~ubuntu-branches/debian/sid/libvcflib/sid

use strict;

use warnings;

use Test::More;

use Local::vcflib::Test;

 

my @vcf = split /\n/, <<'';

##fileformat=VCFv4.0

#CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO

refseq  502     .       G       A       38553   PASS    

refseq  552     .       G       A       24044   PASS    

refseq  660     .       G       A       38553   PASS    

refseq  678     .       G       A       24044   PASS    

refseq  684     .       G       A       24044   PASS    

 

sub variants {

    join "\n", @vcf[0 .. $_[0] + 1]

}

 

my ($output, $header) = ('', <<'');

##fileformat=VCFv4.0

##INFO=<ID=BasesToClosestVariant,Number=1,Type=Integer,Description="Number of bases to the closest variant in the file.">

#CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO

 

#

# Various numbers of variant lines

#

($output) = run_ok(["vcfdistance"], variants(5));

is $output, $header . <<'', "distances for 5 variant lines";

refseq  502     .       G       A       38553   PASS    BasesToClosestVariant=50;

refseq  552     .       G       A       24044   PASS    BasesToClosestVariant=50;

refseq  660     .       G       A       38553   PASS    BasesToClosestVariant=18;

refseq  678     .       G       A       24044   PASS    BasesToClosestVariant=6;

refseq  684     .       G       A       24044   PASS    BasesToClosestVariant=6;

 

($output) = run_ok(["vcfdistance"], variants(4));

is $output, $header . <<'', "distances for 4 variant lines";

refseq  502     .       G       A       38553   PASS    BasesToClosestVariant=50;

refseq  552     .       G       A       24044   PASS    BasesToClosestVariant=50;

refseq  660     .       G       A       38553   PASS    BasesToClosestVariant=18;

refseq  678     .       G       A       24044   PASS    BasesToClosestVariant=18;

 

($output) = run_ok(["vcfdistance"], variants(3));

is $output, $header . <<'', "distances for 3 variant lines";

refseq  502     .       G       A       38553   PASS    BasesToClosestVariant=50;

refseq  552     .       G       A       24044   PASS    BasesToClosestVariant=50;

refseq  660     .       G       A       38553   PASS    BasesToClosestVariant=108;

 

($output) = run_ok(["vcfdistance"], variants(2));

is $output, $header . <<'', "distances for 2 variant lines";

refseq  502     .       G       A       38553   PASS    BasesToClosestVariant=50;

refseq  552     .       G       A       24044   PASS    BasesToClosestVariant=50;

 

($output) = run_ok(["vcfdistance"], variants(1));

is $output, $header . <<'', "distances for 1 variant line";

refseq  502     .       G       A       38553   PASS    

 

($output) = run_ok(["vcfdistance"], variants(0));

is $output, $header, "distances for 0 variant lines";

 

#

# Various combinations of reference sequences (obviously non-comparable)

#

@vcf = split /\n/, <<'';

##fileformat=VCFv4.0

#CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO

ref1    502     .       G       A       38553   PASS    

ref2    552     .       G       A       24044   PASS    

ref2    660     .       G       A       38553   PASS    

ref2    678     .       G       A       24044   PASS    

ref3    684     .       G       A       24044   PASS    

 

($output) = run_ok(["vcfdistance"], variants(5));

is $output, $header . <<'', "distances for 5 variant lines; three references";

ref1    502     .       G       A       38553   PASS    

ref2    552     .       G       A       24044   PASS    BasesToClosestVariant=108;

ref2    660     .       G       A       38553   PASS    BasesToClosestVariant=18;

ref2    678     .       G       A       24044   PASS    BasesToClosestVariant=18;

ref3    684     .       G       A       24044   PASS    

 

($output) = run_ok(["vcfdistance"], variants(4));

is $output, $header . <<'', "distances for 4 variant lines, two references";

ref1    502     .       G       A       38553   PASS    

ref2    552     .       G       A       24044   PASS    BasesToClosestVariant=108;

ref2    660     .       G       A       38553   PASS    BasesToClosestVariant=18;

ref2    678     .       G       A       24044   PASS    BasesToClosestVariant=18;

 

($output) = run_ok(["vcfdistance"], variants(3));

is $output, $header . <<'', "distances for 3 variant lines, two references";

ref1    502     .       G       A       38553   PASS    

ref2    552     .       G       A       24044   PASS    BasesToClosestVariant=108;

ref2    660     .       G       A       38553   PASS    BasesToClosestVariant=108;

 

($output) = run_ok(["vcfdistance"], variants(2));

is $output, $header . <<'', "distances for 2 variant lines, two references";

ref1    502     .       G       A       38553   PASS    

ref2    552     .       G       A       24044   PASS    

 

done_testing;