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~siesta-maint/siesta/rel-4.0

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  • Committer: Nick Papior
  • Date: 2018-06-13 19:25:31 UTC
  • Revision ID: nickpapior@gmail.com-20180613192531-ywkvx48gw10hvtak
Reran all tests for 4.0

Since this 4.0 update implements new tabulated values
a lot of the tests changed values. I have gone through
all OUT.diffs and asserted that the values are agreeing
while they are not equal.

Secondly, many of the tests with HarrisFunctional have been
changed to use regular diagon to make them more predictable
and stable tests.

This commit only deals with Siesta tests.

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added added

removed removed

Lines of Context:
Tests/Reference/si_pdos_kgrid.out
1
 
Siesta Version: siesta-4.0--527
2
 
Architecture  : x86_64-linux-n-62-18-14
3
 
Compiler flags: mpifort -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizatioons -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore 
4
 
PP flags      : -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gmp/6.1.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpfr/3.1.4/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpc/1.0.3/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/isl/0.16.1/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gcc/6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/zlib/1.2.8/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/libxml2/2.9.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hwloc/1.11.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openmpi/2.0.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hdf5/1.8.17/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/netcdf/4.4.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/parmetis/4.0.3/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/scalapack/204/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openblas/0.2.19/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/mumps/5.0.2/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/fftw/3.3.5/gnu-6.2.0/include -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DCDF  -DSIESTA__METIS -DSIESTA__MUMPS -DTS_NOCHECKS -DSIESTA__FLOOK  
 
1
Siesta Version  : siesta-4.0--578
 
2
Architecture    : x86_64-linux-n-62-25-35
 
3
Compiler version: GNU Fortran (GCC) 7.3.0
 
4
Compiler flags  : mpif90 -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizationns -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore
 
5
PP flags        : -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/zlib/1.2.11/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/libxml2/2.9.7/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/hwloc/1.11.9/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/openmpi/3.0.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/szip/2.1.1/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/hdf5-serial/1.8.18/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/netcdf-serial/4.6.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/scalapack/204/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/openblas/0.2.20/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/elpa/2017.05.003/gnu-7.3.0/include -DSIESTA__ELPA -DMPI -D1 -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DSIESTA__MRRR 
5
6
PARALLEL version
6
7
NetCDF support
7
8
 
8
9
* Running on    8 nodes in parallel
9
 
>> Start of run:   2-JUL-2017  11:59:17
 
10
>> Start of run:  10-JUN-2018  22:06:35
10
11
 
11
12
                           ***********************       
12
13
                           *  WELCOME TO SIESTA  *       
251
252
redata: Number of Atomic Species         =        1
252
253
redata: Charge density info will appear in .RHO file
253
254
redata: Write Mulliken Pop.              =     NO
254
 
redata: Mesh Cutoff                      =    90.0000  Ry
 
255
redata: Matel table size (NRTAB)         =     1024
 
256
redata: Mesh Cutoff                      =    90.0000 Ry
255
257
redata: Net charge of the system         =     0.0000 |e|
256
258
redata: Min. number of SCF Iter          =        0
257
259
redata: Max. number of SCF Iter          =       50
365
367
stepf: Fermi-Dirac step function
366
368
 
367
369
siesta: Program's energy decomposition (eV):
368
 
siesta: Ebs     =       -74.505005
 
370
siesta: Ebs     =       -74.504887
369
371
siesta: Eions   =       380.802124
370
 
siesta: Ena     =       114.848182
 
372
siesta: Ena     =       114.848340
371
373
siesta: Ekin    =        80.404549
372
 
siesta: Enl     =        36.046992
 
374
siesta: Enl     =        36.047019
373
375
siesta: DEna    =         0.000000
374
376
siesta: DUscf   =         0.000000
375
377
siesta: DUext   =         0.000000
379
381
siesta: Emeta   =         0.000000
380
382
siesta: Emolmec =         0.000000
381
383
siesta: Ekinion =         0.000000
382
 
siesta: Eharris =      -215.470652
383
 
siesta: Etot    =      -214.209336
384
 
siesta: FreeEng =      -214.209336
 
384
siesta: Eharris =      -215.470377
 
385
siesta: Etot    =      -214.209152
 
386
siesta: FreeEng =      -214.209152
385
387
 
386
388
   scf: iscf   Eharris(eV)      E_KS(eV)   FreeEng(eV)    dDmax  Ef(eV)
387
 
   scf:    1     -215.4707     -214.2093     -214.2093  1.81760 -3.8996
388
 
timer: Routine,Calls,Time,% =    IterSCF     1       0.303  20.67
389
 
   scf:    2     -215.4379     -215.4358     -215.4358  0.00974 -3.8091
390
 
   scf:    3     -215.4376     -215.4313     -215.4313  0.00480 -3.8162
391
 
   scf:    4     -215.4375     -215.4375     -215.4375  0.00037 -3.8267
392
 
   scf:    5     -215.4375     -215.4376     -215.4376  0.00026 -3.8268
393
 
   scf:    6     -215.4375     -215.4375     -215.4375  0.00013 -3.8266
394
 
   scf:    7     -215.4375     -215.4375     -215.4375  0.00008 -3.8266
 
389
   scf:    1     -215.4704     -214.2092     -214.2092  1.81760 -3.9001
 
390
timer: Routine,Calls,Time,% =    IterSCF     1       0.202  17.77
 
391
   scf:    2     -215.4376     -215.4355     -215.4355  0.00974 -3.8096
 
392
   scf:    3     -215.4373     -215.4310     -215.4310  0.00480 -3.8167
 
393
   scf:    4     -215.4372     -215.4372     -215.4372  0.00037 -3.8272
 
394
   scf:    5     -215.4372     -215.4373     -215.4373  0.00026 -3.8272
 
395
   scf:    6     -215.4372     -215.4373     -215.4373  0.00013 -3.8270
 
396
   scf:    7     -215.4372     -215.4372     -215.4372  0.00008 -3.8270
395
397
 
