~siesta-maint/siesta/trunk

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Tests/Reference/h2o_bands_nc.out

  • Committer: Nick Papior
  • Date: 2018-11-09 09:36:46 UTC
  • mfrom: (560.1.476 4.1)
  • Revision ID: nickpapior@gmail.com-20181109093646-b9rx59dx9vyjict2
Merged r1024-1036, GR-pulay, OMM-reuse and test updates

Fixed GR-pulay, OMM-psi reuse.

Updated all tests from 4.1 and fixed input options for nearly
all tests.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
 
1
Siesta Version  : siesta-4.1-1033
 
2
Architecture    : x86_64-linux-n-62-18-18
 
3
Compiler version: GNU Fortran (GCC) 7.3.0
 
4
Compiler flags  : mpifort -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizatioons -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore  -flto
 
5
PP flags        : -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/zlib/1.2.11/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/libxml2/2.9.7/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/hwloc/1.11.9/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/openmpi/3.0.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/szip/2.1.1/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/hdf5/1.8.18/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/pnetcdf/1.8.1/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/netcdf/4.6.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/parmetis/4.0.3/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/scalapack/204/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/openblas/0.2.20/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/scotch/6.0.4/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/mumps/5.1.2/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/fftw/3.3.7/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/elpa/2017.05.003/gnu-7.3.0/include/elpa -DSIESTA__ELPA -DMPI -D1 -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DCDF4 -DSIESTA__FLOOK  -DNCDF -DNCDF_4 -DNCDF_PARALLEL -DSIESTA__METIS -DSIESTA__MUMPS -DTS_NOCHECKS -DSIESTA__MRRR
 
6
Libraries       : libncdf.a libfdict.a -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz  -lzmuumps -lmumps_common -lesmumps -lscotch -lscotcherr -lpord -lparmetis -lmetis -lelpa -lscalapack -lopenblas  -L/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/lib -Wl,-rpath=/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-7.3.0/lib -lflookall -ldl  -flto -fuse-linker-plugin  -lmetis
 
7
PARALLEL version
 
8
NetCDF support
 
9
NetCDF-4 support
 
10
NetCDF-4 MPI-IO support
 
11
METIS ordering support
 
12
 
 
13
* Running on 8 nodes in parallel
 
14
>> Start of run:   5-NOV-2018  10:49:15
 
15
 
 
16
                           ***********************       
 
17
                           *  WELCOME TO SIESTA  *       
 
18
                           ***********************       
 
19
 
 
20
reinit: Reading from ../h2o_bands_nc.fdf
 
21
 
 
22
reinit: -----------------------------------------------------------------------
 
23
reinit: System Name: Water molecule (bands
 
24
reinit: -----------------------------------------------------------------------
 
25
reinit: System Label: h2o_bands_nc
 
26
reinit: -----------------------------------------------------------------------
 
27
 
 
28
initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ----------
 
29
Species number:   1 Atomic number:    8 Label: O
 
30
Species number:   2 Atomic number:    1 Label: H
 
31
 
 
32
Ground state valence configuration:   2s02  2p04
 
33
Reading pseudopotential information in formatted form from O.psf
 
34
 
 
35
Valence configuration for pseudopotential generation:
 
36
2s( 2.00) rc: 1.14
 
37
2p( 4.00) rc: 1.14
 
38
3d( 0.00) rc: 1.14
 
39
4f( 0.00) rc: 1.14
 
40
Ground state valence configuration:   1s01
 
41
Reading pseudopotential information in formatted form from H.psf
 
42
 
 
43
Valence configuration for pseudopotential generation:
 
44
1s( 1.00) rc: 1.25
 
45
2p( 0.00) rc: 1.25
 
46
3d( 0.00) rc: 1.25
 
47
4f( 0.00) rc: 1.25
 
48
For O, standard SIESTA heuristics set lmxkb to 3
 
49
 (one more than the basis l, including polarization orbitals).
 
50
Use PS.lmax or PS.KBprojectors blocks to override.
 
51
For H, standard SIESTA heuristics set lmxkb to 2
 
52
 (one more than the basis l, including polarization orbitals).
 
