← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/jaunty/ncbi-tools6/jaunty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to algo/blast/core/blast_traceback.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2008-07-14 19:43:15 UTC
  • mfrom: (2.1.12 intrepid)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080714194315-ed44u9ek7txva2rz
Tags: 6.1.20080302-3
http://bugs.debian.org/490437
tools/readdb.c: enable madvise()-based code on all glibc (hence all
Debian) systems, not just Linux.  (Closes: #490437.)

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
algo/blast/core/blast_traceback.h
1
 
/* $Id: blast_traceback.h,v 1.48 2006/03/21 21:00:25 camacho Exp $
 
1
/* $Id: blast_traceback.h,v 1.50 2006/11/29 17:25:50 bealer Exp $
2
2
 * ===========================================================================
3
3
 *
4
4
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
30
30
 * Functions to do gapped alignment with traceback
31
31
 */
32
32
 
33
 
#ifndef __BLAST_TRACEBACK__
34
 
#define __BLAST_TRACEBACK__
 
33
#ifndef ALGO_BLAST_CORE__BLAST_TRACEBACK__H
 
34
#define ALGO_BLAST_CORE__BLAST_TRACEBACK__H
35
35
 
 
36
#include <algo/blast/core/ncbi_std.h>
 
37
#include <algo/blast/core/blast_export.h>
 
38
#include <algo/blast/core/blast_program.h>
 
39
#include <algo/blast/core/blast_def.h>
 
40
#include <algo/blast/core/blast_options.h>
 
41
#include <algo/blast/core/blast_parameters.h>
 
42
#include <algo/blast/core/blast_gapalign.h>
 
43
#include <algo/blast/core/blast_encoding.h>
 
44
#include <algo/blast/core/blast_hits.h>
36
45
#include <algo/blast/core/blast_seqsrc.h>
37
46
#include <algo/blast/core/blast_gapalign.h>
38
47
#include <algo/blast/core/blast_hspstream.h>
59
68
 * @param ext_options Gapped extension options [in]
60
69
 * @param hit_params Hit saving parameters [in]
61
70
 * @param gen_code_string specifies genetic code [in]
 
71
 * @param fence_hit True is returned here if overrun is detected. [in]
62
72
 */
63
73
NCBI_XBLAST_EXPORT
64
74
Int2
69
79
   const BlastScoringParameters* score_params,
70
80
   const BlastExtensionOptions* ext_options,
71
81
   const BlastHitSavingParameters* hit_params,
72
 
   const Uint1* gen_code_string);
 
82
   const Uint1* gen_code_string,
 
83
   Boolean * fence_hit);
73
84
 
74
85
/** Get the subject sequence encoding type for the traceback,
75
86
 * given a program number.
166
177
#ifdef __cplusplus
167
178
}
168
179
#endif
169
 
#endif /* !__BLAST_TRACEBACK__ */
 
180
#endif /* !ALGO_BLAST_CORE__BLAST_TRACEBACK__H */