← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/nwchem/saucy

« back to all changes in this revision

Viewing changes to src/smd/test/spce/spce.out.ref

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Michael Banck, Michael Banck, Daniel Leidert
  • Date: 2012-02-09 20:02:41 UTC
  • mfrom: (1.1.1)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20120209200241-jgk03qfsphal4ug2
Tags: 6.1-1
http://bugs.debian.org/632611
https://launchpad.net/bugs/791308
* New upstream release.

[ Michael Banck ]
* debian/patches/02_makefile_flags.patch: Updated.
* debian/patches/02_makefile_flags.patch: Use internal blas and lapack code.
* debian/patches/02_makefile_flags.patch: Define GCC4 for LINUX and LINUX64
  (Closes: #632611 and LP: #791308).
* debian/control (Build-Depends): Added openssh-client.
* debian/rules (USE_SCALAPACK, SCALAPACK): Removed variables (Closes:
  #654658).
* debian/rules (LIBDIR, USE_MPIF4, ARMCI_NETWORK): New variables.
* debian/TODO: New file.
* debian/control (Build-Depends): Removed libblas-dev, liblapack-dev and
  libscalapack-mpi-dev.
* debian/patches/04_show_testsuite_diff_output.patch: New patch, shows the
  diff output for failed tests.
* debian/patches/series: Adjusted.
* debian/testsuite: Optionally run all tests if "all" is passed as option.
* debian/rules: Run debian/testsuite with "all" if DEB_BUILD_OPTIONS
  contains "checkall".

[ Daniel Leidert ]
* debian/control: Used wrap-and-sort. Added Vcs-Svn and Vcs-Browser fields.
  (Priority): Moved to extra according to policy section 2.5.
  (Standards-Version): Bumped to 3.9.2.
  (Description): Fixed a typo.
* debian/watch: Added.
* debian/patches/03_hurd-i386_define_path_max.patch: Added.
  - Define MAX_PATH if not defines to fix FTBFS on hurd.
* debian/patches/series: Adjusted.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
src/smd/test/spce/spce.out.ref
3
3
                                         
4
4
 
5
5
 
6
 
              Northwest Computational Chemistry Package (NWChem) 5.1
7
 
              ------------------------------------------------------
 
6
             Northwest Computational Chemistry Package (NWChem) 5.1.1
 
7
             --------------------------------------------------------
8
8
 
9
9
 
10
10
                    Environmental Molecular Sciences Laboratory
15
15
                                         
16
16
 
17
17
 
18
 
                  COPYRIGHT (C) 1994, 1995, 1996, 1997, 1998, 1999
19
 
                   2000, 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007
 
18
                  COPYRIGHT (C) 1994, 1995, 1996, 1997, 1998, 1999,
 
19
                2000, 2001, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008,
 
20
                                     2009, 2010
20
21
                        Pacific Northwest National Laboratory,
21
22
                             Battelle Memorial Institute.
22
23
 
72
73
           Job information
73
74
           ---------------
74
75
 
75
 
    hostname      = colibry
76
 
    program       = /home/marat/codes/nwchem-test/bin/LINUX/nwchem
77
 
    date          = Tue Apr 29 12:06:45 2008
 
76
    hostname      = swift
 
77
    program       = /home/marat/codes/nwchem-ref/bin/LINUX64/nwchem
 
78
    date          = Mon Apr 12 16:19:22 2010
78
79
 
79
 
    compiled      = Tue_Apr_29_12:06:38_2008
80
 
    source        = /home/marat/codes/nwchem-test
 
80
    compiled      = Mon_Apr_12_16:19:10_2010
 
81
    source        = /home/marat/codes/nwchem-ref
81
82
    nwchem branch = Development
82
83
    input         = spce.nw
83
84
    prefix        = test.
84
85
    data base     = ./test.db
85
86
    status        = startup
86
 
    nproc         =    1
 
87
    nproc         =        1
87
88
    time left     =     -1s
88
89
 
89
90
 
113
114
 
114
115
 
115
116
 in smd_input_vel                   
116
 
 current token
117
 
 input                                                                                                                                                                                                                                                          
118
 
 2 5
119
 
 current token
120
 
 output                                                                                                                                                                                                                                                         
121
 
