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Viewing changes to src/org/openscience/cdk/isomorphism/matchers/smarts/AliphaticAtom.java

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Paul Cager
  • Date: 2008-04-09 21:17:53 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080409211753-46lmjw5z8mx5pd8d
Tags: upstream-1.0.2
Import upstream version 1.0.2

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Lines of Context:
src/org/openscience/cdk/isomorphism/matchers/smarts/AliphaticAtom.java
 
1
/* $RCSfile$
 
2
 * $Author: djiao $
 
3
 * $Date: 2007-05-11 16:02:02 +0200 (Fri, 11 May 2007) $
 
4
 * $Revision: 8317 $
 
5
 * 
 
6
 * Copyright (C) 2004-2007  The Chemistry Development Kit (CDK) project
 
7
 *
 
8
 * Contact: cdk-devel@lists.sourceforge.net
 
9
 * 
 
10
 * This program is free software; you can redistribute it and/or
 
11
 * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
 
12
 * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
 
13
 * of the License, or (at your option) any later version.
 
14
 * 
 
15
 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
 
16
 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
 
17
 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
 
18
 * GNU Lesser General Public License for more details.
 
19
 * 
 
20
 * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
 
21
 * along with this program; if not, write to the Free Software
 
22
 * Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
 
23
 */
 
24
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts;
 
25
 
 
26
import org.openscience.cdk.interfaces.IAtom;
 
27
import org.openscience.cdk.CDKConstants;
 
28
 
 
29
/**
 
30
 * This matcher any non-aromatic atom. This assumes that aromaticity in the
 
31
 * molecule has been perceived.
 
32
 * 
 
33
 * @cdk.module extra
 
34
 */
 
35
public class AliphaticAtom extends SMARTSAtom {
 
36
 
 
37
        private static final long serialVersionUID = 5145049891214205622L;
 
38
 
 
39
        public AliphaticAtom() {
 
40
                setFlag(CDKConstants.ISALIPHATIC, true);
 
41
        }
 
42
 
 
43
        public int getOperator() {
 
44
                if (ID != null)
 
45
                        return 1;
 
46
                return 2;
 
47
        }
 
48
 
 
49
        public boolean matches(IAtom atom) {
 
50
                switch (getOperator()) {
 
51
                case 1: {
 
52
                        if (atom.getFlag(CDKConstants.ISAROMATIC))
 
53
                                return true;
 
54
                }
 
55
                case 2:
 
56
                        return (!atom.getFlag(CDKConstants.ISAROMATIC)); 
 
57
                default:
 
58
                        return false;
 
59
                }
 
60
 
 
61
        };
 
62
 
 
63
        public String toString() {
 
64
                return "AliphaticAtom()";
 
65
        }
 
66
}