← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/oneiric/bioperl/oneiric

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/AlignIO/bl2seq.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (3.1.2 squeeze)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-ever3si2bbzx1iks
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/AlignIO/bl2seq.t
 
1
# -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
 
2
# $Id: bl2seq.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
 
3
 
 
4
use strict;
 
5
 
 
6
BEGIN {
 
7
        use lib '.';
 
8
    use Bio::Root::Test;
 
9
    
 
10
    test_begin(-tests => 3);
 
11
        
 
12
        use_ok('Bio::AlignIO::bl2seq');
 
13
}
 
14
 
 
15
my $DEBUG = test_debug();
 
16
 
 
17
my ($str,$aln,$strout,$status);
 
18
 
 
19
# BL2SEQ
 
20
$str = Bio::AlignIO->new(
 
21
   '-file'   => test_input_file("bl2seq.out"),
 
22
                         '-format' => 'bl2seq',
 
23
                         '-report_type' => 'blastp');
 
24
$aln = $str->next_aln();
 
25
isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 
26
is $aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse, 'ALEU_HORVU/60-360', 
 
27
    "BLAST bl2seq format test";
 
 
b'\\ No newline at end of file'