← Back to branch summary

~siesta-maint/siesta/trunk

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Tests/Reference/TranSiesta-TBTrans/ts_au_100_0.25V/tbt_au_100.out

  • Committer: Nick Papior
  • Date: 2018-11-09 09:36:46 UTC
  • mfrom: (560.1.476 4.1)
  • Revision ID: nickpapior@gmail.com-20181109093646-b9rx59dx9vyjict2
Merged r1024-1036, GR-pulay, OMM-reuse and test updates

Fixed GR-pulay, OMM-psi reuse.

Updated all tests from 4.1 and fixed input options for nearly
all tests.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Tests/Reference/TranSiesta-TBTrans/ts_au_100_0.25V/tbt_au_100.out
1
 
TBtrans Version: trunk-507---ts-scf-681
2
 
Architecture  : x86_64-linux-gcc
3
 
Compiler flags: mpif90 -m64 -fPIC -O3 -ftree-vectorize -fexpensive-optimizations -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fgraphite -fipa-icf -fipa-pure-const -march=native -fschedule-fusion -fselective-scheduling  -fipa-sra -fipa-cp -Warray-temporaries -fcheck=array-temps -fno-second-underscore -I/opt/zlib/1.2.8/gnu-6.1.0/include -I/opt/hdf5/1.8.16/gnu-6.1.0/include -I/opt/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/netcdf/4.4.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/openmpi/1.10.2/gnu-6.1.0/include -I/opt/mumps/5.0.1/gnu-6.1.0/include
4
 
PP flags      : -DSIESTA__FLOOK -DSIESTA__METIS -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DGRID_DP -DMPI_TIMING -DTRANSIESTA_TIMING -DTBTRANS_TIMING -DSIESTA__MUMPS -DNCDF_PARALLEL -DNCDF -DNCDF_4 -DSCALAPACK_DEBUG -DTBTRANS
5
 
Libraries     : -lzmumps -lmumps_common -lpord -lparmetis -lmetis -L/opt/scalapack/204/gnu-6.1.0/lib -Wl,-rpath=/opt/scalapack/204/gnu-6.1.0/lib -lscalapack  -L/opt/openblas/0.2.17/gnu-6.1.0/lib -Wl,-rpath=/opt/openblas/0.2.17/gnu-6.1.0/lib -lopenblas -L/home/nicpa/phd/esl/flook -lflookall -ldl -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz
 
1
TBtrans Version: siesta-4.1-1028
 
2
Architecture  : x86_64-linux-n-62-18-18
 
3
Compiler flags: mpifort -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizatioons -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore  -flto
 
4
PP flags      : -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/zlib/1.2.11/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/libxml2/2.9.7/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/hwloc/1.11.9/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/openmpi/3.0.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/szip/2.1.1/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/hdf5/1.8.18/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/pnetcdf/1.8.1/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/netcdf/4.6.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/parmetis/4.0.3/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/scalapack/204/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/openblas/0.2.20/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/scotch/6.0.4/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/mumps/5.1.2/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/fftw/3.3.7/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/elpa/2017.05.003/gnu-7.3.0/include/elpa -DSIESTA__ELPA -DMPI -D1 -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DCDF4 -DSIESTA__FLOOK  -DNCDF -DNCDF_4 -DNCDF_PARALLEL -DSIESTA__METIS -DSIESTA__MUMPS -DTS_NOCHECKS -DSIESTA__MRRR -DTBTRANS
 
5
Libraries     : libncdf.a libfdict.a -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz  -lzmuumps -lmumps_common -lesmumps -lscotch -lscotcherr -lpord -lparmetis -lmetis -lelpa -lscalapack -lopenblas  -L/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/lib -Wl,-rpath=/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/lib -lflookall -ldl  -flto -fuse-linker-plugin  -lmetis
6
6
PARALLEL version
7
7
NetCDF support
8
8
NetCDF-4 support
9
9
NetCDF-4 MPI-IO support
10
10
METIS ordering support
11
11
 
12
 
* Running on 2 nodes in parallel
13
 
>> Start of run:   1-JUN-2016  22:04:40
 
12
* Running on 8 nodes in parallel
 
13
>> Start of run:   5-NOV-2018  12:49:07
14
14
 
15
15
                           ************************ 
16
16
                           *  WELCOME TO TBtrans  * 
17
17
                           ************************ 
18
18
 
