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Viewing changes to Tests/Reference/TranSiesta-TBTrans/ts_term4/elec-z.out

  • Committer: Nick Papior
  • Date: 2018-11-09 09:36:46 UTC
  • mfrom: (560.1.476 4.1)
  • Revision ID: nickpapior@gmail.com-20181109093646-b9rx59dx9vyjict2
Merged r1024-1036, GR-pulay, OMM-reuse and test updates

Fixed GR-pulay, OMM-psi reuse.

Updated all tests from 4.1 and fixed input options for nearly
all tests.

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Lines of Context:
Tests/Reference/TranSiesta-TBTrans/ts_term4/elec-z.out
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                           *  WELCOME TO SIESTA  *       
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reinit: Reading from elec-z.fdf
7
 
 
8
 
reinit: -----------------------------------------------------------------------
9
 
reinit: System Name: 
10
 
reinit: -----------------------------------------------------------------------
11
 
reinit: System Label: elec-z
12
 
reinit: -----------------------------------------------------------------------
13
 
Siesta Version: siesta-4.1--731
14
 
Architecture  : x86_64-linux-n-62-18-14
15
 
Compiler flags: mpifort -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizatioons -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore  -flto -fuse-linker-plugin
16
 
PP flags      : -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gmp/6.1.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpfr/3.1.4/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpc/1.0.3/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/isl/0.16.1/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gcc/6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/zlib/1.2.8/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/libxml2/2.9.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hwloc/1.11.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openmpi/2.0.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hdf5/1.8.17/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/netcdf/4.4.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/parmetis/4.0.3/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/scalapack/204/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openblas/0.2.19/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/mumps/5.0.2/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/fftw/3.3.5/gnu-6.2.0/include -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DCDF4 -DSIESTA__METIS -DSIESTA__MUMPS -DTS_NOCHECKS -DNCDF -DNCDF_4 -DNCDF_PARALLEL -DSIESTA__FLOOK  -DTRANSIESTA
17
 
Libraries     : -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz  -lzmumps -lmumps_common -llpord -lparmetis -lmetis -lscalapack -lopenblas  -lmetis -flto -fuse-linker-plugin  -L/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/lib -Wl,-rpath=/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/lib -lflookall -ldl
 
1
Siesta Version  : siesta-4.1-1033
 
2
Architecture    : x86_64-linux-n-62-18-18
 
3
Compiler version: GNU Fortran (GCC) 7.3.0
 
4
Compiler flags  : mpifort -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizatioons -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore  -flto
 
5
PP flags        : -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/zlib/1.2.11/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/libxml2/2.9.7/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/hwloc/1.11.9/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/openmpi/3.0.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/szip/2.1.1/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/hdf5/1.8.18/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/pnetcdf/1.8.1/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/netcdf/4.6.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/parmetis/4.0.3/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/scalapack/204/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/openblas/0.2.20/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/scotch/6.0.4/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/mumps/5.1.2/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/fftw/3.3.7/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/elpa/2017.05.003/gnu-7.3.0/include/elpa -DSIESTA__ELPA -DMPI -D1 -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DCDF4 -DSIESTA__FLOOK  -DNCDF -DNCDF_4 -DNCDF_PARALLEL -DSIESTA__METIS -DSIESTA__MUMPS -DTS_NOCHECKS -DSIESTA__MRRR
 
6
Libraries       : libncdf.a libfdict.a -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz  -lzmuumps -lmumps_common -lesmumps -lscotch -lscotcherr -lpord -lparmetis -lmetis -lelpa -lscalapack -lopenblas  -L/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/lib -Wl,-rpath=/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/lib -lflookall -ldl  -flto -fuse-linker-plugin  -lmetis
18
7
PARALLEL version
19
 
TRANSIESTA support
20
8
NetCDF support
21
9
NetCDF-4 support
22
10
NetCDF-4 MPI-IO support
23
11
METIS ordering support
24
12
 
