← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/lucid/bioperl/lucid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/spidey.test1

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2007-09-21 22:52:22 UTC
  • mfrom: (1.2.2 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20070921225222-tt20m2yy6ycuy2d8
Tags: 1.5.2.102-1
* Developer release.
* Upgraded source package to debhelper 5 and standards-version 3.7.2.
* Added libmodule-build-perl and libtest-harness-perl to
  build-depends-indep.
* Disabled automatic CRAN download.
* Using quilt instead of .diff.gz to manage modifications.
* Updated Recommends list for the binary package.
* Moved the "production-quality" scripts to /usr/bin/.
* New maintainer: Debian-Med packaging team mailing list.
* New uploaders: Charles Plessy and Steffen Moeller.
* Updated Depends, Recommends and Suggests.
* Imported in Debian-Med's SVN repository on Alioth.
* Executing the regression tests during package building.
* Moved the Homepage: field out from the package's description.
* Updated watch file.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/spidey.test1
 
1
--SPIDEY version 1.40--
 
2
Genomic: lcl|chr2 No definition line found, 145732769 bp
 
3
mRNA: lcl|tmpseq_0 No definition line found, 1110 bp
 
4
Strand: minus
 
5
Number of exons: 6
 
6
Exon 1(-): 36375691-36375798 (gen)  1-108 (mRNA)  id 97.2% mismatches 3 gaps 0  splice site (d  a): 1  0
 
7
Exon 2(-): 36369345-36369492 (gen)  109-256 (mRNA)  id 100.0% mismatches 0 gaps 0  splice site (d  a): 0  1
 
8
Exon 3(-): 36367232-36367437 (gen)  257-462 (mRNA)  id 100.0% mismatches 0 gaps 0  splice site (d  a): 1  1
 
9
Exon 4(-): 36364083-36364229 (gen)  463-609 (mRNA)  id 100.0% mismatches 0 gaps 0  splice site (d  a): 1  1
 
10
Exon 5(-): 36358231-36358489 (gen)  610-868 (mRNA)  id 100.0% mismatches 0 gaps 0  splice site (d  a): 1  1
 
11
Exon 6(-): 36356457-36356698 (gen)  869-1110 (mRNA)  id 100.0% mismatches 0 gaps 0  splice site (d  a): 0  1
 
12
Number of splice sites: 4
 
13
mRNA coverage: 100%
 
14
overall percent identity: 99.7%
 
15
Missing mRNA ends: neither 
 
16
 
 
17
Genomic: lcl|chr2 No definition line found
 
18
mRNA: lcl|tmpseq_0 No definition line found
 
19
Exon 1: 36375798-36375691 (gen)  1-108 (mRNA)
 
20
 
 
21
 
 
22
CCTCTTTTTCTTTGCAGGGTATATACCCAGTTACTTAGACAAGGATGAGCTATGTGTAGT
 
23
           |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
24
          ATGTCAGGGTATATACCCAGTTACTTAGACAAGGATGAGCTATGTGTAGT
 
