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Viewing changes to api/macroapi.h

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Aaron M. Ucko, Andreas Tille
  • Date: 2012-06-24 22:54:29 UTC
  • mfrom: (1.1.12)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20120624225429-y81u0gzrppi3fhyf
Tags: 6.1.20120620-2
[ Andreas Tille ]
debian/upstream: Strings containing ': ' need to be quoted.

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Lines of Context:
api/macroapi.h
29
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*
30
30
* Version Creation Date:   11/15/2007
31
31
*
32
 
* $Revision: 1.129 $
 
32
* $Revision: 1.154 $
33
33
*
34
34
* File Description: 
35
35
*
117
117
NLM_EXTERN Int4 BiomolFromMoleculeType (Int4 molecule_type);
118
118
NLM_EXTERN ValNodePtr GetMoleculeTypeList (void);
119
119
NLM_EXTERN CharPtr TechNameFromTech (Int4 tech);
 
120
NLM_EXTERN Int4 TechFromTechName (CharPtr tech_name);
120
121
NLM_EXTERN Int4 TechFromTechniqueType (Int4 technique_type);
121
122
NLM_EXTERN ValNodePtr GetTechniqueTypeList (void);
122
123
NLM_EXTERN Int4 CompletenessFromCompletednessType (Int4 completedness_type);
167
168
NLM_EXTERN Boolean SetSourceQualInBioSource (BioSourcePtr biop, SourceQualChoicePtr scp, StringConstraintPtr constraint, CharPtr value, Uint2 existing_text);
168
169
NLM_EXTERN Boolean RemoveSourceQualFromBioSource (BioSourcePtr biop, SourceQualChoicePtr scp, StringConstraintPtr constraint);
169
170
NLM_EXTERN Boolean AllowSourceQualMulti (SourceQualChoicePtr s);
 
171
NLM_EXTERN Boolean SetStringInGBQualList (GBQualPtr PNTR list, ValNodePtr field, StringConstraintPtr scp, CharPtr new_val, Uint2 existing_text);
 
172
NLM_EXTERN Boolean RemoveGBQualMatch (GBQualPtr PNTR list, CharPtr qual_name, Int4 subfield, StringConstraintPtr scp);
 
173
NLM_EXTERN CharPtr GetFirstGBQualMatch (GBQualPtr qual, CharPtr qual_name, Int4 subfield, StringConstraintPtr scp);
170
174
 
171
175
NLM_EXTERN ValNodePtr SourceQualValsFromBioSourcePtr (BioSourcePtr biop);
172
176
NLM_EXTERN BioSourcePtr BioSourceFromSourceQualVals (ValNodePtr fields);
206
210
NLM_EXTERN CharPtr GetDBLinkNameFromDBLinkFieldType (Int4 field_type);
207
211
NLM_EXTERN Int4 GetDBLinkFieldTypeFromDBLinkName (CharPtr field_name);
208
212
 
 
213
NLM_EXTERN CharPtr GetBioProjectIdFromBioseq (BioseqPtr bsp, StringConstraintPtr scp);
 
214
 
 
215
 
 
216
/* Dbtag functions */
 
217
NLM_EXTERN CharPtr GetDbtagString (DbtagPtr db_tag);
 
218
NLM_EXTERN Boolean SetDbtagString (DbtagPtr db_tag, CharPtr value, Uint2 existing_text);
209
219
 
210
220
/* other useful functions */
211
221
NLM_EXTERN void GetGeneInfoForFeature (SeqFeatPtr sfp, GeneRefPtr PNTR p_grp, SeqFeatPtr PNTR p_gene);
260
270
NLM_EXTERN int LIBCALLBACK SortVnpByObject (VoidPtr ptr1, VoidPtr ptr2);
261
271
 
262
272
NLM_EXTERN Boolean IsConversionSupported (Uint2 featdef_from, Uint2 featdef_to);
 
273
NLM_EXTERN Boolean ConvertRNAToImpFeat (SeqFeatPtr sfp, Int4 featdef_to);
263
274
 
264
275
NLM_EXTERN void ApplyTextTransformsToString (CharPtr PNTR str, ValNodePtr transform_list);
265
276
NLM_EXTERN CharPtr GetTextPortionFromString (CharPtr str, TextPortionPtr text_portion);
305
316
NLM_EXTERN Boolean IsFixPubCapsActionEmpty (FixPubCapsActionPtr action);
306
317
 
