← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/oneiric/mpqc/oneiric

« back to all changes in this revision

Viewing changes to src/lib/chemistry/qc/psi/mpqcpsi.dox

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Michael Banck
  • Date: 2005-11-27 11:41:49 UTC
  • mfrom: (1.1.2 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20051127114149-zgz9r3gk50w8ww2q
Tags: 2.3.0-1
http://bugs.debian.org/339232
* New upstream release.
* debian/rules (SONAME): Activate awk snippet for automatic so-name
  detection again, resulting in a bump to `7' and making a `c2a' for
  the C++ allocator change unnecessary; closes: #339232.
* debian/patches/00list (08_gcc-4.0_fixes): Removed, no longer needed.
* debian/rules (test): Remove workarounds, do not abort build if tests
  fail.
* debian/ref: Removed.
* debian/control.in (libsc): Added Conflict against libsc6c2.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
src/lib/chemistry/qc/psi/mpqcpsi.dox
13
13
Psi users who wish to exploit MPQC's geometry optimization and frequency analyses
14
14
capabilities with Psi energies and gradients.
15
15
 
16
 
This chapter explains how to use Psi from MPQC.
 
16
The following sections explain how to use Psi from MPQC:
17
17
 
18
18
<ul>
19
19
  <li> \ref psiworks
94
94
    scratch = [ "/scratch1/" "/scratch2/" ]
95
95
  )
96
96
</pre>
 
97
<br>
97
98
 
98
99
 
99
100
\section psiwfn PsiWavefunction specializations
137
138
 
138
139
Here are a few examples of PsiWavefunctions:
139
140
<pre>
140
 
  %
141
 
  % ROHF DZ on F atom
142
 
  %
 
141
  \%
 
142
  \% ROHF DZ on F atom
 
143
  \%
143
144
  mole<PsiHSOSHF>: (
144
145
    docc = [ 2 0 0 0 0 1 1 0 ] socc = [ 0 0 0 0 0 0 0 1]
145
146
    memory = 10000000
146
147
 
147
 
    % Psi Environment data
 
148
    \% Psi Environment data
148
149
    psienv<PsiExEnv>: (
149
150
      cwd = ./
150
151
      fileprefix = f.dz.test
154
155
      scratch = [ "/scratch/mpqc/" ]
155
156
    )
156
157
 
157
 
    % MolecularEnergy input
 
158
    \% MolecularEnergy input
158
159
    molecule<Molecule>: (
159
160
        {atoms geometry} = {
160
161
          F  [   0.0  0.0   0.0 ]
161
162
         }
162
163
      )
163
164
 
164
 
    % Basis input
 
165
    \% Basis input
165
166
    basis<GaussianBasisSet>: (
166
167
        molecule = $..:molecule
167
168
        name = "DZ (Dunning)"
169
170
 
170
171
  )
171
172
</pre>
 
173
<br>
172
174
 
173
175
<pre>
174
 
  %
175
 
  % RHF CCSD/cc-pVDZ on water
176
 
  %
 
176
  \%
 
177
  \% RHF CCSD/cc-pVDZ on water
 
178
  \%
177
179
  mole<PsiCCSD>: (
178
180
    frozen_docc = [1 0 0 0]
179
181
    memory = 40000000
180
182
 
181
 
    % Psi Environment data
 
183
    \% Psi Environment data
182
184
    psienv<PsiExEnv>: (
183
185
      cwd = ./
184
186
      fileprefix = h2o.ccpvdz.ccsd.test
186
188
      scratch = [ "/tmp/" ]
187
189
    )
188
190
 
189
 
    % MolecularEnergy input
 
191
    \% MolecularEnergy input
190
192
    molecule<Molecule>: (
191
193
        {atoms geometry} = {
192
194
          H  [  -1.5  0.0  -0.3 ]
195
197
         }
196
198
      )
197
199
 
198
 
    % Basis input
 
200
    \% Basis input
199
201
    basis<GaussianBasisSet>: (
200
202
        molecule = $..:molecule
201
203
        name = "cc-pVDZ"
210
212
    )
211
213
  )
212
214
</pre>
 
215
<br>
213
216
 
214
217
 
215
218
\section examples More examples
219
222
Here's an optimization + subsequent frequency analysis on water molecule
220
223
at the RHF CCSD 6-311G** level:
221
224
<pre>
222
 
% Emacs should use -*- KeyVal -*- mode
223
 
% this file was automatically generated
224
 
% label: water test series
225
 
% molecule specification
 
225
\% Emacs should use -*- KeyVal -*- mode
 
226
\% this file was automatically generated
 
227
\% label: water test series
 
228
\% molecule specification
226
229
molecule<Molecule>: (
227
230
  symmetry = C2V
228
231
  unit = angstrom
232
235
     H     [    -0.783975899000     0.000000000000    -0.184686472000 ]
233
236
  }
234
237
)
235
 
% basis set specification
 
238
\% basis set specification
236
239
basis<GaussianBasisSet>: (
237
240
  name = "6-311G**"
238
241
  molecule = $:molecule
239
242
)
240
 
% Psi environment specification
 
243
\% Psi environment specification
241
244
psienv<PsiExEnv>: (
242
245
      cwd = ./
243
246
      fileprefix = mpqcpsi
257
260
      molecule = $:molecule
258
261
    )
259
262
  )
260
 
  % molecular coordinates for optimization  do_energy = yes
 
263
  \% molecular coordinates for optimization  do_energy = yes
261
264
  do_gradient = no
262
 
  % method for computing the molecule's energy
 
265
  \% method for computing the molecule's energy
263
266
  mole<PsiCCSD>: (
264
267
    molecule = $:molecule
265
268
    basis = $:basis
281
284
    )
282
285
  )
283
286
  optimize = yes
284
 
  % optimizer object for the molecular geometry
 
287
  \% optimizer object for the molecular geometry
285
288
  opt<QNewtonOpt>: (
286
289
    max_iterations = 20
287
290
    function = $..:mole
291
294
      energy = $..:..:mole
292
295
    )
293
296
  )
294
 
% vibrational frequency input
 
297
\% vibrational frequency input
295
298
  freq<MolecularFrequencies>: (
296
299
    point_group<PointGroup>: symmetry = C2V
297
300
    molecule = $:molecule
298
301
  )
299
302
)
300
303
</pre>
 
304
<br>
301
305
 
302
306
*/