25
           M  S  G  Y  I  P  S  Y  L  D  K  D  E  L  C  V  V 
 
26
 
 
27
 
 
28
ATGTGGGGACAAAGCCACCGGATATCATTATCGCTGCATCACTTGTGAAGGTTGCAAGGT
 
29
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
30
ATGTGGGGACAAAGCCACCGGATATCATTATCGCTGCATCACTTGTGAAGGTTGCAAG
 
31
  C  G  D  K  A  T  G  Y  H  Y  R  C  I  T  C  E  G  C  K 
 
32
 
 
33
 
 
34
AAATGGCA
 
35
 
 
36
Exon 2: 36369492-36369345 (gen)  109-256 (mRNA)
 
37
 
 
38
 
 
39
TTGCACTTAGGGATTTTTCAGAAGAACCATTCAGAAAAACCTCCATCCAACCTATTCCTG
 
40
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
41
          GGATTTTTCAGAAGAACCATTCAGAAAAACCTCCATCCAACCTATTCCTG
 
42
           G  F  F  R  R  T  I  Q  K  N  L  H  P  T  Y  S  C 
 
43
 
 
44
 
 
45
TAAATATGAAGGAAAATGTGTGATAGACAAAGTAACAAGAAATCAGTGCCAGGAATGTCG
 
46
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
47
TAAATATGAAGGAAAATGTGTGATAGACAAAGTAACAAGAAATCAGTGCCAGGAATGTCG
 
48
  K  Y  E  G  K  C  V  I  D  K  V  T  R  N  Q  C  Q  E  C  R 
 
49
 
 
50
 
 
51
CTTCAAAAAATGTATCTTTGTTGGCATGGCAACAGATTGTGAGTATAT
 
52
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
53
CTTCAAAAAATGTATCTTTGTTGGCATGGCAACAGATT
 
54
  F  K  K  C  I  F  V  G  M  A  T  D 
 
55
 
 
56
 
 
57
Exon 3: 36367437-36367232 (gen)  257-462 (mRNA)
 
58
 
 
59
 
 
60
TCCCTGCTAGTGGTGTTGGATGACAGCAAGAGGCTGGCAAAGAGGAAGCTGATAGAAGAA
 
61
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
62
          TGGTGTTGGATGACAGCAAGAGGCTGGCAAAGAGGAAGCTGATAGAAGAA
 
63
          L  V  L  D  D  S  K  R  L  A  K  R  K  L  I  E  E 
 
64
 
 
65
 
 
66
AATCGAGAGAAGAGGCGTCGGGAAGAGCTGCAGAAAACGATTGGTCACAAACCAGAACCA
 
67
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
68
AATCGAGAGAAGAGGCGTCGGGAAGAGCTGCAGAAAACGATTGGTCACAAACCAGAACCA
 
69
 N  R  E  K  R  R  R  E  E  L  Q  K  T  I  G  H  K  P  E  P 
 
70
 
 
71
 
 
72
ACAGATGAGGAATGGGAGCTGATCAAAATTGTCACTGAAGCACATGTGGCCACCAATGCA
 
73
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
74
ACAGATGAGGAATGGGAGCTGATCAAAATTGTCACTGAAGCACATGTGGCCACCAATGCA
 
75
 T  D  E  E  W  E  L  I  K  I  V  T  E  A  H  V  A  T  N  A 
 
76
 
 
77
 
 
78
CAAGGAAGCCACTGGAAGCAGAAAAGGAAATTTCTGGTAGGGACTA
 
79
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
80
CAAGGAAGCCACTGGAAGCAGAAAAGGAAATTTCTG
 
81
 Q  G  S  H  W  K  Q  K  R  K  F  L 
 
82
 
 
83
 
 
84
Exon 4: 36364229-36364083 (gen)  463-609 (mRNA)
 
85
 
 
86
 
 
87
ATATCCTTAGCCAGAAGACATTGGGCAAGCACCAATAGTTAATGCCCCAGAAGGGGGGAA
 
88
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
89
          CCAGAAGACATTGGGCAAGCACCAATAGTTAATGCCCCAGAAGGGGGGAA
 
90
           P  E  D  I  G  Q  A  P  I  V  N  A  P  E  G  G  K 
 
91
 
 
92
 
 
93
AGTGGATTTAGAAGCCTTCAGCCAGTTTACAAAAATTATCACACCAGCGATTACAAGAGT
 
94
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
95
AGTGGATTTAGAAGCCTTCAGCCAGTTTACAAAAATTATCACACCAGCGATTACAAGAGT
 
96
  V  D  L  E  A  F  S  Q  F  T  K  I  I  T  P  A  I  T  R  V 
 
97
 
 
98
 
 
99
GGTGGATTTTGCCAAAAAGTTGCCTATGTTTTGTGAGGTAAGACAAA
 
100
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
101
GGTGGATTTTGCCAAAAAGTTGCCTATGTTTTGTGAG
 
102
  V  D  F  A  K  K  L  P  M  F  C  E 
 
103
 
 
104
 
 
105
Exon 5: 36358489-36358231 (gen)  610-868 (mRNA)
 
106
 
 
107
 
 
108
ATTTCTGCAGCTGCCATGTGAAGACCAGATCATCCTTCTGAAAGGCTGCTGTATGGAGAT
 
109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
110
          CTGCCATGTGAAGACCAGATCATCCTTCTGAAAGGCTGCTGTATGGAGAT
 