53
Use PS.lmax or PS.KBprojectors blocks to override.
 
54
 
 
55
<basis_specs>
 
56
===============================================================================
 
57
O                    Z=   8    Mass=  16.000        Charge= 0.17977+309
 
58
Lmxo=1 Lmxkb= 3    BasisType=split      Semic=F
 
59
L=0  Nsemic=0  Cnfigmx=2
 
60
          n=1  nzeta=2  polorb=0
 
61
            splnorm:   0.15000    
 
62
               vcte:    0.0000    
 
63
               rinn:    0.0000    
 
64
               qcoe:    0.0000    
 
65
               qyuk:    0.0000    
 
66
               qwid:   0.10000E-01
 
67
                rcs:    0.0000      0.0000    
 
68
            lambdas:    1.0000      1.0000    
 
69
L=1  Nsemic=0  Cnfigmx=2
 
70
          n=1  nzeta=2  polorb=1
 
71
            splnorm:   0.15000    
 
72
               vcte:    0.0000    
 
73
               rinn:    0.0000    
 
74
               qcoe:    0.0000    
 
75
               qyuk:    0.0000    
 
76
               qwid:   0.10000E-01
 
77
                rcs:    0.0000      0.0000    
 
78
            lambdas:    1.0000      1.0000    
 
79
-------------------------------------------------------------------------------
 
80
L=0  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
 
81
L=1  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
 
82
L=2  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
 
83
L=3  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
 
84
===============================================================================
 
85
</basis_specs>
 
86
 
 
87
atom: Called for O                     (Z =   8)
 
88
 
 
89
read_vps: Pseudopotential generation method:
 
90
read_vps: ATM3      Troullier-Martins                       
 
91
Total valence charge:    6.00000
 
92
 
 
93
xc_check: Exchange-correlation functional:
 
94
xc_check: Ceperley-Alder
 
95
V l=0 = -2*Zval/r beyond r=  1.1278
 
96
V l=1 = -2*Zval/r beyond r=  1.1278
 
97
V l=2 = -2*Zval/r beyond r=  1.1278
 
98
V l=3 = -2*Zval/r beyond r=  1.1138
 
99
All V_l potentials equal beyond r=  1.1278
 
100
This should be close to max(r_c) in ps generation
 
101
All pots = -2*Zval/r beyond r=  1.1278
 
102
 
 
103
VLOCAL1: 99.0% of the norm of Vloc inside     34.126 Ry
 
104
VLOCAL1: 99.9% of the norm of Vloc inside     77.774 Ry
 
105
atom: Maximum radius for 4*pi*r*r*local-pseudopot. charge    1.37759
 
106
atom: Maximum radius for r*vlocal+2*Zval:    1.18566
 
107
GHOST: No ghost state for L =  0
 
108
GHOST: No ghost state for L =  1
 
109
GHOST: No ghost state for L =  2
 
110
GHOST: No ghost state for L =  3
 
111
 
 
112
KBgen: Kleinman-Bylander projectors: 
 
113
   l= 0   rc=  1.294105   el= -1.742414   Ekb=  9.135903   kbcos=  0.326910
 
114
   l= 1   rc=  1.294105   el= -0.676589   Ekb= -8.124878   kbcos= -0.395047
 
115
   l= 2   rc=  1.448233   el=  0.002386   Ekb= -2.039267   kbcos= -0.003484
 
116
   l= 3   rc=  1.561052   el=  0.003508   Ekb= -0.799141   kbcos= -0.000344
 
117
 
 
118
KBgen: Total number of  Kleinman-Bylander projectors:   16
 
119
atom: -------------------------------------------------------------------------
 
120
 
 
121
atom: SANKEY-TYPE ORBITALS:
 