396
398
SCF Convergence by dMax criterion
397
399
max |DM_out - DM_in|:     0.00007908
399
401
 
400
402
Using DM_out to compute the final energy and forces
401
403
 
402
 
siesta: E_KS(eV) =             -215.4375
 
404
siesta: E_KS(eV) =             -215.4372
403
405
 
404
 
siesta: E_KS - E_eggbox =      -215.4375
 
406
siesta: E_KS - E_eggbox =      -215.4372
405
407
 
406
408
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
407
409
----------------------------------------
408
410
   Tot    0.000219    0.000219    0.000219
409
411
----------------------------------------
410
 
   Max    0.021239
411
 
   Res    0.021130    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
 
412
   Max    0.021264
 
413
   Res    0.021155    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
412
414
----------------------------------------
413
 
   Max    0.021239    constrained
 
415
   Max    0.021264    constrained
414
416
 
415
 
Stress-tensor-Voigt (kbar):       13.88       13.88       13.88       10.73       10.73       10.73
416
 
(Free)E + p*V (eV/cell)     -215.7842
417
 
Target enthalpy (eV/cell)     -215.4375
 
417
Stress-tensor-Voigt (kbar):       13.68       13.68       13.68       10.72       10.72       10.72
 
418
(Free)E + p*V (eV/cell)     -215.7790
 
419
Target enthalpy (eV/cell)     -215.4372
418
420
siesta: PDOS info: 
419
421
siesta: e1, e2, sigma, nhist:   -30.00 eV   15.00 eV    0.20 eV    500
420
422
 
421
423
siesta: Program's energy decomposition (eV):
422
 
siesta: Ebs     =       -73.796701
 
424
siesta: Ebs     =       -73.796575
423
425
siesta: Eions   =       380.802124
424
 
siesta: Ena     =       114.848182
425
 
siesta: Ekin    =        81.648692
426
 
siesta: Enl     =        29.319489
427
 
siesta: DEna    =         4.386113
428
 
siesta: DUscf   =         0.252715
 
426
siesta: Ena     =       114.848340
 
427
siesta: Ekin    =        81.648820
 
428
siesta: Enl     =        29.319683
 
429
siesta: DEna    =         4.385974
 
430
siesta: DUscf   =         0.252712
429
431
siesta: DUext   =         0.000000
430
 
siesta: Exc     =       -65.090528
 
432
siesta: Exc     =       -65.090589
431
433
siesta: eta*DQ  =         0.000000
432
434
siesta: Emadel  =         0.000000
433
435
siesta: Emeta   =         0.000000
434
436
siesta: Emolmec =         0.000000
435
437
siesta: Ekinion =         0.000000
436
 
siesta: Eharris =      -215.437459
437
 
siesta: Etot    =      -215.437459
438
 
siesta: FreeEng =      -215.437459
 
438
siesta: Eharris =      -215.437183
 
439
siesta: Etot    =      -215.437183
 
440
siesta: FreeEng =      -215.437183
439
441
 
440
442
siesta: Final energy (eV):
441
 
siesta:  Band Struct. =     -73.796701
442
 
siesta:       Kinetic =      81.648692
443
 
siesta:       Hartree =      14.748890
 
443
siesta:  Band Struct. =     -73.796575
 
444
siesta:       Kinetic =      81.648820
 
445
siesta:       Hartree =      14.748917
444
446
siesta:    Ext. field =       0.000000
445
 
siesta:   Exch.-corr. =     -65.090528
446
 
siesta:  Ion-electron =    -100.071586
447
 
siesta:       Ion-ion =    -146.672928
 
447
siesta:   Exch.-corr. =     -65.090589
 
448
siesta:  Ion-electron =    -100.071561
 
449
siesta:       Ion-ion =    -146.672770
448
450
siesta:       Ekinion =       0.000000
449
 
siesta:         Total =    -215.437459
 
451
siesta:         Total =    -215.437183
450
452
 
451
453
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
452
 
siesta:     0.008663    0.006697    0.006697
453
 
siesta:     0.006697    0.008663    0.006697
454
 
siesta:     0.006697    0.006697    0.008663
 
454
siesta:     0.008540    0.006694    0.006694
 
455
siesta:     0.006694    0.008540    0.006694
 
456
siesta:     0.006694    0.006694    0.008540
455
457
 
456
458
siesta: Cell volume =         40.025752 Ang**3
457
459
 
458
460
siesta: Pressure (static):
459
461
siesta:                Solid            Molecule  Units
460
 
siesta:          -0.00009436         -0.00010216  Ry/Bohr**3
461
 
siesta:          -0.00866344         -0.00938007  eV/Ang**3
462
 
siesta:         -13.88051190        -15.02869821  kBar
463
 
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =        -214.226785
464
 
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =        -214.226785
465
 
>> End of run:   2-JUL-2017  11:59:22
 
462
siesta:          -0.00009301         -0.00010083  Ry/Bohr**3
 
463
siesta:          -0.00854012         -0.00925761  eV/Ang**3
 
464
siesta:         -13.68293224        -14.83248582  kBar
 
465
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =        -214.226509
 
466
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =        -214.226509
 
467
>> End of run:  10-JUN-2018  22:06:38
466
468
Job completed