263435282E+02   -0.37845E-03    0.24872E-01
 
396
      20   -0.2263492032E+02   -0.32310E-05    0.16463E-04
 
397
      30   -0.2263492580E+02   -0.99772E-07    0.24803E-07
353
398
  *** tolerance ok. iteration terminated
354
 
     >>>  ITERATION ENDED   AT Tue Jul 11 17:44:25 2006  <<<
 
399
     >>>  ITERATION ENDED   AT Fri Oct 29 11:40:00 2010  <<<
355
400
 
356
401
 
357
402
==  Summary Of Results  ==
358
 
 
 
403
 
359
404
 number of electrons: spin up=    7.00000  down=    7.00000 (real space)
360
405
 
361
406
 total     energy    :  -0.2263492580E+02 (   -0.45270E+01/ion)
362
 
 total orbital energy:  -0.5898319384E+01 (   -0.84262E+00/electron)
363
 
 hartree   energy    :   0.2053786168E+02 (    0.29340E+01/electron)
364
 
 exc-corr  energy    :  -0.5886061814E+01 (   -0.84087E+00/electron)
 
407
 total orbital energy:  -0.5898319505E+01 (   -0.84262E+00/electron)
 
408
 hartree   energy    :   0.2053786156E+02 (    0.29340E+01/electron)
 
409
 exc-corr  energy    :  -0.5886061802E+01 (   -0.84087E+00/electron)
365
410
 ion-ion   energy    :   0.2245153749E+01 (    0.44903E+00/ion)
366
411
 
367
 
 K.S. kinetic energy :   0.1119024918E+02 (    0.15986E+01/electron)
368
 
 K.S. V_l  energy    :  -0.5352028967E+02 (   -0.76458E+01/electron)
369
 
 K.S. V_nl energy    :   0.2798161068E+01 (    0.39974E+00/electron)
370
 
 K.S. V_Hart energy  :   0.4107572336E+02 (    0.58680E+01/electron)
371
 
 K.S. V_xc energy    :  -0.7442163327E+01 (   -0.10632E+01/electron)
372
 
 Virial Coefficient  :  -0.1527094552E+01
 
412
 kinetic (planewave) :   0.1119024906E+02 (    0.15986E+01/electron)
 
413
 V_local (planewave) :  -0.5352028953E+02 (   -0.76458E+01/electron)
 
414
 V_nl    (planewave) :   0.2798161162E+01 (    0.39974E+00/electron)
 
415
 V_Coul  (planewave) :   0.4107572311E+02 (    0.58680E+01/electron)
 
416
 V_xc.   (planewave) :  -0.7442163309E+01 (   -0.10632E+01/electron)
 
417
 Virial Coefficient  :  -0.1527094569E+01
373
418
 
374
419
 orbital energies:
375
420
    -0.2385784E+00 (  -6.492eV)
384
429
 
385
430
 
386
431
=== Spin Contamination ===
387
 
 
388
 
 <Sexact^2> =   0.000000000000000E+000
389
 
 <S^2>      =   0.000000000000000E+000
390
 
 
 
432
 
 
433
 <Sexact^2> =     0.000000000000000     
 
434
 <S^2>      =     0.000000000000000     
 
435
 
391
436
 
392
437
 
393
438
== Center of Charge ==
416
461
== Timing ==
417
462
 
418
463
cputime in seconds
419
 
  prologue    :   0.155596E+02
420
 
  main loop   :   0.186522E+02
421
 
  epilogue    :   0.276761E-01
422
 
  total       :   0.342394E+02
423
 
  cputime/step:   0.239130E+00       (      78 evalulations,      28 linesearches)
 
464
  prologue    :   0.478380E+01
 
465
  main loop   :   0.149125E+01
 
466
  epilogue    :   0.153470E-01
 
467
  total       :   0.629039E+01
 
468
  cputime/step:   0.191186E-01       (      78 evalulations,      28 linesearches)
424
469
 
