← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/jaunty/ncbi-tools6/jaunty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to desktop/cdrgn.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2008-07-14 19:43:15 UTC
  • mfrom: (2.1.12 intrepid)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080714194315-ed44u9ek7txva2rz
Tags: 6.1.20080302-3
http://bugs.debian.org/490437
tools/readdb.c: enable madvise()-based code on all glibc (hence all
Debian) systems, not just Linux.  (Closes: #490437.)

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
desktop/cdrgn.h
29
29
*
30
30
* Version Creation Date:   1/22/95
31
31
*
32
 
* $Revision: 6.5 $
 
32
* $Revision: 6.13 $
33
33
*
34
34
* File Description: 
35
35
*
36
36
* Modifications:  
37
37
* --------------------------------------------------------------------------
38
38
* $Log: cdrgn.h,v $
 
39
* Revision 6.13  2008/01/17 21:18:09  bollin
 
40
* Fixes for RNA dialog for ncRNA product/class handling
 
41
*
 
42
* Revision 6.12  2007/12/21 17:30:27  bollin
 
43
* Changes to dialog for selecting ncRNA class and RNA type - allow ncRNA class
 
44
* Any if selecting RNA type in a constraint context, test dialog to generate
 
45
* error if "other" is the class but no text is specified.
 
46
*
 
47
* Revision 6.11  2007/11/26 21:16:29  bollin
 
48
* Moved CreatencRNAClassDialog proto into cdrgn.h
 
49
*
 
50
* Revision 6.10  2007/09/21 18:05:23  bollin
 
51
* code in place for conversion of old-style misc_RNA, snRNA, scRNA, and snoRNA
 
52
* features to new ncRNA features, commented out until changeover.
 
53
*
 
54
* Revision 6.9  2007/09/10 20:08:51  bollin
 
55
* Correction to MatchesRnaType
 
56
*
 
57
* Revision 6.8  2007/09/10 18:47:11  kans
 
58
* prototype for SetRnaSpecificQuals, cast for codon argument to ParseTRnaString
 
59
*
 
60
* Revision 6.7  2007/09/10 18:33:15  bollin
 
61
* Changes for new ncRNA and tmRNA class editor.
 
62
*
 
63
* Revision 6.6  2007/07/25 13:53:12  bollin
 
64
* Removed local copy of TruncateLocation from sequin3.c, made TruncateLocation
 
65
* function in desktop/cdrgn.c extern and added prototype to cdrgn.h
 
66
*
39
67
* Revision 6.5  2003/10/23 16:43:56  kans
40
68
* changed operon to import feature
41
69
*
90
118
                           Uint2 subtype, FormActnFunc actproc);
91
119
extern Int2 LIBCALLBACK RnaGenFunc (Pointer data);
92
120
 
 
121
extern void AddRnaSpecificQuals (SeqFeatPtr sfp, DialoG d);
 
122
extern void ConvertProductQualToRnaRefName (SeqFeatPtr sfp);
 
123
extern void SetRnaSpecificQuals (SeqFeatPtr sfp, DialoG d);
 
124
extern void ConvertToOldRNAFormat (SeqFeatPtr sfp);
 
125
 
 
126
extern SeqLocPtr TruncateLocation (SeqLocPtr head, Int4 len);
 
127
 
 
128
/* for searching for RNA values of a certain type */
 
129
typedef struct rnatype {
 
130
  Int4    rna_featdef; /* use FEATDEF_ANY for match any RNA */
 
131
  CharPtr ncrna_class; /* value to look for in ncrna_class qual */
 
132
} RnaTypeData, PNTR RnaTypePtr;
 
133
 
 
134
extern RnaTypePtr RnaTypeFree (RnaTypePtr rtp);
 
135
extern Boolean MatchesRnaType (SeqFeatPtr sfp, RnaTypePtr rtp);
 
136
extern void ApplyRnaTypeToSeqFeat (SeqFeatPtr sfp, RnaTypePtr rtp);
 
137
extern void ApplyProductToRNA (SeqFeatPtr sfp, CharPtr product);
 
138
extern void AddToComment (SeqFeatPtr sfp, CharPtr comment);
 
139
extern DialoG RnaTypeDialog (GrouP h, Boolean is_constraint, Nlm_ChangeNotifyProc change_notify, Pointer change_userdata);
 
140
extern DialoG CreatencRNAClassDialog (GrouP h, Boolean is_constraint, Nlm_ChangeNotifyProc change_notify, Pointer change_userdata);
93
141
 
94
142
#ifdef __cplusplus
95
143
}