← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/maverick/cdk/maverick

« back to all changes in this revision

Viewing changes to src/org/openscience/cdk/debug/DebugBond.java

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Paul Cager
  • Date: 2008-04-09 21:17:53 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080409211753-46lmjw5z8mx5pd8d
Tags: upstream-1.0.2
Import upstream version 1.0.2

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
src/org/openscience/cdk/debug/DebugBond.java
 
1
/* $Revision: 7636 $ $Author: egonw $ $Date: 2007-01-04 18:46:10 +0100 (Thu, 04 Jan 2007) $
 
2
 *
 
3
 * Copyright (C) 2005-2007  Egon Willighagen <egonw@users.sf.net>
 
4
 *
 
5
 * Contact: cdk-devel@lists.sourceforge.net
 
6
 *
 
7
 * This program is free software; you can redistribute it and/or
 
8
 * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
 
9
 * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
 
10
 * of the License, or (at your option) any later version.
 
11
 *
 
12
 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
 
13
 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
 
14
 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
 
15
 * GNU Lesser General Public License for more details.
 
16
 *
 
17
 * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
 
18
 * along with this program; if not, write to the Free Software
 
19
 * Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
 
20
 */
 
21
package org.openscience.cdk.debug;
 
22
 
 
23
import java.util.Hashtable;
 
24
 
 
25
import javax.vecmath.Point2d;
 
26
import javax.vecmath.Point3d;
 
27
 
 
28
import org.openscience.cdk.interfaces.IAtom;
 
29
import org.openscience.cdk.interfaces.IBond;
 
30
import org.openscience.cdk.interfaces.IChemObjectBuilder;
 
31
import org.openscience.cdk.interfaces.IChemObjectChangeEvent;
 
32
import org.openscience.cdk.interfaces.IChemObjectListener;
 
33
import org.openscience.cdk.tools.LoggingTool;
 
34
 
 
35
/**
 
36
 * Debugging data class.
 
37
 * 
 
38
 * @author     egonw
 
39
 * @cdk.module datadebug
 
40
 */
 
41
public class DebugBond extends org.openscience.cdk.Bond
 
42
    implements IBond {
 
43
 
 
44
    private static final long serialVersionUID = -2330398179697796261L;
 
45
    
 
46
    LoggingTool logger = new LoggingTool(DebugBond.class);
 
47
        
 
48
        public DebugBond() {
 
49
                super();
 
50
        }
 
51
        
 
52
        public DebugBond(org.openscience.cdk.interfaces.IAtom atom1, org.openscience.cdk.interfaces.IAtom atom2) {
 
53
                super(atom1, atom2);
 
54
        }
 
55
        
 
56
        public DebugBond(org.openscience.cdk.interfaces.IAtom atom1, org.openscience.cdk.interfaces.IAtom atom2, double order) {
 
57
                super(atom1, atom2, order);
 
58
        }
 
59
        
 
60
        public DebugBond(org.openscience.cdk.interfaces.IAtom atom1, org.openscience.cdk.interfaces.IAtom atom2, double order, int stereo) {
 
61
                super(atom1, atom2, order, stereo);
 
62
        }
 
63
 
 
64
        public int getElectronCount() {
 
65
                logger.debug("Getting electron count: ", super.getElectronCount());
 
66
                return super.getElectronCount();
 
67
        }
 
68
 
 
69
        public void setElectronCount(int electronCount) {
 
70
                logger.debug("Setting electron count: ", electronCount);
 
71
                super.setElectronCount(electronCount);
 
72
        }
 
73
 
 
74
        public void addListener(IChemObjectListener col) {
 
75
                logger.debug("Adding listener: ", col);
 
76
                super.addListener(col);
 
77
        }
 
78
 
 
79
        public int getListenerCount() {
 
80
                logger.debug("Getting listener count: ", super.getListenerCount());
 
81
                return super.getListenerCount();
 
82
        }
 
83
 
 
84
        public void removeListener(IChemObjectListener col) {
 
85
                logger.debug("Removing listener: ", col);
 
86
                super.removeListener(col);
 
87
        }
 
88
 
 
89
        public void notifyChanged() {
 
90
                logger.debug("Notifying changed");
 
91
                super.notifyChanged();
 
92
        }
 
93
 
 
94
        public void notifyChanged(IChemObjectChangeEvent evt) {
 
95
                logger.debug("Notifying changed event: ", evt);
 
96
                super.notifyChanged(evt);
 
97
        }
 
98
 
 
99
        public void setProperty(Object description, Object property) {
 
100
                logger.debug("Setting property: ", description + "=" + property);
 
101
                super.setProperty(description, property);
 
102
        }
 
103
 
 
104
        public void removeProperty(Object description) {
 
105
                logger.debug("Removing property: ", description);
 
106
                super.removeProperty(description);
 
107
        }
 
108
 
 
109
        public Object getProperty(Object description) {
 
110
                logger.debug("Getting property: ", description + "=" + super.getProperty(description));
 
111
                return super.getProperty(description);
 