122
atom: Selected multiple-zeta basis: split     
 
123
 
 
124
SPLIT: Orbitals with angular momentum L= 0
 
125
 
 
126
SPLIT: Basis orbitals for state 2s
 
127
 
 
128
SPLIT: PAO cut-off radius determined from an
 
129
SPLIT: energy shift=  0.020000 Ry
 
130
 
 
131
   izeta = 1
 
132
                 lambda =    1.000000
 
133
                     rc =    3.305093
 
134
                 energy =   -1.723766
 
135
                kinetic =    1.614911
 
136
    potential(screened) =   -3.338677
 
137
       potential(ionic) =  -11.304675
 
138
 
 
139
   izeta = 2
 
140
                 rmatch =    2.510382
 
141
              splitnorm =    0.150000
 
142
                 energy =   -1.471299
 
143
                kinetic =    2.446434
 
144
    potential(screened) =   -3.917732
 
145
       potential(ionic) =  -12.476133
 
146
 
 
147
SPLIT: Orbitals with angular momentum L= 1
 
148
 
 
149
SPLIT: Basis orbitals for state 2p
 
150
 
 
151
SPLIT: PAO cut-off radius determined from an
 
152
SPLIT: energy shift=  0.020000 Ry
 
153
 
 
154
   izeta = 1
 
155
                 lambda =    1.000000
 
156
                     rc =    3.937239
 
157
                 energy =   -0.658841
 
158
                kinetic =    5.005986
 
159
    potential(screened) =   -5.664827
 
160
       potential(ionic) =  -13.452360
 
161
 
 
162
   izeta = 2
 
163
                 rmatch =    2.541963
 
164
              splitnorm =    0.150000
 
165
                 energy =   -0.367441
 
166
                kinetic =    7.530509
 
167
    potential(screened) =   -7.897949
 
168
       potential(ionic) =  -16.611953
 
169
 
 
170
POLgen: Perturbative polarization orbital with L=  2
 
171
 
 
172
POLgen: Polarization orbital for state 2p
 
173
 
 
174
   izeta = 1
 
175
                     rc =    3.937239
 
176
                 energy =    2.398520
 
177
                kinetic =    4.716729
 
178
    potential(screened) =   -2.318209
 
179
       potential(ionic) =   -8.603170
 
180
atom: Total number of Sankey-type orbitals: 13
 
181
 
 
182
atm_pop: Valence configuration (for local Pseudopot. screening):
 
183
 2s( 2.00)                                                            
 
184
 2p( 4.00)                                                            
 
185
Vna: chval, zval:    6.00000   6.00000
 
186
 
 
187
Vna:  Cut-off radius for the neutral-atom potential:   3.937239
 
188
 
 
189
atom: _________________________________________________________________________
 
190
 
 
191
<basis_specs>
 
192
===============================================================================
 
193
H                    Z=   1    Mass=  1.0100        Charge= 0.17977+309
 
194
Lmxo=0 Lmxkb= 2    BasisType=split      Semic=F
 
195
L=0  Nsemic=0  Cnfigmx=1
 
196
          n=1  nzeta=2  polorb=1
 
197
            splnorm:   0.15000    
 
198
               vcte:    0.0000    
 
199
               rinn:    0.0000    
 
200
               qcoe:    0.0000    
 
201
               qyuk:    0.0000    
 
202
               qwid:   0.10000E-01
 
203
                rcs:    0.0000      0.0000    
 
204
            lambdas:    1.0000      1.0000    
 
205
-------------------------------------------------------------------------------
 
206
L=0  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
 
207
L=1  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
 
208
L=2  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
 
209
===============================================================================
 
210
</basis_specs>
 
211
 
 
212
atom: Called for H                     (Z =   1)
 
213
 
 
214
read_vps: Pseudopotential generation method:
 
215
read_vps: ATM3      Troullier-Martins                       
 
216
Total valence charge:    1.00000
 
217
 
 
218
xc_check: Exchange-correlation functional:
 
219
xc_check: Ceperley-Alder
 
220
V l=0 = -2*Zval/r beyond r=  1.2343
 
221
V l=1 = -2*Zval/r beyond r=  1.2189
 
222
V l=2 = -2*Zval/r beyond r=  1.2189
 
223
All V_l potentials equal beyond r=  1.2343
 
224
This should be close to max(r_c) in ps generation
 
225
All pots = -2*Zval/r beyond r=  1.2343
 
226
 
 
227
VLOCAL1: 99.0% of the norm of Vloc inside     28.493 Ry
 
228
VLOCAL1: 99.9% of the norm of Vloc inside     64.935 Ry
 
229
atom: Maximum radius for 4*pi*r*r*local-pseudopot. charge    1.45251
 
230
atom: Maximum radius for r*vlocal+2*Zval:    1.21892
 
231
GHOST: No ghost state for L =  0
 
232
GHOST: No ghost state for L =  1
 
233
GHOST: No ghost state for L =  2
 
234
 
 
235
KBgen: Kleinman-Bylander projectors: 
 
236
   l= 0   rc=  1.364359   el= -0.467325   Ekb= -2.005361   kbcos= -0.336422
 
237
   l= 1   rc=  1.434438   el=  0.001430   Ekb= -0.501708   kbcos= -0.021697
 
238
   l= 2   rc=  1.470814   el=  0.002365   Ekb= -0.190555   kbcos= -0.002281
 
239
 
 
240
KBgen: Total number of  Kleinman-Bylander projectors:    9
 
241
atom: -------------------------------------------------------------------------
 
