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~ubuntu-branches/ubuntu/vivid/ncbi-tools6/vivid-proposed

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Viewing changes to algo/blast/core/pattern.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2009-03-19 10:17:26 UTC
  • mfrom: (1.3.1 upstream) (5.1.1 experimental)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090319101726-wjuj7ajnq0w5a0mg
Tags: 6.1.20090301-1
* New upstream release; uploading to unstable now that lenny is out.
* debian/lib{ncbi6,vibrant6a}.symbols: update accordingly.
* doc/man/*.1: update accordingly as well.
* debian/control: place lib*-dbg in the new debug section, per the
  current override file.
* debian/control: declare compliance with Policy 3.8.1 (no changes needed).
* api/aliread.c: merge in fix (from 6.1.20080302-4) to undefined use of
  sprintf caught by Kees Cook's scan.
* debian/watch: belatedly update regex to recognize releases like the
  previous one ([6.1.]20081116a).

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Lines of Context:
algo/blast/core/pattern.h
1
 
/* $Id: pattern.h,v 1.15 2006/11/21 16:51:18 papadopo Exp $
 
1
/* $Id: pattern.h,v 1.16 2008/04/15 15:55:45 kazimird Exp $
2
2
 * ===========================================================================
3
3
 *
4
4
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
204
204
 */
205
205
NCBI_XBLAST_EXPORT
206
206
SPHIQueryInfo* 
207
 
SPHIQueryInfoCopy(SPHIQueryInfo* pat_info);
 
207
SPHIQueryInfoCopy(const SPHIQueryInfo* pat_info);
208
208
 
209
209
/** Finds all pattern hits in a given query and saves them in the 
210
210
 * previously allocated SPHIQueryInfo structure.