112
        }
 
113
 
 
114
        public Hashtable getProperties() {
 
115
                logger.debug("Getting properties");
 
116
                return super.getProperties();
 
117
        }
 
118
 
 
119
        public String getID() {
 
120
                logger.debug("Getting ID: ", super.getID());
 
121
                return super.getID();
 
122
        }
 
123
 
 
124
        public void setID(String identifier) {
 
125
                logger.debug("Setting ID: ", identifier);
 
126
                super.setID(identifier);
 
127
        }
 
128
 
 
129
        public void setFlag(int flag_type, boolean flag_value) {
 
130
                logger.debug("Setting flag: ", flag_type + "=" + flag_value);
 
131
                super.setFlag(flag_type, flag_value);
 
132
        }
 
133
 
 
134
        public boolean getFlag(int flag_type) {
 
135
                logger.debug("Setting flag: ", flag_type + "=" + super.getFlag(flag_type));
 
136
                return super.getFlag(flag_type);
 
137
        }
 
138
 
 
139
        public void setProperties(Hashtable properties) {
 
140
                logger.debug("Setting properties: ", properties);
 
141
                super.setProperties(properties);
 
142
        }
 
143
 
 
144
        public void setFlags(boolean[] flagsNew) {
 
145
                logger.debug("Setting flags:", flagsNew.length);
 
146
                super.setFlags(flagsNew);
 
147
        }
 
148
 
 
149
        public boolean[] getFlags() {
 
150
                logger.debug("Getting flags:", super.getFlags().length);
 
151
                return super.getFlags();
 
152
        }
 
153
 
 
154
        public Object clone() throws CloneNotSupportedException {
 
155
        Object clone = null;
 
156
        try {
 
157
                clone = super.clone();
 
158
        } catch (Exception exception) {
 
159
                logger.error("Could not clone DebugAtom: " + exception.getMessage(), exception);
 
160
                logger.debug(exception);
 
161
        }
 
162
        return clone;
 
163
        }
 
164
 
 
165
        public IChemObjectBuilder getBuilder() {
 
166
                return DebugChemObjectBuilder.getInstance();
 
167
        }
 
168
 
 
169
        public java.util.Iterator atoms() {
 
170
                logger.debug("Getting atoms iterator");
 
171
                return super.atoms();
 
172
        }
 
173
 
 
174
        public void setAtoms(IAtom[] atoms) {
 
175
                logger.debug("Setting atoms: ", atoms.length);
 
176
                super.setAtoms(atoms);
 
177
        }
 
178
 
 
179
        public int getAtomCount() {
 
180
                logger.debug("Getting atom count: ", super.getAtomCount());
 
181
                return super.getAtomCount();
 
182
        }
 
183
 
 
184
        public IAtom getAtom(int position) {
 
185
                logger.debug("Getting atom at position: ", position);
 
186
                return super.getAtom(position);
 
187
        }
 
188
 
 
189
        public IAtom getConnectedAtom(IAtom atom) {
 
190
                logger.debug("Getting connected atom to atom: ", atom);
 
191
                return super.getConnectedAtom(atom);
 
192
        }
 
193
 
 
194
        public boolean contains(IAtom atom) {
 
195
                logger.debug("Contains atom: ", atom);
 
196
                return super.contains(atom);
 
197
        }
 
198
 
 
199
        public void setAtom(IAtom atom, int position) {
 
200
                logger.debug("Setting atom at position: ", atom);
 
201
                super.setAtom(atom, position);
 
202
        }
 
203
 
 
204
        public double getOrder() {
 
205
                logger.debug("Getting order: ", super.getOrder());
 
206
                return super.getOrder();
 
207
        }
 
208
 
 
209
        public void setOrder(double order) {
 
210
                logger.debug("Setting order: ", order);
 
211
                super.setOrder(order);
 
212
        }
 
213
 
 
214
        public int getStereo() {
 
215
                logger.debug("Getting stereo: ", super.getStereo());
 
216
                return super.getStereo();
 
217
        }
 
218
 
 
219
        public void setStereo(int stereo) {
 
220
                logger.debug("Setting stereo: ", stereo);
 
221
                super.setStereo(stereo);
 
222
        }
 
223
 
 
224
        public Point2d get2DCenter() {
 
225
                logger.debug("Getting 2d center: ", super.get2DCenter());
 
226
                return super.get2DCenter();
 
227
        }
 
228
 
 
229
        public Point3d get3DCenter() {
 
230
                logger.debug("Getting 3d center: ", super.get3DCenter());
 
231
                return super.get3DCenter();
 
232
        }
 
233
 
 
234
        public boolean compare(Object object) {
 
235
                logger.debug("Comparing to object: ", object);
 
236
                return super.compare(object);
 
237
        }
 
238
 
 
239
        public boolean isConnectedTo(IBond bond) {
 
240
                logger.debug("Is connected to bond: ", bond);
 
241
                return super.isConnectedTo(bond);
 
242
        }
 
243
 
 
244
}