19
 
reinit: Reading from standard input
20
 
************************** Dump of input data file ****************************
21
 
SolutionMethod        Transiesta
22
 
SystemName  Au 100 with gold chain
23
 
SystemLabel au_100
24
 
==================================================
25
 
==================================================
26
 
# SPECIES AND BASIS
27
 
# Number of species
28
 
NumberOfSpecies 1
29
 
%block ChemicalSpeciesLabel
30
 
  1  79 Au
31
 
%endblock ChemicalSpeciesLabel
32
 
PAO.BasisSize    SZP
33
 
PAO.EnergyShift  0.005 Ry
34
 
XC.functional   GGA
35
 
XC.authors      PBE
36
 
==================================================
37
 
==================================================
38
 
# K-points
39
 
%block kgrid_Monkhorst_Pack
40
 
 2    0    0    0.0
41
 
 0    2    0    0.0
42
 
 0    0    2    0.0
43
 
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack
44
 
==================================================
45
 
==================================================
46
 
# Structure
47
 
NumberOfAtoms 112
48
 
LatticeConstant 1.0 Ang
49
 
%block LatticeVectors
50
 
     8.651160000      0.000000000      0.000000000
51
 
     0.000000000      8.651160000      0.000000000
52
 
     0.000000000      0.000000000     32.625600000
53
 
%endblock LatticeVectors
54
 
AtomicCoordinatesFormat  Ang
55
 
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
56
 
     0.000000000      0.000000000      0.000000000 1 # 1. layer
57
 
     2.883720000      0.000000000      0.000000000 1
58
 
     5.767440000      0.000000000      0.000000000 1
59
 
     0.000000000      2.883720000      0.000000000 1
60
 
     2.883720000      2.883720000      0.000000000 1
61
 
     5.767440000      2.883720000      0.000000000 1
62
 
     0.000000000      5.767440000      0.000000000 1
63
 
     2.883720000      5.767440000      0.000000000 1
64
 
     5.767440000      5.767440000      0.000000000 1
65
 
     1.441860000      1.441860000      2.039100000 1 # 2. layer
66
 
     4.325580000      1.441860000      2.039100000 1
67
 
     7.209300000      1.441860000      2.039100000 1
68
 
     1.441860000      4.325580000      2.039100000 1
69
 
     4.325580000      4.325580000      2.039100000 1
70
 
     7.209300000      4.325580000      2.039100000 1
71
 
     1.441860000      7.209300000      2.039100000 1
72
 
     4.325580000      7.209300000      2.039100000 1
73
 
     7.209300000      7.209300000      2.039100000 1
74
 
     0.000000000      0.000000000      4.078200000 1 # 3. layer
75
 
     2.883720000      0.000000000      4.078200000 1
76
 
     5.767440000      0.000000000      4.078200000 1
77
 
     0.000000000      2.883720000      4.078200000 1
78
 
     2.883720000      2.883720000      4.078200000 1
79
 
     5.767440000      2.883720000      4.078200000 1
80
 
     0.000000000      5.767440000      4.078200000 1
81
 
     2.883720000      5.767440000      4.078200000 1
82
 
     5.767440000      5.767440000      4.078200000 1
83
 
     1.441860000      1.441860000      6.117300000 1 # 4. layer
84
 
     4.325580000      1.441860000      6.117300000 1
85
 
     7.209300000      1.441860000      6.117300000 1
86
 
     1.441860000      4.325580000      6.117300000 1
87
 
     4.325580000      4.325580000      6.117300000 1
88
 
     7.209300000      4.325580000      6.117300000 1
89
 
     1.441860000      7.209300000      6.117300000 1
90
 
     4.325580000      7.209300000      6.117300000 1
91
 
     7.209300000      7.209300000      6.117300000 1
92
 
     0.000000000      0.000000000      8.156400000 1 # 5. layer
93
 
     2.883720000      0.000000000      8.156400000 1
94
 
     5.767440000      0.000000000      8.156400000 1
95
 
     0.000000000      2.883720000      8.156400000 1
96
 
     2.883720000      2.883720000      8.156400000 1
97
 
     5.767440000      2.883720000      8.156400000 1
98
 
     0.000000000      5.767440000      8.156400000 1
99
 
     2.883720000      5.767440000      8.156400000 1
100
 
     5.767440000      5.767440000      8.156400000 1
101
 
     1.441860000      1.441860000     10.195500000 1 # 6. layer