25
13
* Running on 8 nodes in parallel
26
 
>> Start of run:   2-JUL-2017  23:03:56
 
14
>> Start of run:   5-NOV-2018  14:29:11
 
15
 
 
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                           *  WELCOME TO SIESTA  *       
 
18
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19
 
 
20
reinit: Reading from elec-z.fdf
 
21
 
 
22
reinit: -----------------------------------------------------------------------
 
23
reinit: System Name: 
 
24
reinit: -----------------------------------------------------------------------
 
25
reinit: System Label: elec-z
 
26
reinit: -----------------------------------------------------------------------
27
27
 
28
28
initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ----------
29
29
Species number:   1 Atomic number:    6 Label: C
194
194
redata: Number of Atomic Species                    =        1
195
195
redata: Charge density info will appear in .RHO file
196
196
redata: Write Mulliken Pop.                         = Atomic and Orbital charges
 
197
redata: Matel table size (NRTAB)                    =     1024
197
198
redata: Mesh Cutoff                                 =   250.0000 Ry
198
199
redata: Net charge of the system                    =     0.0000 |e|
199
200
redata: Min. number of SCF Iter                     =        3
200
201
redata: Max. number of SCF Iter                     =      200
 
202
redata: SCF convergence failure will abort job
201
203
redata: SCF mix quantity                            = Hamiltonian
202
204
redata: Mix DM or H after convergence               =   F
203
205
redata: Recompute H after scf cycle                 =   F
210
212
redata: Require Harris convergence for SCF          =   F
211
213
redata: Harris energy tolerance for SCF             =     0.000100 eV
212
214
redata: Require DM convergence for SCF              =   T
213
 
redata: DM tolerance for SCF                        =     0.0001
 
215
redata: DM tolerance for SCF                        =     0.000100
214
216
redata: Require EDM convergence for SCF             =   F
215
217
redata: EDM tolerance for SCF                       =     0.001000 eV
216
218
redata: Require H convergence for SCF               =   T
221
223
redata: Use continuation files for DM               =   T
222
224
redata: Neglect nonoverlap interactions             =   F
223
225
redata: Method of Calculation                       = Diagonalization
224
 
redata: Divide and Conquer                          =   T
225
226
redata: Electronic Temperature                      =   299.9978 K
226
227
redata: Fix the spin of the system                  =   F
227
228
redata: Dynamics option                             = Single-point calculation
269
270
siesta: k-grid:    0   1   0      0.000
270
271
siesta: k-grid:    0   0   1      0.000
271
272
 
 
273
diag: Algorithm                                     = D&C
 
274
diag: Parallel over k                               =   F
 
275
diag: Use parallel 2D distribution                  =   T
 
276
diag: Parallel block-size                           = 4
 
277
diag: Parallel distribution                         =     2 x     4
 
278
diag: Used triangular part                          = Lower
 
279
diag: Absolute tolerance                            =  0.100E-15
 
280
diag: Orthogonalization factor                      =  0.100E-05
 
281
diag: Memory factor                                 =  1.0000
 
282
 
272
283
superc: Internal auxiliary supercell:     3 x     1 x     1  =       3
273
284
superc: Number of atoms, orbitals, and projectors:     12    108    108
274
285
 
275
 
k-point displ. along   1 input, could be:     0.00    0.50
276
 
 Kpoints in:           51 . Kpoints trimmed:           51
277
 
 
278
 
transiesta: k-grid: Number of Green function k-points =    51
279
 
transiesta: k-grid: Supercell and displacements
280
 
transiesta: k-grid:  100   0   0      0.000
281
 
transiesta: k-grid:    0   1   0      0.000
282
 
transiesta: k-grid:    0   0   1      0.000
283
286
 
284
287
ts: **************************************************************
285
288
ts: Save H and S matrices                           =    T
286
 
ts: Save DM and EDM matrices                        =    F
 
289
ts: Save DM and EDM matrices                        =    T
287
290
ts: Fix Hartree potential                           =    F
288
291
ts: Only save the overlap matrix S                  =    F
289
292
ts: **************************************************************
322
325
    nrows_g=36 nrows=8 sparsity=.5000 nnzs=648, refcount: 8>
323
326
  <dData2D:DM n=648 m=1, refcount: 1>
324
327
refcount: 1>
325
 