425
470
 
426
471
Time spent doing                        total          step
427
 
  FFTs                       :   0.102771E+02  0.131758E+00
428
 
  dot products               :   0.170076E+01  0.218046E-01
429
 
  geodesic                   :   0.208705E+01  0.267571E-01
430
 
  exchange correlation       :   0.603438E+01  0.773639E-01
431
 
  local pseudopotentials     :   0.984383E-02  0.126203E-03
432
 
  non-local pseudopotentials :   0.246231E+01  0.315681E-01
433
 
  hartree potentials         :   0.471201E-01  0.604104E-03
434
 
  structure factors          :   0.204386E+01  0.262033E-01
435
 
  masking and packing        :   0.291739E+01  0.374024E-01
436
 
  queue fft                  :   0.534548E+01  0.685318E-01
437
 
  queue fft (serial)         :   0.308601E+01  0.395642E-01
438
 
  queue fft (message passing):   0.187046E+01  0.239803E-01
 
472
  FFTs                       :   0.408857E+00  0.524175E-02
 
473
  dot products               :   0.241516E+00  0.309636E-02
 
474
  geodesic                   :   0.151303E+00  0.193978E-02
 
475
  ffm_dgemm                  :   0.286572E-01  0.367400E-03
 
476
  fmf_dgemm                  :   0.435824E-01  0.558749E-03
 
477
  m_diagonalize              :   0.733352E-02  0.940194E-04
 
478
    - m_tredq                :   0.000000E+00  0.000000E+00
 
479
    - m_getdiags             :   0.000000E+00  0.000000E+00
 
480
    - m_tqliq                :   0.000000E+00  0.000000E+00
 
481
    - m_eigsrt               :   0.000000E+00  0.000000E+00
 
482
  exchange correlation       :   0.652606E+00  0.836674E-02
 
483
  local pseudopotentials     :   0.271082E-03  0.347541E-05
 
484
  non-local pseudopotentials :   0.119973E+00  0.153811E-02
 
485
  hartree potentials         :   0.102260E-01  0.131103E-03
 
486
  ion-ion interaction        :   0.165391E-02  0.212040E-04
 
487
  structure factors          :   0.527603E+00  0.676415E-02
 
488
  phase factors              :   0.371933E-04  0.476837E-06
 
489
  masking and packing        :   0.529532E+00  0.678887E-02
 
490
  queue fft                  :   0.393708E+00  0.504754E-02
 
491
  queue fft (serial)         :   0.143523E+00  0.184004E-02
 
492
  queue fft (message passing):   0.224009E+00  0.287191E-02
439
493
  HFX potential              :   0.000000E+00  0.000000E+00
440
 
 
441
 
     >>>  JOB COMPLETED     AT Tue Jul 11 17:44:25 2006  <<<
442
 
 
443
 
 Task  times  cpu:       33.8s     wall:       34.2s
444
 
 
445
 
 
 
494
  qmmm LJ                    :   0.000000E+00  0.000000E+00
 
495
  qmmm residual Q            :   0.000000E+00  0.000000E+00
 
496
 
 
497
     >>>  JOB COMPLETED     AT Fri Oct 29 11:40:00 2010  <<<
 
498
 
 
499
 Task  times  cpu:        5.8s     wall:        6.3s
 
500
 
 
501
 
446
502
                                NWChem Input Module
447
503
                                -------------------
448
 
 
449
 
 
 
504
 
 
505
 
450
506
 >>>> PSPW Parallel Module - steepest_descent <<<<
451
507
          ****************************************************
452
508
          *                                                  *
463
519
          *    developed by the group of Prof. John H. Weare *
464
520
          *                                                  *
465
521
          ****************************************************
466
 
     >>>  JOB STARTED       AT Tue Jul 11 17:44:25 2006  <<<
 
522
     >>>  JOB STARTED       AT Fri Oct 29 11:40:00 2010  <<<
467
523
          ================ PSPW input data ===================
468
524
 
469
525
 input psi filename:./ch3cl.pspw.movecs
470
526
 
471
 
 number of processors used:  1
 
527
 number of processors used:         8
 
528
 processor grid           :   8 x   1
472
529
 parallel mapping         : slab
473
530
 parallel mapping         : balanced
474
531
 
