← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/vivid/cctools/vivid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to sand/src/sequence.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Michael Hanke
  • Date: 2011-05-07 09:05:00 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20110507090500-lqpmdtwndor6e7os
Tags: upstream-3.3.2
Import upstream version 3.3.2

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
sand/src/sequence.h
 
1
/*
 
2
Copyright (C) 2010- The University of Notre Dame
 
3
This software is distributed under the GNU General Public License.
 
4
See the file COPYING for details.
 
5
*/
 
6
 
 
7
#ifndef SEQUENCE_H
 
8
#define SEQUENCE_H
 
9
 
 
10
#include <stdio.h>
 
11
 
 
12
struct seq
 
13
{
 
14
        char *name;
 
15
        char *data;
 
16
        char *metadata;
 
17
        int   num_bases;
 
18
};
 
19
 
 
20
struct seq * seq_create( const char *name, const char *data, const char *metadata );
 
21
struct seq * seq_read( FILE *file );
 
22
void         seq_print( FILE * file, struct seq *s );
 
23
int          seq_sprint( char *buf, struct seq *s );
 
24
void         seq_reverse_complement( struct seq *s );
 
25
void         seq_free( struct seq *s );
 
26
 
 
27
int    sequence_count( FILE *file );
 
28
 
 
29
#define SEQUENCE_FILE_LINE_MAX 1024
 
30
 
 
31
#endif