307
318
NLM_EXTERN void ApplyMacroToSeqEntry (SeqEntryPtr sep, ValNodePtr macro);
308
 
NLM_EXTERN Boolean ApplyMacroToSeqEntryEx (SeqEntryPtr sep, ValNodePtr macro, FILE *log_fp);
 
319
NLM_EXTERN Boolean ApplyMacroToSeqEntryEx (SeqEntryPtr sep, ValNodePtr macro, FILE *log_fp, GlobalAlignFunc align_func);
 
320
NLM_EXTERN Boolean ApplyMacroToSeqEntryExEx (SeqEntryPtr sep, ValNodePtr macro, FILE *log_fp, GlobalAlignFunc align_func, Int4Ptr pNumNoOp);
 
321
NLM_EXTERN Boolean PreprocessMacroForRepeatedUse (ValNodePtr macro, FILE *log_fp);
 
322
NLM_EXTERN void CleanupMacroAfterRepeatedUse (ValNodePtr macro);
309
323
 
310
324
NLM_EXTERN SeqFeatPtr ApplyOneFeatureToBioseq (BioseqPtr bsp, Uint1 featdef, SeqLocPtr slp, ValNodePtr fields, ValNodePtr src_fields, Boolean add_mrna);
311
325
 
337
351
NLM_EXTERN CharPtr SummarizeWordSubstitution (WordSubstitutionPtr word);
338
352
NLM_EXTERN CharPtr SummarizeFeatureStrandedness (Uint2 strandedness);
339
353
NLM_EXTERN CharPtr SummarizeStringConstraint (StringConstraintPtr constraint);
 
354
NLM_EXTERN CharPtr SummarizeStringConstraintEx (StringConstraintPtr constraint, Boolean short_version);
340
355
NLM_EXTERN CharPtr SummarizeConstraintSet (ValNodePtr constraint_set);
341
356
NLM_EXTERN CharPtr SummarizeConstraint (ValNodePtr constraint);
 
357
NLM_EXTERN CharPtr SummarizeUpdateSequencesAction (UpdateSequencesActionPtr action);
 
358
NLM_EXTERN CharPtr SummarizePerformAutofixAction (AutofixActionPtr action);
 
359
NLM_EXTERN CharPtr SummarizeFixSetsAction (FixSetsActionPtr action);
 
360
NLM_EXTERN CharPtr SummarizeApplyTableAction (ApplyTableActionPtr action);
 
361
NLM_EXTERN CharPtr SummarizeRemoveSequencesAction (RemoveSequencesActionPtr action);
 
362
NLM_EXTERN CharPtr SummarizePropagateSequenceTechnology (Pointer action);
 
363
NLM_EXTERN CharPtr SummarizeMacroAction (ValNodePtr vnp);
 
364
 
342
365
 
343
366
extern const CharPtr s_QuantityWords [];
344
367
extern const Int4 k_NumQuantityWords;
367
390
  eTableMatchDbxref,
368
391
  eTableMatchNucID,
369
392
  eTableMatchBioSource,
370
 
  eTableMatchSourceQual
 
393
  eTableMatchSourceQual,
 
394
  eTableMatchProteinName,    /* J. Chen */
 
395
  eTableMatchAny
371
396
} ETableMatchType;
372
397
 
373
398
 
387
412
} TabColumnConfigData, PNTR TabColumnConfigPtr;
388
413
 
389
414
 
 
415
 
390
416
NLM_EXTERN MatchTypePtr MatchTypeNew ();
391
417
NLM_EXTERN MatchTypePtr MatchTypeFree (MatchTypePtr match_type);
392
418
 
396
422
NLM_EXTERN void TabColumnConfigReset (TabColumnConfigPtr t);
397
423
NLM_EXTERN ValNodePtr TabColumnConfigListFree (ValNodePtr columns);
398
424
NLM_EXTERN ValNodePtr TabColumnConfigListCopy (ValNodePtr orig);
 
425
NLM_EXTERN MatchTypePtr MatchTypeFromTableMatchType (TableMatchPtr t);
 
426
NLM_EXTERN TableMatchPtr TableMatchTypeFromMatchType (MatchTypePtr m);
 
427
 
399
428
NLM_EXTERN ValNodePtr ValidateTabTableValues (ValNodePtr table, ValNodePtr columns);
 