479
536
      exchange-correlation = PBE96 (White and Bird) parameterization
480
537
 
481
538
 elements involved in the cluster:
482
 
      1: C   core charge: 4.0  lmax=2
 
539
      1: C     core charge: 4.0  lmax=2
483
540
             highest angular component      :  2
484
541
             local potential used           :  2
485
542
             number of non-local projections:  4
486
543
             cutoff =   0.800   0.850   0.850
487
 
      2: Cl  core charge: 7.0  lmax=2
 
544
      2: Cl    core charge: 7.0  lmax=2
488
545
             highest angular component      :  2
489
546
             local potential used           :  2
490
547
             number of non-local projections:  4
491
548
             semicore corrections included  :  1.300 (radius)  0.279 (charge)
492
549
             cutoff =   1.340   1.450   1.450
493
 
      3: H   core charge: 1.0  lmax=1
 
550
      3: H     core charge: 1.0  lmax=1
494
551
             highest angular component      :  1
495
552
             local potential used           :  1
496
553
             number of non-local projections:  1
502
559
     C :  1     Cl:  1     H :  3
503
560
 
504
561
 initial position of ions:
505
 
        1 C  (    0.00000    0.00000    2.15669 ) - atomic mass=  12.000 
506
 
        2 Cl (    0.00000    0.00000   -1.25580 ) - atomic mass=  34.969 
507
 
        3 H  (   -1.11183    1.60769    2.80282 ) - atomic mass=   1.008 
508
 
        4 H  (   -0.83638   -1.76672    2.80282 ) - atomic mass=   1.008 
509
 
        5 H  (    1.94822    0.15903    2.80282 ) - atomic mass=   1.008 
510
 
       G.C.  (    0.00000    0.00000    1.86187 )
511
 
      C.O.M. (    0.00000    0.00000   -0.19122 )
 
562
        1 C    (    0.00000    0.00000    2.15669 ) - atomic mass=  12.000          
 
563
        2 Cl   (    0.00000    0.00000   -1.25580 ) - atomic mass=  34.969          
 
564
        3 H    (   -1.11183    1.60769    2.80282 ) - atomic mass=   1.008          
 
565
        4 H    (   -0.83638   -1.76672    2.80282 ) - atomic mass=   1.008          
 
566
        5 H    (    1.94822    0.15903    2.80282 ) - atomic mass=   1.008          
 
567
        G.C.   (    0.00000    0.00000    1.86187 )
 
568
        C.O.M. (    0.00000    0.00000   -0.19122 )
512
569
 
513
 
 number of electrons: spin up=     7  down=     7 (fourier space)
514
 
 number of orbitals : spin up=     7  down=     7 (fourier space)
 
570
 number of electrons: spin up=     7 (   7 per task)  down=     7 (   7 per task) (fourier space)
 
571
 number of orbitals : spin up=     7 (   7 per task)  down=     7 (   7 per task) (fourier space)
515
572
 
516
573
 supercell:
517
574
      lattice:    a1=<  15.606   0.000   0.000 >
520
577
      reciprocal: b1=<   0.403   0.000   0.000 >
521
578
                  b2=<   0.000   0.403   0.000 >
522
579
                  b3=<   0.000   0.000   0.403 >
523
 
      volume :     3800.5
524
 
      density cutoff= 20.749  fft= 32x 32x 32(     8536 waves     8536 per task)
525
 
      wavefnc cutoff= 20.749  fft= 32x 32x 32(     8536 waves     8536 per task)
 
580
      volume :       3800.5
 
581
      density cutoff= 20.749  fft= 32x 32x 32(     8536 waves     1067 per task)
 
582
      wavefnc cutoff= 20.749  fft= 32x 32x 32(     8536 waves     1067 per task)
526
583
      ewald summation: cut radius=    4.97  and  1
527
584
                        madelung= 1.76011888
528
585
 
530
587
      translation contrained
531
588
      time step=     15.80     ficticious mass=  400000.0
532
589
      tolerance=.100E-08 (energy)   0.100E-08 (electron)   0.100E-03 (ion)
 
