← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/maverick/cdk/maverick

« back to all changes in this revision

Viewing changes to src/org/openscience/cdk/protein/data/PDBStrand.java

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Paul Cager
  • Date: 2008-04-09 21:17:53 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080409211753-46lmjw5z8mx5pd8d
Tags: upstream-1.0.2
Import upstream version 1.0.2

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
src/org/openscience/cdk/protein/data/PDBStrand.java
 
1
/* $RCSfile$
 
2
 * $Author: egonw $
 
3
 * $Date: 2006-04-19 15:01:24 +0200 (Wed, 19 Apr 2006) $
 
4
 * $Revision: 6009 $
 
5
 * 
 
6
 * Copyright (C) 2001-2007  Egon Willighagen <egonw@users.sf.net>
 
7
 * 
 
8
 * Contact: cdk-devel@lists.sourceforge.net
 
9
 * 
 
10
 * This program is free software; you can redistribute it and/or
 
11
 * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
 
12
 * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
 
13
 * of the License, or (at your option) any later version.
 
14
 * All we ask is that proper credit is given for our work, which includes
 
15
 * - but is not limited to - adding the above copyright notice to the beginning
 
16
 * of your source code files, and to any copyright notice that you may distribute
 
17
 * with programs based on this work.
 
18
 * 
 
19
 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
 
20
 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
 
21
 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
 
22
 * GNU Lesser General Public License for more details.
 
23
 * 
 
24
 * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
 
25
 * along with this program; if not, write to the Free Software
 
26
 * Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
 
27
 *  */
 
28
package org.openscience.cdk.protein.data;
 
29
 
 
30
import java.util.ArrayList;
 
31
import java.util.Collection;
 
32
import java.util.List;
 
33
 
 
34
import org.openscience.cdk.Strand;
 
35
import org.openscience.cdk.interfaces.IAtom;
 
36
import org.openscience.cdk.interfaces.IMonomer;
 
37
 
 
38
/**
 
39
 * An entry in the PDB database. It is not just a regular protein, but the
 
40
 * regular PDB mix of protein or protein complexes, ligands, water molecules
 
41
 * and other species.
 
42
 *
 
43
 * @cdk.module  pdb
 
44
 *
 
45
 * @author      Egon Willighagen
 
46
 * @cdk.created 2006-04-19
 
47
 * @cdk.keyword polymer
 
48
 */
 
49
public class PDBStrand extends Strand { 
 
50
 
 
51
        private static final long serialVersionUID = 8278569309787734236L;
 
52
 
 
53
        List sequentialListOfMonomers;
 
54
        
 
55
        /**
 
56
         * Contructs a new Polymer to store the Monomers.
 
57
         */     
 
58
        public PDBStrand() {
 
59
                super();
 
60
                sequentialListOfMonomers = new ArrayList();
 
61
        }
 
62
        
 
63
        /**
 
64
         * Adds the atom oAtom to a specified Monomer. Additionally, it keeps
 
65
         * record of the iCode.
 
66
         *
 
67
         * @param oAtom  The atom to add
 
68
         * @param oMonomer  The monomer the atom belongs to
 
69
         */
 
70
        public void addAtom(IAtom oAtom, IMonomer oMonomer) {
 
71
                super.addAtom(oAtom, oMonomer);
 
72
                if (!sequentialListOfMonomers.contains(oMonomer.getMonomerName()))
 
73
                        sequentialListOfMonomers.add(oMonomer.getMonomerName());
 
74
        }
 
75
 
 
76
        /**
 
77
         * Returns the monomer names in the order in which they were added.
 
78
         * 
 
79
         * @see org.openscience.cdk.interfaces.IPolymer#getMonomerNames()
 
80
         */
 
81
        public Collection getMonomerNamesInSequentialOrder() {
 
82
                // don't return the original
 
83
                return new ArrayList(sequentialListOfMonomers);
 
84
        }
 
85
        
 
86
        public String toString() {
 
87
        StringBuffer stringContent = new StringBuffer();
 
88
        stringContent.append("PDBPolymer(");
 
89
        stringContent.append(this.hashCode()).append(", ");
 
90
        stringContent.append(super.toString());
 
91
        stringContent.append(")");
 
92
        return stringContent.toString();
 
93
    }
 
94
 
 
95
}