102
 
     4.325580000      1.441860000     10.195500000 1
103
 
     7.209300000      1.441860000     10.195500000 1
104
 
     1.441860000      4.325580000     10.195500000 1
105
 
     4.325580000      4.325580000     10.195500000 1
106
 
     7.209300000      4.325580000     10.195500000 1
107
 
     1.441860000      7.209300000     10.195500000 1
108
 
     4.325580000      7.209300000     10.195500000 1
109
 
     7.209300000      7.209300000     10.195500000 1
110
 
     0.000000000      0.000000000     12.234600000 1 # 7. layer
111
 
     1.441860000      1.441860000     14.273700000 1 # 8. layer
112
 
     0.000000000      0.000000000     16.312800000 1 # 9. layer
113
 
     1.441860000      1.441860000     18.351900000 1 # 10. layer
114
 
     0.000000000      0.000000000     20.391000000 1 # 11. layer
115
 
     2.883720000      0.000000000     20.391000000 1
116
 
     5.767440000      0.000000000     20.391000000 1
117
 
     0.000000000      2.883720000     20.391000000 1
118
 
     2.883720000      2.883720000     20.391000000 1
119
 
     5.767440000      2.883720000     20.391000000 1
120
 
     0.000000000      5.767440000     20.391000000 1
121
 
     2.883720000      5.767440000     20.391000000 1
122
 
     5.767440000      5.767440000     20.391000000 1
123
 
     1.441860000      1.441860000     22.430100000 1 # 12. layer
124
 
     4.325580000      1.441860000     22.430100000 1
125
 
     7.209300000      1.441860000     22.430100000 1
126
 
     1.441860000      4.325580000     22.430100000 1
127
 
     4.325580000      4.325580000     22.430100000 1
128
 
     7.209300000      4.325580000     22.430100000 1
129
 
     1.441860000      7.209300000     22.430100000 1
130
 
     4.325580000      7.209300000     22.430100000 1
131
 
     7.209300000      7.209300000     22.430100000 1
132
 
     0.000000000      0.000000000     24.469200000 1 # 13. layer
133
 
     2.883720000      0.000000000     24.469200000 1
134
 
     5.767440000      0.000000000     24.469200000 1
135
 
     0.000000000      2.883720000     24.469200000 1
136
 
     2.883720000      2.883720000     24.469200000 1
137
 
     5.767440000      2.883720000     24.469200000 1
138
 
     0.000000000      5.767440000     24.469200000 1
139
 
     2.883720000      5.767440000     24.469200000 1
140
 
     5.767440000      5.767440000     24.469200000 1
141
 
     1.441860000      1.441860000     26.508300000 1 # 14. layer
142
 
     4.325580000      1.441860000     26.508300000 1
143
 
     7.209300000      1.441860000     26.508300000 1
144
 
     1.441860000      4.325580000     26.508300000 1
145
 
     4.325580000      4.325580000     26.508300000 1
146
 
     7.209300000      4.325580000     26.508300000 1
147
 
     1.441860000      7.209300000     26.508300000 1
148
 
     4.325580000      7.209300000     26.508300000 1
149
 
     7.209300000      7.209300000     26.508300000 1
150
 
     0.000000000      0.000000000     28.547400000 1 # 15. layer
151
 
     2.883720000      0.000000000     28.547400000 1
152
 
     5.767440000      0.000000000     28.547400000 1
153
 
     0.000000000      2.883720000     28.547400000 1
154
 
     2.883720000      2.883720000     28.547400000 1
155
 
     5.767440000      2.883720000     28.547400000 1
156
 
     0.000000000      5.767440000     28.547400000 1
157
 
     2.883720000      5.767440000     28.547400000 1
158
 
     5.767440000      5.767440000     28.547400000 1
159
 
     1.441860000      1.441860000     30.586500000 1 # 16. layer
160
 
     4.325580000      1.441860000     30.586500000 1
161
 
     7.209300000      1.441860000     30.586500000 1
162
 
     1.441860000      4.325580000     30.586500000 1
163
 
     4.325580000      4.325580000     30.586500000 1
164
 
     7.209300000      4.325580000     30.586500000 1
165
 
     1.441860000      7.209300000     30.586500000 1
166
 
     4.325580000      7.209300000     30.586500000 1
167
 
     7.209300000      7.209300000     30.586500000 1
168
 
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
169
 
==================================================
170
 