590
      maximum iterations =     100 (   10 inner   10 outer )
533
591
 
534
592
 
535
593
 
536
594
          ================ iteration =========================
537
 
     >>>  ITERATION STARTED AT Tue Jul 11 17:44:25 2006  <<<
 
595
     >>>  ITERATION STARTED AT Fri Oct 29 11:40:00 2010  <<<
538
596
    iter.           Energy         DeltaE       DeltaRho 
539
597
    ------------------------------------------------------
540
 
      10   -0.2263492587E+02   -0.14326E+00    0.16604E-09    0.00000E+00
541
 
      20   -0.2263492590E+02   -0.16577E-09    0.10322E-09    0.00000E+00
 
598
      10   -0.2263492587E+02   -0.14326E+00    0.16623E-09    0.00000E+00
 
599
      20   -0.2263492590E+02   -0.16590E-09    0.10335E-09    0.00000E+00
542
600
  *** tolerance ok.     iteration terminated.
543
 
     >>>  ITERATION ENDED   AT Tue Jul 11 17:44:30 2006  <<<
 
601
     >>>  ITERATION ENDED   AT Fri Oct 29 11:40:01 2010  <<<
544
602
 
545
603
 
546
604
 
547
605
          =============  summary of results  =================
548
606
 final position of ions:
549
 
        1 C  (    0.00000    0.00000    2.15669 ) - atomic mass=  12.000 
550
 
        2 Cl (    0.00000    0.00000   -1.25580 ) - atomic mass=  34.969 
551
 
        3 H  (   -1.11183    1.60769    2.80282 ) - atomic mass=   1.008 
552
 
        4 H  (   -0.83638   -1.76672    2.80282 ) - atomic mass=   1.008 
553
 
        5 H  (    1.94822    0.15903    2.80282 ) - atomic mass=   1.008 
554
 
       G.C.  (    0.00000    0.00000    1.86187 )
555
 
      C.O.M. (    0.00000    0.00000   -0.19122 )
556
 
 
 
607
        1 C    (    0.00000    0.00000    2.15669 ) - atomic mass=  12.000          
 
608
        2 Cl   (    0.00000    0.00000   -1.25580 ) - atomic mass=  34.969          
 
609
        3 H    (   -1.11183    1.60769    2.80282 ) - atomic mass=   1.008          
 
610
        4 H    (   -0.83638   -1.76672    2.80282 ) - atomic mass=   1.008          
 
611
        5 H    (    1.94822    0.15903    2.80282 ) - atomic mass=   1.008          
 
612
        G.C.   (    0.00000    0.00000    1.86187 )
 
613
        C.O.M. (    0.00000    0.00000   -0.19122 )
 
614
 
557
615
 number of electrons: spin up=    7.00000  down=    7.00000 (real space)
558
616
 
559
617
 
560
618
 total     energy    :  -0.2263492590E+02 (   -0.45270E+01/ion)
561
 
 total orbital energy:  -0.5898317702E+01 (   -0.84262E+00/electron)
562
 
 hartree   energy    :   0.2053786360E+02 (    0.29340E+01/electron)
563
 
 exc-corr  energy    :  -0.5886062618E+01 (   -0.84087E+00/electron)
 
619
 total orbital energy:  -0.5898317799E+01 (   -0.84262E+00/electron)
 
620
 hartree   energy    :   0.2053786350E+02 (    0.29340E+01/electron)
 
621
 exc-corr  energy    :  -0.5886062607E+01 (   -0.84087E+00/electron)
564
622
 ion-ion   energy    :   0.2245153749E+01 (    0.44903E+00/ion)
565
623
 