 4 5
122
 
 
123
 
 Contents of RTDB ./test.db
124
 
 --------------------------
125
 
 
126
 
 Entry                                   Type[nelem]           Date
127
 
 ---------------------------  ----------------------  ------------------------
128
 
 smd:rcut                              double[1]      Tue Apr 29 12:06:45 2008 
129
 
9.00000000000000e+00 
130
 
 smd:coordfile                           char[13]     Tue Apr 29 12:06:45 2008 
131
 
spce-big.pdb
132
 
 smd:nequil                               int[1]      Tue Apr 29 12:06:45 2008 
133
 
1 
134
 
 smd:veloc:input                         char[8]      Tue Apr 29 12:06:45 2008 
135
 
fort.70
136
 
 smd:step                              double[1]      Tue Apr 29 12:06:45 2008 
137
 
1.00000000000000e-03 
138
 
 smd:ndata                                int[1]      Tue Apr 29 12:06:45 2008 
139
 
2 
140
 
 smd:kvec                                 int[3]      Tue Apr 29 12:06:45 2008 
141
 
6 6 6 
142
 
 smd:nprint                               int[1]      Tue Apr 29 12:06:45 2008 
143
 
10 
144
 
 smd:temp_target                       double[1]      Tue Apr 29 12:06:45 2008 
145
 
3.00000000000000e+02 
146
 
 smd:ewald                             double[1]      Tue Apr 29 12:06:45 2008 
147
 
3.50000000000000e-01 
148
 
 smd:lat_a                             double[3]      Tue Apr 29 12:06:45 2008 
149
 
1.96615550600000e+01 0.00000000000000e+00 0.00000000000000e+00 
150
 
 smd:lat_b                             double[3]      Tue Apr 29 12:06:45 2008 
151
 
0.00000000000000e+00 1.96615550600000e+01 0.00000000000000e+00 
152
 
 smd:lat_c                             double[3]      Tue Apr 29 12:06:45 2008 
153
 
0.00000000000000e+00 0.00000000000000e+00 1.96615550600000e+01 
154
 
 smd:veloc:output                        char[9]      Tue Apr 29 12:06:45 2008 
155
 
spce.vel
156
 
 smd:paramfile                           char[8]      Tue Apr 29 12:06:45 2008 
157
 
smd.par
158
 
 file_prefix                             char[5]      Tue Apr 29 12:06:45 2008 
159
 
test
160
 
 smd:verlet                            double[1]      Tue Apr 29 12:06:45 2008 
161
 
9.50000000000000e+00 
162
 
 rtdb:stored:state                    logical[3]      Tue Apr 29 12:06:45 2008 
163
 
t f f 
164
 
 
 
117
 current tokeninput                                                                                                                                                                                                                                                                              2                    5
 
118
 current tokenoutput                                                                                                                                                                                                                                                                             4                    5
165
119
 in task_smd_dynamics               
166
 
 found istart in srtdb 0
167
 
 BOND 1 2 1  1.  0.
168
 
 BOND 1 3 1  1.  0.
169
 
 BOND 2 3 1  1.632993  0.
170
 
 BOND 4 5 1  1.  0.
171
 
 BOND 4 6 1  1.  0.
172
 
 BOND 5 6 1  1.632993  0.
 
120
 in smd_atom_init                   
 
121
 filenamespce-big.pdb                     
 
122
 filenamespce-big.pdb                     
 
123
 filenamespce-big.pdb                     
 
124
 BOND                    1                    2                    1   1.00000000000000        0.00000000000000     
 
125
 BOND                    1                    3                    1   1.00000000000000        0.00000000000000     
 
126
 BOND                    2                    3                    1   1.63299300000000        0.00000000000000     
 
127
 BOND                    4                    5                    1   1.00000000000000        0.00000000000000     
 
128
 BOND                    4                    6                    1   1.00000000000000        0.00000000000000     
 
129
 BOND                    5                    6                    1   1.63299300000000        0.00000000000000     
173
130
 in smd_vel_init_system             
 
131
 in smd_system_print              
174
132
atom            = atom            
175
133
parameters      = parameters      
176
134
lattice         = lattice         
186
144
verlet_list     = verlet_list     
187
145
shakelist       = shakelist       
188
146
bondlist        = bondlist        
 
