← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Seq/RichSeqI.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2011-06-17 13:51:18 UTC
  • mfrom: (3.1.6 sid)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20110617135118-hncy38e0134j8oi5
Tags: 1.6.901-1
* New upstream release.
* Point debian/watch to search.cpan.org.
* Build using dh and overrides:
  - Use Debhelper 8 (debian/rules, debian/control).
  - Simplified debian/rules.
* Split into libbio-perl-perl, as discussed with the Debian Perl team.
  (debian/control, debian/bioperl.install, debian libbio-perl-perl.install)
* debian/control:
  - Incremented Standards-Version to reflect conformance with Policy 3.9.2.
    No other changes needed.
  - Vcs-Browser URL made redirectable to viewvc.
  - Removed useless ‘svn’ in the Vcs-Svn URL.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Seq/RichSeqI.pm
1
 
# $Id: RichSeqI.pm 16123 2009-09-17 12:57:27Z cjfields $
2
1
#
3
2
# BioPerl module for Bio::Seq::RichSeqI
4
3
#
28
27
 
29
28
=head1 DESCRIPTION
30
29
 
31
 
This interface extends the Bio::SeqI interface to give additional functionality
32
 
to sequences with richer data sources, in particular from database sequences 
33
 
(EMBL, GenBank and Swissprot).
 
30
This interface extends the L<Bio::SeqI> interface to give additional
 
31
functionality to sequences with richer data sources, in particular from database
 
32
sequences (EMBL, GenBank and Swissprot). For a general implementation, please
 
33
see the documentation for L<Bio::Seq::RichSeq>.
34
34
 
35
35
=head1 FEEDBACK
36
36
 
61
61
the bugs and their resolution.  Bug reports can be submitted via the
62
62
web:
63
63
 
64
 
  http://bugzilla.open-bio.org/
 
64
  https://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/
65
65
 
66
66
=head1 AUTHOR - Ewan Birney
67
67
 
69
69
 
70
70
=head1 APPENDIX
71
71
 
72
 
The rest of the documentation details each of the object methods. Internal methods are usually preceded with a _
 
72
The rest of the documentation details each of the object methods. Internal
 
73
methods are usually preceded with a _
73
74
 
74
75
=cut
75
76
 
207
208
 Example :
208
209
 Returns : a string
209
210
 Args    :
210
 
 
 
211
 Note    : this differs from Bio::PrimarySeq version() in that this explicitly
 
212
           refers to the sequence record version one would find in a typical
 
213
           sequence file.  It is up to the implementation whether this is set
 
214
           separately or falls back to the more generic Bio::Seq::version()
211
215
 
212
216
=cut
213
217