242
 
 
243
atom: SANKEY-TYPE ORBITALS:
 
244
atom: Selected multiple-zeta basis: split     
 
245
 
 
246
SPLIT: Orbitals with angular momentum L= 0
 
247
 
 
248
SPLIT: Basis orbitals for state 1s
 
249
 
 
250
SPLIT: PAO cut-off radius determined from an
 
251
SPLIT: energy shift=  0.020000 Ry
 
252
 
 
253
   izeta = 1
 
254
                 lambda =    1.000000
 
255
                     rc =    4.828263
 
256
                 energy =   -0.449375
 
257
                kinetic =    0.929372
 
258
    potential(screened) =   -1.378747
 
259
       potential(ionic) =   -1.915047
 
260
 
 
261
   izeta = 2
 
262
                 rmatch =    3.854947
 
263
              splitnorm =    0.150000
 
264
                 energy =   -0.336153
 
265
                kinetic =    1.505294
 
266
    potential(screened) =   -1.841447
 
267
       potential(ionic) =   -2.413582
 
268
 
 
269
POLgen: Perturbative polarization orbital with L=  1
 
270
 
 
271
POLgen: Polarization orbital for state 1s
 
272
 
 
273
   izeta = 1
 
274
                     rc =    4.828263
 
275
                 energy =    0.706972
 
276
                kinetic =    1.396397
 
277
    potential(screened) =   -0.689424
 
278
       potential(ionic) =   -1.169792
 
279
atom: Total number of Sankey-type orbitals:  5
 
280
 
 
281
atm_pop: Valence configuration (for local Pseudopot. screening):
 
282
 1s( 1.00)                                                            
 
283
Vna: chval, zval:    1.00000   1.00000
 
284
 
 
285
Vna:  Cut-off radius for the neutral-atom potential:   4.828263
 
286
 
 
287
atom: _________________________________________________________________________
 
288
 
 
289
prinput: Basis input ----------------------------------------------------------
 
290
 
 
291
PAO.BasisType split     
 
292
 
 
293
%block ChemicalSpeciesLabel
 
294
    1    8 O                       # Species index, atomic number, species label
 
295
    2    1 H                       # Species index, atomic number, species label
 
296
%endblock ChemicalSpeciesLabel
 
297
 
 
298
%block PAO.Basis                 # Define Basis set
 
299
O                     2                    # Species label, number of l-shells
 
300
 n=2   0   2                         # n, l, Nzeta 
 
301
   3.305      2.510   
 
302
   1.000      1.000   
 
303
 n=2   1   2 P   1                   # n, l, Nzeta, Polarization, NzetaPol
 
304
   3.937      2.542   
 
305
   1.000      1.000   
 
306
H                     1                    # Species label, number of l-shells
 
307
 n=1   0   2 P   1                   # n, l, Nzeta, Polarization, NzetaPol
 
308
   4.828      3.855   
 
309
   1.000      1.000   
 
310
%endblock PAO.Basis
 
311
 
 
312
prinput: ----------------------------------------------------------------------
 
313
 
 
314
Dumping basis to NetCDF file O.ion.nc
 
315
Dumping basis to NetCDF file H.ion.nc
 
316
coor:   Atomic-coordinates input format  =     Cartesian coordinates
 
317
coor:                                          (in Angstroms)
 
318
 
 
319
siesta: Atomic coordinates (Bohr) and species
 
320
siesta:      0.00000   0.00000   0.00000  1        1
 
321
siesta:      1.43052   1.10738   0.00000  2        2
 
322
siesta:     -1.43052   1.10738   0.00000  2        3
 
323
 
 
324
siesta: System type = chain     
 
325
 
 
326
initatomlists: Number of atoms, orbitals, and projectors:      3    23    34
 
327
 
 
328
siesta: ******************** Simulation parameters ****************************
 
329
siesta:
 
330
siesta: The following are some of the parameters of the simulation.
 
