← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/quantal/clustalo/quantal

« back to all changes in this revision

Viewing changes to src/squid/eps.c

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Olivier Sallou
  • Date: 2011-12-14 11:21:56 UTC
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20111214112156-y3chwm0t4yn2nevm
Tags: upstream-1.0.3
Import upstream version 1.0.3

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
src/squid/eps.c
 
1
/*****************************************************************
 
2
 * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
 
3
 * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
 
4
 * 
 
5
 *     This source code is freely distributed under the terms of the
 
6
 *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
 
7
 *     for details.
 
8
 *****************************************************************/
 
9
 
 
10
/* eps.c
 
11
 * SRE, Thu Jun 21 18:02:31 2001 [St. Louis]
 
12
 * 
 
13
 * Some crude support for Encapsulated PostScript (EPS) output,
 
14
 * DSC compliant.
 
15
 * 
 
16
 * CVS $Id: eps.c,v 1.4 2002/02/24 19:39:27 eddy Exp)
 
17
 */
 
18
 
 
19
#include <stdio.h>
 
20
#include <stdlib.h>
 
21
#include <string.h>
 
22
 
 
23
#include "squid.h"
 
24
#include "msa.h"       
 
25
 
 
26
/* Function: EPSWriteSmallMSA()
 
27
 * Date:     SRE, Thu Jun 21 18:15:21 2001 [St. Louis]
 
28
 *
 
29
 * Purpose:  Write an alignment in singleblock, Stockholm/SELEX like
 
30
 *           format to an open file. Very crude.
 
31
 *           Currently fails if the alignment is >50 columns long, because
 
32
 *           it doesn't think it will fit on a single page.
 
33
 *
 
34
 * Args:     fp  - open file for writing
 
35
 *           msa - alignment to write     
 
36
 *
 
37
 * Returns:  (void)
 
38
 */
 
39
void
 
40
EPSWriteSmallMSA(FILE *fp, MSA *msa)
 
41
{
 
42
  int namewidth;                /* namewidth in PostScript units */
 
43
  int fontwidth;                /* width of a character in this font */
 
44
  int hspace;                   /* horizontal space between aligned chars */
 
45
  int vspace;                   /* vertical space between sequences */
 
46
  char *font;                   /* font name, e.g. "Courier" */
 
47
  int fontsize;                 /* font size in pts */
 
48
  int  i,j;                     /* counter over sequences, columns */
 
49
  int  len;                     /* tmp var holding length of something */
 
50
  int  width, height;           /* width and height of bounding box */
 
51
  int  xpos, ypos;              /* x,y position */
 
52
 
 
53
  /* Set some font characteristics; done here, so it'll
 
54
   * be easy to change. Magic numbers for Courier 12 determined
 
55
   * by trial and error.
 
56
   */
 
57
  fontwidth = 8;
 
58
  hspace    = 9;
 
59
  vspace    = 15;
 
60
  font      = sre_strdup("Courier", -1);
 
61
  fontsize  = 12;
 
62
 
 
63
  /* Find the width of the longest sequence name in characters.
 
64
   */
 
65
  namewidth = 0;
 
66
  for (i = 0; i < msa->nseq; i++)
 
67
    if ((len = (int) strlen(msa->sqname[i])) > namewidth)
 
68
      namewidth = len;
 
69
  namewidth += 1;               /* add a space to separate name & aligned seq */
 
70
  namewidth *= fontwidth;
 
71
 
 
72
  /* Determine bounding box
 
73
   */
 
74
  if (msa->alen > 50) Die("No EPS fmt if alignment is >50 columns");
 
75
  width = namewidth + hspace*msa->alen;
 
76
  if (width > 612) Die("Alignment too wide to write in EPS");
 
77
  height = vspace*msa->nseq;
 
78
  if (height > 792) Die("Too many seqs to write in EPS");
 
79
 
 
80
  /* Magic EPS header, bare-bones DSC-compliant.
 
81
   */
 
82
  fprintf(fp, "%%!PS-Adobe-3.0 EPSF-3.0\n");
 
83
  fprintf(fp, "%%%%BoundingBox: %d %d %d %d\n", 0, 0, width, height);
 
84
  fprintf(fp, "%%%%Pages: 1\n");
 
85
  fprintf(fp, "%%%%EndComments\n");  
 
86
 
 
87
  /* More postscript magic before we start the alignment
 
88
   */
 
89
  fprintf(fp, "/%s findfont\n", font);
 
90
  fprintf(fp, "%d scalefont\n", fontsize);
 
91
  fprintf(fp, "setfont\n");
 
92
  fprintf(fp, "newpath\n");
 
93
 
 
94
  /* Write the alignment in PostScript in a single block
 
95
   */
 
96
  for (i = 0; i < msa->nseq; i++)
 
97
    {
 
98
      ypos = (msa->nseq-i-1)*vspace;
 
99
                                /* name first */
 
100
      fprintf(fp, "%d %d moveto\n", 0, ypos);
 
101
      fprintf(fp, "(%s) show\n", msa->sqname[i]);
 
102
                                /* now seq */
 
103
      xpos = namewidth;
 
104
      for (j = 0; j < msa->alen; j++)
 
105
        {
 
106
          fprintf(fp, "%d %d moveto\n", xpos, ypos);
 
107
          fprintf(fp, "(%c) show\n", msa->aseq[i][j]);
 
108
          xpos+= hspace;
 
109
        }
 
110
    }
 
111
 
 
112
  free(font);
 
113
}
 
114
 
 
115