566
 
 K.S. kinetic energy :   0.1119025802E+02 (    0.15986E+01/electron)
567
 
 K.S. V_l  energy    :  -0.5352030199E+02 (   -0.76458E+01/electron)
568
 
 K.S. V_nl energy    :   0.2798163336E+01 (    0.39974E+00/electron)
569
 
 K.S. V_Hart energy  :   0.4107572721E+02 (    0.58680E+01/electron)
570
 
 K.S. V_xc energy    :  -0.7442164279E+01 (   -0.10632E+01/electron)
571
 
 Virial Coefficient  :  -0.1527093986E+01
 
624
 K.S. kinetic energy :   0.1119025792E+02 (    0.15986E+01/electron)
 
625
 K.S. V_l  energy    :  -0.5352030187E+02 (   -0.76458E+01/electron)
 
626
 K.S. V_nl energy    :   0.2798163407E+01 (    0.39974E+00/electron)
 
627
 K.S. V_Hart energy  :   0.4107572701E+02 (    0.58680E+01/electron)
 
628
 K.S. V_xc energy    :  -0.7442164264E+01 (   -0.10632E+01/electron)
 
629
 Virial Coefficient  :  -0.1527093999E+01
572
630
 
573
631
 orbital energies:
574
632
    -0.2385787E+00 (  -6.492eV)
583
641
 
584
642
 
585
643
=== Spin Contamination ===
586
 
 
587
 
 <Sexact^2> =   0.000000000000000E+000
588
 
 <S^2>      =   0.000000000000000E+000
589
 
 
 
644
 
 
645
 <Sexact^2> =     0.000000000000000     
 
646
 <S^2>      =     0.000000000000000     
 
647
 
590
648
 
591
649
 
592
650
== Center of Charge ==
606
664
 
607
665
== Molecular Dipole wrt Center of Mass ==
608
666
 
609
 
mu   =  (    0.0016,   -0.0007,    0.7880 ) au
 
667
mu   =  (    0.0015,   -0.0007,    0.7880 ) au
610
668
|mu| =     0.7880 au,       2.0028 Debye
611
669
 
612
670
 output psi filename:./ch3cl.pspw.movecs
613
 
 
 
671
 
614
672
 -----------------
615
673
 cputime in seconds
616
 
 prologue    :   0.491426944732666     
617
 
 main loop   :    4.28014993667603     
618
 
 epilogue    :   0.127628087997437     
619
 
 total       :    4.89920496940613     
620
 
 cputime/step:   0.214007496833801     
621
 
 
622
 
 -------------------------------
623
 
 Time spent doing:
624
 
   FFTs                       :    2.00800681114197     
625
 
   dot products               :   0.422951936721802     
626
 
   orthonormalization         :   0.251960039138794     
627
 
   exchange correlation       :    1.34052562713623     
628
 
   local pseudopotentials     :   9.488892555236816E-002
629
 
   non-local pseudopotentials :   0.596103668212891     
630
 
   hartree potentials         :   7.210493087768555E-003
631
 
   structure factors          :   6.286168098449707E-002
632
 
   masking and packing        :   0.275479793548584     
633
 
   total energy evaluation    :   8.700895309448242E-002
634
 
   density                    :   0.892551422119141     
635
 
   allocate and deallocate    :   4.126739501953125E-002
636
 
   Hpsi and update            :    1.50996041297913     
637
 
 
638
 
     >>>  JOB COMPLETED     AT Tue Jul 11 17:44:30 2006  <<<
639
 
 
640
 
 Task  times  cpu:        4.7s     wall:        4.9s
641
 
 
642
 
 
 
