~ubuntu-branches/debian/sid/libvcflib/sid

#include "Variant.h"

#include "split.h"

#include <string>

#include <iostream>

#include <set>

 

using namespace std;

using namespace vcflib;

 

int main(int argc, char** argv) {

 

    if (argc < 3) {

        cerr << "usage: " << argv[0] << " <vcf file> [FIELD1] [FIELD2] ..." << endl

             << "outputs each record in the vcf file, removing INFO fields not listed on the command line" << endl;

        return 1;

    }

 

    string filename = argv[1];

 

    set<string> fieldsToKeep;

    for (int i = 2; i < argc; ++i) {

        fieldsToKeep.insert(argv[i]);

    }

 

    VariantCallFile variantFile;

    if (filename == "-") {

        variantFile.open(std::cin);

    } else {

        variantFile.open(filename);

    }

 

    if (!variantFile.is_open()) {

        return 1;

    }

 

    Variant var(variantFile);

 

    vector<string> fieldsToErase;

    vector<string> infoIds = variantFile.infoIds();

    for (vector<string>::iterator i = infoIds.begin(); i != infoIds.end(); ++i) {

        if (!fieldsToKeep.count(*i)) {

            fieldsToErase.push_back(*i);

            variantFile.removeInfoHeaderLine(*i);

        }

    }

 

    // write the header

    cout << variantFile.header << endl;

 

    // print the records, filtering is done via the setting of varA's output sample names

    while (variantFile.getNextVariant(var)) {

        for (map<string, vector<string> >::iterator i = var.info.begin(); i != var.info.end(); ++i) {

            if (!fieldsToKeep.count(i->first)) {

                var.info.erase(i->first);

            }

        }

        for (map<string, bool>::iterator i = var.infoFlags.begin(); i != var.infoFlags.end(); ++i) {

            if (!fieldsToKeep.count(i->first)) {

                var.infoFlags.erase(i->first);

            }

        }

        cout << var << endl;

    }

 

    return 0;

 

}