~ubuntu-branches/ubuntu/vivid/cctools/vivid

#!/bin/bash

# Note: cctools has to be installed to execute this script.

# Generate candidates from FASTA file "random.fa". The candidates will be saved

# in file "random.cand". The format of each line in the .cand file is: 

# read1_name   read2_name   direction   start_position_in_read1   start_position_in_read2

 

. ../../../dttools/src/test_runner.common.sh

 

port=`find_free_port`

 

PATH=../../src:../../../dttools/src:$PATH

export PATH

 

error_state=0;

 

rm -f random.cfa

rm -f random.cand 

rm -rf random.cand.output

rm -f filter.log

rm -f worker.log

 

echo "Compressing reads ..."

sand_compress_reads < random.fa > random.cfa

 

echo "Starting worker for filtering ..."

work_queue_worker -t 5s -d all -o worker.log localhost $port &

wpid=$!

echo "Worker is process $wpid"

 

echo "Starting filter master ..."

sand_filter_master -s 100 -k 22 -p $port -d all -o filter.log random.cfa random.cand || { echo "Error in filtering."; kill -9 $wpid; exit 1 ; }

 

echo "Waiting for worker to exit"

wait $wpid

 

exit 0;