147
cutoff          = cutoff          
 
148
temperature     = temperature     
 
149
rtdb            = rtdb            
 
150
ewald           = ewald           
189
151
bond            = bond            
190
152
 in smd_system_ndata                
191
 
 in smd_system_tstep                
192
 
 in smd_force_compute               
193
 
 in smd_force_print                 
194
 
 in smd_coulomb                   
195
 
 in smd_system_set_component        
196
 
 ewald1 -734.182495
197
 
 in smd_energy_set_component        
198
 
 nq= 768
199
 
 ewald reciprocal  1.11452237
200
 
 in smd_energy_set_component        
201
 
 nq= 768
202
 
 in smd_energy_set_component        
203
 
 nq= 768
204
 
 nl= 138638
205
 
 in smd_energy_set_component        
206
 
 in smd_energy_set_component        
207
153
 in smd_system_shake                
208
 
 in smd_energy_set_component        
209
154
 in smd_energy_compute              
210
 
 in smd_energy_print                
211
155
total            :       -93.868981
212
156
kinetic          :        14.148948
213
157
vdw              :        29.368021
216
160
ewald reciprocal :         1.114522
217
161
ewald excluded   :       719.864835
218
162
ewald real       :      -124.182812
219
 
 in smd_system_tstep                
220
 
 in smd_force_compute               
221
 
 in smd_force_print                 
222
 
 in smd_coulomb                   
223
 
 in smd_system_set_component        
224
 
 ewald1 -734.182495
225
 
 in smd_energy_set_component        
226
 
 nq= 768
227
 
 ewald reciprocal  1.09364158
228
 
 in smd_energy_set_component        
229
 
 nq= 768
230
 
 in smd_energy_set_component        
231
 
 nq= 768
232
 
 nl= 138638
233
 
 in smd_energy_set_component        
234
 
 in smd_energy_set_component        
235
163
 in smd_system_shake                
236
 
 in smd_energy_set_component        
237
164
 in smd_energy_compute              
238
 
 in smd_energy_print                
239
165
total            :       -95.782381
240
166
kinetic          :        12.480447
241
167
vdw              :        29.317588
245
171
ewald excluded   :       719.864862
246
172
ewald real       :      -124.356424
247
173
 
248
 
Total CPU time :                0.600
249
 
 
250
 
Initialization :                0.150
251
 
 
252
 
Verlet         :               -0.190
 
174
Total CPU time :                0.348
 
175
 
 
176
Initialization :                0.066
 
177
 
 
178
Verlet         :               -0.095
253
179
 
254
180
Force          :                0.000
255
181
 Goodbye from task_smd
256
182
 
257
 
 Task  times  cpu:        0.6s     wall:        1.3s
258
 
 
259
 
 
260
 
                                NWChem Input Module
261
 
                                -------------------
262
 
 
263
 
 
 
183
 Task  times  cpu:        0.3s     wall:        0.3s
264
184
 Summary of allocated global arrays
265
185
-----------------------------------
266
 
  array 0 => double precision sp_charge(768),  handle: -1000 
 
186
  No active global arrays
267
187
 
268
188
 
269
189
 
271
191
                         ------------------------------
272
192
 
273
193
       create   destroy   get      put      acc     scatter   gather  read&inc
274
 
calls:    1        0        0        0        0        0        0        0     
 
194
calls:    0        0        0        0        0        0        0        0     
275
195
number of processes/call 0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00
276
196
bytes total:             0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00
277
197
bytes remote:            0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00
278
 
Max memory consumed for GA by this process: 6144 bytes
279
 
 
 
198
Max memory consumed for GA by this process: 0 bytes
280
199
MA_summarize_allocated_blocks: starting scan ...
281
200
MA_summarize_allocated_blocks: scan completed: 0 heap blocks, 0 stack blocks
282
201
MA usage statistics:
285
204
                                              heap           stack
286
205
                                              ----           -----
287
206
        current number of blocks                 0               0
288
 
        maximum number of blocks                43               5
 
207
        maximum number of blocks                70               5
289
208
        current total bytes                      0               0
290
 
        maximum total bytes                4045764         4319428
291
 
        maximum total K-bytes                 4046            4320
 
209
        maximum total bytes                4666528         4933920
 
210
        maximum total K-bytes                 4667            4934
292
211
        maximum total M-bytes                    5               5
293
212
 