331
siesta: A complete list of the parameters used, including default values,
 
332
siesta: can be found in file out.fdf
 
333
siesta:
 
334
redata: Spin configuration                          = non-collinear
 
335
redata: Number of spin components                   = 4
 
336
redata: Time-Reversal Symmetry                      = F
 
337
redata: Spin-spiral                                 = F
 
338
redata: Long output                                 =   F
 
339
redata: Number of Atomic Species                    =        2
 
340
redata: Charge density info will appear in .RHO file
 
341
redata: Write Mulliken Pop.                         = NO
 
342
redata: Matel table size (NRTAB)                    =     1024
 
343
redata: Mesh Cutoff                                 =    50.0000 Ry
 
344
redata: Net charge of the system                    =     0.0000 |e|
 
345
redata: Min. number of SCF Iter                     =        0
 
346
redata: Max. number of SCF Iter                     =     1000
 
347
redata: SCF convergence failure will abort job
 
348
redata: SCF mix quantity                            = Hamiltonian
 
349
redata: Mix DM or H after convergence               =   F
 
350
redata: Recompute H after scf cycle                 =   F
 
351
redata: Mix DM in first SCF step                    =   T
 
352
redata: Write Pulay info on disk                    =   F
 
353
redata: New DM Mixing Weight                        =     0.2500
 
354
redata: New DM Occupancy tolerance                  = 0.000000000001
 
355
redata: No kicks to SCF
 
356
redata: DM Mixing Weight for Kicks                  =     0.5000
 
357
redata: Require Harris convergence for SCF          =   F
 
358
redata: Harris energy tolerance for SCF             =     0.000100 eV
 
359
redata: Require DM convergence for SCF              =   T
 
360
redata: DM tolerance for SCF                        =     0.000100
 
361
redata: Require EDM convergence for SCF             =   F
 
362
redata: EDM tolerance for SCF                       =     0.001000 eV
 
363
redata: Require H convergence for SCF               =   T
 
364
redata: Hamiltonian tolerance for SCF               =     0.001000 eV
 
365
redata: Require (free) Energy convergence for SCF   =   F
 
366
redata: (free) Energy tolerance for SCF             =     0.000100 eV
 
367
redata: Using Saved Data (generic)                  =   F
 
368
redata: Use continuation files for DM               =   F
 
369
redata: Neglect nonoverlap interactions             =   F
 
370
redata: Method of Calculation                       = Diagonalization
 
371
redata: Electronic Temperature                      =   299.9869 K
 
372
redata: Fix the spin of the system                  =   F
 
373
redata: Dynamics option                             = Single-point calculation
 
374
mix.SCF: Pulay mixing                            = Pulay
 
375
mix.SCF:    Variant                              = stable
 
376
mix.SCF:    History steps                        = 2
 
377
mix.SCF:    Linear mixing weight                 =     0.250000
 
378
mix.SCF:    Mixing weight                        =     0.250000
 
379
mix.SCF:    SVD condition                        = 0.1000E-07
 
380
mix.SCF: Spin-component mixing                   all
 
381
redata: Save all siesta data in one NC              =   F
 
382
redata: ***********************************************************************
 