 
326
328
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:       8      45
327
329
New grid distribution:   1
328
330
           1       1:   25    1:   30    1:   15
364
366
stepf: Fermi-Dirac step function
365
367
 
366
368
siesta: Program's energy decomposition (eV):
367
 
siesta: Ebs     =      -243.005287
 
369
siesta: Ebs     =      -243.034782
368
370
siesta: Eions   =       997.139937
369
 
siesta: Ena     =       201.599524
370
 
siesta: Ekin    =       402.166745
371
 
siesta: Enl     =       -51.899956
 
371
siesta: Ena     =       201.605307
 
372
siesta: Ekin    =       402.144157
 
373
siesta: Enl     =       -51.906752
372
374
siesta: Eso     =         0.000000
373
375
siesta: Eldau   =         0.000000
374
 
siesta: DEna    =        11.718097
375
 
siesta: DUscf   =         0.864358
 
376
siesta: DEna    =        11.744887
 
377
siesta: DUscf   =         0.864400
376
378
siesta: DUext   =         0.000000
377
 
siesta: Exc     =      -178.140618
 
379
siesta: Enegf   =         0.000000
 
380
siesta: Exc     =      -178.135110
378
381
siesta: eta*DQ  =         0.000000
379
382
siesta: Emadel  =         0.000000
380
383
siesta: Emeta   =         0.000000
381
384
siesta: Emolmec =         0.000000
382
385
siesta: Ekinion =         0.000000
383
 
siesta: Eharris =      -613.306263
384
 
siesta: Etot    =      -610.831787
385
 
siesta: FreeEng =      -610.833622
 
386
siesta: Eharris =      -613.294459
 
387
siesta: Etot    =      -610.823048
 
388
siesta: FreeEng =      -610.824882
386
389
 
387
390
        iscf     Eharris(eV)        E_KS(eV)     FreeEng(eV)     dDmax    Ef(eV) dHmax(eV)
388
 
   scf:    1     -613.306263     -610.831787     -610.833622  1.549745 -5.914739  0.950659
389
 
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF        1       0.706  52.41
390
 
   scf:    2     -610.832881     -610.832334     -610.834169  0.000415 -5.961592  0.901587
391
 
   scf:    3     -610.841934     -610.837219     -610.839067  0.007623 -6.823264  0.008364
392
 
   scf:    4     -610.837226     -610.837228     -610.839076  0.000565 -6.825674  0.004337
393
 
   scf:    5     -610.837188     -610.837220     -610.839068  0.001024 -6.835975  0.013285
394
 
mix: Pulay -- inversion failed, > SVD
395
 
   scf:    6     -610.837236     -610.837233     -610.839081  0.000649 -6.827806  0.000066
396
 
mix: Pulay -- inversion failed, > SVD
397
 
   scf:    7     -610.837233     -610.837233     -610.839081  0.000000 -6.827804  0.000062
 
391
   scf:    1     -613.294459     -610.823048     -610.824882  1.548813 -5.914667  0.952347
 
392
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF        1       0.570  48.63
 
393
   scf:    2     -610.824151     -610.823600     -610.825435  0.000418 -5.961603  0.903168
 
394
   scf:    3     -610.833277     -610.828525     -610.830374  0.007673 -6.824398  0.008501
 
395
   scf:    4     -610.828533     -610.828534     -610.830382  0.000570 -6.826885  0.004390
 
396
   scf:    5     -610.828494     -610.828527     -610.830375  0.001036 -6.837326  0.013463
 
397
   scf:    6     -610.828545     -610.828539     -610.830388  0.000550 -6.830356  0.002205
 
398
mix: Pulay -- inversion failed, > SVD
 
399
   scf:    7     -610.828540     -610.828540     -610.830388  0.000105 -6.829027  0.000063
 