==================================================
171
 
# SCF variables
172
 
DM.MixSCF1   T
173
 
MaxSCFIterations      300           # Maximum number of SCF iter
174
 
DM.MixingWeight       0.05          # New DM amount for next SCF cycle
175
 
DM.Tolerance          1.d-4         # Tolerance in maximum difference
176
 
DM.UseSaveDM          true          # to use continuation files
177
 
DM.NumberPulay        5
178
 
TS.MixH               yes
179
 
==================================================
180
 
==================================================
181
 
# MD variables
182
 
MD.FinalTimeStep 1
183
 
MD.TypeOfRun CG
184
 
MD.NumCGsteps     000
185
 
MD.UseSaveXV      .true.
186
 
==================================================
187
 
==================================================
188
 
# Output variables
189
 
WriteMullikenPop                1
190
 
WriteBands                      .false.
191
 
SaveRho                         .false.
192
 
SaveDeltaRho                    .false.
193
 
SaveHS                          .false.
194
 
SaveElectrostaticPotential      True
195
 
SaveTotalPotential              no
196
 
WriteCoorXmol                   .true.
197
 
WriteMDXmol                     .true.
198
 
WriteMDhistory                  .false.
199
 
WriteEigenvalues                yes
200
 
==================================================
201
 
==================================================
202
 
# Transmission
203
 
TS.TBT.NPoints      101
204
 
TS.TBT.Emin        -0.5 eV
205
 
TS.TBT.Emax         0.5 eV
206
 
TS.TBT.NEigen              9
207
 
# Bias voltage
208
 
TS.Voltage 0.25 eV
209
 
TS.biasContour.NumPoints       20
210
 
# Transiesta: electrode definition:
211
 
# LEFT ELECTRODE
212
 
TS.HSFileLeft ./elec_au_100.TSHS
213
 
TS.ReplicateA1Left    1
214
 
TS.ReplicateA2Left    1
215
 
TS.NumUsedAtomsLeft   36
216
 
TS.BufferAtomsLeft    0
217
 
# RIGHT ELECTRODE
218
 
TS.HSFileRight ./elec_au_100.TSHS
219
 
TS.ReplicateA1Right   1
220
 
TS.ReplicateA2Right   1
221
 
TS.NumUsedAtomsRight  36
222
 
TS.BufferAtomsRight   0
223
 
# SPECIES AND ATOMS
224
 
# DYNAMICS
225
 
TS.UseBulkInElectrodes  T
226
 
TS.Voltage    0.25000 eV
227
 
%block TS.ChemPots
228
 
  Left
229
 
  Right
230
 
%endblock TS.ChemPots
231
 
%block TS.ChemPot.Left
232
 
  mu V/2
233
 
  contour.eq
234
 
    begin
235
 
      c-Left
236
 
      t-Left
237
 
    end
238
 
%endblock TS.ChemPot.Left
239
 
%block TS.ChemPot.Right
240
 
  mu -V/2
241
 
  contour.eq
242
 
    begin
243
 
      c-Right
244
 
      t-Right
245
 
    end
246
 
%endblock TS.ChemPot.Right
247
 
TS.Elecs.Bulk true
248
 
TS.Elecs.DM.Update none
249
 
TS.Elecs.GF.ReUse false
250
 
%block TS.Elecs
251
 
  Left
252
 
  Right
253
 
%endblock TS.Elecs
254
 
%block TS.Elec.Left
255
 
  TSHS ./elec_au_100.TSHS
256
 
  chem-pot Left
257
 
  semi-inf-dir -a3
258
 
  elec-pos begin 1
259
 
  used-atoms 36
260
 
%endblock TS.Elec.Left
261
 
%block TS.Elec.Right
262
 
  TSHS ./elec_au_100.TSHS
263
 
  chem-pot Right
264
 
  semi-inf-dir +a3
265
 
  elec-pos end -1
266
 
  used-atoms 36
267
 
%endblock TS.Elec.Right
268
 
TS.Contours.Eq.Pole.N 6
269
 
%block TS.Contour.c-Left
270
 
  part circle
271
 
   from   -3.00000 Ry + V/2 to -10. kT + V/2
272
 
    points 30
273
 
     method g-legendre
274
 
%endblock TS.Contour.c-Left
275
 
%block TS.Contour.t-Left
276
 
  part tail
277
 
   from prev to inf
278
 
    points 10
279
 
     method g-fermi
280
 
%endblock TS.Contour.t-Left
281
 
%block TS.Contour.c-Right
282
 
  part circle
283
 
   from   -3.00000 Ry - V/2 to -10. kT - V/2
284
 
    points 30
285
 
     method g-legendre
286
 
%endblock TS.Contour.c-Right
287
 
%block TS.Contour.t-Right
288
 
  part tail
289
 
   from prev to inf
290
 
    points 10
291
 
     method g-fermi
292
 
%endblock TS.Contour.t-Right
293
 
TS.Contours.nEq.Eta    0.0000010000 Ry
294
 
%block TS.Contours.Bias.Window
295
 
  neq
296
 
%endblock TS.Contours.Bias.Window
297
 
%block TS.Contour.Bias.Window.neq
298
 
  part line
299
 
   from -|V|/2 to |V|/2
300
 
    delta    0.01250 eV
301
 
     method simpson-mix
302
 
%endblock TS.Contour.Bias.Window.neq