111
           L  P  C  E  D  Q  I  I  L  L  K  G  C  C  M  E  I 
 
112
 
 
113
 
 
114
AATGTCCCTCCGAGCAGCAGTTCGCTATGACCCCGAGAGTGAGACTTTAACGCTAAATGG
 
115
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
116
AATGTCCCTCCGAGCAGCAGTTCGCTATGACCCCGAGAGTGAGACTTTAACGCTAAATGG
 
117
  M  S  L  R  A  A  V  R  Y  D  P  E  S  E  T  L  T  L  N  G 
 
118
 
 
119
 
 
120
GGAGATGGCGGTGACAAGGGGCCAGCTGAAAAATGGGGGTCTTGGCGTAGTTTCTGATGC
 
121
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
122
GGAGATGGCGGTGACAAGGGGCCAGCTGAAAAATGGGGGTCTTGGCGTAGTTTCTGATGC
 
123
  E  M  A  V  T  R  G  Q  L  K  N  G  G  L  G  V  V  S  D  A 
 
124
 
 
125
 
 
126
CATTTTTGACCTGGGCATGTCTCTTTCTTCATTTAACCTGGATGACACCGAGGTTGCCCT
 
127
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
128
CATTTTTGACCTGGGCATGTCTCTTTCTTCATTTAACCTGGATGACACCGAGGTTGCCCT
 
129
  I  F  D  L  G  M  S  L  S  S  F  N  L  D  D  T  E  V  A  L 
 
130
 
 
131
 
 
132
TCTCCAGGCTGTCCTGCTCATGTCATCAGGTGAGAACAG
 
133
|||||||||||||||||||||||||||||
 
134
TCTCCAGGCTGTCCTGCTCATGTCATCAG
 
135
  L  Q  A  V  L  L  M  S  S 
 
136
 
 
137
 
 
138
Exon 6: 36356698-36356457 (gen)  869-1110 (mRNA)
 
139
 
 
140
 
 
141
GTATCTGCAGATCGCCCAGGCCTTGTTTGCGTCGAGAGAATAGAAAAGTGTCAAGAGGGT
 
142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
143
          ATCGCCCAGGCCTTGTTTGCGTCGAGAGAATAGAAAAGTGTCAAGAGGGT
 
144
          D  R  P  G  L  V  C  V  E  R  I  E  K  C  Q  E  G 
 
145
 
 
146
 
 
147
TTCCTCCTGGCATTTGAACACTACATTAATTACAGAAAACACCATGTTGCACATTTTTGG
 
148
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
149
TTCCTCCTGGCATTTGAACACTACATTAATTACAGAAAACACCATGTTGCACATTTTTGG
 
150
 F  L  L  A  F  E  H  Y  I  N  Y  R  K  H  H  V  A  H  F  W 
 
151
 
 
152
 
 
153
CCAAAACTGCTGATGAAAGTGACAGATCTGCGAATGATTGGAGCCTGCCATGCCAGCCGC
 
154
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
155
CCAAAACTGCTGATGAAAGTGACAGATCTGCGAATGATTGGAGCCTGCCATGCCAGCCGC
 
156
 P  K  L  L  M  K  V  T  D  L  R  M  I  G  A  C  H  A  S  R 
 
157
 
 
158
 
 
159
TTCCTGCACATGAAGGTGGAGTGCCCCACAGAACTCTTCCCTCCATTGTTCCTGGAGGTG
 
160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
161
TTCCTGCACATGAAGGTGGAGTGCCCCACAGAACTCTTCCCTCCATTGTTCCTGGAGGTG
 
162
 F  L  H  M  K  V  E  C  P  T  E  L  F  P  P  L  F  L  E  V 
 
163
 
 
164
 
 
165
TTTGAGGATTAGAGAGACTGGA
 
166
||||||||||||
 
167
TTTGAGGATTAG
 
168
 F  E  D  * 
 
169
 
 
170