← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/karmic/bioperl/karmic

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/SeqFeature/PositionProxy.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2007-09-21 22:52:22 UTC
  • mfrom: (1.2.2 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20070921225222-tt20m2yy6ycuy2d8
Tags: 1.5.2.102-1
* Developer release.
* Upgraded source package to debhelper 5 and standards-version 3.7.2.
* Added libmodule-build-perl and libtest-harness-perl to
  build-depends-indep.
* Disabled automatic CRAN download.
* Using quilt instead of .diff.gz to manage modifications.
* Updated Recommends list for the binary package.
* Moved the "production-quality" scripts to /usr/bin/.
* New maintainer: Debian-Med packaging team mailing list.
* New uploaders: Charles Plessy and Steffen Moeller.
* Updated Depends, Recommends and Suggests.
* Imported in Debian-Med's SVN repository on Alioth.
* Executing the regression tests during package building.
* Moved the Homepage: field out from the package's description.
* Updated watch file.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/SeqFeature/PositionProxy.pm
1
 
# $Id: PositionProxy.pm,v 1.4 2002/10/22 07:38:41 lapp Exp $
 
1
# $Id: PositionProxy.pm,v 1.9.4.1 2006/10/02 23:10:28 sendu Exp $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::SeqFeature::PositionProxy
4
4
#
38
38
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to one
39
39
of the Bioperl mailing lists.  Your participation is much appreciated.
40
40
 
41
 
  bioperl-l@bioperl.org          - General discussion
42
 
  http://bio.perl.org/MailList.html             - About the mailing lists
 
41
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
 
42
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
43
43
 
44
44
=head2 Reporting Bugs
45
45
 
46
46
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
47
 
the bugs and their resolution.  Bug reports can be submitted via email
48
 
or the web:
 
47
the bugs and their resolution.  Bug reports can be submitted via the
 
48
web:
49
49
 
50
 
  bioperl-bugs@bio.perl.org
51
 
  http://bugzilla.bioperl.org/
 
50
  http://bugzilla.open-bio.org/
52
51
 
53
52
=head1 AUTHOR - Ewan Birney
54
53
 
77
76
 
78
77
 
79
78
package Bio::SeqFeature::PositionProxy;
80
 
use vars qw(@ISA);
81
79
use strict;
82
80
 
83
 
use Bio::Root::Root;
84
 
use Bio::SeqFeatureI;
85
81
use Bio::Tools::GFF;
86
82
 
87
83
 
88
 
@ISA = qw(Bio::Root::Root Bio::SeqFeatureI);
 
84
use base qw(Bio::Root::Root Bio::SeqFeatureI);
89
85
 
90
86
sub new {
91
87
    my ($caller, @args) = @_;
289
285
   }
290
286
 
291
287
   if ( ! exists $self->{'_gsf_seq'} ) {
292
 
       return undef;
 
288
       return;
293
289
   }
294
290
 
295
291
   # assumming our seq object is sensible, it should not have to yank
320
316
sub entire_seq {
321
317
   my ($self) = @_;
322
318
 
323
 
   return undef unless exists($self->{'_gsf_seq'});
 
319
   return unless exists($self->{'_gsf_seq'});
324
320
   return $self->{'_gsf_seq'};
325
321
}
326
322
 
447
443
 
448
444
   return $self->parent->all_tags();
449
445
}
 
446
 
 
447
1;