383
 
 
384
%block SCF.Mixers
 
385
  Pulay
 
386
%endblock SCF.Mixers
 
387
 
 
388
%block SCF.Mixer.Pulay
 
389
  # Mixing method
 
390
  method pulay
 
391
  variant stable
 
392
 
 
393
  # Mixing options
 
394
  weight 0.2500
 
395
  weight.linear 0.2500
 
396
  history 2
 
397
%endblock SCF.Mixer.Pulay
 
398
 
 
399
DM_history_depth set to one: no extrapolation allowed by default for geometry relaxation
 
400
Size of DM history Fstack: 1
 
401
Total number of electrons:     8.000000
 
402
Total ionic charge:     8.000000
 
403
 
 
404
* ProcessorY, Blocksize:    2   3
 
405
 
 
406
 
 
407
* Orbital distribution balance (max,min):     3     2
 
408
 
 
409
 
 
410
Time-reversal symmetry not used.
 
411
 
 
412
siesta: k-grid: Number of k-points =     1
 
413
siesta: k-grid: Cutoff (effective) =     1.500 Ang
 
414
siesta: k-grid: Supercell and displacements
 
415
siesta: k-grid:    1   0   0      0.000
 
416
siesta: k-grid:    0   1   0      0.000
 
417
siesta: k-grid:    0   0   1      0.000
 
418
 
 
419
diag: Algorithm                                     = D&C
 
420
diag: Parallel over k                               =   F
 
421
diag: Use parallel 2D distribution                  =   T
 
422
diag: Parallel block-size                           = 3
 
423
diag: Parallel distribution                         =     2 x     4
 
424
diag: Used triangular part                          = Lower
 
425
diag: Absolute tolerance                            =  0.100E-15
 
426
diag: Orthogonalization factor                      =  0.100E-05
 
427
diag: Memory factor                                 =  1.0000
 
428
Using current reciprocal lattice vectors for BandLinesScale
 
429
Beware any cell changes by the end of the run
 
430
Using current reciprocal lattice vectors for BandLinesScale
 
431
Beware any cell changes by the end of the run
 
432
 
 
433
superc: Internal auxiliary supercell:     1 x     1 x     5  =       5
 
434
superc: Number of atoms, orbitals, and projectors:     15    115    170
 
435
 
 
436
 
 
437
ts: **************************************************************
 
438
ts: Save H and S matrices                           =    F
 
439
ts: Save DM and EDM matrices                        =    F
 
440
ts: Fix Hartree potential                           =    F
 
441
ts: Only save the overlap matrix S                  =    F
 
442
ts: **************************************************************
 
443
 
 
444
************************ Begin: TS CHECKS AND WARNINGS ************************
 
445
************************ End: TS CHECKS AND WARNINGS **************************
 
446
 
 
447
 
 
448
                     ====================================
 
449
                        Single-point calculation
 
450
                     ====================================
 
451
 
 
452
superc: Internal auxiliary supercell:     1 x     1 x     5  =       5
 
453
superc: Number of atoms, orbitals, and projectors:     15    115    170
 
454
 
 
455
outcell: Unit cell vectors (Ang):
 
456
       10.000000    0.000000    0.000000
 
457
        0.000000   10.000000    0.000000
 
458
        0.000000    0.000000    3.000000
 
459
 
 
460
outcell: Cell vector modules (Ang)   :   10.000000   10.000000    3.000000
 
461
outcell: Cell angles (23,13,12) (deg):     90.0000     90.0000     90.0000
 
462
outcell: Cell volume (Ang**3)        :    300.0000
 
463
<dSpData1D:S at geom step 0
 
464
  <sparsity:sparsity for geom step 0
 
465
    nrows_g=23 nrows=3 sparsity=.3762 nnzs=199, refcount: 7>
 
466
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=199, refcount: 1>
 
467
refcount: 1>
 
468
new_DM -- step:     1
 
469
Initializing Density Matrix...
 
470
DM filled with atomic data:
 
471
<dSpData2D:DM initialized from atoms
 
472
  <sparsity:sparsity for geom step 0
 
473
    nrows_g=23 nrows=3 sparsity=.3762 nnzs=199, refcount: 8>
 
474
  <dData2D:DM n=199 m=4, refcount: 1>
 
475
refcount: 1>
 
476
     spin moment: S , {S} =    4.00000   0.00000   0.00000   4.00000
 
477
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:       3      39
 
478
New grid distribution:   1
 
479
           1       1:   24    1:   12    1:    2
 
480
           2       1:   24    1:   12    3:    4
 
481
           3       1:   24    1:   12    5:    6
 
482
           4       1:   24    1:   12    7:    8
 
483
           5       1:   24   13:   24    1:    2
 
484
           6       1:   24   13:   24    3:    4
 
485
           7       1:   24   13:   24    5:    6
 
486
           8       1:   24   13:   24    7:    8
 
487
 
 
488
InitMesh: MESH =    48 x    48 x    16 =       36864
 
489
InitMesh: (bp) =    24 x    24 x     8 =        4608
 
490
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.677 Ry
 
491
ExtMesh (bp) on 0 =    52 x    40 x    30 =       62400
 
492
New grid distribution:   2
 
493
           1       1:    4    5:   22    1:    8
 
494
           2       6:   24    3:    4    1:    8
 
495
           3       6:   24    1:    2    1:    8
 
496
           4       1:    5    1:    2    1:    8
 
497
           5       5:   24    5:   22    1:    8
 
498
           6       5:   24   23:   24    1:    8
 
499
           7       1:    5    3:    4    1:    8
 
500
           8       1:    4   23:   24    1:    8
 
501
New grid distribution:   3
 
502
           1       1:    7    6:   21    1:    8
 
503
           2       9:   24    3:    5    1:    8
 
504
           3       9:   24    1:    2    1:    8
 
505
           4       1:    8    1:    2    1:    8
 
506
           5       8:   24    6:   21    1:    8
 
507
           6       8:   24   22:   24    1:    8
 
508
           7       1:    8    3:    5    1:    8
 
509
           8       1:    7   22:   24    1:    8
 
510
Setting up quadratic distribution...
 
511
ExtMesh (bp) on 0 =    32 x    46 x    36 =       52992
 
512
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  576
 
513
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 2541
 
514
 
 
515
stepf: Fermi-Dirac step function
 
516
 
 
517
siesta: Program's energy decomposition (eV):
 