303
 
%block TS.Contours.Bias.Tail
304
 
  neq-tail
305
 
%endblock TS.Contours.Bias.tail
306
 
%block TS.Contour.Bias.Tail.neq-tail
307
 
  part tail
308
 
   from 0. kT to 12. kT
309
 
    delta    0.01250 eV
310
 
     method simpson-mix
311
 
%endblock TS.Contour.Bias.Tail.neq-tail
312
 
************************** End of input data file *****************************
 
19
reinit: Reading from au_100.fdf
313
20
 
314
21
reinit: -----------------------------------------------------------------------
315
22
reinit: System Name: Au 100 with gold chain
316
23
reinit: -----------------------------------------------------------------------
317
24
reinit: System Label: au_100
318
25
reinit: -----------------------------------------------------------------------
319
 
redata: Non-Collinear-spin run                   =   F
320
 
redata: SpinPolarized (Up/Down) run              =   F
321
 
redata: Number of spin components                =   1
322
26
 
323
27
k-point displ. along   1 input, could be:     0.00    0.50
324
28
k-point displ. along   2 input, could be:     0.00    0.50
330
34
tbt:            0   2   0      0.000
331
35
tbt:            0   0   1      0.000
332
36
 
 
37
 
333
38
tbt: **************************************************************
334
39
tbt: Electronic temperature (reference)             =  299.9869 K
335
40
tbt: Voltage                                        =    0.2500 Volts
339
44
tbt: Saving DOS from Green function                 =    F
340
45
tbt: Saving DOS from spectral functions             =    F
341
46
tbt: Saving bond currents (orb-orb)                 =    F
 
47
tbt: Saving DM from Green function                  =    F
 
48
tbt: Saving DM from spectral functions              =    F
 
49
tbt: Saving COOP from Green function                =    F
 
50
tbt: Saving COOP from spectral functions            =    F
 
51
tbt: Saving COHP from Green function                =    F
 
52
tbt: Saving COHP from spectral functions            =    F
342
53
tbt: Calc. # transmission eigenvalues               =  0
343
54
tbt: Calc. T between all electrodes                 =    F
344
55
tbt: Calc. total T out of electrodes                =    F
345
 
tbt: Single spin Hamiltonian
 
56
tbt: Non-polarized Hamiltonian
346
57
tbt: BTD creation algorithm                         =    speed
347
58
tbt: BTD spectral function algorithm                =    propagation
348
59
tbt: Divide and conquer diagonalization             =    F
349
60
tbt: Assume LAPACK <i|S|j> = delta_ij               =    F
350
 
tbt: Saving down-folded self-energies               =    F
351
 
tbt: No delta-Hamiltonian
 
61
tbt: Saving downfolded self-energies                =    F
 
62
tbt: No delta Hamiltonian
 
63
tbt: No delta self-energy
352
64
tbt: Data files stored in current folder
353
65
tbt: No compression of TBT.nc files
 
66
tbt: Default NetCDF precision                       =    single
354
67
tbt: Use parallel MPI-IO for NetCDF file            =    F
355
68
tbt:           >> Electrodes << 
356
69
tbt: >> Left
357
70
tbt:   Electrode cell pivoting: E1, E2, E3          = A1, A2, A3
358
 
tbt:   In-core GF
 
71
tbt:   In-core self-energy calculation
359
72
tbt:   Electrode TSHS file                          = ./elec_au_100.TSHS
360
73
tbt:   # atoms used in electrode                    =   36
361
 
tbt:   Electrode Bloch expansion [E1 x E2 x E3]     = 1 x 1 x 1
 
74
tbt:   Electrode Bloch unity [E1 x E2 x E3]         = 1 x 1 x 1
362
75
tbt:   Position in geometry                         = 1 -- 36
363
76
tbt:   Semi-infinite direction for electrode        = negative wrt. E3
364
77
tbt:   Chemical shift                               =    0.125000 eV
365
78
tbt:   Electronic temperature                       =  299.986869 K
366
 
tbt:   Bulk values in electrode                     =    T
 
79
tbt:   Gamma-only electrode                         =    F
 
80
tbt:   Bulk H, S in electrode region                =    T
367
81
tbt:   Hamiltonian E-C Ef fractional shift          =    0.0000
368
82
tbt:   Electrode self-energy imaginary Eta          =  0.1000E-03  eV
 