400
mix: Pulay -- inversion failed, > SVD
 
401
   scf:    8     -610.828540     -610.828540     -610.830388  0.000000 -6.829025  0.000060
398
402
 
399
403
SCF Convergence by DM+H criterion
400
 
max |DM_out - DM_in|         :     0.0000002505
401
 
max |H_out - H_in|      (eV) :     0.0000623799
402
 
SCF cycle converged after 7 iterations
 
404
max |DM_out - DM_in|         :     0.0000001945
 
405
max |H_out - H_in|      (eV) :     0.0000598500
 
406
SCF cycle converged after 8 iterations
403
407
 
404
408
Using DM_out to compute the final energy and forces
405
409
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:       8      45
406
410
 
407
 
siesta: E_KS(eV) =             -610.8372
 
411
siesta: E_KS(eV) =             -610.8285
408
412
 
409
 
siesta: E_KS - E_eggbox =      -610.8372
 
413
siesta: E_KS - E_eggbox =      -610.8285
410
414
 
411
415
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
412
 
     1   -0.000000   -0.000000    0.000000
413
 
     2    0.000000   -0.000000    0.000000
414
 
     3   -0.000000    0.000000   -0.000000
415
 
     4    0.000000    0.000000    0.000000
 
416
     1    0.000000    0.000000    0.000000
 
417
     2   -0.000000    0.000000   -0.000000
 
418
     3    0.000000    0.000000    0.000000
 
419
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
416
420
----------------------------------------
417
 
   Tot   -0.000000   -0.000000    0.000000
 
421
   Tot   -0.000000    0.000000   -0.000000
418
422
----------------------------------------
419
423
   Max    0.000000
420
424
   Res    0.000000    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
421
425
----------------------------------------
422
426
   Max    0.000000    constrained
423
427
 
424
 
Stress-tensor-Voigt (kbar):        0.00        0.00      -31.33       -0.00        0.00       -0.00
425
 
(Free)E + p*V (eV/cell)     -606.0717
426
 
Target enthalpy (eV/cell)     -610.8391
 
428
Stress-tensor-Voigt (kbar):        0.00        0.00      -31.47        0.00        0.00        0.00
 
429
(Free)E + p*V (eV/cell)     -606.0417
 
430
Target enthalpy (eV/cell)     -610.8304
427
431
 
428
432
mulliken: Atomic and Orbital Populations:
429
433
 
431
435
Atom  Qatom  Qorb
432
436
               2s      2py     2pz     2px     2Pdxy   2Pdyz   2Pdz2   2Pdxz   
433
437
               2Pdx2-y2
434
 
   1  4.000   0.899   0.983   1.085   0.983   0.000   0.017   0.016   0.017
 
438
   1  4.000   0.899   0.983   1.085   0.983  -0.000   0.017   0.016   0.017
435
439
              0.000
436
 
   2  4.000   0.899   0.982   1.085   0.982   0.000   0.018   0.016   0.018
 
440
   2  4.000   0.900   0.982   1.085   0.982   0.000   0.018   0.016   0.018
437
441
              0.000
438
442
   3  4.000   0.899   0.983   1.085   0.983   0.000   0.017   0.016   0.017
439
443
              0.000
440
 
   4  4.000   0.899   0.982   1.085   0.982  -0.000   0.018   0.016   0.018
 
444
   4  4.000   0.900   0.982   1.085   0.982   0.000   0.018   0.016   0.018
441
445
              0.000
442
446
 
