~ubuntu-branches/debian/sid/libvcflib/sid

#include "Variant.h"

#include "split.h"

#include <string>

#include <sstream>

#include <iostream>

 

using namespace std;

using namespace vcflib;

 

 

int main(int argc, char** argv) {

 

    if (argc != 2) {

        cerr << "usage: " << argv[0] << " <vcf file>" << endl

             << "outputs a VCF stream in which 'long' non-complex"

             << "alleles have their position corrected." << endl

             << "assumes that VCF records can't overlap 5'->3'" << endl;

        return 1;

    }

 

    string filename = argv[1];

 

    VariantCallFile variantFile;

    if (filename == "-") {

        variantFile.open(std::cin);

    } else {

        variantFile.open(filename);

    }

 

    if (!variantFile.is_open()) {

        cerr << "could not open " << filename << endl;

        return 1;

    }

 

    Variant var(variantFile);

 

    // write the new header

    cout << variantFile.header << endl;

 

    // print the records, filtering is done via the setting of varA's output sample names

    while (variantFile.getNextVariant(var)) {

        // if we just have one parsed alternate (non-complex case)

        map<string, vector<VariantAllele> > parsedAlts = var.parsedAlternates(true, true); // use mnps, and previous for indels

        // but the alt string is long

        //cerr << var.alt.size() << " " << parsedAlts.size() << endl;

        if (var.alt.size() == 1 && parsedAlts.size() > 1) {

            string& alternate = var.alt.front();

            vector<VariantAllele>& vs = parsedAlts[alternate];

            vector<VariantAllele> valleles;

            for (vector<VariantAllele>::iterator a = vs.begin(); a != vs.end(); ++a) {

                if (a->ref != a->alt) {

                    valleles.push_back(*a);

                }

            }

            if (valleles.size() == 1) {

                // do we have extra sequence hanging around?

                VariantAllele& varallele = valleles.front();

                if (vs.front().ref == vs.front().alt) {

                    var.position = varallele.position;

                    var.ref = var.ref.substr(vs.front().ref.size(), varallele.ref.size());

                    var.alt.front() = varallele.alt;

                }

            }

        }

        cout << var << endl;

    }

 

    return 0;

 

}