294
213
 
 
214
                                NWChem Input Module
 
215
                                -------------------
 
216
 
 
217
 
 
218
 
 
219
 
 
220
 
295
221
 
296
222
                                  ACKNOWLEDGEMENT
297
223
                                  ---------------
301
227
 
302
228
            High Performance Computational Chemistry Group, "NWChem, A
303
229
            Computational Chemistry Package for Parallel Computers, 
304
 
            Version 5.1" (2007), Pacific Northwest National Laboratory,
 
230
            Version 5.1.1" (2008), Pacific Northwest National Laboratory,
305
231
            Richland, Washington 99352-0999, USA.
306
232
 
307
233
 
312
238
          obtained with NWChem:
313
239
 
314
240
          E. J. Bylaska, W. A. de Jong, N. Govind, K. Kowalski, T. P. Straatsma,
315
 
          M. Valiev, D. Wang, E. Apra, T. L. Windus, J. Hammond, P. Nichols,
316
 
          S. Hirata, M. T. Hackler, Y. Zhao, P.-D. Fan, R. J. Harrison,
317
 
          M. Dupuis, D. M. A. Smith, J. Nieplocha, V. Tipparaju, M. Krishnan,
318
 
          Q. Wu, T. Van Voorhis, A. A. Auer, M. Nooijen,
319
 
          E. Brown, G. Cisneros, G. I. Fann, H. Fruchtl, J. Garza, K. Hirao,
320
 
          R. Kendall, J. A. Nichols, K. Tsemekhman, K. Wolinski, J. Anchell,
321
 
          D. Bernholdt, P. Borowski, T. Clark, D. Clerc, H. Dachsel, M. Deegan,
322
 
          K. Dyall, D. Elwood, E. Glendening, M. Gutowski, A. Hess, J. Jaffe,
323
 
          B. Johnson, J. Ju, R. Kobayashi, R. Kutteh, Z. Lin, R. Littlefield,
324
 
          X. Long, B. Meng, T. Nakajima, S. Niu, L. Pollack, M. Rosing,
325
 
          G. Sandrone, M. Stave, H. Taylor, G. Thomas, J. van Lenthe, A. Wong,
326
 
          and Z. Zhang,
 
241
          M. Valiev, H. J. J. Van Dam, D. Wang, E. Apra, T. L. Windus, J. Hammond,
 
242
          J. Autschbach, P. Nichols, S. Hirata, M. T. Hackler, Y. Zhao, P.-D. Fan,
 
243
          R. J. Harrison, M. Dupuis, D. M. A. Smith, J. Nieplocha, V. Tipparaju,
 
244
          M. Krishnan, A. Vazquez-Mayagoitia, L. Jensen, M. Swart, Q. Wu,
 
245
          T. Van Voorhis, A. A. Auer, M. Nooijen, L. D. Crosby, E. Brown, 
 
246
          G. Cisneros, G. I. Fann, H. Fruchtl, J. Garza, K. Hirao,
 
247
          R. Kendall, J. A. Nichols, K. Tsemekhman, K. Wolinski, J. Anchell, 
 
248
          D. Bernholdt, P. Borowski, T. Clark, D. Clerc, H. Dachsel, M. Deegan, 
 
249
          K. Dyall, D. Elwood, E. Glendening, M. Gutowski, A. Hess, J. Jaffe, 
 
250
          B. Johnson, J. Ju, R. Kobayashi, R. Kutteh, Z. Lin, R. Littlefield, 
 
251
          X. Long, B. Meng, T. Nakajima, S. Niu, L. Pollack, M. Rosing, 
 
252
          G. Sandrone, M. Stave, H. Taylor, G. Thomas, J. van Lenthe, 
 
253
          A. Wong, and Z. Zhang,
327
254
          "NWChem, A Computational Chemistry Package for Parallel Computers, 
328
 
          Version 5.1" (2007),
 
255
          Version 5.1.1" (2008),
329
256
                      Pacific Northwest National Laboratory,
330
257
                      Richland, Washington 99352-0999, USA.
331
258
 
332
259
 
333
260
 
334
 
 Total times  cpu:        0.6s     wall:        1.4s
 
261
 Total times  cpu:        0.3s     wall:        0.4s