674
 prologue    :    0.3888950347900391     
 
675
 main loop   :    0.3302409648895264     
 
676
 epilogue    :    5.6558132171630859E-002
 
677
 total       :    0.7756941318511963     
 
678
 cputime/step:    1.6512048244476319E-002
 
679
 
 
680
 
 
681
 
 
682
Time spent doing                        total          step
 
683
  FFTs                       :   0.674508E-01  0.337254E-02
 
684
  dot products               :   0.324736E-01  0.162368E-02
 
685
  geodesic                   :   0.454497E-02  0.227249E-03
 
686
  ffm_dgemm                  :   0.129364E-01  0.646818E-03
 
687
  fmf_dgemm                  :   0.179148E-02  0.895739E-04
 
688
  m_diagonalize              :   0.200033E-03  0.100017E-04
 
689
    - m_tredq                :   0.000000E+00  0.000000E+00
 
690
    - m_getdiags             :   0.000000E+00  0.000000E+00
 
691
    - m_tqliq                :   0.000000E+00  0.000000E+00
 
692
    - m_eigsrt               :   0.000000E+00  0.000000E+00
 
693
  exchange correlation       :   0.144036E+00  0.720180E-02
 
694
  local pseudopotentials     :   0.276756E-02  0.138378E-03
 
695
  non-local pseudopotentials :   0.260932E-01  0.130466E-02
 
696
  hartree potentials         :   0.409126E-03  0.204563E-04
 
697
  ion-ion interaction        :   0.583172E-03  0.291586E-04
 
698
  structure factors          :   0.255132E-02  0.127566E-03
 
699
  phase factors              :   0.282049E-03  0.141025E-04
 
700
  masking and packing        :   0.206656E+00  0.103328E-01
 
701
  queue fft                  :   0.100501E+00  0.502503E-02
 
702
  queue fft (serial)         :   0.368311E-01  0.184156E-02
 
703
  queue fft (message passing):   0.568278E-01  0.284139E-02
 
704
  HFX potential              :   0.000000E+00  0.000000E+00
 
705
  qmmm LJ                    :   0.000000E+00  0.000000E+00
 
706
  qmmm residual Q            :   0.000000E+00  0.000000E+00
 
707
     >>>  JOB COMPLETED     AT Fri Oct 29 11:40:01 2010  <<<
 
708
 
 
709
 Task  times  cpu:        0.7s     wall:        0.8s
 
710
 
 
711
 
643
712
                                NWChem Input Module
644
713
                                -------------------
645
 
 
646
 
 
 
714
 
 
715
 
647
716
 Summary of allocated global arrays
648
717
-----------------------------------
649
718
  No active global arrays
655
724
 
656
725
       create   destroy   get      put      acc     scatter   gather  read&inc
657
726
calls:    8        8       97       10        0        0        0        0     
658
 
number of processes/call 1.00e+00 1.00e+00 0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00
 
727
number of processes/call 2.44e+00 8.00e+00 0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00
659
728
bytes total:             2.61e+04 9.68e+03 0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00
660
 
bytes remote:            0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00
661
 