443
447
mulliken: Qtot =       16.000
444
448
 
445
449
siesta: Program's energy decomposition (eV):
446
 
siesta: Ebs     =      -242.559451
 
450
siesta: Ebs     =      -242.581713
447
451
siesta: Eions   =       997.139937
448
 
siesta: Ena     =       201.599524
449
 
siesta: Ekin    =       402.912527
450
 
siesta: Enl     =       -52.118094
 
452
siesta: Ena     =       201.605307
 
453
siesta: Ekin    =       402.900143
 
454
siesta: Enl     =       -52.128136
451
455
siesta: Eso     =         0.000000
452
456
siesta: Eldau   =         0.000000
453
 
siesta: DEna    =        11.284029
454
 
siesta: DUscf   =         0.837245
 
457
siesta: DEna    =        11.305155
 
458
siesta: DUscf   =         0.837174
455
459
siesta: DUext   =         0.000000
456
 
siesta: Exc     =      -178.212527
 
460
siesta: Enegf   =         0.000000
 
461
siesta: Exc     =      -178.208246
457
462
siesta: eta*DQ  =         0.000000
458
463
siesta: Emadel  =         0.000000
459
464
siesta: Emeta   =         0.000000
460
465
siesta: Emolmec =         0.000000
461
466
siesta: Ekinion =         0.000000
462
 
siesta: Eharris =      -610.837233
463
 
siesta: Etot    =      -610.837233
464
 
siesta: FreeEng =      -610.839081
 
467
siesta: Eharris =      -610.828540
 
468
siesta: Etot    =      -610.828540
 
469
siesta: FreeEng =      -610.830388
465
470
 
466
471
siesta: Final energy (eV):
467
 
siesta:  Band Struct. =    -242.559451
468
 
siesta:       Kinetic =     402.912527
469
 
siesta:       Hartree =    1026.446252
 
472
siesta:  Band Struct. =    -242.581713
 
473
siesta:       Kinetic =     402.900143
 
474
siesta:       Hartree =    1026.419709
470
475
siesta:       Eldau   =       0.000000
471
476
siesta:       Eso     =       0.000000
472
477
siesta:    Ext. field =       0.000000
473
 
siesta:   Exch.-corr. =    -178.212527
474
 
siesta:  Ion-electron =   -2465.426390
475
 
siesta:       Ion-ion =     603.442906
 
478
siesta:       Enegf   =       0.000000
 
479
siesta:   Exch.-corr. =    -178.208246
 
480
siesta:  Ion-electron =   -2465.388834
 
481
siesta:       Ion-ion =     603.448689
476
482
siesta:       Ekinion =       0.000000
477
 
siesta:         Total =    -610.837233
478
 
siesta:         Fermi =      -6.827804
 
483
siesta:         Total =    -610.828540
 
484
siesta:         Fermi =      -6.829025
479
485
 
480
486
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
481
 
siesta:     0.000003    0.000000   -0.000000
482
 
siesta:    -0.000000    0.000003   -0.000000
483
 
siesta:    -0.000000    0.000000   -0.019557
 
487
siesta:     0.000003    0.000000    0.000000
 
488
siesta:     0.000000    0.000003   -0.000000
 
489
siesta:     0.000000    0.000000   -0.019645
484
490
 
485
491
siesta: Cell volume =        731.520000 Ang**3
486
492
 
487
493
siesta: Pressure (static):
488
494
siesta:                Solid            Molecule  Units
489
 
siesta:           0.00007098          0.00007098  Ry/Bohr**3
490
 
siesta:           0.00651705          0.00651705  eV/Ang**3
491
 
siesta:          10.44158516         10.44158516  kBar
492
 
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =        -609.894710
493
 
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =        -609.894710
 
495
siesta:           0.00007130          0.00007130  Ry/Bohr**3
 
496
siesta:           0.00654617          0.00654617  eV/Ang**3
 
497
siesta:          10.48823652         10.48823654  kBar
 
498
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =        -609.886016
 
499
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =        -609.886016
494
500
 
495
 
siesta: Electric dipole (a.u.)  =    0.000000    0.000000    0.000000
496
 
siesta: Electric dipole (Debye) =    0.000000    0.000000    0.000000
497
 
>> End of run:   2-JUL-2017  23:04:02
 
501
siesta: Electric dipole (a.u.)  =    0.000000   -0.000000   -0.000000
 
502
siesta: Electric dipole (Debye) =    0.000000   -0.000000   -0.000000
 
503
>> End of run:   5-NOV-2018  14:29:16
498
504
Job completed