← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/lucid/bioperl/lucid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/AlignIO/mase.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2007-09-21 22:52:22 UTC
  • mfrom: (1.2.2 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20070921225222-tt20m2yy6ycuy2d8
Tags: 1.5.2.102-1
* Developer release.
* Upgraded source package to debhelper 5 and standards-version 3.7.2.
* Added libmodule-build-perl and libtest-harness-perl to
  build-depends-indep.
* Disabled automatic CRAN download.
* Using quilt instead of .diff.gz to manage modifications.
* Updated Recommends list for the binary package.
* Moved the "production-quality" scripts to /usr/bin/.
* New maintainer: Debian-Med packaging team mailing list.
* New uploaders: Charles Plessy and Steffen Moeller.
* Updated Depends, Recommends and Suggests.
* Imported in Debian-Med's SVN repository on Alioth.
* Executing the regression tests during package building.
* Moved the Homepage: field out from the package's description.
* Updated watch file.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/AlignIO/mase.pm
1
 
# $Id: mase.pm,v 1.9 2002/10/22 07:38:25 lapp Exp $
 
1
# $Id: mase.pm,v 1.11.4.3 2006/10/02 23:10:12 sendu Exp $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::AlignIO::mase
4
4
 
5
 
#       based on the Bio::SeqIO::mase module
6
 
#       by Ewan Birney <birney@sanger.ac.uk>
 
5
#   based on the Bio::SeqIO::mase module
 
6
#       by Ewan Birney <birney@ebi.ac.uk>
7
7
#       and Lincoln Stein  <lstein@cshl.org>
8
8
#
9
9
#       and the SimpleAlign.pm module of Ewan Birney
33
33
=head2 Reporting Bugs
34
34
 
35
35
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
36
 
 the bugs and their resolution.
37
 
 Bug reports can be submitted via email or the web:
 
36
the bugs and their resolution.  Bug reports can be submitted via the
 
37
web:
38
38
 
39
 
  bioperl-bugs@bio.perl.org
40
 
  http://bugzilla.bioperl.org/
 
39
  http://bugzilla.open-bio.org/
41
40
 
42
41
=head1 AUTHORS - Peter Schattner
43
42
 
54
53
# Let the code begin...
55
54
 
56
55
package Bio::AlignIO::mase;
57
 
use vars qw(@ISA);
58
56
use strict;
59
57
 
60
 
use Bio::AlignIO;
61
58
 
62
 
@ISA = qw(Bio::AlignIO);
 
59
use base qw(Bio::AlignIO);
63
60
 
64
61
 
65
62
=head2 next_aln
148
145
 
149
146
sub write_aln {
150
147
    my ($self,@aln) = @_;
151
 
 
152
 
    $self->throw("Sorry: mase-format output, not yet implemented! /n");
 
148
    $self->throw_not_implemented();
153
149
}
154
150
 
155
151
1;