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Viewing changes to tests/statmod-Tests.R

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Sébastien Villemot
  • Date: 2013-10-02 15:40:39 UTC
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131002154039-lee9ml5cj2tkgjga
Tags: upstream-1.4.18
Import upstream version 1.4.18

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Lines of Context:
tests/statmod-Tests.R
 
1
library(statmod)
 
2
 
 
3
set.seed(0); u <- runif(100)
 
4
 
 
5
### fitNBP
 
6
 
 
7
y <- matrix(rnbinom(2*4,mu=4,size=1.5),2,4)
 
8
lib.size <- rep(50000,4)
 
9
group <- c(1,1,2,2)
 
10
fitNBP(y,group=group,lib.size=lib.size)
 
11
 
 
12
### glmgam.fit
 
13
 
 
14
glmgam.fit(1,1)
 
15
glmgam.fit(c(1,1),c(0,4))
 
16
glmgam.fit(X=cbind(1,c(1,0.5,0.5,0,0)),y=rchisq(5,df=1))
 
17
 
 
18
### glmnb.fit
 
19
y <- rnbinom(5,mu=10,size=10)
 
20
glmnb.fit(X=cbind(1,c(1,0.5,0.5,0,0)),y=y,dispersion=0.1)
 
21
glmnb.fit(X=cbind(1,c(1,0.5,0.5,0,0)),y=y,dispersion=runif(6))
 
22
glmnb.fit(X=cbind(1,c(1,1,0,0,0)),y=c(0,0,6,2,9),dispersion=0.1)
 
23
 
 
24
### mixedModel2
 
25
 
 
26
y <- rnorm(6)
 
27
x <- rnorm(6)
 
28
z <- c(1,1,2,2,3,3)
 
29
m <- mixedModel2(y~x,random=z)
 
30
m$reml.residuals <- m$qr <- NULL
 
31
m
 
32
 
 
33
### mixedModel2Fit
 
34
 
 
35
y <- c(-1,1,-2,2,0.5,1.7,-0.1)
 
36
X <- matrix(1,7,1)
 
37
Z <- model.matrix(~0+factor(c(1,1,2,2,3,3,4)))
 
38
m <- mixedModel2Fit(y,X,Z)
 
39
m$reml.residuals <- m$qr <- NULL
 
40
m
 
41
 
 
42
### qresiduals
 
43
 
 
44
y <- rnorm(6)
 
45
fit <- glm(y~1)
 
46
residuals(fit)
 
47
qresiduals(fit)
 
48
qresiduals(fit,dispersion=1)
 
49
 
 
50
if(require("MASS")) {
 
51
fit <- glm(Days~Age,family=negative.binomial(2),data=quine)
 
52
print(summary(qresiduals(fit)))
 
53
fit <- glm.nb(Days~Age,link=log,data = quine)
 
54
print(summary(qresiduals(fit)))
 
55
}
 
56
 
 
57
### gauss.quad
 
58
 
 
59
options(digits=10)
 
60
g <- gauss.quad(5,"legendre")
 
61
zapsmall(data.frame(g),digits=15)
 
62
g <- gauss.quad(5,"chebyshev1")
 
63
zapsmall(data.frame(g),digits=15)
 
64
g <- gauss.quad(5,"chebyshev2")
 
65
zapsmall(data.frame(g),digits=15)
 
66
g <- gauss.quad(5,"hermite")
 
67
zapsmall(data.frame(g),digits=15)
 
68
g <- gauss.quad(5,"laguerre",alpha=5)
 
69
zapsmall(data.frame(g),digits=15)
 
70
g <- gauss.quad(5,"jacobi",alpha=5,beta=1.1)
 
71
zapsmall(data.frame(g),digits=15)
 
72
g <- gauss.quad.prob(5,dist="uniform")
 
73
zapsmall(data.frame(g),digits=15)
 
74
g <- gauss.quad.prob(5,dist="normal")
 
75
zapsmall(data.frame(g),digits=15)
 
76
g <- gauss.quad.prob(5,dist="beta")
 
77
zapsmall(data.frame(g),digits=15)
 
78
g <- gauss.quad.prob(5,dist="gamma")
 
79
zapsmall(data.frame(g),digits=15)
 
80
 
 
81
### extra tests done only locally
 
82
 
 
83
#GKSTest <- Sys.getenv("GKSTest")
 
84
#if(GKSTest=="on") {
 
85
#print("hello")
 
86
#}