← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/karmic/bioperl/karmic

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/SeqIO/ztr.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2007-09-21 22:52:22 UTC
  • mfrom: (1.2.2 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20070921225222-tt20m2yy6ycuy2d8
Tags: 1.5.2.102-1
* Developer release.
* Upgraded source package to debhelper 5 and standards-version 3.7.2.
* Added libmodule-build-perl and libtest-harness-perl to
  build-depends-indep.
* Disabled automatic CRAN download.
* Using quilt instead of .diff.gz to manage modifications.
* Updated Recommends list for the binary package.
* Moved the "production-quality" scripts to /usr/bin/.
* New maintainer: Debian-Med packaging team mailing list.
* New uploaders: Charles Plessy and Steffen Moeller.
* Updated Depends, Recommends and Suggests.
* Imported in Debian-Med's SVN repository on Alioth.
* Executing the regression tests during package building.
* Moved the Homepage: field out from the package's description.
* Updated watch file.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/SeqIO/ztr.pm
1
 
# $Id: ztr.pm,v 1.8 2002/10/22 07:38:42 lapp Exp $
 
1
# $Id: ztr.pm,v 1.14.4.1 2006/10/02 23:10:30 sendu Exp $
2
2
# BioPerl module for Bio::SeqIO::ztr
3
3
#
4
4
# Cared for by Aaron Mackey <amackey@virginia.edu>
30
30
Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to one
31
31
of the Bioperl mailing lists.  Your participation is much appreciated.
32
32
 
33
 
  bioperl-l@bioperl.org            - General discussion
34
 
  http://bioperl.org/MailList.shtml - About the mailing lists
 
33
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
 
34
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
35
35
 
36
36
=head2 Reporting Bugs
37
37
 
38
38
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
39
 
 the bugs and their resolution.
40
 
 Bug reports can be submitted via email or the web:
 
39
the bugs and their resolution.
 
40
Bug reports can be submitted via the web:
41
41
 
42
 
  bioperl-bugs@bio.perl.org
43
 
  http://bugzilla.bioperl.org/
 
42
  http://bugzilla.open-bio.org/
44
43
 
45
44
=head1 AUTHORS - Aaron Mackey
46
45
 
58
57
package Bio::SeqIO::ztr;
59
58
use vars qw(@ISA $READ_AVAIL);
60
59
use strict;
61
 
# Object preamble - inherits from Bio::Root::Object
62
60
 
63
61
use Bio::SeqIO;
64
62
use Bio::Seq::SeqFactory;
79
77
  my($self,@args) = @_;
80
78
  $self->SUPER::_initialize(@args);  
81
79
  if( ! defined $self->sequence_factory ) {
82
 
      $self->sequence_factory(new Bio::Seq::SeqFactory(-verbose => $self->verbose(), -type => 'Bio::Seq::SeqWithQuality'));      
 
80
      $self->sequence_factory(new Bio::Seq::SeqFactory(-verbose => $self->verbose(), -type => 'Bio::Seq::Quality'));      
83
81
  }
84
82
 
85
83
  my ($compression) = $self->_rearrange([qw[COMPRESSION]], @args);
98
96
 Title   : next_seq
99
97
 Usage   : $seq = $stream->next_seq()
100
98
 Function: returns the next sequence in the stream
101
 
 Returns : Bio::SeqWithQuality object
 
99
 Returns : Bio::Seq::Quality object
102
100
 Args    : NONE
103
101
 
104
102
=cut