83
tbt:   Electrode self-energy accuracy               =  0.1000E-13  eV
369
84
tbt:   Electrode inter-layer distance (semi-inf)    =    2.0391  Ang
370
85
tbt: >> Right
371
86
tbt:   Electrode cell pivoting: E1, E2, E3          = A1, A2, A3
372
 
tbt:   In-core GF
 
87
tbt:   In-core self-energy calculation
373
88
tbt:   Electrode TSHS file                          = ./elec_au_100.TSHS
374
89
tbt:   # atoms used in electrode                    =   36
375
 
tbt:   Electrode Bloch expansion [E1 x E2 x E3]     = 1 x 1 x 1
 
90
tbt:   Electrode Bloch unity [E1 x E2 x E3]         = 1 x 1 x 1
376
91
tbt:   Position in geometry                         = 77 -- 112
377
92
tbt:   Semi-infinite direction for electrode        = positive wrt. E3
378
93
tbt:   Chemical shift                               =   -0.125000 eV
379
94
tbt:   Electronic temperature                       =  299.986869 K
380
 
tbt:   Bulk values in electrode                     =    T
 
95
tbt:   Gamma-only electrode                         =    F
 
96
tbt:   Bulk H, S in electrode region                =    T
381
97
tbt:   Hamiltonian E-C Ef fractional shift          =    0.0000
382
98
tbt:   Electrode self-energy imaginary Eta          =  0.1000E-03  eV
 
99
tbt:   Electrode self-energy accuracy               =  0.1000E-13  eV
383
100
tbt:   Electrode inter-layer distance (semi-inf)    =    2.0391  Ang
384
101
ts:              >> TBtrans contour << 
385
102
ts: Device Green function imaginary Eta             =  0.000     eV
404
121
tbt: <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
405
122
 
406
123
************************ Begin: TBT CHECKS AND WARNINGS ************************
407
 
 ** Use TBT.Atoms.Device for faster execution
408
124
 ** Speed up the execution by utilizing parallel I/O
409
125
  > TBT.CDF.MPI true
410
126
************************ End: TBT CHECKS AND WARNINGS **************************
417
133
 
418
134
  <sparsity:./elec_au_100.TSHS
419
135
    nrows_g=324 nrows=324 sparsity=4.3584 nnzs=457524, refcount: 3>
 
136
  <sparsity:(TM [--,--, 0] of: ./elec_au_100.TSHS)
 
137
    nrows_g=324 nrows=324 sparsity=2.6214 nnzs=275184, refcount: 3>
 
138
  <sparsity:(TM [--,--,-1] of: ./elec_au_100.TSHS)
 
139
    nrows_g=324 nrows=324 sparsity=.8685 nnzs=91170, refcount: 3>
420
140
 Left principal cell is perfect!
 
141
 
 
142
  <sparsity:./elec_au_100.TSHS
 
143
    nrows_g=324 nrows=324 sparsity=4.3584 nnzs=457524, refcount: 3>
421
144
  <sparsity:(TM [--,--, 0] of: ./elec_au_100.TSHS)
422
145
    nrows_g=324 nrows=324 sparsity=2.6214 nnzs=275184, refcount: 3>
423
 
  <sparsity:(TM [--,--,-1] of: ./elec_au_100.TSHS)
 
146
  <sparsity:(TM [--,--, 1] of: ./elec_au_100.TSHS)
424
147
    nrows_g=324 nrows=324 sparsity=.8685 nnzs=91170, refcount: 3>
425
 
 
426
 
  <sparsity:./elec_au_100.TSHS
427
 
    nrows_g=324 nrows=324 sparsity=4.3584 nnzs=457524, refcount: 3>
428
148
 Right principal cell is perfect!
429
 
