~ubuntu-branches/ubuntu/quantal/genometools/quantal-backports

'\" t

.\"     Title: gt-packedindex-chksearch

.\"    Author: [see the "AUTHOR" section]

.\" Generator: DocBook XSL Stylesheets v1.76.1 <http://docbook.sf.net/>

.\"      Date: 07/11/2012

.\"    Manual: \ \&

.\"    Source: \ \&

.\"  Language: English

.\"

.TH "GT\-PACKEDINDEX\-CHK" "1" "07/11/2012" "\ \&" "\ \&"

.\" -----------------------------------------------------------------

.\" * Define some portability stuff

.\" -----------------------------------------------------------------

.\" ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

.\" http://bugs.debian.org/507673

.\" http://lists.gnu.org/archive/html/groff/2009-02/msg00013.html

.\" ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

.ie \n(.g .ds Aq \(aq

.el       .ds Aq '

.\" -----------------------------------------------------------------

.\" * set default formatting

.\" -----------------------------------------------------------------

.\" disable hyphenation

.nh

.\" disable justification (adjust text to left margin only)

.ad l

.\" -----------------------------------------------------------------

.\" * MAIN CONTENT STARTS HERE *

.\" -----------------------------------------------------------------

.SH "NAME"

gt-packedindex-chksearch \- Load (or build if necessary) BWT index for project [indexname] and perform verification of search results\&.

.SH "SYNOPSIS"

.sp

gt packedindex chksearch indexname

.SH "OPTIONS"

.PP

\fB\-bsize\fR

.RS 4

specify size of blocks (default: 8)

.RE

.PP

\fB\-blbuck\fR

.RS 4

specify number of blocks per bucket (default: 8)

.RE

.PP

\fB\-locfreq\fR

.RS 4

specify the locate frequency parameter i means that each i\-th position of input string is stored 0 ⇒ no locate information (default: 16)

.RE

.PP

\fB\-locbitmap\fR

.RS 4

marked/unmarked positions for locate are stored as bitmaps this gives faster location of hits but increases the index by 1 bit per symbol (default: yes)

.RE

.PP

\fB\-sprank\fR

.RS 4

build rank table for special symbols this produces an index which can be used to regenerate the original sequence but increases the memory used during index creation (default: no)

.RE

.PP

\fB\-sprankilog\fR

.RS 4

specify the interval of rank sampling as log value parameter i means that each 2^i\-th position of source is sampled for rank undefined ⇒ chooses default of log(log(sequence length)) (default: undefined)

.RE

.PP

\fB\-ctxilog\fR

.RS 4

specify the interval of context sampling as log value parameter i means that each 2^i\-th position of source is sampled for rank \-1 ⇒ chooses default of log(log(sequence length)) \-2 ⇒ generates no map (default: \-2)

.RE

.PP

\fB\-minpatlen\fR

.RS 4

minimum length of patterns searched for, \-1 implies automatic choice based on index properties (default: \-1)

.RE

.PP

\fB\-maxpatlen\fR

.RS 4

maximum length of patterns searched for, \-1 implies automatic choice based on index properties (default: \-1)

.RE

.PP

\fB\-nsamples\fR

.RS 4

number of sequences to search for (default: 1000)

.RE

.PP

\fB\-chksfxarray\fR

.RS 4

verify integrity of stored suffix array positions (default: no)

.RE

.PP

\fB\-full\-lfmap\fR

.RS 4

verify complete backwards regeneration of original sequence (default: no)

.RE

.PP

\fB\-chkcontext\fR

.RS 4

verify integrity of regenerated sequence context (default: no)

.RE

.PP

\fB\-ticks\fR

.RS 4

print dot after this many symbols tested okay (default: 100000)

.RE

.PP

\fB\-v\fR

.RS 4

print verbose progress information (default: no)

.RE

.PP

\fB\-help\fR

.RS 4

display help and exit

.RE

.PP

\fB\-version\fR

.RS 4

display version information and exit

.RE

.SH "AUTHOR"

.sp

Report bugs to <gt\-users@genometools\&.org>\&.