← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/jaunty/ncbi-tools6/jaunty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to api/subutil.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2008-07-14 19:43:15 UTC
  • mfrom: (2.1.12 intrepid)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080714194315-ed44u9ek7txva2rz
Tags: 6.1.20080302-3
http://bugs.debian.org/490437
tools/readdb.c: enable madvise()-based code on all glibc (hence all
Debian) systems, not just Linux.  (Closes: #490437.)

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
api/subutil.h
31
31
*   
32
32
* Version Creation Date: 11/3/93
33
33
*
34
 
* $Revision: 6.56 $
 
34
* $Revision: 6.64 $
35
35
*
36
36
* File Description: Utilities for creating ASN.1 submissions
37
37
*
42
42
*
43
43
*
44
44
* $Log: subutil.h,v $
 
45
* Revision 6.64  2007/11/28 21:47:58  kans
 
46
* added defines for mip->biomol ncRNA and tmRNA
 
47
*
 
48
* Revision 6.63  2007/11/08 16:43:18  kans
 
49
* added chromosome and chromatophore to BioSource.genome defines
 
50
*
 
51
* Revision 6.62  2007/10/11 21:57:44  kans
 
52
* added AddGeneratedToRefGeneTrackUserObject, changed AddAccessionToRefGeneTrackUserObject
 
53
*
 
54
* Revision 6.61  2007/07/17 14:46:42  kans
 
55
* added support for metagenome_source orgmod
 
56
*
 
57
* Revision 6.60  2007/06/21 15:42:04  kans
 
58
* added OrgMod.subtype culture-collection and bio-material
 
59
*
 
60
* Revision 6.59  2007/06/08 14:48:46  kans
 
61
* AddToGeneOntologyUserObject adds goref argument
 
62
*
 
63
* Revision 6.58  2007/04/05 19:14:13  bollin
 
64
* Added function for adding a Pnt location to another location without creating
 
65
* an intermediate SeqFeat.
 
66
*
 
67
* Revision 6.57  2006/10/25 21:37:32  kans
 
68
* adding source qualifier metagenomic
 
69
*
45
70
* Revision 6.56  2006/09/18 18:40:30  kans
46
71
* special symbols for structured comment prefix, suffix, for parsing flatfile
47
72
*
687
712
#define MOLECULE_TYPE_CRNA 11
688
713
#define MOLECULE_TYPE_SNORNA 12
689
714
#define MOLECULE_TYPE_TRANSCRIBED_RNA 13
 
715
#define MOLECULE_TYPE_NCRNA 14
 
716
#define MOLECULE_TYPE_TMRNA 15
690
717
 
691
718
#define TOPOLOGY_LINEAR 1
692
719
#define TOPOLOGY_CIRCULAR 2
860
887
#define GENOME_proplastid 18
861
888
#define GENOME_endogenous_virus 19
862
889
#define GENOME_hydrogenosome 20
 
890
#define GENOME_chromosome 21
 
891
#define GENOME_chromatophore 22
863
892
 
864
893
/********************************************
865
894
*  Genome describes the type of genome from which the DNA or gene for
924
953
#define SUBSRC_rev_primer_seq 34
925
954
#define SUBSRC_fwd_primer_name 35
926
955
#define SUBSRC_rev_primer_name 36
 
956
#define SUBSRC_metagenomic 37
927
957
#define SUBSRC_other 255
928
958
 
929
959
/*********************************************
997
1027
#define ORGMOD_gb_acronym 32
998
1028
#define ORGMOD_gb_anamorph 33
999
1029
#define ORGMOD_gb_synonym 34
 
1030
#define ORGMOD_culture_collection 35
 
1031
#define ORGMOD_bio_material 36
 
1032
#define ORGMOD_metagenome_source 37
1000
1033
#define ORGMOD_old_lineage 253
1001
1034
#define ORGMOD_old_name 254
1002
1035
#define ORGMOD_other 255 
1435
1468
        Boolean is_after_location ,
1436
1469
        Boolean is_before_location );
1437
1470
 
 
1471
NLM_EXTERN Boolean AddPntToSeqLoc (
 
1472
        SeqLocPtr PNTR p_slp,
 
1473
        Int4 point,
 
1474
        BioseqPtr bsp,
 
1475
        Int2 fuzz,
 
1476
        Int2 strand);
 
1477
 
1438
1478
NLM_EXTERN Boolean AddPntToSeqFeat (
1439
1479
        SeqFeatPtr sfp,
1440
1480
        Int4 point,
1637
1677
/* internal functions for reference gene project */
1638
1678
NLM_EXTERN UserObjectPtr CreateRefGeneTrackUserObject (void);
1639
1679
NLM_EXTERN void AddStatusToRefGeneTrackUserObject (UserObjectPtr uop, CharPtr status);
 
1680
NLM_EXTERN void AddGeneratedToRefGeneTrackUserObject (UserObjectPtr uop, Boolean generated);
1640
1681
NLM_EXTERN void AddCuratorToRefGeneTrackUserObject (UserObjectPtr uop, CharPtr collaborator);
1641
1682
NLM_EXTERN void AddSourceToRefGeneTrackUserObject (UserObjectPtr uop, CharPtr genomicSource);
1642
1683
NLM_EXTERN void AddAccessionToRefGeneTrackUserObject (UserObjectPtr uop, CharPtr field,
1643
 
                                                      CharPtr accn, Int4 gi,
1644
 
                                                      Boolean sequenceChange,
1645
 
                                                      Boolean annotationChange,
1646
 
                                                      CharPtr comment);
 
1684
                                                      CharPtr accn, Int4 gi, Int4 from,
 
1685
                                                      Int4 to, CharPtr comment);
1647
1686
 
1648
1687
/* experimental function to associate mRNA with protein product in cases of alt splicing */
1649
1688
NLM_EXTERN UserObjectPtr CreateMrnaProteinLinkUserObject (BioseqPtr protbsp);
1668
1707
  CharPtr text,
1669
1708
  CharPtr goid,
1670
1709
  Int4 pmid,
 
1710
  CharPtr goref,
1671
1711
  CharPtr evidence
1672
1712
);
1673
1713