← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/oneiric/bioperl/oneiric

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/Seq/EncodedSeq.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (3.1.2 squeeze)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-ever3si2bbzx1iks
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/Seq/EncodedSeq.t
 
1
# -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
 
2
# $Id: EncodedSeq.t 15112 2008-12-08 18:12:38Z sendu $
 
3
 
 
4
use strict;
 
5
 
 
6
BEGIN {     
 
7
    use lib '.';
 
8
        use Bio::Root::Test;
 
9
        
 
10
        test_begin(-tests => 37);
 
11
        
 
12
        use_ok('Bio::Seq::EncodedSeq');
 
13
}
 
14
 
 
15
 
 
16
my ($str, $aln, $seq, $loc);
 
17
 
 
18
ok $seq = Bio::Seq::EncodedSeq->new(
 
19
                             -seq => '--atg---gta--',
 
20
                             -start => 1,
 
21
                             -end => 6,
 
22
                             -strand => 1
 
23
                             );
 
24
is $seq->alphabet, 'dna';
 
25
is $seq->start, 1;
 
26
is $seq->end, 6;
 
27
is $seq->strand, 1;
 
28
is $seq->no_gaps, 1;
 
29
is $seq->column_from_residue_number(4), 9;
 
30
 
 
31
# this should fail
 
32
eval {
 
33
    $seq->column_from_residue_number(8);
 
34
};
 
35
ok $@;
 
36
 
 
37
ok $loc = $seq->location_from_column(4);
 
38
isa_ok $loc, 'Bio::Location::Simple';
 
39
is $loc->to_FTstring, "2";
 
40
 
 
41
ok $loc = $seq->location_from_column(6);
 
42
isa_ok $loc,'Bio::Location::Simple';
 
43
is $loc->start, 3;
 
44
is $loc->location_type, 'IN-BETWEEN';
 
45
is $loc->to_FTstring, '3^4';
 
46
 
 
47
is $loc = $seq->location_from_column(2), undef;
 
48
 
 
49
is $seq->encoding, "GGCCCGGGCCCGG";
 
50
is $seq->encoding(-explicit => 1), "GGCDEGGGCDEGG";
 
51
 
 
52
ok $seq = Bio::Seq::EncodedSeq->new(
 
53
                             -seq => 'atcgta',
 
54
                             -start => 10,
 
55
                             -end => 15,
 
56
                             -strand => -1,
 
57
                             );
 
58
is $seq->encoding('CCGGG'), 'CCGGGCCCC';
 
59
is $seq->seq, 'atcg---ta';
 
60
is $seq->column_from_residue_number(14), 2;
 
61
is $seq->encoding('3C2GCG'), 'CCCGGCGCC';
 
62
is $seq->seq, 'at-c--gta';
 
63
is $seq->no_gaps, 2;
 
64
is $seq->location_from_column(2)->to_FTstring, 14;
 
65
is $seq->location_from_column(5)->to_FTstring, "12^13";
 
66
is $seq->encoding("B", Bio::Location::Simple->new(-start => 10, -end => 11,
 
67
                                                  -location_type => 'IN-BETWEEN')), 'B';
 
68
is $seq->seq, 'at-c--gt-a';
 
69
is $seq->encoding, 'CBCCGGCGCC';
 
70
is $seq->cds(-nogaps => 1)->seq, 'tacgat';
 
71
is $seq->translate->seq, 'YD';
 
72
ok $seq = $seq->trunc(4,10); # kinda testing LocatableSeq's new trunc() here as well.
 
73
is $seq->seq, 'c--gt-a';
 
74
is $seq->encoding, 'CBCCGGC';