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Viewing changes to Bio/LiveSeq/IO/Loader.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2011-06-17 13:51:18 UTC
  • mfrom: (1.2.5 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20110617135118-xgpxhaanue57cwqs
Tags: 1.6.901-1
* New upstream release.
* Point debian/watch to search.cpan.org.
* Build using dh and overrides:
  - Use Debhelper 8 (debian/rules, debian/control).
  - Simplified debian/rules.
* Split into libbio-perl-perl, as discussed with the Debian Perl team.
  (debian/control, debian/bioperl.install, debian libbio-perl-perl.install)
* debian/control:
  - Incremented Standards-Version to reflect conformance with Policy 3.9.2.
    No other changes needed.
  - Vcs-Browser URL made redirectable to viewvc.
  - Removed useless ‘svn’ in the Vcs-Svn URL.

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Lines of Context:
Bio/LiveSeq/IO/Loader.pm
1
 
# $Id: Loader.pm 15635 2009-04-14 19:11:13Z cjfields $
2
1
#
3
2
# bioperl module for Bio::LiveSeq::IO::Loader
4
3
#
64
63
  Returns : array of references to objects of class Translation
65
64
  Errorcode 0
66
65
  Args    : optional boolean flag to avoid the retrieval of SwissProt
67
 
            informations for all Transcripts containing SwissProt x-reference
68
 
            default is 1 (to retrieve those informations and create AARange
 
66
            information for all Transcripts containing SwissProt x-reference
 
67
            default is 1 (to retrieve those information and create AARange
69
68
            LiveSeq objects)
70
69
  Note    : this method can get really slow for big entries. The lightweight
71
70
            gene2liveseq method is recommended
494
493
 
495
494
  Title   : printswissprot
496
495
  Usage   : $loader->printswissprot($hashref);
497
 
  Function: prints out all informations loaded from a database entry into the
 
496
  Function: prints out all information loaded from a database entry into the
498
497
            loader. Mainly used for testing purposes.
499
498
  Args    : a hashref containing the SWISSPROT entry datas
500
499
  Note    : the hashref can be obtained with a call to the method
504
503
=cut
505
504
 
506
505
# argument: hashref containing the SWISSPROT entry datas
507
 
# prints out that hash, showing the informations loaded
 
506
# prints out that hash, showing the information loaded
508
507
sub printswissprot {
509
508
  my ($self,$entry)=@_;
510
509
  unless ($entry) {
539
538
 
540
539
  Title   : printembl
541
540
  Usage   : $loader->printembl();
542
 
  Function: prints out all informations loaded from a database entry into the
 
541
  Function: prints out all information loaded from a database entry into the
543
542
            loader. Mainly used for testing purposes.
544
543
  Args    : none
545
544
 
546
545
=cut
547
546
 
548
547
# argument: hashref containing the EMBL entry datas
549
 
# prints out that hash, showing the informations loaded
 
548
# prints out that hash, showing the information loaded
550
549
sub printembl {
551
550
  my ($self,$entry)=@_;
552
551
  unless ($entry) {