  <sparsity:(TM [--,--, 0] of: ./elec_au_100.TSHS)
430
 
    nrows_g=324 nrows=324 sparsity=2.6214 nnzs=275184, refcount: 3>
431
 
  <sparsity:(TM [--,--, 1] of: ./elec_au_100.TSHS)
432
 
    nrows_g=324 nrows=324 sparsity=.8685 nnzs=91170, refcount: 3>
433
 
 
434
 
 
435
 
tbtrans: Analyzing electrode sparsity pattern to create optimal tri-diagonal blocks...
436
 
tbtrans: Analyzing device sparsity pattern to create optimal tri-diagonal blocks...
437
 
tbtrans: BTD pivoting scheme in device: atom+Left
438
 
tbtrans: Done analyzing sparsity pattern...
439
 
 
440
 
tbtrans: Reducing sparsity pattern...
441
 
 
442
 
tbtrans: # of device region orbitals: 360
 
149
 
 
150
 
 
151
tbt: Analyzing electrode sparsity pattern and electrode pivot-tables
 
152
tbt: BTD pivoting scheme for electrode (Left): atom+Left
 
153
 
 
154
tbt: Analyzing device sparsity pattern and pivot-table
 
155
tbt: BTD pivoting scheme in device: atom+Left
 
156
tbt: Done analyzing electrode and device sparsity pattern and pivot-tables
 
157
 
 
158
tbt: Reducing matrix (H, S) sparsity patterns by: 182340
 
159
 
 
160
tbt: # of device region orbitals: 360
443
161
Region (40): [A]-device
444
162
  [ 37 -- 76 ]
445
163
 
446
 
tbtrans: # of Left scattering orbitals: 180
447
 
tbtrans: # of Left down-folding orbitals: 504
 
164
tbt: # of Left electrode orbitals: 180
 
165
tbt: # of Left down-folding orbitals: 504
448
166
Region (36): [A]-Left folding region
449
167
  [ 1 -- 36 ]
450
168
Region (20): [A]-Left folding in D
451
169
  [ 37 -- 56 ]
452
170
 
453
 
tbtrans: # of Right scattering orbitals: 180
454
 
tbtrans: # of Right down-folding orbitals: 504
 
171
tbt: # of Right electrode orbitals: 180
 
172
tbt: # of Right down-folding orbitals: 504
455
173
Region (36): [A]-Right folding region
456
174
  [ 77 -- 112 ]
457
175
Region (20): [A]-Right folding in D
458
176
  [ 57 -- 76 ]
459
177
 
460
 
tbtrans: Creating electrode tri-diagonal matrix blocks
461
 
tbtrans: Creating device tri-diagonal matrix blocks
462
 
Region (2): [TRI] device region
463
 
  [ 180, 180 ]
464
 
tbtrans: Matrix elements in BTD: 129600
 
178
tbt: Creating electrode tri-diagonal matrix blocks
 
179
tbt: Creating device tri-diagonal matrix blocks
 
180
Region (3): [TRI] device region
 
181
  [ 157, 158, 45 ]
 
182
tbt: Matrix elements in BTD: 115470
465
183
 
466
 
tbtrans: Electrodes tri-diagonal matrices
 
184
tbt: Electrodes tri-diagonal matrices
467
185
Region (2): [TRI] Left
468
186
  [ 324, 180 ]
469
187
Region (2): [TRI] Right
470
188
  [ 324, 180 ]
471
189
 