429
NLM_EXTERN ValNodePtr CheckForDuplicateColumns (ValNodePtr columns);
 
430
NLM_EXTERN void FixDuplicateColumns (ValNodePtr columns);
400
431
NLM_EXTERN ValNodePtr ValidateFeatureFieldColumnNames (ValNodePtr header_line, ValNodePtr PNTR perr_list);
401
432
NLM_EXTERN ValNodePtr FreeObjectTableForTabTable (ValNodePtr table);
402
433
NLM_EXTERN ValNodePtr GetObjectTableForTabTable (SeqEntryPtr sep, ValNodePtr table, ValNodePtr columns, ValNodePtr PNTR p_err_list);
445
476
NLM_EXTERN Boolean StripSuffixFromAuthor (AuthorPtr pAuthor);
446
477
NLM_EXTERN Boolean TruncateAuthorMiddleInitials (AuthorPtr pAuthor);
447
478
 
 
479
NLM_EXTERN Int4 ConvertLocalIdsToTSAIds (SeqEntryPtr sep, CharPtr suffix, TextPortionPtr tp);
 
480
NLM_EXTERN Int4 CreateTSAIDsFromDeflineInSep (SeqEntryPtr sep, CharPtr suffix, TextPortionPtr t);
 
481
NLM_EXTERN Int4 EditTSAIds (SeqEntryPtr sep, CharPtr suffix, TextPortionPtr tp);
 
482
NLM_EXTERN CharPtr SummarizeCreateTSAIDsAction (CreateTSAIdsActionPtr action);
 
483
 
448
484
 
449
485
/* for product name rules */
450
486
NLM_EXTERN Int4 CountSuspectRuleSet (SuspectRuleSetPtr set);
452
488
NLM_EXTERN Boolean IsSearchFuncEmpty (SearchFuncPtr func);
453
489
NLM_EXTERN Boolean IsSuspectRuleEmpty (SuspectRulePtr rule);
454
490
 
455
 
NLM_EXTERN CharPtr SummarizeSearchFunc (SearchFuncPtr func);
456
 
NLM_EXTERN CharPtr SummarizeReplaceFunc (ReplaceFuncPtr replace);
 
491
NLM_EXTERN CharPtr SummarizeSearchFunc (SearchFuncPtr func, Boolean short_version);
 
492
NLM_EXTERN CharPtr SummarizeReplaceFunc (ReplaceFuncPtr replace, Boolean short_version);
457
493
NLM_EXTERN CharPtr SummarizeFixType (Uint2 fix_type);
458
 
NLM_EXTERN CharPtr SummarizeReplaceRule (ReplaceRulePtr replace);
 
494
NLM_EXTERN CharPtr SummarizeReplaceRule (ReplaceRulePtr replace, Boolean short_version);
459
495
NLM_EXTERN CharPtr SummarizeSuspectRule (SuspectRulePtr rule);
 
496
NLM_EXTERN CharPtr SummarizeSuspectRuleEx (SuspectRulePtr rule, Boolean short_version);
460
497
 
461
498
 
462
499
NLM_EXTERN Boolean StringMayContainPlural (CharPtr search);
481
518
 
482
519
NLM_EXTERN void FindDiffsBetweenRuleSets (SuspectRuleSetPtr set1, SuspectRuleSetPtr set2, SuspectRuleSetPtr PNTR in1not2, SuspectRuleSetPtr PNTR in2not1);
483
520
NLM_EXTERN Boolean FindSuspectProductNamesInEntrezGene (FILE *input_file, SuspectRuleSetPtr rule_list, FILE *output_file);
 
521
NLM_EXTERN Boolean FixSuspectProductNamesInEntrezGene (FILE *input_file, SuspectRuleSetPtr rule_list, FILE *output_file);
484
522
NLM_EXTERN void FindSuspectProductNamesInNameList (FILE *input_file, SuspectRuleSetPtr rule_list, FILE *output_file);
 
523
NLM_EXTERN void FixSuspectProductNamesInNameList (FILE *input_file, SuspectRuleSetPtr rule_list, FILE *output_file);
485
524
 
486
525
 
487
526
/* declarations for product update table handling */
493
532
 
494
533
NLM_EXTERN ValNodePtr GetBioseqMatchesForSequenceIDs (ValNodePtr query_list, Uint1 match_location, SeqEntryPtr sep);
495
534
 
 
535
NLM_EXTERN ValNodePtr ShuffleUpdateBioseqListWithIndex (ValNodePtr PNTR update_bioseq_list, ValNodePtr orig_bioseq_list);
 
536
 
496
537
#ifdef __cplusplus 
497
538
} 
498
539
#endif