~ubuntu-branches/ubuntu/quantal/clustalo/quantal

/*****************************************************************

 * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis

 * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine

 * 

 *     This source code is freely distributed under the terms of the

 *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE

 *     for details.

 *****************************************************************/

 

/* revcomp.c

 * 

 * Reverse complement of a IUPAC character string

 * RCS $Id: revcomp.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: revcomp.c,v 1.5 2002/06/25 20:06:06 eddy Exp)

 */

 

#include <stdio.h>

#include <string.h>

#include <ctype.h>

#include "squid.h"

 

/* Function: revcomp()

 *

 * Purpose:  Reverse complement seq; store in comp.

 *           Can revcomp "in place" (revcomp(seq, seq)).

 *

 * Args:     comp  - destination for reverse complement of seq

 *           seq   - sequence to reverse complement

 *

 * Returns:  NULL on failure; or a (useless) pointer to comp.

 */

char *

revcomp(char *comp, char *seq)

{

  char *s;

  char  c;

 

  if (comp == NULL) return NULL;

  if (seq == NULL)  return NULL;

 

  StrReverse(comp, seq);

  for (s = comp; *s != '\0'; s++)

    {

      c = *s;

      c = sre_toupper(c);

      switch (c) {

      case 'A': c = 'T'; break;

      case 'C': c = 'G'; break;

      case 'G': c = 'C'; break;

      case 'T': c = 'A'; break;

      case 'U': c = 'A'; break;

      case 'R': c = 'Y'; break;

      case 'Y': c = 'R'; break;

      case 'M': c = 'K'; break;

      case 'K': c = 'M'; break;

      case 'S': c = 'S'; break;

      case 'W': c = 'W'; break;

      case 'H': c = 'D'; break;

      case 'D': c = 'H'; break;

      case 'B': c = 'V'; break;

      case 'V': c = 'B'; break;

      default:  break;          /* anything else? leave it; it's prob a gap or an X */

      }

      if (islower((int) *s)) c = (char) sre_tolower((int) c);

      *s = c;

    }

  return comp;

}

  

#ifdef REVCOMP_TESTDRIVER

/* gcc -g -DREVCOMP_TESTDRIVER revcomp.c sre_string.c shuffle.c sre_math.c sre_ctype.c sqerror.c -lm

*/

int

main(void)

{

  float p[4]     = {0.25, 0.25, 0.25, 0.25};

  char *alphabet = "ACGT";

  int   len      = 10;

  char *seq;

 

  seq = RandomSequence(alphabet, p, 4, len);

  printf("%s\n", seq);

  revcomp(seq, seq);

  printf("%s\n", seq);

  free(seq);

  exit(0);

}

#endif