472
 
tbtrans: Electrode memory:   14.384 MB
473
 
tbtrans: Sparse Hamiltonian and overlap memory:   14.666 MB
474
 
tbtrans: Sum of electrode and sparse memory:   29.050 MB
475
 
 
476
 
tbtrans: Initializing data file: au_100.TBT.nc
477
 
tbtrans: LHS Green function size / memory: 1259712 /    19.22 MB
478
 
tbtrans: RHS Green function size / memory: 209952 /     3.20 MB
479
 
tbt: Initial ETA in             4941.016 s
480
 
tbt: Calculated   5.000 %, ETA in             5670.208 s
481
 
tbt: Calculated  10.000 %, ETA in             5456.988 s
482
 
tbt: Calculated  15.000 %, ETA in             5191.913 s
483
 
tbt: Calculated  20.000 %, ETA in             4912.000 s
484
 
tbt: Calculated  25.000 %, ETA in             4624.092 s
485
 
tbt: Calculated  30.000 %, ETA in             4304.365 s
486
 
tbt: Calculated  35.000 %, ETA in             4019.904 s
487
 
tbt: Calculated  40.000 %, ETA in             3695.592 s
488
 
tbt: Calculated  45.000 %, ETA in             3371.138 s
489
 
tbt: Calculated  50.000 %, ETA in             3049.212 s
490
 
tbt: Calculated  55.000 %, ETA in             2729.317 s
491
 
tbt: Calculated  60.000 %, ETA in             2417.555 s
492
 
tbt: Calculated  65.000 %, ETA in             2108.432 s
493
 
tbt: Calculated  70.000 %, ETA in             1802.770 s
494
 
tbt: Calculated  75.000 %, ETA in             1498.808 s
495
 
tbt: Calculated  80.000 %, ETA in             1192.722 s
496
 
tbt: Calculated  85.000 %, ETA in              890.328 s
497
 
tbt: Calculated  90.000 %, ETA in              592.504 s
498
 
tbt: Calculated  95.000 %, ETA in              295.905 s
499
 
tbt: Completed in             5912.064 s
 
190
tbt: Electrode memory:   17.179 MB
 
191
tbt: Sparse H, S and auxiliary matrices memory:   27.451 MB
 
192
tbt: Sum of electrode and sparse memory:   44.630 MB
 
193
 
 
194
tbt: Initializing data file: au_100.TBT.nc
 
195
tbt: Estimated file size of au_100.TBT.nc:  19.051 KB
 
196
 
 
197
tbt: LHS Green function padding / memory: 1144242 /   19.222 MB
 
198
tbt: RHS Green function padding / memory: 94482 /    3.204 MB
 
199
tbt: Initial ETA in             1593.151 s
 
200
tbt: Calculated   5.000 %, ETA in             1511.049 s
 
201
tbt: Calculated  10.000 %, ETA in             1431.556 s
 
202
tbt: Calculated  15.000 %, ETA in             1351.787 s
 
203
tbt: Calculated  20.000 %, ETA in             1272.279 s
 
204
tbt: Calculated  25.000 %, ETA in             1192.790 s
 
205
tbt: Calculated  30.000 %, ETA in             1111.671 s
 
206
tbt: Calculated  35.000 %, ETA in             1032.368 s
 
207
tbt: Calculated  40.000 %, ETA in              953.056 s
 
208
tbt: Calculated  45.000 %, ETA in              873.822 s
 
209
tbt: Calculated  50.000 %, ETA in              794.879 s
 
210
tbt: Calculated  55.000 %, ETA in              714.932 s
 
211
tbt: Calculated  60.000 %, ETA in              635.597 s
 
212
tbt: Calculated  65.000 %, ETA in              556.240 s
 
213
tbt: Calculated  70.000 %, ETA in              476.862 s
 
214
tbt: Calculated  75.000 %, ETA in              397.484 s
 
215
tbt: Calculated  80.000 %, ETA in              317.900 s
 
216
tbt: Calculated  85.000 %, ETA in              241.371 s
 
217
tbt: Calculated  90.000 %, ETA in              161.037 s
 
218
tbt: Calculated  95.000 %, ETA in               80.473 s
 
219
tbt: Completed in             1608.611 s
500
220
 
501
221
Currents (ensure entire Fermi function window):
502
 
Left -> Right, V [V] / I [A]: 0.250000     V / 0.770318E-05 A
503
 
Left -> Right, V [V] / P [W]: 0.250000     V / -.933495E-06 W
504
 
 
505
 
>> End of run:   1-JUN-2016  23:43:16
 
222
Left -> Right, V [V] / I [A]: 0.250000     V / 0.770030E-05 A
 
223
Left -> Right, V [V] / P [W]: 0.250000     V / -.933015E-06 W
 
224
 
 
225
 
 
226
             Section          Calls    Walltime       %
 
227
 global_section                   1    1615.022  100.00
 
228
  tbtrans                         1    1615.022  100.00
 
229
   init-region+sp                 1       0.194    0.01
 
230
   pivot-elec                     1       0.017    0.00
 
231
    pivot                         1       0.011    0.00
 
232
   pivot-device                   1       0.011    0.00
 
233
    pivot                         1       0.011    0.00
 
234
   tri-init                       1       0.158    0.01
 
235
    tri-init-elec                 1       0.005    0.00
 
236
     TS-rgn2tri                   1       0.001    0.00
 
237
    TS-rgn2tri                    1       0.001    0.00
 
238
   TBT                            1    1612.397   99.84
 
239
    read-GS                     200    1577.375   97.67
 
240
    SE-dwn                      200      18.047    1.12
 
241
     ts_expand                  400       0.140    0.01
 
242
    Gf-prep                     200       8.270    0.51
 
243
     V_TM_Pinv                  200       7.278    0.45
 
244
    analysis                    200       7.854    0.49
 
245
    cdf2ascii                     1       0.028    0.00
 
246
>> End of run:   5-NOV-2018  13:16:02