518
siesta: Ebs     =       -71.429184
 
519
siesta: Eions   =       815.854478
 
520
siesta: Ena     =       175.151731
 
521
siesta: Ekin    =       386.138141
 
522
siesta: Enl     =       -72.049090
 
523
siesta: Eso     =         0.000000
 
524
siesta: Eldau   =         0.000000
 
525
siesta: DEna    =       -21.527305
 
526
siesta: DUscf   =         2.874827
 
527
siesta: DUext   =         0.000000
 
528
siesta: Enegf   =         0.000000
 
529
siesta: Exc     =      -118.394638
 
530
siesta: eta*DQ  =         0.000000
 
531
siesta: Emadel  =         0.000000
 
532
siesta: Emeta   =         0.000000
 
533
siesta: Emolmec =         0.000000
 
534
siesta: Ekinion =         0.000000
 
535
siesta: Eharris =      -463.240916
 
536
siesta: Etot    =      -463.660813
 
537
siesta: FreeEng =      -463.660813
 
538
 
 
539
        iscf     Eharris(eV)        E_KS(eV)     FreeEng(eV)     dDmax    Ef(eV) dHmax(eV)
 
540
   scf:    1     -463.240916     -463.660813     -463.660813  0.928332 -4.844537 10.805694
 
541
     spin moment: S , {S} =    0.00000  -0.00000   0.00000   0.00000
 
542
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF        1       0.034   2.09
 
543
   scf:    2     -465.636085     -464.816564     -464.816564  0.050990 -3.162643  4.897688
 
544
     spin moment: S , {S} =    0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
 
545
   scf:    3     -465.073526     -465.012138     -465.012138  0.029774 -1.896054  1.276363
 
546
     spin moment: S , {S} =    0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
 
547
   scf:    4     -465.037321     -465.024891     -465.024891  0.018071 -1.700685  0.837786
 
548
     spin moment: S , {S} =    0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
 
549
   scf:    5     -465.047704     -465.036523     -465.036523  0.038822 -1.221864  0.083272
 
550
     spin moment: S , {S} =    0.00000  -0.00000   0.00000   0.00000
 
551
   scf:    6     -465.036850     -465.036692     -465.036692  0.001885 -1.199736  0.031357
 
552
     spin moment: S , {S} =    0.00000  -0.00000   0.00000   0.00000
 
553
   scf:    7     -465.036851     -465.036774     -465.036774  0.001740 -1.189757  0.025478
 
554
     spin moment: S , {S} =    0.00000  -0.00000   0.00000   0.00000
 
555
   scf:    8     -465.036815     -465.036794     -465.036794  0.000775 -1.189942  0.019341
 
556
     spin moment: S , {S} =    0.00000  -0.00000   0.00000   0.00000
 
557
   scf:    9     -465.036830     -465.036813     -465.036813  0.001293 -1.191776  0.007443
 
558
     spin moment: S , {S} =    0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
 
559
   scf:   10     -465.036817     -465.036815     -465.036815  0.000378 -1.193211  0.003523
 
560
     spin moment: S , {S} =    0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
 
561
   scf:   11     -465.036816     -465.036815     -465.036815  0.000318 -1.194851  0.001426
 
562
     spin moment: S , {S} =    0.00000  -0.00000   0.00000  -0.00000
 
563
   scf:   12     -465.036815     -465.036815     -465.036815  0.000045 -1.195134  0.001056
 
564
     spin moment: S , {S} =    0.00000   0.00000   0.00000  -0.00000
 
565
   scf:   13     -465.036815     -465.036815     -465.036815  0.000039 -1.195254  0.000906
 