Max memory consumed for GA by this process: 7744 bytes
662
 
 
663
 
 
664
 
 
665
 
 
666
 
                                  ACKNOWLEDGEMENT
667
 
                                  ---------------
668
 
 
669
 
            Please use the following acknowledgement where appropriate 
670
 
            for results obtained with NWChem:
671
 
 
672
 
            High Performance Computational Chemistry Group, "NWChem, A
673
 
            Computational Chemistry Package for Parallel Computers, 
674
 
            Version 5.0" (2006), Pacific Northwest National Laboratory,
675
 
            Richland, Washington 99352-0999, USA.
676
 
 
677
 
 
678
 
                                     CITATION
679
 
                                     --------
680
 
 
681
 
            Please use the following citation when publishing results
682
 
            obtained with NWChem:
683
 
 
684
 
            E. Apra, T. L. Windus, T. P. Straatsma, E. J. Bylaska, W. de Jong, K. Kowalski
685
 
            S. Hirata, M. Valiev, M. T. Hackler,  Y. Zhao,
686
 
            R. J. Harrison, M. Dupuis, D. M. A. Smith, J. Nieplocha,
687
 
            V. Tipparaju, M. Krishnan, A. A. Auer, E. Brown, G. Cisneros,
688
 
            G. I. Fann, H. Fruchtl, J. Garza, K. Hirao, R. Kendall,
689
 
            J. A. Nichols, K. Tsemekhman, K. Wolinski, J. Anchell, D. Bernholdt,
690
 
            P. Borowski, T. Clark, D. Clerc, H. Dachsel, M. Deegan, K. Dyall,
691
 
            D. Elwood, E. Glendening, M. Gutowski, A. Hess, J. Jaffe, B. Johnson,
692
 
            J. Ju, R. Kobayashi, R. Kutteh, Z. Lin, R. Littlefield, X. Long,
693
 
            B. Meng, T. Nakajima, S. Niu, L. Pollack, M. Rosing, G. Sandrone,
694
 
             M. Stave, H. Taylor, G. Thomas, J. van Lenthe, A. Wong, and Z. Zhang,
695
 
            "NWChem, A Computational Chemistry Package for Parallel Computers, 
696
 
            Version 5.0" (2006),
697
 
                      Pacific Northwest National Laboratory,
698
 
                      Richland, Washington 99352-0999, USA.
699
 
 
700
 
 
701
 
 
702
 
 Total times  cpu:       38.6s     wall:       39.5s
 
729
bytes remote:            2.07e+04 7.92e+03 0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00
 
730
Max memory consumed for GA by this process: 1408 bytes
 
731
 
703
732
MA_summarize_allocated_blocks: starting scan ...
704
733
MA_summarize_allocated_blocks: scan completed: 0 heap blocks, 0 stack blocks
705
734
MA usage statistics:
708
737
                                              heap           stack
709
738
                                              ----           -----
710
739
        current number of blocks                 0               0
711
 
        maximum number of blocks               135              25
 
740
        maximum number of blocks               172              26
712
741
        current total bytes                      0               0
713
 
        maximum total bytes               36066420         5706832
714
 
        maximum total K-bytes                36067            5707
715
 
        maximum total M-bytes                   37               6
 
742
        maximum total bytes                3138240          800096
 
743
        maximum total K-bytes                 3139             801
 
744
        maximum total M-bytes                    4               1
 
745
 
 
746
 
 
747
                                     CITATION
 
748
                                     --------
 
749
                Please cite the following reference when publishing
 
750
                           results obtained with NWChem:
 
751
 
 
752
                 M. Valiev, E.J. Bylaska, N. Govind, K. Kowalski,
 
753
              T.P. Straatsma, H.J.J. van Dam, D. Wang, J. Nieplocha,
 
754
                        E. Apra, T.L. Windus, W.A. de Jong
 
755
                 "NWChem: a comprehensive and scalable open-source
 
756
                  solution for large scale molecular simulations"
 
757
                      Comput. Phys. Commun. 181, 1477 (2010)
 
758
                           doi:10.1016/j.cpc.2010.04.018
 
759
 
 
760
                              AUTHORS & CONTRIBUTORS
 
761
                              ----------------------
 
762
      E. J. Bylaska, W. A. de Jong, N. Govind, K. Kowalski, T. P. Straatsma,
 
763
     M. Valiev, H. J. J. van Dam, D. Wang, E. Apra, T. L. Windus, J. Hammond,
 
764
     J. Autschbach, P. Nichols, S. Hirata, M. T. Hackler, Y. Zhao, P.-D. Fan,
 
765
      R. J. Harrison, M. Dupuis, D. M. A. Smith, K. Glaesemann, J. Nieplocha,
 
766
      V. Tipparaju, M. Krishnan, A. Vazquez-Mayagoitia, L. Jensen, M. Swart,
 
767
      Q. Wu, T. Van Voorhis, A. A. Auer, M. Nooijen, L. D. Crosby, E. Brown,
 
768
             G. Cisneros, G. I. Fann, H. Fruchtl, J. Garza, K. Hirao,
 
769
        R. Kendall, J. A. Nichols, K. Tsemekhman, K. Wolinski, J. Anchell,
 
770
       D. Bernholdt, P. Borowski, T. Clark, D. Clerc, H. Dachsel, M. Deegan,
 
771
        K. Dyall, D. Elwood, E. Glendening, M. Gutowski, A. Hess, J. Jaffe,
 
772
        B. Johnson, J. Ju, R. Kobayashi, R. Kutteh, Z. Lin, R. Littlefield,
 
773
    X. Long, B. Meng, T. Nakajima, S. Niu, L. Pollack, M. Rosing, G. Sandrone,
 
774
       M. Stave, H. Taylor, G. Thomas, J. H. van Lenthe, A. Wong, Z. Zhang.
 
775
 
 
776
 Total times  cpu:        6.7s     wall:        8.9s