~ubuntu-branches/ubuntu/vivid/r-cran-statmod/vivid

\name{growthcurve}

\alias{compareGrowthCurves}

\alias{compareTwoGrowthCurves}

\alias{plotGrowthCurves}

 

\title{Compare Groups of Growth Curves}

\description{

Do all pairwise comparisons between groups of growth curves using a permutation test. 

}

 

\usage{

compareGrowthCurves(group, y, levels=NULL, nsim=100, fun=meanT, times=NULL,

                    verbose=TRUE, adjust="holm")

compareTwoGrowthCurves(group, y, nsim=100, fun=meanT)

plotGrowthCurves(group, y, levels=sort(unique(group)), times=NULL, col=NULL,...)

}

 

\arguments{

\item{group}{vector or factor indicating group membership.  Missing values are allowed in \code{compareGrowthCurves} but not in \code{compareTwoGrowthCurves}.}

\item{y}{matrix of response values with rows for individuals and columns for times.  The number of rows must agree with the length of \code{group}. Missing values are allowed.}

\item{levels}{a character vector containing the identifiers of the groups to be compared.  By default all groups with two more more members will be compared.}

\item{nsim}{number of permutations to estimated p-values.}

\item{fun}{a function defining the statistic used to measure the distance between two groups of growth curves.

Defaults to \code{\link{meanT}}.}

\item{times}{a numeric vector containing the column numbers on which the groups should be compared.

By default all the columns are used.}

\item{verbose}{should progress results be printed?}

\item{adjust}{method used to adjust for multiple testing, see \code{p.adjust}.}

\item{col}{vector of colors corresponding to distinct groups}

\item{...}{other arguments passed to \code{plot()}}

}

 

\details{

\code{compareTwoGrowthCurves} performs a permutation test of the difference between two groups of growth curves.

\code{compareGrowthCurves} does all pairwise comparisons between two or more groups of growth curves.

Accurate p-values can be obtained by setting \code{nsim} to some large value, \code{nsim=10000} say.

}

 

\value{

\code{compareTwoGrowthCurves} returns a list with two components, \code{stat} and \code{p.value}, containing the observed statistics and the estimated p-value.  \code{compareGrowthCurves} returns a data frame with components

\item{Group1}{name of first group in a comparison}

\item{Group2}{name of second group in a comparison}

\item{Stat}{observed value of the statistic}

\item{P.Value}{estimated p-value}

\item{adj.P.Value}{p-value adjusted for multiple testing}

}

 

\author{Gordon Smyth}

 

\references{

Elso, C. M., Roberts, L. J., Smyth, G. K., Thomson, R. J., Baldwin, T. M., 

Foote, S. J., and Handman, E. (2004). Leishmaniasis host response loci 

(lmr13) modify disease severity through a Th1/Th2-independent pathway.  

\emph{Genes and Immunity} 5, 93-100.

\url{http://www.nature.com/gene/journal/v5/n2/full/6364042a.html}

 

Baldwin, T., Sakthianandeswaren, A., Curtis, J., Kumar, B., Smyth, G. K., Foote, S., and Handman, E. (2007).

Wound healing response is a major contributor to the severity of cutaneous leishmaniasis in the ear model of infection.

\emph{Parasite Immunology} 29, 501-513. \url{http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1365-3024.2007.00969.x}

}

 

\seealso{

\code{\link{meanT}}, \code{\link{compareGrowthCurves}}, \code{\link{compareTwoGrowthCurves}}

}

 

\examples{

# A example with only one time

data(PlantGrowth)

compareGrowthCurves(PlantGrowth$group,as.matrix(PlantGrowth$weight))

# Can make p-values more accurate by nsim=10000

}

 

\keyword{regression}