566
     spin moment: S , {S} =    0.00000   0.00000   0.00000  -0.00000
 
567
 
 
568
SCF Convergence by DM+H criterion
 
569
max |DM_out - DM_in|         :     0.0000388661
 
570
max |H_out - H_in|      (eV) :     0.0009057620
 
571
SCF cycle converged after 13 iterations
 
572
 
 
573
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
574
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:       3      39
 
575
 
 
576
siesta: E_KS(eV) =             -465.0368
 
577
 
 
578
siesta: E_KS - E_eggbox =      -465.0368
 
579
     spin moment: S , {S} =    0.00000   0.00000   0.00000  -0.00000
 
580
 
 
581
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
 
582
----------------------------------------
 
583
   Tot   -0.000000    0.123850    0.000000
 
584
----------------------------------------
 
585
   Max    1.104745
 
586
   Res    0.660653    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
 
587
----------------------------------------
 
588
   Max    1.104745    constrained
 
589
 
 
590
Stress-tensor-Voigt (kbar):      -13.12       -5.08      -21.39       -0.00        0.00        0.00
 
591
(Free)E + p*V (eV/cell)     -462.5659
 
592
Target enthalpy (eV/cell)     -465.0368
 
593
Computing bands...
 
594
 
 
595
siesta: Program's energy decomposition (eV):
 
596
siesta: Ebs     =       -99.542475
 
597
siesta: Eions   =       815.854478
 
598
siesta: Ena     =       175.151731
 
599
siesta: Ekin    =       358.122808
 
600
siesta: Enl     =       -64.814691
 
601
siesta: Eso     =         0.000000
 
602
siesta: Eldau   =         0.000000
 
603
siesta: DEna    =        -4.795266
 
604
siesta: DUscf   =         0.894153
 
605
siesta: DUext   =         0.000000
 
606
siesta: Enegf   =         0.000000
 
607
siesta: Exc     =      -113.741072
 
608
siesta: eta*DQ  =         0.000000
 
609
siesta: Emadel  =         0.000000
 
610
siesta: Emeta   =         0.000000
 
611
siesta: Emolmec =         0.000000
 
612
siesta: Ekinion =         0.000000
 
613
siesta: Eharris =      -465.036815
 
614
siesta: Etot    =      -465.036815
 
615
siesta: FreeEng =      -465.036815
 
616
 
 
617
siesta: Final energy (eV):
 
618
siesta:  Band Struct. =     -99.542475
 
619
siesta:       Kinetic =     358.122808
 
620
siesta:       Hartree =     519.803583
 
621
siesta:       Eldau   =       0.000000
 
622
siesta:       Eso     =       0.000000
 
623
siesta:    Ext. field =       0.000000
 
624
siesta:       Enegf   =       0.000000
 
625
siesta:   Exch.-corr. =    -113.741072
 
626
siesta:  Ion-electron =   -1348.237414
 
627
siesta:       Ion-ion =     119.015279
 
628
siesta:       Ekinion =       0.000000
 
629
siesta:         Total =    -465.036815
 
630
siesta:         Fermi =      -1.195254
 
631
 
 
632
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
 
633
siesta:      1    0.000000   -1.104745    0.000000
 
634
siesta:      2    0.988174    0.614297   -0.000000
 
635
siesta:      3   -0.988174    0.614297   -0.000000
 
636
siesta: ----------------------------------------
 
637
siesta:    Tot   -0.000000    0.123850    0.000000
 
638
 
 
639
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
 
640
siesta:    -0.008186    0.000000    0.000000
 
641
siesta:    -0.000000   -0.003173   -0.000000
 
642
siesta:     0.000000    0.000000   -0.013350
 
643
 
 
644
siesta: Cell volume =        300.000000 Ang**3
 
645
 
 
646
siesta: Pressure (static):
 
647
siesta:                Solid            Molecule  Units
 
648
siesta:           0.00008970          0.00006347  Ry/Bohr**3
 
649
siesta:           0.00823629          0.00582777  eV/Ang**3
 
650
siesta:          13.19613823          9.33722145  kBar
 
651
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =        -464.451648
 
652
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =        -464.451648
 
653
     spin moment: S , {S} =    0.00000   0.00000   0.00000  -0.00000
 
654
 
 
655
siesta: Electric dipole (a.u.)  =   -0.000000    0.492737    0.000000
 
656
siesta: Electric dipole (Debye) =   -0.000000    1.252414    0.000000
 
657
>> End of run:   5-NOV-2018  10:49:17
 
658
Job completed